eSOL
2015/10/20HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/esol/
トコジラミのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列(EST)のデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「eSOL」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 タンパク質の可溶率
| データ名 | タンパク質の可溶率 |
| データ内容の説明 | シャペロンを含まない無細胞タンパク質合成系（PURE system）を用いて合成した際のタンパク質の可溶率。 シャペロンを加えた場合の濃度は以下の通り。 |
| データファイル | esol.zip (192 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| JW_ID | 大腸菌K-12株W3110亜株に対してGenoBaseで割り当てた遺伝子ID |
| ECK number |
大腸菌K-12株のMG1655亜株・W3110亜株のいずれの遺伝子も参照できるアクセション番号 |
| B number | 大腸菌K-12株MG1655亜株に対してBlattner研究室で割り当てた遺伝子のアクセション番号 |
| Gene name K-12 | 大腸菌K-12株での遺伝子名 |
| Locus name K-12 | 大腸菌K-12株での遺伝子座名 |
| Synonyms of locus names K-12 | 大腸菌K-12株での遺伝子座名の別名 |
| Solubility (%) | タンパク質の可溶率 (単位: %) |
| Yield (uM) | タンパク質の収量 (単位: μM) |
| Yield (ug/ml) | タンパク質の収量 (単位: μg/ml) |
| Minus Sol (%) | シャペロン非存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) シャペロン効果の評価のために再度定量した値 |
| TF Sol (%) | TF存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) |
| GroE Sol (%) | GroE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) |
| KJE Sol (%) | KJE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) |
| Minus Yield (uM) | シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) |
| TF Yield (uM) | TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) |
| GroE Yield (uM) | GroE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) |
| KJE Yield (uM) | KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) |
| Minus Yield (ug/ml) | シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) |
| TF Yield (ug/ml) | TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) |
| GroE Yield (ug/ml) | GE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) |
| KJE Yield (ug/ml) | KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) |
| Calculated MW (kDa) | タンパク質の分子量 (単位: kDa) |
| Calculated pI | タンパク質の等電点 |
| Type of gene product | GenoBase において割り当てられた遺伝子産物のタイプ （簡易検索サイトではタイプの説明も表示） |
| Gene product description | GenoBase における遺伝子産物の説明 |
| Cell location | 細胞における局在部位 |
| Structure (PDB) ID | GenoBase で割り当てられたPDB ID |
| SCOP assignment | GenoBase で割り当てられたSCOPでの構造分類 |
3. 本データベースの利用許諾
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”eSOL © 田口英樹 (東京工業大学) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生体分子機能工学専攻
田口 英樹
E-mail: taguchi[at]bio[dot]titech[dot]ac[dot]jp
Tel.: 045-924-5785
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/10/20 | eSOLオリジナルサイトのURL変更にともない、「データベースの説明」にて「オリジナルサイト」および「データの一括ダウンロードサイト」のURLを変更。 |
| 2012/08/07 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2009/06/18 | eSOL(http://tp-esol.genes.nig.ac.jp/)で公開開始 |
5. 参考文献
Niwa T, Kanamori T, Ueda T, Taguchi H.Global analysis of chaperone effects using a reconstituted cell-free translation system.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jun 5;109(23):8937-42.
PMID:22615364
Niwa T, Ying BW, Saito K, Jin W, Takada S, Ueda T, Taguchi H.
Bimodal protein solubility distribution revealed by an aggregation analysis of the entire ensemble of Escherichia coli proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Mar 17;106(11):4201-6.
PMID:19251648
6. 連絡先
「eSOL」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生体分子機能工学専攻
田口 英樹
E-mail: taguchi[at]bio[dot]titech[dot]ac[dot]jp
Tel.: 045-924-5785