eDDASs
2016/04/26Web Site: eDDASs
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/eddass/
国内の農耕地の土壌微生物を示すeDNA解析情報のデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「eDDASs」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 Soil
| データ名 | Soil |
| データ内容の説明 | １地点から採取された土壌の栽培管理情報および土壌の物理化学性データを示す |
| データファイル | eddass_soil.zip (147 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| Accession Number (アクセッション番号) | |
| Soil Icon |
土壌群と土地利用を記号で表示 |
| Accession Number (アクセッション番号) |
管理者が指定する土壌登録番号 ＊Accession Numberの識別 ・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す |
| Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) | |
| DGGE Standardized |
標準マニュアルに従ってDGGEを実行（B: 一般細菌相、F: 糸状菌相、N: 線虫相） |
| Associated Data (関連データ) | |
| Repeat Data (反復データ) | 反復データがある場合に表示 |
| Sample Registration (サンプル登録) | |
| Collector (採取者名) | 採取者名 |
| Affiliation (所属名) | 所属名 |
| Sampling Date (採取年月日) | 採取年月日 |
| Experimental Purpose (試験目的) | |
| Experimental Purpose (試験目的) | 例）肥料と収量の関係 |
| Experimental Plan (試験設計) | |
| Experimental Plan (試験設計) |
例）X区=A処理×B処理×C反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプル数Cなどのように |
| Sample Information (サンプル情報) | |
| Sample Information (サンプル情報) | DNA情報に相当するサンプルの情報 例）X処理のZ区の反復2番目 |
| Experimental Plot (試験区面積) | |
| Experimental Plot (試験区面積) | 試験区面積 |
| Sampling Site (採取場所) | |
| Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019/10/17) | 緯度(北緯) |
| Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019/10/17) | 経度(東経) |
| Location * 非公開にしました(2019/10/17) | サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク |
| Note (備考) | 備考 |
| Origin (由来) | |
| Origin (由来) |
non-rhizosphere（非根圏）、rhizosphere（根圏）、その他から選択 |
| Note (備考) | 備考 |
| Soil Groups (土壌群) | |
| Soil Groups (土壌群) |
農耕地土壌分類（第3次案）の24群から選択 |
| Land Use (土地利用) | |
| Land Use (土地利用) |
田、普通畑、樹園地（果樹園・茶園等）、草地（牧草地・放牧地等）、その他（耕作放棄地・非農耕地）から選択 |
| Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性) | |
| Soil Texture (土性) | 土性11項目から選択 |
| pH (pH (風乾土)) | pH (風乾土) |
| EC (EC) | EC |
| Total C (炭素含有率) | 炭素含有率 |
| Total N (窒素含有率) | 窒素含有率 |
| Soil Biomass (土壌バイオマス) | 微生物バイオマス量 |
| Available P (可給態P) | トルオーグリン酸 |
| Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量) | 培養法（土壌標準分析測定法に準ずる） |
| Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性) | 土壌呼吸活性 |
| Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量)) | 土壌水分(生土あたりの含水量) |
| Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量) | 陽イオン交換容量 |
| The Others (その他) | その他 |
| Crop (栽培作物) | |
| Crop (作物名) | 作物名 |
| Cultivar (品種) | 品種 |
| Planting Density (1) (栽植密度) | 密度（本／m2） |
| Planting Density (2) (栽培様式) | 畝間or 条間(cm)×株間(cm) |
| Note (備考) | 備考 |
| Organic Fertilizer (有機質肥料) | |
| Kind of Organic Material (有機物の種類) | 有機物の種類 |
| Rate of Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Fertilizer Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Chemical Fertilizer (化学肥料) | |
| Kind of Fertilizer (肥料の種類) | 肥料の種類 |
| Rate of Fertilizer Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Fertilizer Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Pesticide Application (薬剤散布) | |
| Kind of Pesticide (薬剤の種類) | 薬剤の種類 |
| Rate of Pesticide Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Pesticide Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Water Management (水管理) | |
| Water Management (水管理) | 水管理 |
| Experimental Result (試験結果) | |
| Experimental Result (試験結果) | 調査データ（収量、病害発生等） |
| Cultivation History (栽培暦) | |
| Former Cultivated Crop (前作物名) | 前作物名 |
| Seeding or Transplanting Date (作業日) |
播種日または移植日（裸地などの場合はNDと記入） |
| Harvest Date (収穫日) | 収穫日 |
| Temperature (気温) | |
| Temperature (気温) | 気温 |
| Microarray (マイクロアレイ) | |
| Microarray (マイクロアレイ) | マイクロアレイ |
2.3 DGGE
| データ名 | DGGE |
| データ内容の説明 | DGGEによる土壌微生物相の分析結果。 ただし表示の便宜のため、Soilの大半の項目を含む。 |
| データファイル | eddass_dgge.zip (374 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| Accession Number (アクセッション番号) | |
| Soil Icon |
土壌群と土地利用を記号で表示 |
| Accession Number (アクセッション番号) | 管理者が指定する土壌登録番号
＊Accession Numberの識別 ・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す |
| Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) | |
| DNA Marker Information (対象マーカー情報) | marker for bacterium, fungas, nematodeから選択 |
| Lane Number (レーン番号) | DGGEゲル画像におけるレーン番号（左側から） |
| Quality (精度) | 精度 |
| DGGE Gel Image | DGGEゲル画像 |
| Associated Data (関連データ) | |
| Repeat Data (反復データ) | 反復データがある場合に表示 |
| Microorganisms (微生物) | 他の微生物を対象としたデータがある場合に表示 |
| Diversity Index (多様性指数) | |
| Richness (R) (種の豊富さ) | 種の豊富さ |
| Shannon index (H’) (シャノン指数) | シャノン指数 |
| Simpson index (1-D) (シンプソン指数) | シンプソン指数 |
| Sample Registration (サンプル登録) | |
| Collector (採取者名) | 採取者名 |
| Affiliation (所属名) | 所属名 |
| Sampling Date (採取年月日) | 採取年月日 |
| Experimental Purpose (試験目的) | |
| Experimental Purpose (試験目的) | 例）肥料と収量の関係 |
| Experimental Plan (試験設計) | |
| Experimental Plan (試験設計) |
例）X区=A処理×B処理×C反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプルCなどのように |
| Sample Information (サンプル情報) | |
| Sample Information (サンプル情報) | DNA情報に相当するサンプルの情報 例）X処理のZ区の反復2番目 |
| Experimental Plot (試験区面積) | |
| Experimental Plot (試験区面積) | 試験区面積 |
| Sampling Site (採取場所) | |
| Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019/10/17) | 緯度(北緯) |
| Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019/10/17) | 経度(東経) |
| Location * 非公開にしました(2019/10/17) | サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク |
| Note (備考) | 備考 |
| Origin (由来) | |
| Origin (由来) | non-rhizosphere(非根圏)、rhizosphere(根圏)、その他から選択 |
| Note (備考) | 備考 |
| Soil Groups (土壌群) | |
| Soil Groups (土壌群) | 農耕地土壌分類（第3次案）の24群から選択 |
| Land Use (土地利用) | |
| Land Use (土地利用) | 田、普通畑、樹園地（果樹園・茶園）、草地（牧草地・放牧地等）、その他（耕作放棄地・非農耕地）から選択 |
| Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性) | |
| Soil Texture (土性) | 土性11項目から選択 |
| pH (pH (風乾土)) | pH (風乾土) |
| EC (EC) | EC |
| Total C (炭素含有率) | 炭素含有率 |
| Total N (窒素含有率) | 窒素含有率 |
| Soil Biomass (土壌バイオマス) | 微生物バイオマス量 |
| Available P (可給態P) | トルオーグリン酸 |
| Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量) | 培養法（土壌標準分析測定法に準ずる） |
| Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性) | 土壌呼吸活性 |
| Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量)) | 土壌水分(生土あたりの含水量) |
| Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量) | 陽イオン交換容量 |
| The Others (その他) | その他 |
| Crop (栽培作物) | |
| Crop (作物名) | 作物名 |
| Cultivar (品種) | 品種 |
| Planting Density (1) (栽植密度) | 密度（本／m2） |
| Planting Density (2) (栽培様式) | 畝間 or 条間（cm）×株間（cm） |
| Note (備考) | 備考 |
| Organic Fertilizer (有機質肥料) | |
| Kind of Organic Material (有機物の種類) | 有機物の種類 |
| Rate of Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Fertilizer Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Chemical Fertilizer (化学肥料) | |
| Kind of Fertilizer (肥料の種類) | 肥料の種類 |
| Rate of Fertilizer Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Fertilizer Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Pesticide Application (薬剤散布) | |
| Kind of Pesticide (薬剤の種類) | 薬剤の種類 |
| Rate of Pesticide Application (施用量) | 施用量 |
| Year of Continuous Application (連用年数) | 連用年数 |
| Time of Pesticide Application (施用時期) | 春、夏、秋、冬から選択 |
| Water Management (水管理) | |
| Water Management (水管理) | 水管理 |
| Experimental Result (試験結果) | |
| Experimental Result (試験結果) | 調査データ（収量、病害発生等） |
| Cultivation History (栽培暦) | |
| Former Cultivated Crop (前作物名) | 前作物名 |
| Seeding or Transplanting Date (作業日) | 播種日または移植日（裸地などの場合はNDと記入） |
| Harvest Date (収穫日) | 収穫日 |
| Temperature (気温) | |
| Temperature (気温) | 気温 |
| DNA Sequence (DNA) | |
| DNA Extraction Methods (抽出法) | スタンダード法か、独自法か選択 |
| Sample Name (サンプル名) | サンプル名 |
| Target DNA (種類) | 例）16S rDNA |
| Note (備考) | 備考 |
| Other Related Date (その他関連データ) | |
| Gradient of Denaturing Agent (変性剤濃度勾配) | 変性剤濃度勾配 |
| Run Voltage (泳動電圧) | 泳動電圧 |
| Run Time (泳動時間) | 泳動時間 |
| Run Temperature (泳動温度) | 泳動温度 |
| Amount of Sample DNA (泳動DNA量) | 泳動DNA量 |
| Note (備考) | 備考 |
| Download | |
| DGGE Gel Image | DGGEゲル画像 |
| Environmental Data | 環境データ |
| All Data | 全データ |
2.4 データファイル
| データ名 | データファイル |
| データ内容の説明 | eDDASsでダウンロードできるDGGEゲル画像等のデータファイル群。 ・DGGEゲル画像 TIFF形式の高解像度画像。 ・環境データ ・マイクロアレイデータ ・全データ 以下の４種のファイルをゲル画像ごとにまとめたzipファイル。 - データ登録シート（農地の栽培管理情報，農地土壌の物理・化学性，およびDGGE泳動条件を記載） - DGGEゲル画像 - DGGEゲル画像におけるバンドパターンの数値化情報 - 標準化されたDGGEゲル画像における各バンドの位置・強度情報 なお、マイクロアレイのデータファイルは含まれない。 |
| データファイル | DGGEゲル画像: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/eddass/LATEST/tiff/ (10.0 GB (TIFF ファイルの合計)) 環境データ: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/eddass/LATEST/env/ (8.7 MB (テキストファイルの合計)) マイクロアレイデータ: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/eddass/LATEST/env/ (92 MB (Excelファイルの合計)) 全データ: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/eddass/LATEST/all/ (6.6 GB (ZIPファイルの合計)) |
3. 本データベースの利用許諾
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”eDDASs © 對馬誠也 (農業環境技術研究所) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8666 つくば市観音台2-1-18
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 中央農業研究センター
Tel & Fax: 029-838-8829
E-mail: yoshige[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/04/26 | データを更新。
|
| 2015/01/09 | データベースの説明の「オリジナルサイト」を変更 |
| 2014/11/21 | データを更新。
|
| 2014/10/02 | データ修正。DGGEのデータファイルから重複する項目を削除。 |
| 2014/09/05 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2011/03/31 | eDDASs (http://eddass.niaes3.affrc.go.jp/)で公開開始 |
5. 参考文献
-6. 連絡先
「eDDASs」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8666 つくば市観音台2-1-18
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 中央農業研究センター
Tel & Fax: 029-838-8829
E-mail: yoshige[at]affrc[dot]go[dot]jp