DoBISCUIT

2024/09/27


放線菌により生成される二次代謝物に関するデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. DoBISCUIT HTMLコンテンツ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「DoBISCUIT」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 DoBISCUIT HTMLコンテンツ

データ名 DoBISCUIT HTMLコンテンツ
データ内容の説明

データベース化されていたDoBISCUITのコンテンツをStatic HTMLに変換したもの。利用者は、データベースシステムやWebサーバを使うことなく手元のPC等でコンテンツを参照することができる。Google Chromeで動作確認している。
データファイル dobiscuit_arc.zip (104 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
Cluster
項目名項目の説明
Compound 二次代謝産物の化合物としての特徴
Original source 遺伝子クラスターの塩基配列ソース
PKS/NRPS Module 遺伝子クラスターに含まれるPKS/NRPSのモジュールとそのドメイン構成と文献で確認されている基質
Reference 関連文献
Data download DoBISCUITの登録情報についてのダウンロードファイル
History 更新履歴

 

CDS
項目名項目の説明
Location 遺伝子クラスター内のCDSの位置と向き、長さ等
Annotation 遺伝子クラスター内のCDSの機能についてのアノテーションと文献からの根拠情報
Feature 遺伝子クラスター内のCDSのドメイン構造
Sequence 遺伝子クラスター内のCDSの塩基配列とアミノ酸配列
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2024/09/26

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”DoBISCUIT © NITE licensed under CC表示4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
https://www.nite.go.jp/cgi-bin/contact/?cid=00000144&lang=0

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2024/09/30 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
(アーカイブ V1)
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5. 参考文献

Ichikawa, N; Sasagawa, M; Yamamoto, M; Komaki, H; Yoshida, Y; Yamazaki, S and Fujita, N.
DoBISCUIT: a database of secondary metabolite biosynthetic gene clusters.
Nucleic Acids Research (2013) Database Issue Nucleic Acids Res. 2012 Nov 26.
PMID: 23185043

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6. 連絡先

「DoBISCUIT」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://www.nite.go.jp/cgi-bin/contact/?cid=00000144&lang=0

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