DNAProbeLocator

2015/03/06

HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dnaprobelocator/

多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングしたデータベース

README 目次

ダウンロードデータの構成
ダウンロードデータの説明
本データベースの利用許諾
更新履歴
参考文献
連絡先

1. ダウンロードデータの構成

README
Acegeneデータ
Agilentデータ
Genechipデータ
Hix2snpデータ
I・M・A・G・Eデータ
Locuslinkデータ
Refgene_exonデータ
SNPデータ

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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名	README
データ内容	「DNAProbeLocator」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名	README.html（日本語）

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2.2 Acegeneデータ

データ名	Acegeneデータ
データ内容の説明	DNAチップ研究所 AceGene（Human Oligo Chip 30K）に関するプローブデータです。
データファイル	dnaprobelocator_acegene.zip (1.2MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
probe_set	プローブセット名
probe	プローブID
hit	H-Invitational transcript ID (HIT)
hix	H-Invitational cluster ID (HIX)
score	プローブのマッピングスコア (BLASTスコア)

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2.3 Agilentデータ

データ名	Agilentデータ
データ内容の説明	Agilent社　Agilent-012097 Human 1A Oligo Microarray (V2) (G4110B) Agilent社　Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray (G4112A)
データファイル	dnaprobelocator_agilent.zip (5.4MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
probe_set	プローブセットID PGID215:Human 1A Oligo Microarray PGID247:Whole Human Genome Oligo Microarray
probe	プローブ名 (AgilentのSPOT_ID)
no	プローブに結合する複数のHIT_IDにおける通し番号
total_no	プローブが結合するHITの数
hit	H-Invitational transcript ID (HIT)
hix	H-Invitational cluster ID (HIX)
acc	GenBank accession number
hit_cnt	特定のHITへのプローブの結合領域の数
info	プローブの結合位置情報 (結合開始座標：終了座標：ストランド：ミスマッチ数)
min_pos	プローブが結合するHITの中での最小座標
max_pos	プローブが結合するHITの中での最大座標

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2.4 Genechipデータ

データ名

Genechipデータ

データ内容の説明

Affymetrix GeneChip

HG-Focus
HG-U133A
HG-U133A_2
HG-U133B
HG-U133_Plus_2
HG-U95A
HG-U95Av2
HG-U95B
HG-U95C
HG-U95D
HG-U95E
HuGene FL
HuEx-1_0

データファイル

dnaprobelocator_genechip.zip (197MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
probe_set	GeneChipのアレイ名
probe	GeneChipのprobe set名
no	プローブセットにおけるHIT-IDの違いに基づいた通し番号
total_no	プローブセットに対応するHIT-IDの数
hit	H-Invitational transcript ID (HIT)
hix	H-Invitational cluster ID (HIX)
acc	GenBank accession ID
hit_cnt	プローブセット中の特定のHIT 配列に結合するプローブの数
info	プローブマッピング位置情報 (各プローブの開始座標：終了座標：プローブの成分となる配列のID：ストランド：ミスマッチ数)
min_pos	最小座標
max_pos	最大座標

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2.5 Hix2snpデータ

データ名	Hix2snpデータ
データ内容の説明	H-Invitational cluster上のSNPに関する情報
データファイル	dnaprobelocator_hix2snp.zip (37.7MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
hix	H-Invitational cluster ID (HIX)
num	SNP数
snps	SNPの位置情報 (開始座標：終了座標：NCBI dbSNP IDの"rs"以降数字部分)

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2.6 I・M・A・G・Eデータ

データ名	I・M・A・G・Eデータ
データ内容の説明	I.M.A.G.E コンソーシアムの cDNA 配列について、H-InvDB のユニークな転写物にマップした結果のリスト
データファイル	dnaprobelocator_image.zip (689MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
probe_set	プローブセット名
acc	ESTのGenBank Accession ID
lst	(full length cDNAのNCBI GenBank accession):(blastにおける対応開始位置)(type(+/-))(対応する配列の長さ):(4桁=score)(2桁=percentage)(probability) scoreは整数または（整数部小数部併せて４桁の）小数 percentageは00のとき100の意味 *probabilityは・Zの場合、0 ・_(整数)の場合、e-(整数) ・(整数)、つまり「_」なしの場合、(1桁)e-(残りの桁)

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2.7 Locuslinkデータ

データ名	Locuslinkデータ
データ内容の説明	遺伝子座に関するアノテーション情報ただし、chrが「_random」を含むエントリは、各座標に関して注意が必要である。 UCSCの「_random」を含むゲノム配列の構成は、染色体中の位置が未確定のセグメントを 50,000bpのスペーサーで挟んで１本に繋いだものとなっている（ http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download9, http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download10 ）。このゲノム配列にHIT転写物がマッピングされているので、以下の座標表記となっている。 h_*：各セグメント上の座標を示す。セグメントの区別は記載なし。なお同一転写物のexonが異なるセグメントにマッピングされているケースもある。
データファイル	dnaprobelocator_locuslink.zip (2.5MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
hosac	H-Invitational cluster ID (HIX)
chr	染色体番号
h_start	遺伝子座開始座標
h_end	遺伝子座終了座標
strand	ストランド
ext	H-Invitational transcript ID (HIT)
acc	Genbank accession number
unigene	Unigene entry name
locus	Locus ID
omim	Omim ID
definition	Definition

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2.8 Refgene_exonデータ

データ名	Refgene_exonデータ
データ内容の説明	H-Invitational transcript ID (HIT) に関するアノテーション情報ただし、chrが「_random」を含むエントリは、各座標に関して注意が必要である。 UCSCの「_random」を含むゲノム配列の構成は、染色体中の位置が未確定のセグメントを 50,000bpのスペーサーで挟んで１本に繋いだものとなっている（ http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download9, http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download10 ）。このゲノム配列にHIT転写物がマッピングされているので、以下の座標表記となっている。 a_：各セグメント上の座標を示す。セグメントの区別は記載なし。 cds_、e_*：セグメントを50,000bpのスペーサーを挟みつつ１本に繋いだ上での座標。なお同一転写物のexonが異なるセグメントにマッピングされているケースもある。
データファイル	dnaprobelocator_refgene_exon.zip (19.1MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
chr	染色体番号
a_start	転写物マッピングの開始座標
a_end	転写物マッピングの終了座標
a_name	転写物の名前
strand	ストランド
cds_start	CDS開始座標
cds_end	CDS終了座標
exon_count	エクソン数
e_start	エクソン開始座標
e_end	エクソン終了座標
ext	H-Invitational transcript ID (HIT)
hosac	H-Invitational cluster ID (HIX)
unigene	Unigene entry name
locus	Locus ID
omim	Omim ID
definition	Definition
product	プロダクト
c_start	cDNA開始座標
c_end	cDNA終了座標

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2.9 SNPデータ

データ名	SNPデータ
データ内容の説明	各染色体上のSNPの座標やアリルタイプの情報
データファイル	dnaprobelocator_snp.zip (93.8MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
chr	染色体番号
s_start	SNP開始座標
s_end	SNP終了座標
id	SNP ID
type	SNPのタイプ（genomeなど）
info	SNPアリル情報

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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2015/03/06

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”DNA ProbeLocator © 日紫喜光良(東邦大学) licensed under CC表示継承2.1 日本”ですので、利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要はこちらです。具体的な許諾条項はこちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース管理者連絡先：
（独）産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
今西規（Imanishi Tadashi）
E-mail: t[dot]imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日	更新内容
2015/03/06	生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2005/07/23	DNA ProbeLocator (http://h-invitational.jp/DNAProbeLocator/index.cgi)で公開開始

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5. 参考文献

6. 連絡先

「DNAProbeLocator」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

（独）産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
今西規（Imanishi Tadashi）
E-mail: t[dot]imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp
Tel: （代表）03-3599-8800

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