Dynamic Macrophage Pathway CSML Database

2009/09/07

WebSite: http://gnp.hgc.jp/macrophage/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dmpd

マクロファージに対する LPS 及び PMA 刺激に関連する文献キュレーションを行い、動的なシミュレーションができる CSML 形式の転写制御・シグナル伝達パスウェイモデルを集積したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. マクロファージの分化、活性化に関する文献リストとそのパスウェイ
  3. マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Dynamic Macrophage Pathway CSML Database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2  マクロファージの分化、活性化に関する文献リストとそのパスウェイ

データ名 マクロファージの分化、活性化に関する文献リストとそのパスウェイ
データ内容の説明 キュレーションを行ったマクロファージの分化、活性化に関しての文献リスト。リストは CSV 形式テキストファイル。
データファイル dmpd.zip (16KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
PubmedID 論文のPubMed ID(PMID)
Title 論文のタイトル
Authors 論文の著者名
Publication 論文の掲載誌名
Pathway パスウェイの図（ダウンロードデータでは空欄）
PNG File パスウェイの図（PNGファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)
SVG File パスウェイの図（SVGファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)
HTML File パスウェイ情報（HTMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)
CSML File パスウェイ情報（CSMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)
Open .csml file with CIOPlayer CSMLファイルをCell Illustrator Online Player で開くためのリンク（ダウンロードデータでは空欄）
Open .csml file with CIO CSMLファイルをCell Illustrator Onlineで開くためのリンク（ダウンロードデータでは空欄）

2.3 マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータ

データ名 マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータ
データ内容の説明 文献リストから、マクロファージの分化、活性化に関わるパスウェイをXML形式の１つであるCSMLフォーマットで抽出したもの。 文献 1 つにつき、 1 つの CSML 形式ファイル。
データファイル macrophageCSML.zip (11.6MB)
CSML形式ファイルについて
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3. 本データベースの利用許諾

標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

本データベースの標準利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本　の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、”Dynamic Macrophage Pathway CSML Database, Copyright© 2008 東京大学　licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。


〒108-8639 東京都港区白金台４－６－１
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
DNA情報解析分野
TEL 03-5449-5615
FAX 03-5449-5442
E-mail: mlab-adm[at]ims[dot]u-tokyo[dot]ac[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2009/9/7 データベースアーカイブサービスにてダウンロードデータ公開開始
2009/8 データ更新
2009/3 オリジナルサイト(http://gnp.hgc.jp/macrophage/)で公開開始
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5. 参考文献

6.連絡先

「Dynamic Macrophage Pathway CSML Database」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒108-8639 東京都港区白金台４－６－１
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
DNA情報解析分野
TEL 03-5449-5615
FAX 03-5449-5442
E-mail: mlab-adm[at]ims[dot]u-tokyo[dot]ac[dot]jp

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