Dicty_cDB

2015/01/09

HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dicty_cdb

Dicty_cDBは、社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報にさまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースである。 このデータベースは、 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析(Dictyostelium cDNA Project in Japan)の成果である。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. EST配列とそのアノテーション(アミノ酸配列、相同性検索結果)
  3. コンティグ配列とそのアノテーション(アミノ酸配列、相同性検索結果)、及び発現プロファイル
  4. cDNAライブラリー情報
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Dicty_cDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 EST配列とそのアノテーション(アミノ酸配列、相同性検索結果)

データ名 EST配列とそのアノテーション(アミノ酸配列、相同性検索結果)
データ内容の説明

細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNAクローンの塩基配列とそのアノテーション(アミノ酸配列、相同性検索結果(ターゲットDB:dicty EST-DB、DNA-DB、タンパク質-DB))。 クローンの粘菌内局在画像のデータベースであるAtlas データベース(リンク)へのリンクやナショナルバイオリソースプロジェクト(リンク)へのリンク、dictyBase(リンク)へのリンクがある。 EST配列が含まれるコンティグの表へのリンクも設置している。 各クローンについて、5'EST配列、3'EST配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列の4つのカテゴリーを設けている。 5'EST配列と3'EST配列が両方ある場合は、5'EST配列と3'EST配列の連結処理を行い、二つの配列を10個のハイフンで接続した配列を生成する。 二つの配列間に重複領域がある場合は、重ね合わせて得られた配列を全長配列とする。 また、クローンによっては、重ね合わせることができない場合にも、配列間の隙間を配列決定して全長配列を得ている場合がある。 5'EST配列、3'EST 配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列のIDとして、クローンIDの末尾にそれぞれF、Z、P、Eをつけて区別している。 各クローン毎に、一つの行にこれらの配列を格納している。 これらの配列のなかから、全長cDNA配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、5'EST配列、あるいは3'EST配列の順に優先順位をつけて、一つの配列を代表配列として選択し、 BLASTによる相同性検索を行っている。 検索は、dicty_cDBのクローン配列とのblastn検索、公共DNA配列とのblastn検索、公共タンパク質配列とのblastx検索を行い、トップ10ヒットの情報を格納している。 CSV 形式テキストファイル。

データファイル dicty_cdb_clone.zip (181MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
IDs and Links
Library 配列が得られた5種類の発生段階に由来する14種類(AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS)のcDNAライブラリー。
Clone ID cDNAクローンのID
Atlas ID Atlas データベース(リンク)のID、Atlas データベースへのリンク
NBRP ID ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRPリンクにする)で提供されている全長ORFをカバーするcDNAクローンのID。 TogoDB版には「ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)細胞性粘菌」の遺伝子データベース (http://nenkin.lab.nig.ac.jp/gene)へのリンク。
dictyBase ID dictyBase(http://dictybase.org/ac.jp/gene)のProtein Coding GeneのID。TogoDB版には、dictyBaseへのリンク。
Link to Contig ESTが含まれるコンティグへのリンク(TogoDB版のみ)
Representative Seq. and Annotation
Representative seq. ID 相同性検索に使用したDNA配列のID。1)全長cDNA配列、2)5'ESTと3'ESTを連結した配列、3)5'EST配列、4)3'EST配列の中から、1)、2)、3)、4)の優先順位で選択し、代表DNA配列とした。
Representative DNA sequence 代表DNA配列
sequence update 代表DNA配列の更新日
Translated Amino Acid sequence 代表DNA配列を翻訳したアミノ酸配列。
Translated Amino Acid sequence (All Frames) 代表DNA配列の6フレームを翻訳したアミノ酸配列。
Homology vs CSM-cDNA dicty_cDBのクローン配列とのblastn検索のトップ10ヒットのリスト
own update CSM(クローン配列の集合)との相同性検索の更新日
Homology vs DNA 公共データベースのDNA配列とのblastn検索のトップ10ヒットのリスト
dna update 公共データベースのDNA配列との相同性検索の更新日
Homology vs Protein 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索のトップ10ヒットのリスト
protein update 公共データベースのタンパク質配列との相同性検索の更新日
PSORT タンパク質細胞内局在予測プログラムPSORT(http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/)の実行結果
Seqeunces
5' end seq. ID 5'EST配列のID。ID末尾に"F"がつく。
5' end seq. 5'EST配列。FASTA形式。
Length of 5' end seq. 5'EST配列の長さ。
3' end seq. ID 3'EST配列のID。ID末尾に"Z"がつく。
3' end seq. 3'EST配列。FASTA形式
Length of 3' end seq. 3'EST配列の長さ。
Connected seq. ID 5'ESTと3'ESTを連結した配列のID。ID末尾に"P"がつく。
Connected seq. 5'ESTと3'ESTを10個のギャップ(-)で連結した配列
Length of connected seq. 5'ESTと3'ESTを連結した配列の長さ。(ギャップ(-)は除く)
Full length Seq ID 全長cDNAのID。ID末尾に"E"がつく。
Full length Seq. 全長cDNA配列。FASTA形式。
Length of full length seq. 全長cDNAの長さ。

2.3 コンティグ配列とそのアノテーション(アミノ酸配列、相同性検索結果)、及び発現プロファイル

データ名 コンティグ配列とそのアノテーション(アミノ酸配列、相同性検索結果)、及び発現プロファイル
データ内容の説明

細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA配列のコンティグ配列とそのアノテーション (アミノ酸配列、相同性検索結果(ターゲットDB:コンティグ配列-DB、DNA-DB、タンパク質-DB))。 コンティグ配列は、5'EST配列、3'EST配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、及び全長cDNA配列をアセンブルプログラムPhrap(http://www.phrap.org/index.html)によって、アセンブルすることによって得られた。 コンティグを構成するクローンリストへのリンク、コンティグ配列のゲノム配列へのマッピング情報、及び相同性検索結果のトップ10ヒットのリストがある。 また、コンティグを構成するクローンのライブラリー毎の数を、5種類の発生段階、14種類のライブラリーについて記載した。 ライブラリー特異的なクローンを検索することが可能である。CSV形式のテキストファイル。

データファイル dicty_cdb_contig.zip (91.6MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Contig information
Contig ID コンティグ配列のID
Contig update 配列の更新日
Contig sequence コンティグ配列。
Gap コンティグにギャップ(-)が含まれるかの有無。 -ギャップを含む: gap included
-ギャップを含まない: no gap
Contig length コンティグの長さ
Chromosome number (1..6, M) コンティグがマップされた染色体番号。マップされた場合は、1から6、またはM(ミトコンドリア)が値となる。
Chromosome length コンティグがマップされた染色体の長さ
Start point コンティグがマップされた開始位置
End point コンティグがマップされた終点位置
Strand (PLUS/MINUS) コンティグがマップされた向き (PLUS/MINUS)
Number of clones コンティグを構成するクローンの数
Number of EST コンティグを構成するESTの数
Link to clone list コンティグを構成するクローン全体のTogoDB版へのリンク。TogoDB版のみ、クローンリストへのリンク有り。
List of clone(s) コンティグを構成するクローンの一覧。TogoDB版のみ、各クローンへのリンク有り。
Annotation
Translated Amino Acid sequence DNA配列を翻訳した代表のアミノ酸配列。
Translated Amino Acid sequence (All Frames) DNA配列の6フレームを翻訳したアミノ酸配列。
own update dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索の更新日
Homology vs CSM-cDNA dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト
dna update 公共データベースのDNA配列とのblastn検索の更新日
Homology vs DNA 公共データベースのDNA配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト
protein update 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索の更新日
Homology vs Protein 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索結果のトップ10ヒットのリスト
PSORT タンパク質細胞内局在予測プログラムPSORT(http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/)の実行結果
Expression profile
VS (DIR, S) コンティグを構成するVS由来のクローンの数
VH (FL, L) コンティグを構成するVH由来のクローンの数
VF (FL, S) コンティグを構成するVF由来のクローンの数
AH (FL, L) コンティグを構成するAH由来のクローンの数
AF (FL, S) コンティグを構成するAF由来のクローンの数
SL (DIR, L) コンティグを構成するSL由来のクローンの数
SS (DIR, S) コンティグを構成するSS由来のクローンの数
SH (FL, L) コンティグを構成するSH由来のクローンの数
SF (FL, S) コンティグを構成するSF由来のクローンの数
CH (FL, L) コンティグを構成するCH由来のクローンの数
CF (FL, S) コンティグを構成するCF由来のクローンの数
FCL (DIR, L) コンティグを構成するFCL由来のクローンの数
FC (DIR, S) コンティグを構成するFC由来のクローンの数
FC-IC (SUB) コンティグを構成するFC-IC由来のクローンの数

2.4 cDNAライブラリー情報

データ名 cDNAライブラリー情報
データ内容の説明

細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNAライブラリーの説明 ( Functional Genomics of the Social Amoebae, Dictyostelium discoideum, Hideko Urushihara, Mol. Cells, Vol. 13, No. 1, pp. 1-4, http://molcells.inforang.com/article_pdf/Ksmcb/13/Ksmcb13-1-1.pdfhttp://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNAproject.htmlhttp://lifesciencedb.jp/houkoku/pdf/001/c009.pdf

データファイル dicty_cdb_lib.zip (1KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
cDNA library name cDNAライブラリーの名称(AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS)
stages of the life cycle 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのライフサイクルにおけるステージ
1)vegetatively growing cells (増殖期)(V)
2)asexually developing cells at the aggregating(集合期) (A)
3)slug cells (移動体期) (S)
4)culminating stages (形態形成期)(C)
5)sexually fusion-competent KAX3 cells (配偶子期) (F)
cDNA library construction method cDNAライブラリー構築方法
1) Conventional oligo-d(T) primed, directional cDNA libraries (dir)
2) Full-length cDNA libraries(oligocapped method) (fl)
3) Gamete-specific subtraction library (sub)

cDNA library construction protocol cDNAライブラリ作成のプロトコルを説明するWebページへのリンク
Size fractionation クローンのサイズ分画
1) 長いクローンの分画(long)
2) 短いクローンの分画(short)
3) 分画なし(no)
clone size クローンサイズ(kb)
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3. 本データベースの利用許諾

標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

本データベースの標準利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本 の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、”Dicty_cDB , Copyright© 2009 漆原 秀子(筑波大学) licensed under CC表示-継承2.1 日本 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒305-8572 茨城県つくば市天王台1-1-1
筑波大学大学院生命環境科学研究科
漆原 秀子
TEL: 029-853-4664
FAX: 029-853-6614
E-mail: hideko[at]biol[dot]tsukuba[dot]ac[dot]jp


3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2015/01/09 データベースの説明の以下の情報を変更
  • データベース運用場所
  • オリジナルサイト
  • 統括サイト
  • 一括ダウンロードサイト
2010/02/15 利用許諾のクレジットの記載方法を変更
2009/12/02 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/8 データ更新
1996/12 Dicty_cDB (http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNA/database.html)で公開開始
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5. 参考文献

Urushihara H.
Functional genomics of the social amoebae, Dictyostelium discoideum.
Mol Cells. 2002 Feb 28;13(1):1-4.
PMID: 11911458

6.連絡先

「Dicty_cDB」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒305-8572 茨城県つくば市天王台1-1-1
筑波大学大学院生命環境科学研究科
漆原 秀子
TEL: 029-853-4664
FAX: 029-853-6614
E-mail: hideko[at]biol[dot]tsukuba[dot]ac[dot]jp

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