Dicty_cDBは、社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報にさまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースである。 このデータベースは、 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果である。
| データ名 | README |
| データ内容 | 「Dicty_cDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
| データ名 | EST配列とそのアノテーション（アミノ酸配列、相同性検索結果） |
| データ内容の説明 |
細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNAクローンの塩基配列とそのアノテーション（アミノ酸配列、相同性検索結果（ターゲットDB：dicty EST-DB、DNA-DB、タンパク質-DB））。 クローンの粘菌内局在画像のデータベースであるAtlas データベース（リンク）へのリンクやナショナルバイオリソースプロジェクト（リンク）へのリンク、dictyBase（リンク）へのリンクがある。 EST配列が含まれるコンティグの表へのリンクも設置している。 各クローンについて、5'EST配列、3'EST配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列の４つのカテゴリーを設けている。 5'EST配列と3'EST配列が両方ある場合は、5'EST配列と3'EST配列の連結処理を行い、二つの配列を10個のハイフンで接続した配列を生成する。 二つの配列間に重複領域がある場合は、重ね合わせて得られた配列を全長配列とする。 また、クローンによっては、重ね合わせることができない場合にも、配列間の隙間を配列決定して全長配列を得ている場合がある。 5'EST配列、3'EST 配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列のIDとして、クローンIDの末尾にそれぞれF、Z、P、Eをつけて区別している。 各クローン毎に、一つの行にこれらの配列を格納している。 これらの配列のなかから、全長cDNA配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、5'EST配列、あるいは3'EST配列の順に優先順位をつけて、一つの配列を代表配列として選択し、 BLASTによる相同性検索を行っている。 検索は、dicty_cDBのクローン配列とのblastn検索、公共DNA配列とのblastn検索、公共タンパク質配列とのblastx検索を行い、トップ10ヒットの情報を格納している。 CSV 形式テキストファイル。 |
| データファイル | dicty_cdb_clone.zip (181MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| IDs and Links | |
| Library | 配列が得られた５種類の発生段階に由来する14種類（AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS）のcDNAライブラリー。 |
| Clone ID | cDNAクローンのID |
| Atlas ID | Atlas データベース（リンク）のID、Atlas データベースへのリンク |
| NBRP ID | ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRPリンクにする)で提供されている全長ORFをカバーするcDNAクローンのID。 TogoDB版には「ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)細胞性粘菌」の遺伝子データベース （http://nenkin.lab.nig.ac.jp/gene）へのリンク。 |
| dictyBase ID | dictyBase（http://dictybase.org/ac.jp/gene）のProtein Coding GeneのID。TogoDB版には、dictyBaseへのリンク。 |
| Link to Contig | ESTが含まれるコンティグへのリンク（TogoDB版のみ） |
| Representative Seq. and Annotation | |
| Representative seq. ID | 相同性検索に使用したDNA配列のID。１）全長cDNA配列、２）5'ESTと3'ESTを連結した配列、３）5'EST配列、４）3'EST配列の中から、１）、２）、３）、４）の優先順位で選択し、代表DNA配列とした。 |
| Representative DNA sequence | 代表DNA配列 |
| sequence update | 代表DNA配列の更新日 |
| Translated Amino Acid sequence | 代表DNA配列を翻訳したアミノ酸配列。 |
| Translated Amino Acid sequence (All Frames) | 代表DNA配列の6フレームを翻訳したアミノ酸配列。 |
| Homology vs CSM-cDNA | dicty_cDBのクローン配列とのblastn検索のトップ10ヒットのリスト |
| own update | CSM（クローン配列の集合）との相同性検索の更新日 |
| Homology vs DNA | 公共データベースのDNA配列とのblastn検索のトップ10ヒットのリスト |
| dna update | 公共データベースのDNA配列との相同性検索の更新日 |
| Homology vs Protein | 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索のトップ10ヒットのリスト |
| protein update | 公共データベースのタンパク質配列との相同性検索の更新日 |
| PSORT | タンパク質細胞内局在予測プログラムPSORT（http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/）の実行結果 |
| Seqeunces | |
| 5' end seq. ID | 5'EST配列のID。ID末尾に"F"がつく。 |
| 5' end seq. | 5'EST配列。FASTA形式。 |
| Length of 5' end seq. | 5'EST配列の長さ。 |
| 3' end seq. ID | 3'EST配列のID。ID末尾に"Z"がつく。 |
| 3' end seq. | 3'EST配列。FASTA形式 |
| Length of 3' end seq. | 3'EST配列の長さ。 |
| Connected seq. ID | 5'ESTと3'ESTを連結した配列のID。ID末尾に"P"がつく。 |
| Connected seq. | 5'ESTと3'ESTを10個のギャップ(-)で連結した配列 |
| Length of connected seq. | 5'ESTと3'ESTを連結した配列の長さ。（ギャップ(-)は除く） |
| Full length Seq ID | 全長cDNAのID。ID末尾に"E"がつく。 |
| Full length Seq. | 全長cDNA配列。FASTA形式。 |
| Length of full length seq. | 全長cDNAの長さ。 |
| データ名 | コンティグ配列とそのアノテーション（アミノ酸配列、相同性検索結果）、及び発現プロファイル |
| データ内容の説明 |
細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA配列のコンティグ配列とそのアノテーション （アミノ酸配列、相同性検索結果（ターゲットDB：コンティグ配列-DB、DNA-DB、タンパク質-DB））。 コンティグ配列は、5'EST配列、3'EST配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、及び全長cDNA配列をアセンブルプログラムPhrap(http://www.phrap.org/index.html)によって、アセンブルすることによって得られた。 コンティグを構成するクローンリストへのリンク、コンティグ配列のゲノム配列へのマッピング情報、及び相同性検索結果のトップ10ヒットのリストがある。 また、コンティグを構成するクローンのライブラリー毎の数を、５種類の発生段階、１４種類のライブラリーについて記載した。 ライブラリー特異的なクローンを検索することが可能である。CSV形式のテキストファイル。 |
| データファイル | dicty_cdb_contig.zip (91.6MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Contig information | |
| Contig ID | コンティグ配列のID |
| Contig update | 配列の更新日 |
| Contig sequence | コンティグ配列。 |
| Gap | コンティグにギャップ（-)が含まれるかの有無。
-ギャップを含む: gap included -ギャップを含まない: no gap |
| Contig length | コンティグの長さ |
| Chromosome number (1..6, M) | コンティグがマップされた染色体番号。マップされた場合は、1から6、またはM（ミトコンドリア）が値となる。 |
| Chromosome length | コンティグがマップされた染色体の長さ |
| Start point | コンティグがマップされた開始位置 |
| End point | コンティグがマップされた終点位置 |
| Strand (PLUS/MINUS) | コンティグがマップされた向き (PLUS/MINUS) |
| Number of clones | コンティグを構成するクローンの数 |
| Number of EST | コンティグを構成するESTの数 |
| Link to clone list | コンティグを構成するクローン全体のTogoDB版へのリンク。TogoDB版のみ、クローンリストへのリンク有り。 |
| List of clone(s) | コンティグを構成するクローンの一覧。TogoDB版のみ、各クローンへのリンク有り。 |
| Annotation | |
| Translated Amino Acid sequence | DNA配列を翻訳した代表のアミノ酸配列。 |
| Translated Amino Acid sequence (All Frames) | DNA配列の6フレームを翻訳したアミノ酸配列。 |
| own update | dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索の更新日 |
| Homology vs CSM-cDNA | dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト |
| dna update | 公共データベースのDNA配列とのblastn検索の更新日 |
| Homology vs DNA | 公共データベースのDNA配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト |
| protein update | 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索の更新日 |
| Homology vs Protein | 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索結果のトップ10ヒットのリスト |
| PSORT | タンパク質細胞内局在予測プログラムPSORT（http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/）の実行結果 |
| Expression profile | |
| VS (DIR, S) | コンティグを構成するVS由来のクローンの数 |
| VH (FL, L) | コンティグを構成するVH由来のクローンの数 |
| VF (FL, S) | コンティグを構成するVF由来のクローンの数 |
| AH (FL, L) | コンティグを構成するAH由来のクローンの数 |
| AF (FL, S) | コンティグを構成するAF由来のクローンの数 |
| SL (DIR, L) | コンティグを構成するSL由来のクローンの数 |
| SS (DIR, S) | コンティグを構成するSS由来のクローンの数 |
| SH (FL, L) | コンティグを構成するSH由来のクローンの数 |
| SF (FL, S) | コンティグを構成するSF由来のクローンの数 |
| CH (FL, L) | コンティグを構成するCH由来のクローンの数 |
| CF (FL, S) | コンティグを構成するCF由来のクローンの数 |
| FCL (DIR, L) | コンティグを構成するFCL由来のクローンの数 |
| FC (DIR, S) | コンティグを構成するFC由来のクローンの数 |
| FC-IC (SUB) | コンティグを構成するFC-IC由来のクローンの数 |
| データ名 | cDNAライブラリー情報 |
| データ内容の説明 |
細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNAライブラリーの説明 （ Functional Genomics of the Social Amoebae, Dictyostelium discoideum, Hideko Urushihara, Mol. Cells, Vol. 13, No. 1, pp. 1-4, http://molcells.inforang.com/article_pdf/Ksmcb/13/Ksmcb13-1-1.pdf、 http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNAproject.html、 http://lifesciencedb.jp/houkoku/pdf/001/c009.pdf ） |
| データファイル | dicty_cdb_lib.zip (1KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| cDNA library name | cDNAライブラリーの名称（AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS） |
| stages of the life cycle | 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのライフサイクルにおけるステージ 1)vegetatively growing cells （増殖期）(V) 2)asexually developing cells at the aggregating（集合期） (A) 3)slug cells （移動体期） (S) 4)culminating stages （形態形成期）（C) 5)sexually fusion-competent KAX3 cells (配偶子期) (F) |
| cDNA library construction method | cDNAライブラリー構築方法 1) Conventional oligo-d(T) primed, directional cDNA libraries (dir) 2) Full-length cDNA libraries（oligocapped method） (fl) 3) Gamete-specific subtraction library (sub) |
| cDNA library construction protocol | cDNAライブラリ作成のプロトコルを説明するWebページへのリンク |
| Size fractionation | クローンのサイズ分画 1) 長いクローンの分画（long) 2) 短いクローンの分画（short） 3) 分画なし（no） |
| clone size | クローンサイズ（kb） |
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| 更新日 | 更新内容 |
|---|---|
| 2015/01/09 | データベースの説明の以下の情報を変更
|
| 2010/02/15 | 利用許諾のクレジットの記載方法を変更 |
| 2009/12/02 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2009/8 | データ更新 |
| 1996/12 | Dicty_cDB (http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNA/database.html)で公開開始 |
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