シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができる。 また、部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができる。
データ名 | README |
データ内容 | 「Atlas (ISH Data Base)」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
データ名 | cDNAクローンの発生時期別の局在画像 |
データ内容の説明 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。 158件。 |
データファイル | dicty_atlas.zip (8KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
項目名 | 項目の説明 |
Clone name | クローン名 |
Expression pattern | 発現パターン(prespore(予定胞子) / prestalk(予定柄細胞) ) |
Gene name | 遺伝子名 |
Product | 産物 |
Accession number | アクセッションナンバー |
mound | 発生時期「mound」の局在画像 |
tipped mound | 発生時期「tipped mound」の局在画像 |
standing slug | 発生時期「standing slug」の局在画像 |
young slug | 発生時期「young slug」の局在画像 |
migrating slug | 発生時期「migrating slug」の局在画像 |
slug | 発生時期「slug」の局在画像 |
mexican hat | 発生時期「mexican hat」の局在画像 |
culminant | 発生時期「culminant」の局在画像 |
mid culminant | 発生時期「mid culminant」の局在画像 |
late culminant | 発生時期「late culminant」の局在画像 |
very late culminant | 発生時期「very late culminant」の局在画像 |
fruiting body | 発生時期「fruiting body」の局在画像 |
データ名 | cDNAクローンの発生時期別の局在画像ファイル |
データ内容の説明 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報の画像の一覧。990件。 |
データファイル | dicty_atlas_image_list.zip (7KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
Clone name | クローン名 |
Stage | 発生時期 |
Image | 画像ファイル。TogoDB版の表示では、画像が表示される。TogoDB版のダウンロードファイルやアーカイブファイルには画像のURLが記載される。 |
データ名 | cDNAクローンの発生時期別の局在画像ファイル |
データ内容の説明 |
Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報の画像ファイル。
JPEG形式の990ファイル。画像ファイル名は、以下の規則で名付けされている。 「(クローン名)_(発生段階)(発生段階の通し番号).jpg 」 例:sla128_culminant1.jpg の場合 クローン名:sla128 発生段階: culminant 通し番号: 1 |
データファイル | dicty_atlas_images.zip (125MB) |
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筑波大学大学院生命環境科学研究科
漆原 秀子
TEL: 029-853-4664
FAX: 029-853-6614
E-mail: hideko[at]biol[dot]tsukuba[dot]ac[dot]jp
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更新日 | 更新内容 |
2015/01/09 | データベースの説明の以下の情報を変更
|
2010/03/04 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2004/04/02 | データ更新 |
2003/10 | Atlas (ISH Data Base)(http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/~tools/bin/ISH/index.html)で公開開始 |
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