Atlas (ISH Data Base)

2015/01/09

FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/dicty_atlas

シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができる。 また、部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができる。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. cDNAクローンの発生時期別の局在画像
  3. cDNAクローンの発生時期別の局在画像リスト
  4. cDNAクローンの発生時期別の局在画像ファイル
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Atlas (ISH Data Base)」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 cDNAクローンの発生時期別の局在画像

データ名 cDNAクローンの発生時期別の局在画像
データ内容の説明 Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。 158件。
データファイル dicty_atlas.zip (8KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
項目名 項目の説明
Clone name クローン名
Expression pattern 発現パターン(prespore(予定胞子) / prestalk(予定柄細胞) )
Gene name 遺伝子名
Product 産物
Accession number アクセッションナンバー
mound 発生時期「mound」の局在画像
tipped mound 発生時期「tipped mound」の局在画像
standing slug 発生時期「standing slug」の局在画像
young slug 発生時期「young slug」の局在画像
migrating slug 発生時期「migrating slug」の局在画像
slug 発生時期「slug」の局在画像
mexican hat 発生時期「mexican hat」の局在画像
culminant 発生時期「culminant」の局在画像
mid culminant 発生時期「mid culminant」の局在画像
late culminant 発生時期「late culminant」の局在画像
very late culminant 発生時期「very late culminant」の局在画像
fruiting body 発生時期「fruiting body」の局在画像

2.3 cDNAクローンの発生時期別の局在画像リスト

データ名 cDNAクローンの発生時期別の局在画像ファイル
データ内容の説明 Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報の画像の一覧。990件。
データファイル dicty_atlas_image_list.zip (7KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Clone name クローン名
Stage 発生時期
Image 画像ファイル。TogoDB版の表示では、画像が表示される。TogoDB版のダウンロードファイルやアーカイブファイルには画像のURLが記載される。

2.4 cDNAクローンの発生時期別の局在画像ファイル

データ名 cDNAクローンの発生時期別の局在画像ファイル
データ内容の説明 Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報の画像ファイル。 JPEG形式の990ファイル。画像ファイル名は、以下の規則で名付けされている。
「(クローン名)_(発生段階)(発生段階の通し番号).jpg 」
例:sla128_culminant1.jpg の場合
クローン名:sla128
発生段階: culminant
通し番号: 1
データファイル dicty_atlas_images.zip (125MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/03/05

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Atlas (ISH Data Base), Copyright© 2010 前田ミネ子・漆原秀子 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒305-8572 茨城県つくば市天王台1-1-1
筑波大学大学院生命環境科学研究科
漆原 秀子
TEL: 029-853-4664
FAX: 029-853-6614
E-mail: hideko[at]biol[dot]tsukuba[dot]ac[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2015/01/09 データベースの説明の以下の情報を変更
  • データベース運用場所
  • オリジナルサイト
  • 統括サイト
2010/03/04 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2004/04/02 データ更新
2003/10 Atlas (ISH Data Base)(http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/~tools/bin/ISH/index.html)で公開開始
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5. 参考文献

Maeda M, Sakamoto H, Iranfar N, Fuller D, Maruo T, Ogihara S, Morio T, Urushihara H, Tanaka Y, Loomis WF.
Changing patterns of gene expression in dictyostelium prestalk cell subtypes recognized by in situ hybridization with genes from microarray analyses.
Eukaryot Cell. 2003 Jun;2(3):627-37.
PMID: 12796308
Maruo T, Sakamoto H, Iranfar N, Fuller D, Morio T, Urushihara H, Tanaka Y, Maeda M, Loomis WF.
Control of cell type proportioning in Dictyostelium discoideum by differentiation-inducing factor as determined by in situ hybridization.
Eukaryot Cell. 2004 Oct;3(5):1241-8.
PMID: 15470253

6.連絡先

「Atlas (ISH Data Base)」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒305-8572 茨城県つくば市天王台1-1-1
筑波大学大学院生命環境科学研究科
漆原 秀子
TEL: 029-853-4664
FAX: 029-853-6614
E-mail: hideko[at]biol[dot]tsukuba[dot]ac[dot]jp

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