全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプと連鎖不平衡構造のデータベース
データ名 | README |
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データ内容 | 「D-HaploDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html (日本語) |
データ名 | SNP 一覧 (Phase II) |
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データ内容の説明 | D2(Phase II)のSNP一覧。 |
データファイル | dhaplo_d2_snp_list.zip (16.6MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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RefSNP ID | RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク) |
Affy/Perlegen ID | Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。 |
Chromosome | SNPが存在する染色体。 |
Position | SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 35) |
Alleles | 対立遺伝子。 |
MAF | SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency) |
Genotypes | 74セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。 |
LD bin | LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク) |
tagSNP | tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: tagSNPである。 0: tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 |
Best tagSNP | Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: Best tagSNPである。 0: Best tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 |
データ名 | SNP 一覧 (Phase III) |
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データ内容の説明 | D3(Phase III)のSNP一覧(1M SNP、87サンプル分)。 |
データファイル | dhaplo_d3_snp_list.zip (23.9MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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RefSNP ID | RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク) |
Affy/Perlegen ID | Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。 |
Chromosome | SNPが存在する染色体。 |
Position | SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 36) |
Alleles | 対立遺伝子。 |
MAF | SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency) |
Genotypes | 87セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。 |
LD bin | LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク) |
tagSNP | tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: tagSNPである。 0: tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 |
Best tagSNP | Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: Best tagSNPである。 0: Best tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 |
データ名 | LD bin 一覧 (Phase II) |
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データ内容の説明 | D2(Phase II)のLD bin 一覧。 |
データファイル | dhaplo_d2_ld_bin_list.zip (3.0MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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LD bin | LD binの名称。 |
Chromosome | LD binが存在する染色体。 (Chr1~Chr22, ChrX) |
Position Start | LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 35) |
Position End | LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 35) |
SNPs Count | LD binに含まれるSNPの数。 |
tagSNPs Count | LD binに含まれるtagSNPの数。 |
Best tagSNP | LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク) |
データ名 | LD bin 一覧 (Phase III) |
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データ内容の説明 | D3(Phase III)のLD bin一覧。 |
データファイル | dhaplo_d3_ld_bin_list.zip (3.1MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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LD bin | LD binの名称。 |
Chromosome | LD binが存在する染色体。 (Chr1~Chr22, ChrX) |
Position Start | LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 36) |
Position End | LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 36) |
SNPs Count | LD binに含まれるSNPの数。 |
tagSNPs Count | LD binに含まれるtagSNPの数。 |
Best tagSNP | LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク) |
データ名 | Genotype Data (Phase II) |
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データ内容の説明 | D2(Phase II)の遺伝子型データ。 |
データファイル | mole_info_DhaploD2.txt.gz (13.7MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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rs | RefSNP accession ID (rs number) |
chr | SNPが存在する染色体の番号 (1-22,X) |
pos | SNPの染色体上の位置 |
allele1 | 対立遺伝子1 |
allele2 | 対立遺伝子2 |
gtype | 74セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型 |
データ名 | Genotype Data (Phase III) |
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データ内容の説明 | D3(Phase III)の遺伝子型データ(876K SNP、87サンプル分)。 |
データファイル | mole_info_DhaploD3.txt.gz (23.8MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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chr | 染色体番号 (1-22,X) |
sample | データセットの名称 |
rs | RefSNP accession ID (rs number) |
pos | 染色体上の位置 |
allele1 | 対立遺伝子1 |
allele2 | 対立遺伝子2 |
gtype | 87セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型 |
ss | Affymetrix社のマイクロアレイでのユニークID |
データ名 | LD_bin Data (Phase II) |
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データ内容の説明 | D2(Phase II)の連鎖不平衡領域(LD bin)の算出結果。 |
データファイル | bin_2R80M5.gff.gz (GFF形式) (12.1MB) |
カラム番号 | GFF形式上での定義 | 項目の説明 |
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#1 | seqname | SNPの存在する染色体。(e.g. Chr1) |
#2 | source | データセットの名称。(e.g. CHM_2R80M5Z) |
#3 | feature | データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。 (e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES) |
#4 | start | SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 35) |
#5 | end | SNP、またはbin右端の染色体上の位置。 |
#6 | score | LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に"." |
#7 | strand | (常に"+") |
#8 | frame | (常に".") |
#9 | attributes | 次の複数のデータを含む項目。 ld_bin: LD binの名称(これ以外はLD_BIN行にのみ存在) RSID: RefSNP ID (rs番号) tagging: tagSNPかどうかを示すフラグ besttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ SNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID (e.g. ld_bin 2R80M5Z_10_1 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939) |
データ名 | LD_bin Data (Phase III) |
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データ内容の説明 | D3(Phase III)の連鎖不平衡領域(LD bin)の算出結果。 |
データファイル | bin_3R80M5Zb36.gff.gz (GFF形式) (12.8MB) |
カラム番号 | GFF形式上での定義 | 項目の説明 |
---|---|---|
#1 | seqname | SNPの存在する染色体。(e.g. Chr1) |
#2 | source | データセットの名称。(e.g. CHM_3R80M5Z) |
#3 | feature | データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。 (e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES) |
#4 | start | SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 36) |
#5 | end | SNP、またはbin右端の染色体上の位置。 |
#6 | score | LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に"." |
#7 | strand | (常に"+") |
#8 | frame | (常に".") |
#9 | attributes | 次の複数のデータを含む項目。 ld_bin: LD binの名称(これ以外はLD_BIN行にのみ存在) RSID: RefSNP ID (rs番号) tagging: tagSNPかどうかを示すフラグ besttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ SNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID (e.g. ld_bin 3R80M5Z_10_2 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939) |
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本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:
データベース作成者連絡先:
金城学院大学薬学部
田平 知子
E-mail: ttahira[at]kinjo-u[dot]ac[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
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2016/12/13 | オリジナルサイトに関する記載を更新 |
2011/08/25 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2005/07/20 | D-HaploDB (http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp/) で公開開始 |
金城学院大学薬学部
田平 知子
E-mail: ttahira[at]kinjo-u[dot]ac[dot]jp