DGSP - Drosophila Gene Search Project Database
2010/03/31WebSite: http://gsdb.biol.metro-u.ac.jp/~dclust/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dgsp
ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のマップ情報、挿入サイトのゲノム配列、近傍の遺伝子、強制発現される遺伝子、特定のGAL4を使って強制発現を誘導した時に生じる表現型情報が登録されている。
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「DGSP」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 GS系統リスト
| データ名 | GS系統リスト |
| データ内容の説明 | ショウジョウバエGS系統の関連情報 |
| データファイル | dgsp_all_mapped_gs_line.zip (178KB) |
| 項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
|---|---|---|---|
| strain# | ○ | 系統番号 | |
| chromosome | 挿入先染色体 | ||
| cytological map | 染色体領域（細胞学的地図上の位置） | ||
| nucleotide map | 挿入部位（ゲノムリリース4.1上の位置） | ||
| vector version | ベクターのバージョン | ||
| available from | GS系統の入手先 | ||
| genotype | 遺伝子型 |
2.3 アクセッション番号リスト
| データ名 | アクセッション番号リスト |
| データ内容の説明 | 挿入サイトの配列情報と、配列に対応するINSDのアクセッション番号の対応表。 |
| データファイル | dgsp_gs_acn.zip (103KB) |
| 項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
|---|---|---|---|
| EntryName | ○ | 配列のエントリー番号 | |
| GS strain number | ○ | GS系統の番号 | |
| 3p/5p | シークエンシングの読取り方向（３’側 または５’側） | ||
| vector version | ○ | ベクターバージョン | |
| Accession Number | アクセッション番号（TogoDB版ではNCBI GenBankにリンク） |
2.4 GSベクター情報
| データ名 | GSベクター情報 |
| データ内容の説明 | GSベクターの構成と塩基配列情報。 |
| データファイル | dgsp_vector.zip (9KB) |
| 項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
|---|---|---|---|
| Vector name | ○ | GSベクター名(バージョン） | |
| Vector Map | ベクターのマップ | ||
| Sequence | 塩基配列 | ||
| Component1 name | 構成要素1の名前 | ||
| Component1 from | 構成要素1の開始位置 | ||
| Component1 to | 構成要素1の終点位置 | ||
| Component2 name | 構成要素2の名前 | ||
| Component2 from | 構成要素2の開始位置 | ||
| Component2 to | 構成要素2の終点位置 | ||
| Component3 name | 構成要素3の名前 | ||
| Component3 from | 構成要素3の開始位置 | ||
| Component3 to | 構成要素3の終点位置 | ||
| Component4 name | 構成要素4の名前 | ||
| Component4 from | 構成要素4の開始位置 | ||
| Component4 to | 構成要素4の終点位置 | ||
| Component5 name | 構成要素5の名前 | ||
| Component5 from | 構成要素5の開始位置 | ||
| Component5 to | 構成要素5の終点位置 | ||
| Component6 name | 構成要素6の名前 | ||
| Component6 from | 構成要素6の開始位置 | ||
| Component6 to | 構成要素6の終点位置 | ||
| Component7 name | 構成要素7の名前 | ||
| Component7 from | 構成要素7の開始位置 | ||
| Component7 to | 構成要素7の終点位置 |
3. 本データベースの利用許諾
本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。
3.1 標準利用許諾
本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”DGSP, Copyright© 2010 相垣 敏郎 （首都大学東京） licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
3.2 追加利用許諾
1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。
2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。
3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
〒192-0397 東京都八王子市南大沢１－１
首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室
E-mail: gsdb[at]cgen[dot]biol[dot]metro-u[dot]ac[dot]jp
3.3 本データベースへのリンクについて
本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2010/03/31 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
5. 参考文献
Toba G, Ohsako T, Miyata N, Ohtsuka T, Seong KH, Aigaki T. The gene search system. A method for efficient detection and rapid molecular identification of genes in Drosophila melanogaster.Genetics. 1999 Feb;151(2):725-37.
PMID: 9927464
6.連絡先
「DGSP」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒192-0397 東京都八王子市南大沢１－１
首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室
E-mail: gsdb[at]cgen[dot]biol[dot]metro-u[dot]ac[dot]jp