DB-SPIRE

2017/02/16

Web Site: （運用終了） http://mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dbspire/

実験的または配列解析によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. PROSITEリスト
  3. PROSITE情報
  4. PROSITE - PDB SEQRESマッチングデータ
  5. BLOCKSリスト
  6. BLOCKS情報
  7. BLOCKS - PDBマッチングデータ
  8. BLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータ
  9. BLOCKS - PDB ATOMマッチングデータ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「DB-SPIRE」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 PROSITEリスト

データ名 PROSITEリスト
データ内容の説明

PROSITEのエントリとPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況を示したリストです。
データファイル dbspire_prosite_list.zip (29.1 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
prositeLisAC PROSITE DO番号
PROSITE Info prositeLisACに対応するPROSITE情報のエントリにリンク（簡易検索のみ）
prositeLisFamilySize PROSITE DO番号に対応するACの個数
prositeLisDE PROSITE DO番号に対応するdescription
prositeLisPatternSize PROSITE DO番号に対応するパターンACの個数
prositeLisRuleSize PROSITE DO番号に対応するルールACの個数
prositeLisRuleWithPASize PROSITE DO番号に対応するパターン・ルールACの個数
prositeLisRuleWithMASize PROSITE DO番号に対応するマトリクス・ルールACの個数
prositeLisMatrixSize PROSITE DO番号に対応するマトリクスACの個数
prosite3dLisIdSize PROSITEのデータベースにアノテーションされているPROSITE DO番号に対応するPDBの個数
prosite3dSeqIdLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数
prosite3dSeqChainLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数
prosite3dAtomIdLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数
prosite3dAtomChainLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数
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2.3 PROSITE情報

データ名 PROSITE情報
データ内容の説明

PROSITEリストに対応するPROSITEエントリ情報とPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況のデータです。
データファイル dbspire_prosite_info.zip (54.8 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
prositeAC PROSITE AC番号
PDB SEQRES prositeACに対応するPROSITE - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）
prositeID PROSITE ID
prositeIDType ACのタイプ
prositeDE 当該PROSITEエントリの説明
prositeDO PROSITE DO番号
prosite3dSize PROSITEデータベースで、本エントリにアノテーション付けされたPDBの個数
prosite3dSeqIdSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数
prosite3dSeqChainSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数
prosite3dAtomIdSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数
prosite3dAtomChainSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数
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2.4 PROSITE - PDB SEQRESマッチングデータ

データ名 PROSITE - PDB SEQRESマッチングデータ
データ内容の説明

本データベースでPROSITEエントリに対応するSEQRES配列とマッチしたPDBエントリとチェインの配列番号
データファイル dbspire_prosite_pdb_seq.zip (4.1 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
prositeAC PROSITE AC番号
pdbID PDB ID
pdbChain PDBチェイン
pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号
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2.5 BLOCKSリスト

データ名 BLOCKSリスト
データ内容の説明

BLOCKSのエントリとPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況を示したリストです。
データファイル dbspire_blocks_list.zip (113 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
blocksFamilyAC BLOCKSデータベースのファミリーAC番号
BLOCKS Info blocksFamilyACに対応するBLOCKS情報のエントリにリンク（簡易検索のみ）
blocksType このACの由来（PRINTSまたはPROTOMAT）
blocksFamilySize 同じファミリーAC番号を持つBLOCKSエントリの個数
blocksPrints PRINTSデータベースのAC番号（blocksTypeがPRINTSの場合のみ）
blocksName BLOCKSデータベースの当該エントリの説明
blocks3dIdFamilySize MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数
blocks3dChainFamilySize MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数
blocks3dSeqIdFamilySize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数
blocks3dSeqChainFamilySize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数
blocks3dAtomIdFamilySize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数
blocks3dAtomChainFamilySize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数
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2.6 BLOCKS情報

データ名 BLOCKS情報
データ内容の説明

BLOCKSリストに対応するBLOCKSエントリ情報とPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況のデータです。
データファイル dbspire_blocks_info.zip (305 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号
PDB SEQRES BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）
PDB ATOM BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB ATOMマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）
blocksACFamily 本エントリのファミリーAC番号
Family VS PDB ファミリーAC番号に対応するBLOCKS - PDBマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）
blocksID BLOCKS ID
blocksDE 本エントリの説明
blocks3dIdSize MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数
blocks3dChainSize MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数
blocks3dSeqIdSize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数
blocks3dSeqChainSize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数
blocks3dAtomIdSize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数
blocks3dAtomChainSize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数
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2.7 BLOCKS - PDBマッチングデータ

データ名 BLOCKS - PDBマッチングデータ
データ内容の説明

本データベースでBLOCKSエントリとマッチしたPDBエントリとチェインのデータ
データファイル dbspire_blocks_pdb.zip (512 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
blocksFamilyAC BLOCKSデータベースのファミリーAC番号
pdbID PDB ID
pdbChain PDBチェイン
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2.8 BLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータ

データ名 BLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータ
データ内容の説明

本データベースでBLOCKSエントリに対応したSEQRES配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ
データファイル dbspire_blocks_pdb_seq.zip (6.4 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号
pdbID PDB ID
pdbChain PDBチェイン
pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号
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2.9 BLOCKS - PDB ATOMマッチングデータ

データ名 BLOCKS - PDB ATOMマッチングデータ
データ内容の説明

本データベースでBLOCKSエントリに対応したATOM配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ
データファイル dbspire_blocks_pdb_atom.zip (6.2 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号
pdbID PDB ID
pdbChain PDBチェイン
pdbIndex ATOM行の開始番号
pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/02/16

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”DB-SPIRE © 野口 保 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
野口 保
Tel: 042-495-8736
E mail: noguchit[at]my-pharm[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2017/02/16 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2005/04/01 DB-SPIRE (http://mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE)で公開開始
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5. 参考文献

-
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6. 連絡先

「DB-SPIRE」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

野口 保
Tel: 042-495-8736
E mail: noguchit[at]my-pharm[dot]ac[dot]jp

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