CREATE portal
2016/03/16HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/create-portal/
274種類のマウスKIAA遺伝子の発現を解析したInGaPと、50種類のマウスKIAAタンパク質のタンパク質相互作用を解析したInCePを収録したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「CREATE portal」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 InGaP
| データ名 | InGaP |
| データ内容の説明 | mKIAA遺伝子のマウス臓器や培養細胞株での発現 |
| データファイル | create_portal_ingap.zip (57.6 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| mKIAA No. | マウスKIAAの遺伝子番号 |
| Clone name | クローン名 |
| Accession No. | DDBJ/GenBank/EMBLデータベース登録番号 |
| Alias Name | 遺伝子名 |
| Antigen size | 抗原の大きさ |
| Antigen solubility | 抗原の可溶性 |
| Homolog human clone | 相同なヒトクローン名 |
| Reference protein | 参照タンパク質 |
| Predicted molecular weight | 予想される分子量 |
| Predicted gene function | 予想される遺伝子機能（ジーンオントロジー番号） |
| Antigen sequence name | 抗原の配列名 |
| Antigen sequence | 抗原のアミノ酸配列 |
| Purification tag | 精製タグの状況 |
| Western blot (adult organs) | ウェスタンブロットの結果（成体マウスの臓器） |
| Western blot (cell lines) | ウェスタンブロットの結果（培養細胞株） |
| Infrared Fluorescence scanner (cerebellum) | 赤外蛍光による観察（小脳） |
| Infrared Fluorescence scanner (forebrain 1) | 赤外蛍光による観察（前脳１） |
| Infrared Fluorescence scanner (forebrain 2) | 赤外蛍光による観察（前脳２） |
| Confocal laser scanning microscope (neocortex 1) | 共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質１） |
| Confocal laser scanning microscope (neocortex 2) | 共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質２） |
| confocal laser scanning microscope (hippocampus) | 共焦点レーザー顕微鏡による観察（海馬） |
| Confocal laser scanning microscope (cerebellum) | 共焦点レーザー顕微鏡による観察（小脳） |
| Immunoprecipitation | 免疫沈降の結果 |
| Mascot search results | 質量分析でのMascot解析の結果 |
| Ectopic expression (phase) | 培養細胞でのKIAAの発現（位相差像） |
| Ectopic expression (fluoro) | 培養細胞でのKIAAの発現（蛍光像） |
| mKIAA cDNA array analysis | マウスKIAA cDNAのアレイ実験の結果 |
2.3 InCeP
| データ名 | InCeP |
| データ内容の説明 | mKIAAの細胞内情報伝達経路 |
| データファイル | create_portal_incep.zip (1 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| mKIAA No. | マウスKIAAの遺伝子番号 |
| Pathway image | 情報伝達経路のイメージ |
| KeyMolnet file | KeyMolnetソフト由来のファイル |
| Reference | 関連論文 |
2.4 InCeP画像
| データ名 | InCeP画像 |
| データ内容の説明 | mKIAAの細胞内情報伝達経路の画像ファイル |
| データファイル | create_portal_images.zip (13.4 MB) |
2.5 KeyMolnet data
| データ名 | KeyMolnet data |
| データ内容の説明 | mKIAAの細胞内情報伝達経路のKeyMolnetファイル |
| データファイル | create_portal_keymolnet.zip (7.1 MB) |
2.6 Mascot search results
| データ名 | Mascot search results |
| データ内容の説明 | Mascot解析結果ファイル |
| データファイル | create_portal_mascot.zip (321 KB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/03/16
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”CREATE portal © 古閑 比佐志 (かずさDNA研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人 かずさDNA研究所
E-mail: qa-kdri[at]kazusa[dot]or[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/03/16 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
5. 参考文献
Koga H, Yuasa S, Nagase T, Shimada K, Nagano M, Imai K, Ohara R, Nakajima D, Murakami M, Kawai M, Miki F, Magae J, Inamoto S, Okazaki N, Ohara O.A comprehensive approach for establishment of the platform to analyze functions of KIAA proteins II: public release of inaugural version of InGaP database containing gene/protein expression profiles for 127 mouse KIAA genes/proteins
DNA Research/2004年8月/4号
PMID: 15500254
Murakami M, Shimada K, Kawai M, Koga H.
InCeP: intracellular pathway based on mKIAA protein-protein interactions
DNA Research/2005年10月/5号
PMID: 16769695
6. 連絡先
「CREATE portal」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人 かずさDNA研究所
E-mail: qa-kdri[at]kazusa[dot]or[dot]jp