ConfC
2016/09/20HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/confc/
PDB (Protein Data Bank)内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「ConfC」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 タンパク質結合による構造変化のデータ
| データ名 | タンパク質結合による構造変化のデータ |
| データ内容の説明 | タンパク質配列の相同性が90%以上で、重ね合わせたタンパク質構造の原子間の距離が20Å以上のタンパク質ペアを登録する。 |
| データファイル | confc_all.zip (14.2 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| confID | このテーブルのID |
| classID | 構造変化のクラスの情報も含むID |
| index | レコードのインデックス |
| pdbIDA | 構造比較したPDBのＩD（Ａ） |
| pdbIDB | 構造比較したPDBのＩD（Ｂ） |
| pdbChainA | 構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ） |
| pdbChainB | 構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ） |
| confDatafile | 構造解析結果ファイル(zip形式)へのリンク |
| confClass | 構造変化の種類（結合分子の種類） |
| confName | 構造変化の名前（結合分子の情報） |
| dmax | 重ね合わせたタンパク質構造の原子間距離の最大値 |
| rmsd | 重ね合わせたタンパク質構造のRMSD値 |
| identity | タンパク質配列の一致度 |
2.3 タンパク質結合による構造変化の補助データ
| データ名 | タンパク質結合による構造変化の補助データ |
| データ内容の説明 | 二面角φ、ψのZ scoreをもとに、構造変化の大きい部位のデータを登録する。 |
| データファイル | confc_part.zip (231 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| confID | ConfAllテーブルのＩＤ |
| siteNo | N端から数えたsiteの番号 |
| siteStart1 | 構造1におけるsiteのN端の二面角番号 |
| siteStartR1 | 構造1におけるsiteのN端の残基番号 |
| siteEnd1 | 構造1におけるsiteのC端の二面角番号 |
| siteEndR1 | 構造1におけるsiteのC端の残基番号 |
| siteLength1 | 構造１の残基長 |
| siteStart2 | 構造２におけるsiteのN端の二面角番号 |
| siteStartR2 | 構造２におけるsiteのN端の残基番号 |
| siteEnd2 | 構造２におけるsiteのC端の二面角番号 |
| siteEndR2 | 構造２におけるsiteのC端の残基番号 |
| siteLength2 | 構造２の残基長 |
| phiMax | 二面角φの変化の最大値 |
| psiMax | 二面角ψの変化の最大値 |
2.4 進化的構造変化データ
| データ名 | 進化的構造変化データ |
| データ内容の説明 | タンパク質配列の置換や挿入・欠損などによる構造変化の情報を登録する |
| データファイル | confc_ev.zip (373 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| confEVID | このテーブルのID |
| pdbIDA | 構造比較したPDBのＩD（Ａ） |
| pdbIDB | 構造比較したPDBのＩD（Ｂ） |
| pdbChainA | 構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ） |
| pdbChainB | 構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ） |
| identity | 配列一致率 |
| indelSize | 解析した挿入・欠損の数 |
| alignment | 配列のアライメント |
| indel | 挿入・欠損の解析結果 |
2.5 構造的ゆらぎデータ
| データ名 | 構造的ゆらぎデータ |
| データ内容の説明 | タンパク質立体構造データベースPDBの温度因子の値を用いて、構造的ゆらぎ（構造がゆらいでいる）領域を登録する。 |
| データファイル | confc_disorder.zip (3.7 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| confID | このテーブルのID |
| classID | 構造変化のクラス |
| pdbID | PDB ID |
| pdbChain | PDBチェインID |
| method | 実験方法 |
| program | リファイメントプログラム |
| temperature | 実験時の温度 |
| resolution | 解像度 |
| Rfactor | R因子 |
| depositDate | 登録日 |
| depositDateClass | 日付の書式 |
| ECnumber | EC番号 |
| SCOPID | SCOP ID |
| domainNumber | ドメイン数 |
| complex | 複合体の種類 |
| SEQRESLength | SEQRESの残基長 |
| ATOMLength | ATOMの残基長 |
| REMARK465 | REMARK 465（消失残基記述行）の使用の有無 |
| disorderNumber | ディスオーダー領域の数 |
| disSumLength | ディスオーダー残基の総数 |
| maxDisLength | 最長のディスオーダー領域 |
| minDisLength | 最短のディスオーダー領域 |
| disSeqresPosition | SEQRESでのディスオーダー領域の位置 |
| disAtomPosition | ATOMでのディスオーダー領域の位置 |
| temperatureFactorAve | 温度因子の平均 |
| temperatureFactorStddev | 温度因子の標準偏差 |
| checkOccupy | 1.00未満のOCCUPANCYの使用の有無 |
| modelNumber | MODEL NUMBERの使用の有無 |
2.6 構造解析結果
| データ名 | 構造解析結果 |
| データ内容の説明 | PDBファイルの構造解析を行った結果（生データ） 各解析結果は、「タンパク質結合による構造変化のデータ」テーブルからリンクされている |
| データファイル | confc_datafile.zip (63.9 MB) |
2.7 タンパク質立体構造イメージ
| データ名 | タンパク質立体構造イメージ |
| データ内容の説明 | 構造的ゆらぎのあるタンパク質立体構造のイメージ 各イメージは、「構造的ゆらぎデータ」テーブルからリンクされている |
| データファイル | confc_structure_image.zip (1.3 GB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/09/20
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”ConfC © 野口 保(産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
野口 保
Tel: 042-495-8736
E-mail: noguchit[at]my-pharm[dot]ac[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/09/20 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2005/05/01 | ConfC (http://mbs.cbrc.jp/ConfC/) で公開開始 |
5. 参考文献
野口 保タンパク質構造変化部位データベースの構築
第5回日本蛋白質科学会年会プログラム/2005/6
6. 連絡先
「ConfC」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
野口 保
Tel: 042-495-8736
E-mail: noguchit[at]my-pharm[dot]ac[dot]jp