ConfC

2016/09/20

FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/confc/

PDB (Protein Data Bank)内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. タンパク質結合による構造変化のデータ
  3. タンパク質結合による構造変化の補助データ
  4. 進化的構造変化データ
  5. 構造的ゆらぎデータ
  6. 構造解析結果
  7. タンパク質立体構造イメージ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「ConfC」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 タンパク質結合による構造変化のデータ

データ名 タンパク質結合による構造変化のデータ
データ内容の説明 タンパク質配列の相同性が90%以上で、重ね合わせたタンパク質構造の原子間の距離が20Å以上のタンパク質ペアを登録する。
データファイル confc_all.zip (14.2 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
confID このテーブルのID
classID 構造変化のクラスの情報も含むID
index レコードのインデックス
pdbIDA 構造比較したPDBのID(A)
pdbIDB 構造比較したPDBのID(B)
pdbChainA 構造比較したPDBのチェインID(A)
pdbChainB 構造比較したPDBのチェインID(B)
confDatafile 構造解析結果ファイル(zip形式)へのリンク
confClass 構造変化の種類(結合分子の種類)
confName 構造変化の名前(結合分子の情報)
dmax 重ね合わせたタンパク質構造の原子間距離の最大値
rmsd 重ね合わせたタンパク質構造のRMSD値
identity タンパク質配列の一致度
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2.3 タンパク質結合による構造変化の補助データ

データ名 タンパク質結合による構造変化の補助データ
データ内容の説明 二面角φ、ψのZ scoreをもとに、構造変化の大きい部位のデータを登録する。
データファイル confc_part.zip (231 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
confID ConfAllテーブルのID
siteNo N端から数えたsiteの番号
siteStart1 構造1におけるsiteのN端の二面角番号
siteStartR1 構造1におけるsiteのN端の残基番号
siteEnd1 構造1におけるsiteのC端の二面角番号
siteEndR1 構造1におけるsiteのC端の残基番号
siteLength1 構造1の残基長
siteStart2 構造2におけるsiteのN端の二面角番号
siteStartR2 構造2におけるsiteのN端の残基番号
siteEnd2 構造2におけるsiteのC端の二面角番号
siteEndR2 構造2におけるsiteのC端の残基番号
siteLength2 構造2の残基長
phiMax 二面角φの変化の最大値
psiMax 二面角ψの変化の最大値
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2.4 進化的構造変化データ

データ名 進化的構造変化データ
データ内容の説明 タンパク質配列の置換や挿入・欠損などによる構造変化の情報を登録する
データファイル confc_ev.zip (373 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
confEVID このテーブルのID
pdbIDA 構造比較したPDBのID(A)
pdbIDB 構造比較したPDBのID(B)
pdbChainA 構造比較したPDBのチェインID(A)
pdbChainB 構造比較したPDBのチェインID(B)
identity 配列一致率
indelSize 解析した挿入・欠損の数
alignment 配列のアライメント
indel 挿入・欠損の解析結果
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2.5 構造的ゆらぎデータ

データ名 構造的ゆらぎデータ
データ内容の説明 タンパク質立体構造データベースPDBの温度因子の値を用いて、構造的ゆらぎ(構造がゆらいでいる)領域を登録する。
データファイル confc_disorder.zip (3.7 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
confID このテーブルのID
classID 構造変化のクラス
pdbID PDB ID
pdbChain PDBチェインID
method 実験方法
program リファイメントプログラム
temperature 実験時の温度
resolution 解像度
Rfactor R因子
depositDate 登録日
depositDateClass 日付の書式
ECnumber EC番号
SCOPID SCOP ID
domainNumber ドメイン数
complex 複合体の種類
SEQRESLength SEQRESの残基長
ATOMLength ATOMの残基長
REMARK465 REMARK 465(消失残基記述行)の使用の有無
disorderNumber ディスオーダー領域の数
disSumLength ディスオーダー残基の総数
maxDisLength 最長のディスオーダー領域
minDisLength 最短のディスオーダー領域
disSeqresPosition SEQRESでのディスオーダー領域の位置
disAtomPosition ATOMでのディスオーダー領域の位置
temperatureFactorAve 温度因子の平均
temperatureFactorStddev 温度因子の標準偏差
checkOccupy 1.00未満のOCCUPANCYの使用の有無
modelNumber MODEL NUMBERの使用の有無
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2.6 構造解析結果

データ名 構造解析結果
データ内容の説明 PDBファイルの構造解析を行った結果(生データ)
各解析結果は、「タンパク質結合による構造変化のデータ」テーブルからリンクされている
データファイル confc_datafile.zip (63.9 MB)
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2.7 タンパク質立体構造イメージ

データ名 タンパク質立体構造イメージ
データ内容の説明 構造的ゆらぎのあるタンパク質立体構造のイメージ
各イメージは、「構造的ゆらぎデータ」テーブルからリンクされている
データファイル confc_structure_image.zip (1.3 GB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016/09/20

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”ConfC © 野口 保(産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
野口 保
Tel: 042-495-8736
E-mail: noguchit[at]my-pharm[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2016/09/20 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2005/05/01 ConfC (http://mbs.cbrc.jp/ConfC/) で公開開始
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5. 参考文献

野口 保
タンパク質構造変化部位データベースの構築
第5回日本蛋白質科学会年会プログラム/2005/6

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6. 連絡先

「ConfC」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

野口 保
Tel: 042-495-8736
E-mail: noguchit[at]my-pharm[dot]ac[dot]jp

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