ChIP-Atlas

2020/09/04

Web Site: https://chip-atlas.org/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/chip-atlas/

Sequence Read Archiveで公開されているChIP-Seqデータを再解析したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Experiment list
  3. File list
  4. Analysis list
  5. Antigen list
  6. Cell type list
  7. データディレクトリ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「ChIP-Atlas」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 Experiment list

データ名 Experiment list
データ内容の説明

Sequence Read Archive における Experiment ID に従って分類された ChIP-Seq データのメタデータのリスト。リファレンスゲノムデータ、抗原、細胞株の分類などの情報を含む。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。

データファイル chip_atlas_experiment_list.zip (20 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Experimental ID Experimental ID (SRX, ERX, DRX)
Genome assembly Genome assembly
Antigen class Antigen class
Antigen Antigen
Cell type class Cell type class
Cell type Cell type
Cell type description Cell type description
Processing logs Processing logs (# of reads, % mapped, % duplicates, # of peaks [q < 1E-05])
Title Title submitted by authors
Meta data Meta data submitted by authors
BigWig Link to a BigWig-formatted coverage score binary file.
Peak-call (BED) (q < 1E-05) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-05.
Peak-call (BED) (q < 1E-10) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-10.
Peak-call (BED) (q < 1E-20) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-20.
Peak-call (BigBed) (q < 1E-05) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-05).
Peak-call (BigBed) (q < 1E-10) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-10).
Peak-call (BigBed) (q < 1E-20) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-20).
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2.3 File list

データ名 File list
データ内容の説明

メタデータによる分類に従って結合されたbed ファイルのリストとその分類のリスト。リファレンスゲノム、抗原、細胞株、結合された各実験データのID の情報を含む。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。

データファイル chip_atlas_file_list.zip (28 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
File name File name
Genome assembly Genome assembly
Antigen class Antigen class
Antigen Antigen
Cell type class Cell type class
Cell type Cell type
Threshold Threshold
Experimental IDs included Experimental IDs included
Peak-call (BED) Link to a BED9 + GFF3 format file concatenated and converted from the BED4-formatted peak-call data files of the experiments in the "Experimental IDs included".
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2.4 Analysis list

データ名 Analysis list
データ内容の説明

ChIP-Atlas において提供している Target gene analysis および Colocalization analysis のファイルパスを生成するためのメタデータのリスト。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。

データファイル chip_atlas_analysis_list.zip (131 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Antigen Antigen
Cell type class in Colocalization Cell type class in Colocalization (comma separated)
Recorded (+) or not (-) in Target Genes Target gene analysis performed or not (+/-)
Genome assembly Genome assembly
Target Genes (TSS ±1k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 1 kb of each TSS (transcription start site).
Target Genes (TSS ±5k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 5 kb of each TSS (transcription start site).
Target Genes (TSS ±10k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 10 kb of each TSS (transcription start site).
Colocalization (TSV) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the protein colocalization with the given antigen in the given cell type class.
Colocalization (GML) Link to a GML (Graph Modelling Language) file that describes the protein colocalization in the given cell type class.
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2.5 Antigen list

データ名 Antigen list
データ内容の説明

ChIP-Atlas において提供しているデータに含まれる抗原の名称のリスト。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。

データファイル chip_atlas_antigen_list.zip (715 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Genome assembly Genome assembly
Antigen class Antigen class
Antigen Antigen
Number of experiments Number of experiments
Experimental IDs included Experimental IDs included
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2.6 Cell type list

データ名 Cell type list
データ内容の説明

ChIP-Atlas において提供しているデータに含まれる細胞株の名称のリスト。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。

データファイル chip_atlas_celltype_list.zip (680 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Genome assembly Genome assembly
Cell type class Cell type class
Cell type Cell type
Number of experiments Number of experiments
Experimental IDs included Experimental IDs included
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2.7 データディレクトリ

データ名 データディレクトリ
データ内容の説明

ChIP-Atlas において既報のChIP-Seq データを再解析し得られたデータをリファレンスゲノムデータごとに整理されたディレクトリ内で公開している。各Experiment ごとのデータはBigWig ファイル、Bed ファイル, BigBed ファイルを用意している。抗体と細胞種ごとに結合されたデータはBed ファイルを用意している。また、Target genes analysis およびColocalization analysis で用いたデータも公開している。詳細は https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#peak_browser_doc を参照のこと。

※過去バージョンのデータはダウンロードできません。

データファイル hg19 (25 TB)
hg38 (25 TB)
mm9 (19 TB)
mm10 (19 TB)
ce10 (285 GB)
ce11 (285 GB)
dm3 (872 GB)
dm6 (827 GB)
sacCer3 (194 GB)
rn6 (722 GB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2020/05/14

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”ChIP-Atlas © 沖 真弥 (京都大学) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
〒606-8507 京都市左京区聖護院川原町53 メディカルイノベーションセンター棟 3F
京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座
特定准教授 沖 真弥
E-mail: oki[dot]shinya[dot]3w[at]kyoto-u[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2020/09/04 V19 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2020/05/14 V18 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2020/01/10 V17 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2019/11/08 V16 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2019/04/05 V15 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2018/10/12 V14 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2018/08/02 V13 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2018/05/25 V12 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2018/02/22 V11 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2018/01/15 V10 をリリース
新たに生物種「Rattus norvegicus」を追加し、以下の6つのデータを更新。
2017/10/20 V9 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2017/08/30 V8 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2017/04/19 V7 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2017/03/07 V6 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2016/12/09 V5 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2016/11/01 V4 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2016/10/18 V3 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2016/08/01 V2 をリリース
以下の6つのデータを更新。
2016/06/24 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 (V1)
2015/12/01 ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org/) で公開開始
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5. 参考文献

-
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6. 連絡先

「ChIP-Atlas」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒606-8507 京都市左京区聖護院川原町53 メディカルイノベーションセンター棟 3F
京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座
特定准教授 沖 真弥
E-mail: chip-atlas address

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