BodyParts3D

2011/08/25

WebSite: http://lifesciencedb.jp/bp3d/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/bodyparts3d/

BodyParts3D(http://lifesciencedb.jp/bp3d/)とは、解剖学用語が示す人体の部品 （臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベースです。 このディレクトリには、BodyParts3Dデータベースに登録されている解剖学用語に 対応する３次元人体モデルデータがあります。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. リリースノート(Rel. 2.0)
  3. 3次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応表データ
  4. 臓器、器官間の包含関係記述データ
  5. 複合臓器定義データ
  6. 臓器ID毎のポリゴンメッシュデータ(ポリゴン削減率=95%)
  7. 臓器ID毎のポリゴンメッシュデータ(ポリゴン削減率=99%)
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 BodyParts3Dのダウンロードデータについて説明したHTMLファイルです。
ダウンロードファイル名 README.html （日本語）
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2.2 リリースノート

データ名 リリースノート(Rel. 2.0)
データ内容 前回リリース（Rel.1.0, 2009年2月9日リリース）からの主な変更点を記述したHTMLファイルです。
ダウンロードファイル名 release_2.0.html （日本語）
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2.3 ３次元臓器モデルのＩＤと臓器名称等との対応表

データ名 ３次元臓器モデルのＩＤと臓器名称等との対応表
データ内容の説明 ダウンロード可能な３次元臓器モデルのリストです。 3次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応について記述したタブ区切りテキストファイルです。
データファイル parts_list.txt (日本語) (111KB)
parts_list_e.txt (English) (69KB)

parts_list.txtの各列のデータは以下の通りです。各列タブ区切りです。
parts_list_e.txtでは、「漢字」、「かな」の日本語情報が省略されています。

項目名 項目の説明
id 対応するFMA(Foundational Model of Anatomy)のID(FMAで始まる）。FMAに対応する概念が見当たらない場合は、BPで始まる独自IDを付与
en 英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用
kanji 漢字
kana かな
phase_number データの作成段階、すなわち、クオリティを表現する。原則、フェーズ1から3までの3段階
organ_system 当該臓器が分類される器官系（神経系、循環器系等）
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2.4 臓器、器官間の包含関係記述データ

データ名 臓器、器官間の包含関係記述データ
データ内容の説明 ダウンロード可能な3次元臓器モデルの臓器、器官間の包含(part-of)関係を記述したファイルです。
「BP3D Viewer」(http://lifesciencedb.jp/bp3d)の「Tree」タブ上の「便宜的」タイプの階層です。
データファイル conventional_part_of.txt (106KB)

conventional_part_of.txtの各列のデータは以下の通りです。各列はタブ区切りです。

項目名 項目の説明
id 臓器ID
name 1列目の臓器の英語名
part id 1, 2列目の臓器の一部である臓器ID
part name 3列目の臓器(Part ID)の英語名
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2.5 複合臓器定義データ

データ名 複合臓器定義データ
データ内容の説明 BodyParts3Dでは最小単位のポリゴンデータのみを作成しており、これらの組み合わせによって複合的に定義される臓器のデータは 用意していません。このデータは、複合臓器がどの最小単位臓器の集合として構成されているかを上述の「便宜的」階層に基づいて記述しています。
データファイル compound_parts.txt (256KB)

compound_parts.txtの各列のデータは以下の通りです。各列はタブ区切りです。

項目名 項目の説明
id 複合臓器ID
name 1列目の臓器の英語名
primitive id 1,2列目の臓器を構成する最小単位臓器ID
primitive name 3列目の臓器の英語名
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2.6 臓器ID毎のポリゴンメッシュデータ(ポリゴン削減率=95%)

データ名 臓器ID毎のポリゴンデータ1(ポリゴン削減率=95%)
データ内容の説明 zip形式で圧縮されたダウンロードファイルには、各臓器ID毎のポリゴンデータ(Wavefront OBJフォーマット)が複数格納されています。 ポリゴンデータ名は3次元臓器モデルのID+拡張子(.obj)(例：FMA20394.obj)になります。
データファイル BodyParts3D_2.0_obj_95.zip (500MB)
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2.7 臓器ID毎のポリゴンメッシュデータ(ポリゴン削減率=99%)

データ名 臓器ID毎のポリゴンデータ2(ポリゴン削減率=99%)
データ内容の説明 zip形式で圧縮されたダウンロードファイルには、各臓器ID毎のポリゴンデータ(Wavefront OBJフォーマット)が複数格納されています。 ポリゴンデータ名は3次元臓器モデルのID+拡張子(.obj)(例：FMA20394.obj)になります。
データファイル BodyParts3D_2.0_obj_99.zip (121MB)
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ポリゴンデータについて
ポリゴン削減率=95%のデータは、ポリゴン削減率=99%のデータの5倍のポリゴン（三角形）を使っていますので、 より詳細な形状を表現しています。

<参考>

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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/08/25

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”BodyParts3D © ライフサイエンス統合データベースセンター licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

 

データベース作成者連絡先：
大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター
E-mail :info [at] dbcls [dot] rois [dot] ac [dot] jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2011/08/25 利用許諾を更新
2010/08/16 データ更新(release 2.0)
2009/03/18 データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/02/09 データ更新(release 1.0)
2008/08/12 BodyPart3D(http://lifesciencedb.jp/ag/bp3d/)で公開開始
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5. 参考文献

Mitsuhashi N, Fujieda K, Tamura T, Kawamoto S, Takagi T, Okubo K.
BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts.
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D782-5. Epub 2008 Oct 3.
PMID: 18835852

6.連絡先

BodyParts3Dについてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail : info [at] dbcls [dot] rois [dot] ac [dot] jp
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