BodyParts3D

2009/02/09

WebSite: http://lifesciencedb.jp/ag/bp3d/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/bodyparts3d/

BodyParts3D(http://lifesciencedb.jp/ag/bp3d/)とは、解剖学用語が示す人体の部品 (臓器、器官)の位置と形状を3次元人体モデルで記述したデータベースです。 このディレクトリには、BodyParts3Dデータベースに登録されている解剖学用語に 対応する3次元人体モデルデータがあります。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 3次元臓器モデルの座標系の説明図
  3. 3次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応表データ
  4. 臓器、器官間の包含関係記述データ
  5. 臓器ID毎のポリゴンデータ1(ポリゴン削減比= 10.0%)
  6. 臓器ID毎のポリゴンデータ2(ポリゴン削減比= 1.0%)
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 BodyParts3Dのダウンロードデータについて説明したHTMLファイルです。
ダウンロードファイル名 README.txt (日本語)
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2.2 3次元臓器モデルの座標系 の説明図

データ名 3次元臓器モデルの座標系の説明図
データ内容の説明 BodyParts3Dで使用されいてる3次元データモデルの座標系についての説明図です。
データファイル coordinate_sytem.png (28KB)
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2.3 3次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応表

データ名 3次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応表
データ内容の説明 ダウンロード可能な3次元臓器モデルのリストです。 3次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応について記述したタブ区切りテキストファイルです。
データファイル partsList_ja.txt (日本語) (58KB)
partsList.txt (English) (35KB)

PartsList_ja.txtの各列のデータは以下の通りです。各列はタブ区切りです。
PartsList.txtでは、「漢字」、「かな」の日本語情報が省略されています。

項目名 項目の説明
id 対応するFMA(Foundational Model of Anatomy)のID(FMAで始まる)。FMAに対応する概念が見当たらない場合は、BPで始まる独自IDを付与
en 英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用。
kanji 漢字
kana かな
phase_number データの作成段階、すなわち、クオリティを表現する。原則、フェーズ1から3までの3段階
last_updated 最終更新日
organ_system 当該臓器が分類される器官系(神経系、循環器系等)
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2.4 臓器、器官間の包含関係記述データ

データ名 臓器、器官間の包含関係記述データ
データ内容の説明 ダウンロード可能な3次元臓器モデルの臓器、器官間の包含(part-of)関係を記述したファイルです。
データファイル partOf.txt(37KB)

partOf.txtの各列のデータは以下の通りです。各列はタブ区切りです。

項目名 項目の説明
id 臓器ID
name 1列目の臓器の英語名
part id 1, 2列目の臓器の一部である臓器ID
part name 3列目の臓器(Part ID)の英語名
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2.5 臓器ID毎のポリゴンデータ1(ポリゴン削 減比= 10.0%)

データ名 臓器ID毎のポリゴンデータ1(ポリゴン削減比= 10.0%)
データ内容の説明 BodyParts3D Phase2以上の3次元臓器モデルデータで、ポリゴン削減比を10%にしたものです。 zip形式で圧縮されたダウンロードファイルには、各臓器ID毎のポリゴンデータが複数格納されています。 ポリゴンデータ名は3次元臓器モデルのID+拡張子(stl/vtk)になります。
データファイル BodyParts3D-stl-0.1.zip(166MB)
BodyParts3D-vtk-0.1.zip(96MB)
2.5.1 ポリゴンデータについて

「ポリゴン削減比=削減後の三角形数/削減前の三角形数」ですので、 ポリゴン削減比の数字が小さいほどデータ量は少ないですが、形状が保存されていない可能性があります。

<参考>

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2.6 臓器ID毎のポリゴンデータ2(ポリゴン削減比= 1.0%)

データ名 臓器ID毎のポリゴンデータ2(ポリゴン削減比= 1.0%)
データ内容の説明 BodyParts3D Phase2以上の3次元臓器モデルデータで、ポリゴン削減比を1%にしたものです。 zip形式で圧縮されたダウンロードファイルには、各臓器ID毎のポリゴンデータが複数格納されています。 ポリゴンデータ名は3次元臓器モデルのID+拡張子(stl/vtk)になります。
データファイル BodyParts3D-stl-0.01.zip(22MB)
BodyParts3D-vtk-0.01.zip(14MB)

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3. 本データベースの利用許諾

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。
標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

本データベースの標準利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本 の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、”BodyParts3D, Copyright© 2008 ライフサイエンス統合データベースセンター licensed by CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.上記追加利用許諾のもとで、本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
E-mail :info [at] dbcls [dot] rois [dot] ac [dot] jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2009/02/09 データ更新
2008/08/12 データ公開
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5. 参考文献

Mitsuhashi N, Fujieda K, Tamura T, Kawamoto S, Takagi T, Okubo K.
BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts.
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D782-5. Epub 2008 Oct 3.
PMID: 18835852

6.連絡先

BodyParts3Dについてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail : info [at] dbcls [dot] rois [dot] ac [dot] jp
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