多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベース
データ名 | README |
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データ内容 | 「Autophagy Database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html (日本語) |
データ名 | Protein List |
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データ内容の説明 | オートファジー関連タンパク質とそのホモログのリスト。 |
データファイル | autophagy_protein.zip (10.4 MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Organism | タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) |
Function | タンパク質の機能 |
Cluster | タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 |
Symbol | 遺伝子シンボル |
Synonyms | 遺伝子シンボルの別名 |
Gene Name | 遺伝子名 |
Other Name | 遺伝子名の別名 |
Gene ID | NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID |
Nucleotide | NCBI Nucleotide データベースにおける遺伝子のID (バージョン付きアクセション番号) |
GI | NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号) |
Protein | NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) |
Genomic | 当該遺伝子を含むNCBI Nucleotide データベースのゲノムのエントリ |
UniProt | UniProt のアクセション番号 |
Description | UniProt に記載されているタンパク質の名前 |
PDB Structure | PDB ID。構造がターゲットタンパク研究プログラムで決定されたものである場合、PDB ID の左側にターゲットタンパク研究プログラムのロゴが表示される。 |
Predicted Location | WoLF PSORT を用いた細胞内局在予測の結果 |
Complex | タンパク質複合体が形成される場所や複合体の名称 |
Interaction | 当該タンパク質と相互作用するタンパク質のリスト |
Interaction (Human) | 当該タンパク質のヒトにおけるオーソログと相互作用するヒトのタンパク質のリスト |
VaProS | VaProS (構造生命科学分野のデータクラウド) へのリンク (簡易検索サイトのみ) |
Function (UniProt) | UniProt に記載されているタンパク質の機能についての説明 |
UniGene | NCBI UniGene データベースにおけるEST 配列のID |
Related Papers | 関連する文献のPubMed ID |
Dichot ID | Dichot のID |
Predicted Disordered Region | DICHOT 法 (Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26) で予測された天然変性領域 |
Sequence | アミノ酸配列 |
データ名 | Protein-Protein Interaction (Human) |
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データ内容の説明 | ヒトのオートファジー関連タンパク質と相互作用するヒトのタンパク質のリスト。 |
データファイル | autophagy_human_ppi.zip (24.2 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Bait Protein | Bait タンパク質の遺伝子シンボル |
Symbol | Bait タンパク質と相互作用するPrey タンパク質の遺伝子シンボル |
Gene ID | Prey タンパク質のNCBI Gene ID |
Synonyms | Prey タンパク質の遺伝子シンボルの別名 |
Description | Prey タンパク質の説明 |
IPI | International Protein Index。EBI が提供するPrey タンパク質のID |
Protein | NCBI Protein データベースにおけるPrey タンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) |
データ名 | Protein-Protein Interaction |
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データ内容の説明 | ヒト以外のオートファジー関連タンパク質において、それらのタンパク質のヒトにおけるオーソログと相互作用するヒトのタンパク質のリスト。 |
データファイル | autophagy_ppi.zip (6.5 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Cluster | タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 |
Human Interactant | Cluster に属するタンパク質のヒトのオーソログが、相互作用するタンパク質の遺伝子シンボル |
Description | 相互作用するタンパク質の説明 |
Protein Accession | 相互作用するタンパク質のNCBI Protein データベースにおけるID |
データ名 | Dichot |
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データ内容の説明 | タンパク質の立体構造領域 (structural segments) と天然変性領域 (intrinsically disordered segments) を予測する手法であるDICHOT 法 (Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26) を使い、オートファジー関連タンパク質の立体構造領域と天然変性領域を予測したデータ。 |
データファイル | autophagy_dichot.zip (66.9 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Organism | タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) |
Symbol | 遺伝子の略称 |
Protein Accession | NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) |
Length | タンパク質の配列長 |
Known Domains | DICHOT 法により立体構造領域と予測され、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められた領域 |
Novel Domains | DICHOT 法により立体構造領域と予測されたが、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められない領域 |
Disorder Regions | DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域 |
データ名 | Homologs | |||||||||
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データ内容の説明 | オートファジー関連タンパク質の複数生物種間のオーソログ・ホモログのリスト。
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データファイル | autophagy_homolog.zip (60.1 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Function | タンパク質の機能 |
Cluster | タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 |
(生物種の学名) | オーソログ・ホモログのリスト |
データ名 | PI3P |
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データ内容の説明 | オートファジーの進行過程で必須なリン脂質であるホスファチジル・イノシトール3リン酸 (PI3P) に結合する可能性の高いタンパク質のリスト。 |
データファイル | autophagy_pi3p.zip (46.9 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Organism | タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) |
GTOP ID | GTOP データベースにおける遺伝子のID |
Symbol | 遺伝子シンボル |
Synonyms | 遺伝子の別名 |
Gene Name | 遺伝子名 |
Gene ID | NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID |
GI | NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号) |
Protein Accession | NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) |
Description | NCBI Entrez Gene データベースに記載されているタンパク質の説明 |
Predicted Disordered Regions | DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域 |
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創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
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2016/10/13 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2010/04/12 | Autophagy Database (http://tp-apg.genes.nig.ac.jp/autophagy/) で公開開始 |
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