Autophagy Database

2016/10/13

Web Site: http://www.tanpaku.org/autophagy/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/autophagy/

多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Protein List
  3. Protein-Protein Interaction (Human)
  4. Protein-Protein Interaction
  5. Dichot
  6. Homologs
  7. PI3P
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Autophagy Database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
トップに戻る

2.2 Protein List

データ名 Protein List
データ内容の説明

オートファジー関連タンパク質とそのホモログのリスト。
データファイル autophagy_protein.zip (10.4 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名)
Function タンパク質の機能
Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号
Symbol 遺伝子シンボル
Synonyms 遺伝子シンボルの別名
Gene Name 遺伝子名
Other Name 遺伝子名の別名
Gene ID NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID
Nucleotide NCBI Nucleotide データベースにおける遺伝子のID (バージョン付きアクセション番号)
GI NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号)
Protein NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)
Genomic 当該遺伝子を含むNCBI Nucleotide データベースのゲノムのエントリ
UniProt UniProt のアクセション番号
Description UniProt に記載されているタンパク質の名前
PDB Structure PDB ID。構造がターゲットタンパク研究プログラムで決定されたものである場合、PDB ID の左側にターゲットタンパク研究プログラムのロゴが表示される。
Predicted Location WoLF PSORT を用いた細胞内局在予測の結果
Complex タンパク質複合体が形成される場所や複合体の名称
Interaction 当該タンパク質と相互作用するタンパク質のリスト
Interaction (Human) 当該タンパク質のヒトにおけるオーソログと相互作用するヒトのタンパク質のリスト
VaProS VaProS (構造生命科学分野のデータクラウド) へのリンク (簡易検索サイトのみ)
Function (UniProt) UniProt に記載されているタンパク質の機能についての説明
UniGene NCBI UniGene データベースにおけるEST 配列のID
Related Papers 関連する文献のPubMed ID
Dichot ID Dichot のID
Predicted Disordered Region DICHOT 法 (Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26) で予測された天然変性領域
Sequence アミノ酸配列
トップに戻る

2.3 Protein-Protein Interaction (Human)

データ名 Protein-Protein Interaction (Human)
データ内容の説明

ヒトのオートファジー関連タンパク質と相互作用するヒトのタンパク質のリスト。
データファイル autophagy_human_ppi.zip (24.2 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Bait Protein Bait タンパク質の遺伝子シンボル
Symbol Bait タンパク質と相互作用するPrey タンパク質の遺伝子シンボル
Gene ID Prey タンパク質のNCBI Gene ID
Synonyms Prey タンパク質の遺伝子シンボルの別名
Description Prey タンパク質の説明
IPI International Protein Index。EBI が提供するPrey タンパク質のID
Protein NCBI Protein データベースにおけるPrey タンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)
トップに戻る

2.4 Protein-Protein Interaction

データ名 Protein-Protein Interaction
データ内容の説明

ヒト以外のオートファジー関連タンパク質において、それらのタンパク質のヒトにおけるオーソログと相互作用するヒトのタンパク質のリスト。
データファイル autophagy_ppi.zip (6.5 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号
Human Interactant Cluster に属するタンパク質のヒトのオーソログが、相互作用するタンパク質の遺伝子シンボル
Description 相互作用するタンパク質の説明
Protein Accession 相互作用するタンパク質のNCBI Protein データベースにおけるID
トップに戻る

2.5 Dichot

データ名 Dichot
データ内容の説明

タンパク質の立体構造領域 (structural segments) と天然変性領域 (intrinsically disordered segments) を予測する手法であるDICHOT 法 (Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26) を使い、オートファジー関連タンパク質の立体構造領域と天然変性領域を予測したデータ。
データファイル autophagy_dichot.zip (66.9 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名)
Symbol 遺伝子の略称
Protein Accession NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)
Length タンパク質の配列長
Known Domains DICHOT 法により立体構造領域と予測され、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められた領域
Novel Domains DICHOT 法により立体構造領域と予測されたが、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められない領域
Disorder Regions DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域
トップに戻る

2.6 Homologs

データ名 Homologs
データ内容の説明

オートファジー関連タンパク質の複数生物種間のオーソログ・ホモログのリスト。
簡易検索サイトにおける遺伝子シンボルの文字列の色は、それぞれ以下のランクを表している。

1 reviewed 先生方から頂いたリストやオートファジーの雑誌、レビュー等から抜粋したタンパク質
2 orthologous オーソログ探索を行った論文から抜粋したタンパク質
3 homologous 配列による相同性検索の結果、ホモログの可能性があるタンパク質。
ただしアノテーションがついていないタンパク質は灰色で表示される。
データファイル autophagy_homolog.zip (60.1 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Function タンパク質の機能
Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号
(生物種の学名) オーソログ・ホモログのリスト
トップに戻る

2.7 PI3P

データ名 PI3P
データ内容の説明

オートファジーの進行過程で必須なリン脂質であるホスファチジル・イノシトール3リン酸 (PI3P) に結合する可能性の高いタンパク質のリスト。
リスト中のタンパク質は、FYVE ドメインを持つものであるか、またはPX ドメインを持つもののうちでPI3P に特異的に結合すると予測されるものである。
データファイル autophagy_pi3p.zip (46.9 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名)
GTOP ID GTOP データベースにおける遺伝子のID
Symbol 遺伝子シンボル
Synonyms 遺伝子の別名
Gene Name 遺伝子名
Gene ID NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID
GI NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号)
Protein Accession NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)
Description NCBI Entrez Gene データベースに記載されているタンパク質の説明
Predicted Disordered Regions DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016/10/13

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Autophagy Database c 菅原秀明 (国立遺伝学研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒411-8540　静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点　情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日更新内容
2016/10/13 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2010/04/12 Autophagy Database (http://tp-apg.genes.nig.ac.jp/autophagy/) で公開開始
トップに戻る

5. 参考文献

Homma K, Suzuki K, Sugawara H.
The Autophagy Database: an all-inclusive information resource on autophagy that provides nourishment for research.
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D986-90.
PMID: 20972215

トップに戻る

6. 連絡先

「Autophagy Database」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒411-8540　静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点　情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所
E mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp

トップに戻る