ASTRA
2015/11/25Web Site: -
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/astra/
6真核生物種のゲノム中の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「ASTRA」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 遺伝子座
| データ名 | 遺伝子座 |
| データ内容の説明 | 遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン |
| データファイル | astra_locus.zip (887 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Locus ID | データベース固有のlocus ID |
| UniGene ID | UniGene ID |
| Species | 生物種 |
| Chr. No. | 染色体番号 |
| Strand | 鎖 |
| Matched genome | 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のDefinition |
| Matched genome (GI) | 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のGenbank ID |
| Matched genome (RefSeq) | 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のRefSeq ID |
| Gene name | 遺伝子名 |
| Left | 遺伝子座のゲノム上の位置（左） |
| Right | 遺伝子座のゲノム上の位置（右） |
| GO | Gene Ontology |
| Variants | スプライシングバリアントの数 |
| Splicing type | スプライシングタイプ (例：cassette) |
2.3 cDNA
| データ名 | cDNA |
| データ内容の説明 | 遺伝子座に含まれるcDNA |
| データファイル | astra_cdna.zip (3.3 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| cDNA ID | データベース固有のcDNA ID |
| Locus ID | データベース固有のlocus ID |
| Species | 生物種 |
| Chr. No. | 染色体番号 |
| Strand | 鎖 |
| Gene name | 遺伝子名 |
| UniGene ID | UniGene ID |
| cDNA UniGene ID | cDNAのUniGene ID |
| Genbank accession | Genbank アクセション番号 |
| GI | Genbank ID |
| CDS left | cDNAにおけるコーディング領域の位置（左） |
| CDS right | cDNAにおけるコーディング領域の位置（右） |
| Splicing pattern | スプラシングパターン (遺伝子モデル) |
| cDNA sequence length | cDNA 配列長 |
| DOU start | 未成熟(擬似)開始コドンである(true)か否(false)か |
| DOU end | 未成熟(擬似)終止コドンである(true)か否(false)か |
| NMD | ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)が発生し得る(true)か否か(false) |
| Number of exons | cDNA中のエクソンの数 |
| Number of splicing regions | 遺伝子中の選択的スプライシング/転写開始領域の数 |
2.4 エキソン
| データ名 | エキソン |
| データ内容の説明 | バリアントに含まれるエキソン |
| データファイル | astra_exon.zip (5.9 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Exon ID | データベース固有のエキソンID |
| Species | 生物種 |
| Locus ID | データベース固有のlocus ID |
| cDNA ID | データベース固有のcDNA ID |
| Left in cDNA | エキソンのcDNA上の位置(左) |
| Right in cDNA | エキソンのcDNA上の位置(右) |
| Left in genome | エキソンのゲノム上の位置(左) |
| Right in genome | エキソンのゲノム上の位置(右) |
2.5 スプライシングパターン
| データ名 | スプライシングパターン |
| データ内容の説明 | 選択的スプライシング/選択的転写開始のパターン |
| データファイル | astra_splicing_pattern.zip (1.2 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| ID | スプライシングパターンID |
| Species | 生物種 |
| Locus ID | データベース固有のlocus ID |
| Region | 遺伝子座内のスプライシング領域番号 |
| Splicing pattern | 遺伝子座内のスプライシングパターン番号 |
| cDNA ID | データベース固有のcDNA ID |
| Splicing left | スプライシング領域のゲノム上の位置(左) |
| Splicing right | スプライシング領域のゲノム上の位置(右) |
| Splicing pattern | スプライシングパターン(ビット変換) "1"はスプライシング領域を表す |
| Splicing type | スプライシングタイプ |
| NAGNAG | NAGNAG(6bpのアクセプターサイト)か否か |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2015/11/25
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”ASTRA © 長崎 英樹 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
長崎 英樹
E-mail: nagasaki[at]kazusa[dot]or[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/11/25 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2005 | ASTRA (http://alterna.cbrc.jp/) で公開開始 |
5. 参考文献
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O.Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes.
Gene. 2005 Dec 30;364:53-62.
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O.
Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns.
Bioinformatics. 2006 May 15;22(10):1211-6.
6. 連絡先
「ASTRA」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
長崎 英樹
E-mail: nagasaki[at]kazusa[dot]or[dot]jp