シロイヌナズナフェノームデータベース

2017/02/27

Web Site: http://jphenome.info/?page_id=95
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/arabid_pheno/

理研で作成されたシロイヌナズナ変異体観察情報とその表現型のデータ、公刊された文献由来の表現型のデータからなるシロイヌナズナの表現型データベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. シロイヌナズナ変異体観察情報
  3. 参照文献
  4. シロイヌナズナ変異体画像
  5. 植物の表現型
  6. 表現型-遺伝子
  7. 表現型の変異
  8. 実験条件
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「シロイヌナズナフェノームデータベース」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 シロイヌナズナ変異体観察情報

データ名 シロイヌナズナ変異体観察情報
データ内容の説明

表現型観察データは、個々の表現型・変異体作出手法・変異体IDによって区別され、オントロジーで標準化されている。
ここで列挙されている観察情報は、変異体作出手法ごとにまとめられたオリジナルのデータベース(Ds tagging line / Ac activation tagging line/Fox-hunting line)に記載されている表現型観察データと1:1に対応している。

データファイル riken_piam_main.zip (367 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Entry URIエントリのURI
Image変異体の画像
Entry nameエントリ名
Original data nameオリジナルデータベースにおける名前
Observed phenotype観察された表現型
Phenotype URI表現型のURI
Modified gene変異した遺伝子名
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2.3 参照文献

データ名 参照文献
データ内容の説明

表現型情報の根拠となった文献の情報です。

データファイル cpp_reference.zip (475 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Entry URIエントリのURI
Entry nameエントリ名
Titleタイトル
Authors著者
Abstract要旨
Pubmed IDPubmed ID
Journalジャーナル名
Volume
Issue
Pagesページ
Publication date出版日
Num of phenotype gene表現型-遺伝子でこの文献が使われるエントリ数
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2.4 シロイヌナズナ変異体画像

データ名 シロイヌナズナ変異体画像
データ内容の説明

シロイヌナズナ変異体観察情報で使われた変異体の画像

データファイル piam_image.tar.gz (8.4 GB)
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2.5 植物の表現型

データ名 植物の表現型
データ内容の説明

本データベースで扱う表現型は「葉が長い」のように主語(entity)+述語(quality)の組み合わせとして表現可能である。主語・述語に当たるものを以下のようにそれぞれオントロジータームで表現し、標準化している。 主語は器官・組織・発育段階の名称である。その語彙はPlant Ontology(PO)で定義されている。 述語は「性質」に相当する。その語彙は、Phenotype Ontology(PATO) で定義されている。

データファイル riken_piam_phenome.zip (2.3 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Entry URIエントリのURI
Entry nameエントリ名
Entity in PO主語(POの定義)
Quality in PATO述語(PATOの定義)
Num of observation dataシロイヌナズナ変異体観察情報でこの表現型が使われるエントリ数
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2.6 表現型-遺伝子

データ名 表現型-遺伝子
データ内容の説明

文献のキュレーションによって得られた、表現型の変異とそれへの関与が考えられる遺伝子との組み合わせ

データファイル cpp_main.zip (39 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Entry URIエントリのURI
Entry nameエントリ名
Referenceキュレーションした文献
Reference URI文献のURI
Pheno abnormality表現型の変異
Abnormality URI変異のURI
Muteted gene変異した遺伝子名
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2.7 表現型の変異

データ名 表現型の変異
データ内容の説明

文献から収集された表現型には、形態的特徴、環境への応答性など様々なものがある。ここでは、それらの表現型がすべてオントロジータームとプロパティとの組み合わせで表現され、標準化されてリストされている。 形態に関する表現型は、原則的にPlant Ontology (PO)あるいはTrait Ontology (TO)の語彙とPhenotype Ontology (PATO)の語彙の組み合わせで表現される。PATOが「大きい」・「長い」などの性質、POがそれが現れる部位(器官名・組織名)および発育段階などをそれぞれ表す。生化学的な性質・ストレス耐性などの表現型はGene Ontology (GO), ChEBIなどのオントロジーも利用して表現する。 「長日条件」など、ある特定の環境条件で観察される表現型もある。その場合の環境条件は別のクラスにまとめられており、表現型情報からリンクされている。

データファイル cpp_abnormality.zip (12 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Entry URIエントリのURI
Entry nameエントリ名
Experimental condition実験条件
Condition URI実験条件のURI
Quality in PATO述語(PATOの定義)
In organ named~の器官に
In period of~の期間に
In response to organism生物Xに対して
In situation of~の状態で
After~の後で
Under influence of化学物質Xの影響下で
During process named~の過程において
Exhibited by~による
For quantity of~の量について
For state of~の状態が
For trait of~という性質に関して
Num of phenotype gene表現型-遺伝子でこの変異が使われるエントリ数
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2.8 実験条件

データ名 実験条件
データ内容の説明

表現型が発現するための実験条件(環境条件)です。
・光条件など
Plant Environment Ontology (EO)の語彙を用いて表現
・特定の物質の存在・欠乏条件
ChEBIの語彙とプロパティを組み合わせて表現

データファイル cpp_exp_condition.zip (0.8 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Entry URIエントリのURI
Entry nameエントリ名
Descriptionエントリの説明
In environment of~の環境条件で
In presence of物質Xの存在で
In absense of物質Xの欠乏で
Num of phenotype abnormality表現型の変異でこの条件が使われるエントリ数
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/02/27

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”シロイヌナズナフェノームデータベース c 桝屋 啓志 (理化学研究所バイオリソースセンター) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

利用許諾に関する連絡先:
理化学研究所バイオリソースセンター
桝屋 啓志
E-mail:hiroshi[dot]masuya[at]riken[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2017/02/27 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
- シロイヌナズナフェノームデータベース(http://jphenome.info/?page_id=95) で公開開始
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5. 参考文献

-
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6. 連絡先

「シロイヌナズナフェノームデータベース」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

理化学研究所バイオリソースセンター
桝屋 啓志
E-mail:hiroshi[dot]masuya[at]riken[dot]jp

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