理研で作成されたシロイヌナズナ変異体観察情報とその表現型のデータ、公刊された文献由来の表現型のデータからなるシロイヌナズナの表現型データベース
データ名 | README |
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データ内容 | 「シロイヌナズナフェノームデータベース」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html (日本語) |
データ名 | シロイヌナズナ変異体観察情報 |
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データ内容の説明 | 表現型観察データは、個々の表現型・変異体作出手法・変異体IDによって区別され、オントロジーで標準化されている。 |
データファイル | riken_piam_main.zip (367 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Entry URI | エントリのURI |
Image | 変異体の画像 |
Entry name | エントリ名 |
Original data name | オリジナルデータベースにおける名前 |
Observed phenotype | 観察された表現型 |
Phenotype URI | 表現型のURI |
Modified gene | 変異した遺伝子名 |
データ名 | 参照文献 |
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データ内容の説明 | 表現型情報の根拠となった文献の情報です。 |
データファイル | cpp_reference.zip (475 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Entry URI | エントリのURI |
Entry name | エントリ名 |
Title | タイトル |
Authors | 著者 |
Abstract | 要旨 |
Pubmed ID | Pubmed ID |
Journal | ジャーナル名 |
Volume | 巻 |
Issue | 号 |
Pages | ページ |
Publication date | 出版日 |
Num of phenotype gene | 表現型-遺伝子でこの文献が使われるエントリ数 |
データ名 | シロイヌナズナ変異体画像 |
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データ内容の説明 | シロイヌナズナ変異体観察情報で使われた変異体の画像 |
データファイル | piam_image.tar.gz (8.4 GB) |
データ名 | 植物の表現型 |
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データ内容の説明 | 本データベースで扱う表現型は「葉が長い」のように主語(entity)+述語(quality)の組み合わせとして表現可能である。主語・述語に当たるものを以下のようにそれぞれオントロジータームで表現し、標準化している。 主語は器官・組織・発育段階の名称である。その語彙はPlant Ontology(PO)で定義されている。 述語は「性質」に相当する。その語彙は、Phenotype Ontology(PATO) で定義されている。 |
データファイル | riken_piam_phenome.zip (2.3 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Entry URI | エントリのURI |
Entry name | エントリ名 |
Entity in PO | 主語(POの定義) |
Quality in PATO | 述語(PATOの定義) |
Num of observation data | シロイヌナズナ変異体観察情報でこの表現型が使われるエントリ数 |
データ名 | 表現型-遺伝子 |
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データ内容の説明 | 文献のキュレーションによって得られた、表現型の変異とそれへの関与が考えられる遺伝子との組み合わせ |
データファイル | cpp_main.zip (39 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Entry URI | エントリのURI |
Entry name | エントリ名 |
Reference | キュレーションした文献 |
Reference URI | 文献のURI |
Pheno abnormality | 表現型の変異 |
Abnormality URI | 変異のURI |
Muteted gene | 変異した遺伝子名 |
データ名 | 表現型の変異 |
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データ内容の説明 | 文献から収集された表現型には、形態的特徴、環境への応答性など様々なものがある。ここでは、それらの表現型がすべてオントロジータームとプロパティとの組み合わせで表現され、標準化されてリストされている。 形態に関する表現型は、原則的にPlant Ontology (PO)あるいはTrait Ontology (TO)の語彙とPhenotype Ontology (PATO)の語彙の組み合わせで表現される。PATOが「大きい」・「長い」などの性質、POがそれが現れる部位(器官名・組織名)および発育段階などをそれぞれ表す。生化学的な性質・ストレス耐性などの表現型はGene Ontology (GO), ChEBIなどのオントロジーも利用して表現する。 「長日条件」など、ある特定の環境条件で観察される表現型もある。その場合の環境条件は別のクラスにまとめられており、表現型情報からリンクされている。 |
データファイル | cpp_abnormality.zip (12 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Entry URI | エントリのURI |
Entry name | エントリ名 |
Experimental condition | 実験条件 |
Condition URI | 実験条件のURI |
Quality in PATO | 述語(PATOの定義) |
In organ named | ~の器官に |
In period of | ~の期間に |
In response to organism | 生物Xに対して |
In situation of | ~の状態で |
After | ~の後で |
Under influence of | 化学物質Xの影響下で |
During process named | ~の過程において |
Exhibited by | ~による |
For quantity of | ~の量について |
For state of | ~の状態が |
For trait of | ~という性質に関して |
Num of phenotype gene | 表現型-遺伝子でこの変異が使われるエントリ数 |
データ名 | 実験条件 |
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データ内容の説明 | 表現型が発現するための実験条件(環境条件)です。 |
データファイル | cpp_exp_condition.zip (0.8 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Entry URI | エントリのURI |
Entry name | エントリ名 |
Description | エントリの説明 |
In environment of | ~の環境条件で |
In presence of | 物質Xの存在で |
In absense of | 物質Xの欠乏で |
Num of phenotype abnormality | 表現型の変異でこの条件が使われるエントリ数 |
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利用許諾に関する連絡先:
理化学研究所バイオリソースセンター
桝屋 啓志
E-mail:hiroshi[dot]masuya[at]riken[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
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2017/02/27 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
- | シロイヌナズナフェノームデータベース(http://jphenome.info/?page_id=95) で公開開始 |
理化学研究所バイオリソースセンター
桝屋 啓志
E-mail:hiroshi[dot]masuya[at]riken[dot]jp