２色法と１色法

■１色法
異なるターゲットを１種類の蛍光物質で標識し、 それぞれ別のプローブに対してハイブリダイズさせる方法。 Clontech社（http://www.clontech.co.jp）はこの方法を商品化している。 　 長所 経時変化の様な実験系に適している。 サンプル数が多い場合、ハイブリ処理数、データ定量化処理数が2色法に比べ抑えられる。 1度のハイブリ実験でコントロールと対照区での様々な組み合わせでの比較が可能。 　 短所 ガラス板間の違い（スポッティングエラーやガラス表面加工処理のばらつきに起因する）やハイブリダイゼーション条件の違いによる誤差が生じる。
■２色法
遺伝子発現の変化を調べる際、コントロール条件の細胞と対照条件の細胞を用意し、 それぞれ由来のmRNA（ターゲット）を異なる蛍光色素(Cy3, Cy5)で標識し、 １枚のガラス板上のプローブに競合的にハイブリダイゼーションを行う方法。 　 長所 １組の実験内でハイブリダイゼーションの条件が揃えられる。 ガラス板間でのスポッティングのエラーを排除できることである。 再現性が得にくい実験系に適している。 スキャニングでデータをデジタル化する際に1度のスキャンではシグナルの全レンジをカバーできないスキャン方式を採用している場合に適している。 　 短所 実験数が多い場合、ハイブリ実験、データ解析が約2倍弱増となる Cy3（ミラータイプ：アマシャム社type7）もしくはCy5（クリアガラス：アマシャム社type5、Corning社）のシグナルが得にくい。
■マイクロアレイセンターでは
これまで我々は 使用システムの実験再現性の高さ 64課題というプロジェクト課題数 使用色素とミラータイプガラス板の特性 の点から1色法を採用してきた。 しかし現在までに、Cy3、Cy5を利用したラベリングに種々の改良がなされCy3とCy5の検出蛍光レベルの差が減少され、マイクロアレイセンターにおけるハイブリ実験、データ定量化処理の速度があがったことから、実験系に適した方法（1色法もしくは2色法）を選択し、研究を進めている。 ◇関連データ◇ 　　 Cy3とCy5の蛍光強度の違い 　　 直接標識法と間接標識法の違い 　　 トータルRNAとポリA+RNAの違い