#!/bin/sh #$ -S /bin/sh # sh $projectDir/sh/tgToHtml.sh "$tsv" $Genome Size=25 SIZE=100 inFn="$1" # inFn の種類: 抗原.tsv, SRX.tsv, STRING_抗原.tsv Genome="$2" qProt=`head -n1 "$inFn"| cut -f2| cut -d '|' -f1` # POU5F1 fnHead=`basename "$inFn"| cut -d '.' -f1| cut -d '_' -f1` # 抗原 or SRX or STRING Wkb=`basename "$inFn"| cut -d '.' -f2` # 1 5 10 (+- TSS kb) url1="http://dbarchive.biosciencedbc.jp/kyushu-u/$Genome/target/" # html へのリンク url2="http://chip-atlas.org/view?id=" # 個別 SRX へのリンク urlDoc="https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#5-target-genes" # Document へのリンク urlTSV="$url1$qProt.$Wkb.tsv" # TSV へのリンク urlYuT="https://youtu.be/UBOyoTlDAH4" # YouTube へのリンク urlCA="http://chip-atlas.org" # ChIP-Atlas へのリンク urlTG="http://chip-atlas.org/target_genes" # Target Genes へのリンク sortKey=`head -n1 "$inFn"| tr '\t' '\n'| awk -F '\t' -v fnHead=$fnHead -v qProt=$qProt '{ if (fnHead ~ /^[SED]RX[0-9][0-9][0-9][0-9]/ && $1 ~ fnHead) printf "%s", $1 else if (fnHead ~ "STRING" && $1 == "STRING") printf "%s|%s", qProt, $1 else i++ } END { if (i == NR) printf "%s|Average", qProt }'| sed 's/|/ | /'| tr '_' ' '` Vspace=`head -n1 "$inFn"| tr '\t' '\n'| awk '{ if (V < 5.2 * length($0) + 20) V = 5.2 * length($0) + 20 } END { printf "%d", V }'`px projectDir=`echo $0| sed 's[/sh/tgToHtml.sh[['` wid=`head -n1 "$inFn"| awk -v Size=$Size -v SIZE=$SIZE '{printf "%d", SIZE*1 + (NF-1)*Size}'` # テーブル全体のサイズ case $Wkb in 1) strKb='± 1 kb  ± 5 kb  ± 10 kb';; 5) strKb='± 1 kb  ± 5 kb  ± 10 kb';; 10) strKb='± 1 kb  ± 5 kb  ± 10 kb';; esac # html のヘッダ情報 # margin = 上 右 下 左 を指定 cat << DDD ChIP-Atlas | Target genes

ChIP-Atlas: Target genes

Potential target genes for $qProt

Query protein: $qProt
Distance from TSS: $strKb
Sort key: $sortKey
 
Color legends
  1000 750 500 250 1 0  (Values = Binding scores of MACS2 and STRING)

Download: TSV (text)
Links: Movie and Document for ChIP-Atlas Target Genes
DDD # 入力: 各 SRX でソートした TSV ファイル proteinList="$projectDir/lib/string/protein.aliases.v10.$Genome.txt" expList="$projectDir/lib/assembled_list/experimentList.tab" head -n 1001 "$inFn"| awk -F '\t' -v inFn="$inFn" -v Size=$Size -v SIZE=$SIZE -v URL1="$url1" -v URL2="$url2"\ -v proteinList="$proteinList" -v fnHead=$fnHead -v Wkb=$Wkb -v expList=$expList -v Genome=$Genome ' BEGIN { while ((getline < proteinList) > 0) { if (!proteinID[$2]) { # ID の重複を避ける sub(SUBSEP, ".", $1) proteinID[$2] = $1 # proteinID["POU5F1"] = 9606.ENSP00000259915 } } while ((getline < expList) > 0) { if ($2 == Genome && $3 == "TFs and others") tfs[$4]++ # tfs["POU5F1"]++ } } { print "" for (i=1; i<=NF; i++) { if (NR == 1) { # 1 行目 # 1 列目 split($2, qProt, "|") if (i == 1) print "" if (i == 1) print "" # 2 列目 以降 if (i > 1) { split($i, tag, "|") # tag[1] = 抗原 or SRX or STRING, tag[2] = 細胞小 if (fnHead == tag[1]) { boldA = "" # ソートキーを太字 boldB = "" # ソートキーを太字 triag = "◣" # 下向き三角 } else { boldA = " " boldB = " " triag = "◢" # 横向き向き三角 } gsub("_", "\\ ", tag[2]) if (i == 2) Url = URL1 tag[1] "." Wkb ".html" # URL1 = http://dbarchive.biosciencedbc.jp/kyushu-u/$Genome/target/ else if (i == NF) Url = URL1 "STRING_" qProt[1] "." Wkb ".html" else Url = URL1 tag[1] "." Wkb ".html" printf "" if (i == NF-1 || i == 2) printf "", Size, Size # Avreage と STRING は一列あける } } else { # 2 行目以降 pUrl = URL1 $1 "." Wkb ".html" # URL1 = http://dbarchive.biosciencedbc.jp/kyushu-u/$Genome/target/ if (i == 1) print "" if (i == 1) { # ↻ マークの動作設定 (Target gene があるときは pUrl, ないときはグレー表示) href = (tfs[$1] > 0)? " href=\"" pUrl "\"" : " class=\"dist\"" print "" } if (i > 1) { if (i == NF) { # STRING の場合 comment = "Serach " qProt[1] " and " $1 " in STRING." stringURL = "http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl?identifiers=" proteinID[qProt[1]] "%250D" proteinID[$1] Symbol = "≫" } else { Symbol = "" } print "" } if (i == NF-1 || i == 2) printf "\n", Size, Size # STRING は一列あける } } print "" } function color(x) { MAX=1000 N=MAX/4 b=255 if(x==0) { R=128 G=128 B=128 } else if(x=N && x<2*N) { R=0 G=b B=-b/N*x+2*b } else if (x>=2*N && x<3*N) { R=b/N*x-2*b G=b B=0 } else if (x>=3*N && x<4*N) { R=255 G=-b/N*x+4*b B=0 } else if (x>=4*N) { R=255 G=0 B=0 } return sprintf("%02x%02x%02x", int(R), int(G), int(B)) }' cat << DDD
" qProt[1] "\047s Target genes

" "

", Size, Size printf "%s", boldA # ソートキーを太字 printf "

%s  2) printf "target=\"_blank\" title=\"%s\" style=\"text-decoration: none;\" href=\"%s\"", Comment, srxUrl gsub("-", "", First) # ハイフンがあると改行されてしまう print ">" First ": " Second "

" boldB "		" $1 "↻" Symbol "
 DDD