#!/bin/sh #$ -S /bin/sh # sh $projectDir/sh/coloToHtml.sh "$tsv" "$HLM" "$ctL" $Genome Size=25 SIZE=100 inFn="$1" # inFn の種類: 抗原.細胞大.tsv, SRX.tsv, STRING_抗原.細胞大.tsv HLM="$2" ctL="$3" ctl=`echo $ctL| tr '_' ' '` Genome="$4" qProt=`head -n1 "$inFn"| cut -f4| cut -d '|' -f1` # POU5F1 url1="http://dbarchive.biosciencedbc.jp/kyushu-u/$Genome/colo/" # html へのリンク url2="http://chip-atlas.org/view?id=" # 個別 SRX へのリンク urlDoc="https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#6-colocalization" # Document へのリンク urlTSV=`echo "$url1$qProt.$ctl.tsv"| tr ' ' '_'` # TSV へのリンク urlGML="$url1$ctL.gml" # GML へのリンク urlYuT="https://youtu.be/kM9YkPOfsyY" # YouTube へのリンク urlCA="http://chip-atlas.org" # ChIP-Atlas へのリンク urlCl="http://chip-atlas.org/colo" # colo へのリンク fnHead=`basename "$inFn"| cut -d '.' -f1| cut -d '_' -f1` # 抗原 or SRX or STRING sortKey=`head -n1 "$inFn"| tr '\t' '\n'| awk -F '\t' -v fnHead=$fnHead -v qProt=$qProt '{ if (fnHead ~ /^[SED]RX[0-9][0-9][0-9][0-9]/ && $1 ~ fnHead) printf "%s", $1 else if (fnHead ~ "STRING" && $1 == "STRING") printf "%s|%s", qProt, $1 else i++ } END { if (i == NR) printf "%s|Average", qProt }'| sed 's/|/ | /'| tr '_' ' '` Vspace=`head -n1 "$inFn"| tr '\t' '\n'| awk '{ if (V < 5.2 * length($0) + 20) V = 5.2 * length($0) + 20 } END { printf "%d", V }'`px projectDir=`echo $0| sed 's[/sh/coloToHtml.sh[['` wid=`head -n1 "$inFn"| awk -v Size=$Size -v SIZE=$SIZE '{printf "%d", SIZE*4 + (NF-3)*Size}'` # テーブル全体のサイズ # html のヘッダ情報 # margin = 上 右 下 左 を指定 cat << DDD ChIP-Atlas | Colocalization

ChIP-Atlas: Colocalization analysis

Colocalization analysis for $qProt

Query protein: $qProt
Cell class: $ctl
Sort key: $sortKey
 
Color legends
ChIP-seq data:  H-H H-M M-M H-L M-L L-L N.D. Same  (Peak intensities are High, Middle or Low)

STRING data:  1000 750 500 250 0 N.D.  (Values = STRING's binding scores)

Downloads: TSV (text), GML (Cytoscape)
Links: Movie and Document for ChIP-Atlas Colocalization
DDD # 入力: 各 SRX でソートした TSV ファイル ver=`curl -s https://stringdb-static.org/cgi/download.pl| awk -F '\047' '$0 ~ "string_database_version_dotted" {printf "v" $2}'` proteinList="$projectDir/lib/string/protein.aliases.$ver.$Genome.txt" head -n 1001 "$inFn"| awk -F '\t' -v inFn="$inFn" -v Size=$Size -v SIZE=$SIZE -v URL1="$url1" -v URL2="$url2" -v HLM="$HLM" -v ctL="$ctL" -v proteinList="$proteinList" -v fnHead=$fnHead ' BEGIN { while ((getline < proteinList) > 0) { if (!proteinID[$2]) { # ID の重複を避ける sub(SUBSEP, ".", $1) proteinID[$2] = $1 # proteinID["POU5F1"] = 9606.ENSP00000259915 } } gsub(" ", "_", ctL) split(HLM, max, " ") } { print "" for (i=1; i<=NF; i++) { if (NR == 1) { # 1 行目 # 1-3 列目 split($4, qProt, "|") if (i == 2) print "" if (i == 3) print "" if (i == 3) print "" if (i == 3) print "" # 4 列目 以降 if (i > 3) { split($i, tag, "|") # tag[1] = 抗原 or SRX or STRING, tag[2] = 細胞小 if (fnHead == tag[1]) { boldA = "" # ソートキーを太字 boldB = "" # ソートキーを太字 triag = "◣" # 下向き三角 } else { boldA = " " boldB = " " triag = "◢" # 横向き向き三角 } gsub("_", "\\ ", tag[2]) if (i == 4) Url = URL1 tag[1] "." ctL ".html" else if (i == NF) Url = URL1 "STRING_" qProt[1] "." ctL ".html" else Url = URL1 tag[1] ".html" printf "" if (i == NF-1 || i == 4) printf "", Size, Size # Average と STRING は一列あける } } else { # 2 行目以降 pUrl = URL1 $1 ".html" srxUrl = URL2 $1 if (i == 2) gsub("_", "\\ ", $2) if (i == 2) print "" if (i == 3) print "" if (i == 3) print "" if (i == 3) print "" if (i > 3) { if (i == NF) { # STRING の場合 $i = $i + 10000 comment = "Serach " qProt[1] " and " $3 " in STRING." stringURL = "http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl?identifiers=" proteinID[qProt[1]] "%250D" proteinID[$3] Symbol = "≫" } else { Symbol = "" } print "" } if (i == NF-1 || i == 4) printf "\n", Size, Size # Average と STRING は一列あける } } print "" } function color(x) { MAX=max[1]*max[1] if (x >= 10000) { # STRING の場合 x = x - 10000 MAX = 1000 } N=MAX/4 b=255 if(x==0) { R=128 G=128 B=128 } else if(x=N && x<2*N) { R=0 G=b B=-b/N*x+2*b } else if (x>=2*N && x<3*N) { R=b/N*x-2*b G=b B=0 } else if (x>=3*N && x<4*N) { R=255 G=-b/N*x+4*b B=0 } else if (x>=4*N) { R=255 if (x == MAX+1) R=0 G=0 B=0 } return sprintf("%02x%02x%02x", int(R), int(G), int(B)) }' cat << DDD
Cell types Exp. IDs" qProt[1] "\047s Colocalization partners

" "

", Size, Size printf "%s", boldA # ソートキーを太字 printf "

%s  4) printf "target=\"_blank\" title=\"%s\" style=\"text-decoration: none;\" href=\"%s\"", Comment, srxUrl gsub("-", "", First) # ハイフンがあると改行されてしまう print ">" First ": " Second "

" boldB "
" $i "
 " $1 "
" $i "
↻" Symbol "
 DDD