#$ -S /bin/bash
#$ -cwd

organism="10090 9606"                                                                      # human = 9606; mouse = 10090
for org in $organism; do
  cd
  projectDir=bzou
  case "$org" in
    "9606" ) Genome=hg19 ;;
    "10090" ) Genome=mm9 ;;
  esac
  metadata=$(cat /home/okishinya/chipatlas/lib/metadata/NCBI_SRA_Metadata_Full_20201006.metadata.tab | awk -F"\t" '$4 == "Bisulfite-Seq" && $5 == "GENOMIC" && $6 == "RANDOM"' | awk -F"\t" -v org=$org '$17 ~ org' | cut -f1 | awk -F"\t" -v OFS="\t" '
  BEGIN {
    while ("cat /home/okishinya/chipatlas/lib/metadata/SRX_reads_bases.tab" | getline) reads[$1]=$2
    while (("cat ~/bzou/srx_list.tsv" | getline) > 0) run[$1]=$4
  } run[$1]=="" {
    print $0, reads[$1]
  }' | sort -n -k2 | cut -f1  )
  for EXPERIMENT in $metadata; do
    while :; do
      qw=`qstat | grep "srT" | grep -c "qw"`                                                           # ステータスが qw のジョブ数
      spare_room=`lfs quota -u $(pwd | awk -F"/" '{print $3}') /lustre7 | tail -n1 | awk '{print $4-$2}'`   # 実際の残り容量
      limit=`cat ~/bzou/preference.txt | grep "space_limit" | cut -f2`                                 # 容量設定
      nslot=`cat ~/bzou/preference.txt | grep "nslot" | cut -f2`                                       # ジョブごとに使うコア数
      top_arid=`arid | awk '{print $1"\t"$3-$2}' | sort -nr -k2 | head -n1`
      spare_node=`echo $top_arid | awk '{print $1}'`
      spare_slot=`echo $top_arid | awk '{print $2}'`
      sleep 1
      # ノードの残りコア数 >= 使用予定コア数, キューされているジョブがない, 残り容量が十分の場合に submit する
      if [ $spare_slot -ge $nslot -a $qw -le $(cat ~/bzou/preference.txt | grep qw | cut -f2) -a $spare_room -gt $limit ]; then
        SRX=$EXPERIMENT
        Logfile="$projectDir/$Genome.$SRX.log.txt"
        genome2=`cat ~/chipatlas/sh/preferences.txt| awk '$1 == "Genome"'| cut -f2| tr '\t= ' '\n\n\n'| tr -d ','| grep $Genome| sed "s/$Genome//"`
        Logfile2="$projectDir/$genome2.$SRX.log.txt"
        rm -f $Logfile
        rm -f $Logfile2
        qsub -ar $spare_node -N "srT$Genome" -o $Logfile -e $Logfile -pe def_slot $nslot ~/chipatlas/sh/bmap4chipatlas_210113.sh $SRX $Genome $projectDir g1
        echo -e "SRX\tspare_slot\tqw\tspare_room\n$SRX\t$spare_slot\t$qw\t$spare_room\tsubmitted" > ~/bzou/submitter_log.tsv
        break
      else
        echo -e "SRX\tspare_slot\tqw\tspare_room\n$SRX\t$spare_slot\t$qw\t$spare_room\tretry" > ~/bzou/submitter_log.tsv
      fi
    done
  done
done