#!/bin/sh
#$ -S /bin/sh

tmpDir="/home/w3oki/tmp/"$RANDOM$RANDOM$RANDOM

while getopts ht: option
do
    case "$option" in
    h)
        echo "
--------------------------------------------------------------------
                              qsortBed
--------------------------------------------------------------------
入力 Bed ファイルをクイックにソートする。
sort -k1,1 -k2,2n と同じ結果を返すが、通常のコマンドより 6-7 倍速い。
染色体ごとに Bed ファイルを分けたのちに、ソートしている。


使用例

qsortBed in.bed
または
cat in.bed| qsortBed


オプション
-t    テンポラリフォルダを指定。
      (default: -t tmp/\$RANDOM\$RANDOM\$RANDOM)
"
        exit 0
        ;;
    t)
        tmpDir="$OPTARG"
        ;;
    esac
done

shift `expr $OPTIND - 1`

rm -rf "$tmpDir"
mkdir "$tmpDir"
awk -F '\t' -v tmpDir="$tmpDir""/" '{print > tmpDir $1}' $1

for chr in `ls "$tmpDir"| sort -k1,1`; do
  sort -k2,2n "$tmpDir"/$chr
done

rm -r "$tmpDir"
exit