TMPDB
2010/08/10WebSite: TMPDB
HTTPS Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/tmpdb
収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築した
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
- README
- 膜貫通トポロジーモデル
- 各種トポロジー予測法の性能検証結果
- 膜貫通トポロジーモデル
- 膜貫通トポロジーモデル (α構造、Non-redundant)
- 膜貫通トポロジーモデル (β構造、Non-redundant)
- 膜貫通トポロジーモデル (α-buried構造、Non-redundant)
- 各種トポロジー予測法の性能検証結果
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「TMPDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 膜貫通トポロジーモデル
| データ名 | 膜貫通トポロジーモデル |
| データ内容の説明 | 実験結果に基づいた302件の膜貫通トポロジーモデルの情報。 文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。 |
| データファイル | tmpdb.zip (199KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| UniProt ID | UniProt ID |
| UniProt AC | UniProt AC |
| Date of creation and last modification | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| Description | タンパク質の名称・説明 |
| Gene name | 遺伝子名 |
| Species | 生物種 |
| Encoded on | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
| Organism classification | 生物の分類 |
| Localization | 細胞内局在部位 |
| Entry and article number | 参考文献の番号 |
| Pubmed ID (Reference) | 参考文献のPubMed ID |
| Author (Reference) | 参考文献の著書名 |
| Title (Reference) | 参考文献のタイトル |
| Journal (Reference) | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| Cross-reference | 参考データベースのエントリー |
| Experimental method | トポロジー決定に用いた実験手法 |
| Structural type | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| # of TM segments | 膜貫通セグメントの数 |
| Topology | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| Feature table data | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| Sequence | アミノ酸配列 |
| nr-dataset | Non-redundantセットに含まれるエントリーには*を付与している。 |
2.3 各種トポロジー予測法の性能検証結果
| データ名 | 各種トポロジー予測法の性能検証結果 |
| データ内容の説明 | 膜貫通トポロジーモデルのα構造, Non-redundantセット231件を用いて、各種膜貫通部位予測法の性能を検証した。これらの結果を組み合わせた予測手法Conpred Ⅱの結果をConsensus項目に示している。検証の対象とした予測法は、KKD, Tmpred, TopPred II, DAS, TMAP, MEMSAT 2, SOSUI, PRED-TMR2, TMHMM 2.0, HMMTOP 2.0の10種類。 |
| データファイル | tmpdb_pr.zip (216KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| UniProt ID | UniProt ID |
| UniProt AC | UniProt AC |
| Date of creation and last modification | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| Description | タンパク質の名称・説明 |
| Gene name | 遺伝子名 |
| Species | 生物種 |
| Encoded on | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
| Organism classification | 生物の分類 |
| Localization | 細胞内局在部位 |
| Entry and article number | 参考文献の番号 |
| Pubmed ID (Reference) | 参考文献のPubMed ID |
| Author (Reference) | 参考文献の著書名 |
| Title (Reference) | 参考文献のタイトル |
| Journal (Reference) | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| Cross-reference | 参考データベースのエントリー |
| Experimental method | トポロジー決定に用いた実験手法 |
| Structural type | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| # of TM segments (NS) | 膜貫通セグメントの数 |
| Topology (TP) | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| Feature table data (FT) | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| NS, FT by KKD | KKDによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by Tmpred | Tmpredによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by TopPred II | TopPred IIによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, FT by DAS | DASによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by TMAP | TMAPによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by MEMSAT 2 | MEMSAT 2による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, FT by SOSUI | SOSUIによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by PRED-TMR2 | PRED-TMR2による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by TMHMM 2.0 | TMHMM 2.0による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by HMMTOP 2.0 | HMMTOP 2.0による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT Consensus | ConpredⅡによるコンセンサス (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| Sequence | アミノ酸配列 |
2.4 膜貫通トポロジーモデル
| データ名 | 貫通トポロジーモデル |
| データ内容の説明 | 実験結果に基づいた302件の膜貫通トポロジーモデルの情報。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。 SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
| データファイル | TMPDB.dat.gz (203KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| ID | UniProt ID |
| AC | UniProt AC |
| NO | 参考文献の番号 |
| DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| DE | タンパク質の名称・説明 |
| GN | 遺伝子名 |
| OS | 生物種 |
| OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
| OC | 生物の分類 |
| ME | 細胞内局在部位 |
| RN | 参考文献の通し番号 |
| RX | 参考文献のPubMed ID |
| RA | 参考文献の著書名 |
| RT | 参考文献のタイトル |
| RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| DR | 参考データベースのエントリー |
| EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
| SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| NS | 膜貫通セグメントの数 |
| TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| SQ | アミノ酸配列 |
| // | エントリーの末尾 |
2.5 膜貫通トポロジーモデル (α構造、Non-redundant)
| データ名 | 膜貫通トポロジーモデル (α構造、Non-redundant) |
| データ内容の説明 | 実験結果に基づいた膜貫通トポロジーモデルのα構造、Non-redundantセット (231件)。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
| データファイル | TMPDB_alpha_non-redundant.dat.gz (158KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| ID | UniProt ID |
| AC | UniProt AC |
| NO | 参考文献の番号 |
| DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| DE | タンパク質の名称・説明 |
| GN | 遺伝子名 |
| OS | 生物種 |
| OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
| OC | 生物の分類 |
| ME | 細胞内局在部位 |
| RN | 参考文献の通し番号 |
| RX | 参考文献のPubMed ID |
| RA | 参考文献の著書名 |
| RT | 参考文献のタイトル |
| RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| DR | 参考データベースのエントリー |
| EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
| SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| NS | 膜貫通セグメントの数 |
| TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| SQ | アミノ酸配列 |
| // | エントリーの末尾 |
2.6 膜貫通トポロジーモデル (β構造、Non-redundant)
| データ名 | 膜貫通トポロジーモデル (β構造、Non-redundant) |
| データ内容の説明 | 実験結果に基づいた膜貫通トポロジーモデルのβ構造、Non-redundantセット (15件)。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
| データファイル | TMPDB_beta_non-redundant.dat.gz (13KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| ID | UniProt ID |
| AC | UniProt AC |
| NO | 参考文献の番号 |
| DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| DE | タンパク質の名称・説明 |
| GN | 遺伝子名 |
| OS | 生物種 |
| OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
| OC | 生物の分類 |
| ME | 細胞内局在部位 |
| RN | 参考文献の通し番号 |
| RX | 参考文献のPubMed ID |
| RA | 参考文献の著書名 |
| RT | 参考文献のタイトル |
| RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| DR | 参考データベースのエントリー |
| EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
| SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| NS | 膜貫通セグメントの数 |
| TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| SQ | アミノ酸配列 |
| // | エントリーの末尾 |
2.7 膜貫通トポロジーモデル (α-buried構造、Non-redundant)
| データ名 | 膜貫通トポロジーモデル (α-buried構造、Non-redundant) |
| データ内容の説明 | 実験結果に基づいた膜貫通トポロジーモデルのα-buried構造、Non-redundantセット (7件)。α-buried構造とは、膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む場合を示す (例：aquaporin 1)。 文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
| データファイル | T TMPDB_alpha-buried_nr.dat.gz (7KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| ID | UniProt ID |
| AC | UniProt AC |
| NO | 参考文献の番号 |
| DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| DE | タンパク質の名称・説明 |
| GN | 遺伝子名 |
| OS | 生物種 |
| OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
| OC | 生物の分類 |
| ME | 細胞内局在部位 |
| RN | 参考文献の通し番号 |
| RX | 参考文献のPubMed ID |
| RA | 参考文献の著書名 |
| RT | 参考文献のタイトル |
| RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| DR | 参考データベースのエントリー |
| EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
| SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| NS | 膜貫通セグメントの数 |
| TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| SQ | アミノ酸配列 |
| // | エントリーの末尾 |
2.8 各種トポロジー予測法の性能検証結果
| データ名 | 各種トポロジー予測法の性能検証結果 |
| データ内容の説明 | 膜貫通トポロジーモデルのα構造, Non-redundantセット231件を用いて、各種膜貫通部位予測法の性能を検証した。これらの結果を組み合わせた予測手法Conpred Ⅱの結果をConsensus項目に示している。検証の対象とした予測法は、KKD, Tmpred, TopPred II, DAS, TMAP, MEMSAT 2, SOSUI, PRED-TMR2, TMHMM 2.0, HMMTOP 2.0の10種類。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
| データファイル | TMPDB_alpha_nr_PR.dat.gz (220KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| ID | UniProt ID |
| AC | UniProt AC |
| NO | 参考文献の番号 |
| DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| DE | タンパク質の名称・説明 |
| GN | 遺伝子名 |
| OS | 生物種 |
| OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
| OC | 生物種分類 |
| ME | 細胞内局在部位 |
| RN | 参考文献の通し番号 |
| RX | 参考文献のPubMed ID |
| RA | 参考文献の著書名 |
| RT | 参考文献のタイトル |
| RL | 参考文献のジャーナル名 |
| DR | 参考にした各データベースのエントリー |
| EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
| SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| NS | 膜貫通セグメントの数 |
| TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| PM | 予測法の名称 |
| SS | アミノ酸配列 |
| // | エントリーの末尾 |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2010/08/10
本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。
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3.2 追加利用許諾
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〒036-8561 弘前市文京町3番地
弘前大学大学院 理工学研究科 電子情報工学科
E-Mail: slimi[at]eit[dot]hirosaki-u[dot]ac[dot]jp
3.3 本データベースへのリンクについて
本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2010/08/10 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2003/11 | データの更新(Release 6.3) |
5. 参考文献
6.連絡先
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〒036-8561 弘前市文京町3番地
弘前大学大学院 理工学研究科 電子情報工学科
E-Mail: slimi[at]eit[dot]hirosaki-u[dot]ac[dot]jp