ゲノム解析ツールリンク集

2023/06/29

Web Site: http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/stga_category

分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. カテゴリ
  3. ツール
  4. How-to
  5. ツールレビュー
  6. キーワード
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「ゲノム解析ツールリンク集」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 カテゴリ

データ名 カテゴリ
データ内容の説明

ゲノム解析ツールを解析の目的やその手法などによって3階層のカテゴリに分類したもの。
データファイルは、カテゴリの構造をXMLファイル形式で表現したものになっている。
データファイル stga_category.zip (1.5 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
「category」ノード カテゴリの情報を表す。
各「category」ノードに含まれる属性値は下記の通り。
  • id属性: カテゴリのID
  • value属性: カテゴリ名
下位のカテゴリがある場合には、それらのカテゴリを表す「category」ノードを含む。
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2.3 ツール

データ名 ツール
データ内容の説明

ゲノム解析ツールに関する情報の一覧。各ツールの日本語での解説や提供元へのリンクなどの情報を提供している。
データファイル stga_tool.zip (119 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Tool ID ツールのID
Category IDs ツールが属するカテゴリIDのリスト
Categories ツールが属するカテゴリのリスト
Name ツールの名称
Availability ツールの入手方法
Provider ツールの提供元へのリンク
Keywords ツールに関連するキーワード
Feature ツールの特徴や機能の説明
Reference Title ツールに関する文献のタイトル
Reference Author 文献の著者
Journal 文献が掲載された雑誌
PubMed ID 文献のPubMed ID
Reference 上記4つの文献に関する項目をまとめて表示したもの。(簡易検索サイトのみ)
Link to Google Scholar Google Scholarへのリンク。ツールに関する文献を引用している論文の一覧を見ることができる。
Last Updated ツールに関する情報の最終更新日
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2.4 How-to

データ名 How-to
データ内容の説明

収録されているゲノム解析ツールを効果的に使用する方法を紹介している。解析の目的、全体的な操作の流れ、コマンドラインツールやWEBサービスを対象とした具体的な操作手順を示している。
データファイル stga_howto.zip (7.3 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
How-to ID How-toのID
Category IDs How-toが属するカテゴリIDのリスト
Title How-toのタイトル
Caption How-toの簡易な説明
Detail How-toの本文
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2.5 ツールレビュー

データ名 ツールレビュー
データ内容の説明

ゲノム解析ツールの性能評価を比較した文献を紹介している。無料のフルテキストへの案内や文献中の性能評価をまとめている表番号と短い解説を示してある。
データファイル stga_review.zip (3.8 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Review ID ツールレビューのID
Category IDs ツールレビューが属するカテゴリIDのリスト
Title ツールの性能評価比較のタイトル
Caption ツールの性能評価比較に関する簡易な説明
Description ツールの性能評価を比較した文献に関する簡易な説明
Reference Title 文献のタイトル
Reference Author 文献の著者
Journal 文献が掲載された雑誌
PubMed ID 文献のPubMed ID
Reference 上記4つの文献に関する項目をまとめたもの。(簡易検索サイトのみ)
Tools 文献で取り上げられたツールのリスト
Detail ツールレビュー本文
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2.6 キーワード

データ名 キーワード
データ内容の説明

各ゲノム解析ツールに割り当てられたキーワードの一覧。キーワードの簡易な説明も提供している。
データファイル stga_keyword.zip (12.9 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Keyword ID キーワードのID
Keyword キーワード名
Description キーワードに関する簡易な説明
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2023/06/29

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”ゲノム解析ツールリンク集 © 独立行政法人 科学技術振興機構 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

 

データベース作成者連絡先：
https://form2.jst.go.jp/s/contact_nbdc

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2012/10/15 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2006/07 ゲノム解析ツールリンク集(http://stga.biosciencedbc.jp/)で公開開始
2019/06 URL(http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/stga_category)を変更
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5. 参考文献

-
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6. 連絡先

「ゲノム解析ツールリンク集」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://form2.jst.go.jp/s/contact_nbdc

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