SPD

2019/11/29

Web Site: http://proteome.dc.affrc.go.jp/Soybean/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/spd/

浸水ストレス下のダイズから得られたプロテオーム、トランスクリプトーム、メタボロームのデータベース

README 目次

ダウンロードデータの構成
ダウンロードデータの説明
本データベースの利用許諾
更新履歴
参考文献
連絡先

1. ダウンロードデータの構成

README
ダイズタンパク質データ（ゲル使用）
ダイズゲルデータ
ダイズゲルスポットデータ
ダイズタンパク質データ（ゲル不使用）
ダイズトランスクリプトームデータ
ダイズ代謝データ
ダイズオミックスデータ
参考資料
ダイズタンパク質比較データ

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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名	README
データ内容	「SPD」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名	README.html (日本語)

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2.2 ダイズタンパク質データ（ゲル使用）

データ名	ダイズタンパク質データ（ゲル使用）
データ内容の説明	ダイズの各器官から浸水条件や時間を変えて採取したサンプルから、ポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動実験によって抽出されたタンパク質のデータです。ゲルについては「ダイズゲルデータ」を参照してください。
データファイル	soybean_based_proteomics_list.zip (270 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Accession	同定されたタンパク質のアクセション番号
Gel ID	タンパク質が抽出されたゲルのID
Spot ID	ゲル上のスポットのID
Description	タンパク質の説明
Exp pI	実験で計測されたタンパク質の等電点
Exp Mw	実験で計測されたタンパク質の分子量

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2.3 ダイズゲルデータ

データ名	ダイズゲルデータ
データ内容の説明	「ダイズタンパク質データ（ゲル使用）」を得るための実験におけるゲルのデータです。
データファイル	soybean_based_proteomics_gel.zip (6.1 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gel ID	ゲルのID
Condition	実験サンプルの条件
pI	ゲル中の計測された等電点の範囲
Mw	ゲル中の計測された分子量の範囲
Identified spots	ゲル中で同定されたスポット数
Identified proteins	ゲル中で同定されたタンパク質数
Gel image	ゲル画像（簡易検索のみ）

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2.4 ダイズゲルスポットデータ

データ名	ダイズゲルスポットデータ
データ内容の説明	ポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動実験で得られたゲル上スポットの座標・等電点・分子量のデータです。
データファイル	soybean_based_proteomics_spot.zip (68 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gel ID	ゲルのID
Spot ID	スポットID
X	ゲル画像上のX座標
Y	ゲル画像上のY座標
pI	スポット上のタンパク質の等電点
Mw	スポット上のタンパク質の分子量

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2.5 ダイズタンパク質データ（ゲル不使用）

データ名	ダイズタンパク質データ（ゲル不使用）
データ内容の説明	ダイズの各器官から浸水条件や時間を変えて採取したサンプルを質量分析計で測定したタンパク質のデータです。
データファイル	soybean_free_proteomics_info.zip (1.8 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Accession (Soybean)	ダイズにおけるタンパク質のアクセション番号
Accession (Arabidopsis)	シロイヌナズナにおけるタンパク質のアクセション番号
Description	タンパク質の説明
Stage	ダイズの発生段階（種子または播種後の日数）
Organ	ダイズの器官
Organelle	ダイズのオルガネラ
Stress	浸水ストレスの条件
Mass	質量分析で得られたタンパク質の分子量
Protein content (mol %)	実験サンプル中のタンパク質の濃度（モル）
emPAI	実験サンプル中のタンパク質の濃度（emPAI）
Peptides	このタンパク質にマッチした実験サンプル中のペプチド数
Score	上記のマッチングスコア

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2.6 ダイズトランスクリプトームデータ

データ名	ダイズトランスクリプトームデータ
データ内容の説明	ダイズから浸水条件や時間を変えて採取したサンプルから、HiCEP(High-Coverage Expression Profiling)法によってmRNAのシーケンシングを2回行い、クラスタリングを行ったデータ。 2回目のクラスタリングの結果グラフは、TranscriptProf.pdfにまとめられている。
データファイル	soybean_transcript.zip (1.2 MB) TranscriptProf.pdf (224 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Primer	HiCEPプライマーセットの種類（5'末端-3'末端）
Peak No	シーケンサーで同定されたDNA断片のピーク番号
2(0) Height min	サンプル：播種後2日、浸水0日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
2(0) Height max	サンプル：播種後2日、浸水0日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
2.5(0) Height min	サンプル：播種後2.5日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
2.5(0) Height max	サンプル：播種後2.5日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
2.5(0.5) Height min	サンプル：播種後2.5日、浸水0.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
2.5(0.5) Height max	サンプル：播種後2.5日、浸水0.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
3(0) Height min	サンプル：播種後3日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
3(0) Height max	サンプル：播種後3日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
3(1) Height min	サンプル：播種後3日、浸水1日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
3(1) Height max	サンプル：播種後3日、浸水1日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
3.5(0) Height min	サンプル：播種後3.5日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
3.5(0) Height max	サンプル：播種後3.5日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
3.5(1.5) Height min	サンプル：播種後3.5日、浸水1.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
3.5(1.5) Height max	サンプル：播種後3.5日、浸水1.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
4(0) Height min	サンプル：播種後4日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
4(0) Height max	サンプル：播種後4日、浸水0日（対照群）シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
4(2) Height min	サンプル：播種後4日、浸水2日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値
4(2) Height max	サンプル：播種後4日、浸水2日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値
Size min	シーケンシングによって得られたDNA断片の分子量のうち最小値
Size max	シーケンシングによって得られたDNA断片の分子量のうち最大値
1_Cluster_No	1回目のクラスタリングの結果分類したクラスタ番号(0-31)
2_Cluster_No	1回目のクラスタリングの結果、以下の条件を満たしたものに対して2回目のクラスタリングを行った結果分類したクラスタ番号(1-65) 条件：・1回目のクラスタリングにおいてクラスタ31に分類されている・ピークの最大値/最小値 > 3となっている
3_Peak_No	「ダイズオミックスデータ」に収録されたグラフ番号で、対象になるのは以下の条件を満たしたものである条件：浸水したサンプルのピーク値 / 対照群のピーク値 > 20

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2.7 ダイズ代謝データ

データ名	ダイズ代謝データ
データ内容の説明	ダイズから浸水条件や時間を変えて採取したサンプルから、代謝物を抽出して計測したデータ。代謝マップ上にもマッピングしています。
データファイル	soybean_metabolites.zip (882 KB)

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2.8 ダイズオミックスデータ

データ名	ダイズオミックスデータ
データ内容の説明	これまでのダイズの実験・計測結果を、メタボローム・プロテオーム・トランスクリプトームに分けてまとめた表です。
データファイル	soybean_omics.zip (4.5 MB)

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2.9 参考資料

データ名	参考資料
データ内容の説明	実験のプロトコルやその他の参考文献です。
データファイル	soybean_description.zip (659 KB)

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2.10 ダイズタンパク質比較データ

データ名	ダイズタンパク質比較データ
データ内容の説明	浸水・乾燥・塩の3種類のストレス下において、葉・胚軸・根の各器官で変化したタンパク質をポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動実験によって抽出したデータです。
データファイル	soybean_comp_proteomics_list.zip (8 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Organ	ダイズの器官
Stress	ダイズに与えたストレス
Spot No	ゲル上のスポット番号
Homologous protein	測定されたタンパク質と相同性のあるタンパク質
Accession No	相同性タンパク質のアクセション番号
Mr(kDa)-theory	相同性タンパク質の理論的な分子量
Mr(kDa)-exp	実験で計測された分子量
pI-theory	相同性タンパク質の理論的な等電点
pI-exp	ダイズに与えたストレス
F.C.	無処理（ストレス無し）のダイズサンプルと比較した場合の蛍光シグナル倍率

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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2019/11/29

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”SPD©農研機構 licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要はこちらです。具体的な許諾条項はこちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

小松節子 skomatsu[at]fukui-ut[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日	更新内容
2019/11/29	生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2008/03/05	SPD (http://proteome.dc.affrc.go.jp/Soybean/) で公開開始

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5. 参考文献

Sakata K, Ohyanagi H, Nobori H, Nakamura T, Hashiguchi A, Nanjo Y, Mikami Y, Yunokawa H, Komatsu S
A data resource for plant differential omics.
J Proteome Res, 8:3539-3548.

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6. 連絡先

「SPD」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒910-8505
福井県福井市学園3丁目6番1号
福井工業大学
環境情報学部環境・食品科学科
教授　小松節子
TEL/ FAX: 0776-29-2466（直通）
TEL: 0776-29-2620 (大学代表)・内線2154
E-mail: skomatsu[at]fukui-ut[dot]ac[dot]jp

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