RMG
2016/08/22Web Site: http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rmg/
イネのミトコンドリアゲノムの配列や解析結果のデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
- README
- Main data
- Entire Sequence
- Genes (including RNA editing information)
- Plastid-like Seq in mt Genome
- Nuclear-like Seq in mt Genome
- tRNA
- Genomic Dynamism
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RMG」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 Main data
| データ名 | Main data |
| データ内容の説明 | 公開されたデータ項目の一覧です。 |
| データファイル | rmg_main.zip (1 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Title | データ項目のタイトル |
| Sequence data file | 配列データのファイル名 |
| Data file (CSV) | CSV形式のデータファイル名 |
| Data file (TogoDB) | 簡易検索サイト |
| Image file | 画像ファイル名 |
2.3 Entire Sequence
| データ名 | Entire Sequence |
| データ内容の説明 | イネミトコンドリアゲノムの全配列のデータです。全長490520bpです。 この配列は、アクセッション番号AB076665, AB076666として国際塩基配列データベースに登録され、後に１つのアクセッション番号BA000029にまとめられています。 RAP-DBの旧ゲノムブラウザにも収録されています。 |
| データファイル | rmg_seq.zip (142 KB) |
2.4 Genes (including RNA editing information)
| データ名 | Genes (including RNA editing information) |
| データ内容の説明 | イネミトコンドリアゲノムの遺伝子情報の一覧データです。 ORF (Open Reading Frame)や、転写、RNA編集についての情報も記載しています。 |
| データファイル | rmg_gene.zip (3 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Gene | 遺伝子 ccmC, ccmFn, ccmFc, ccmB の各名称は、Faivre-Nitschke et al. (2001) の提案による。 |
| Comment | コメント |
| Transcription | 転写nt: テストしていない T: 転写される N: 転写されない |
| Editing site | 編集部位 nt: テストしていない N: 転写されない 空欄: tRNA遺伝子または偽tRNA遺伝子（データ「tRNA」参照） |
| Previous reports on editing sites | 編集部位の引用元文献 |
| Strand | ストランド S: センス鎖 A: アンチセンス鎖 |
| exon1 start | エキソン1の開始点 |
| exon1 end | エキソン1の終結点 |
| exon2 start | エキソン2の開始点 |
| exon2 end | エキソン2の終結点 |
| exon3 start | エキソン3の開始点 |
| exon3 end | エキソン3の終結点 |
| exon4 start | エキソン4の開始点 |
| exon4 end | エキソン4の終結点 |
| exon5 start | エキソン5の開始点 |
| exon5 end | エキソン5の終結点 |
2.5 Plastid-like Seq in mt Genome
| データ名 | Plastid-like Seq in mt Genome |
| データ内容の説明 | 色素体DNA配列からイネミトコンドリアゲノムに移動した断片の特徴を一覧にしたデータです。 各断片について、サイズや位置、遺伝子名、相同性と差異をまとめています。 |
| データファイル | rmg_plastid_like_seq.zip (2 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Fragment no. | 断片の番号 |
| Position in mtDNA | ミトコンドリアDNAにおける位置 |
| Fragment size(nt) | 断片のサイズ |
| Position in ptDNA | 色素体DNAにおける位置(位置の数値はHiratsuka et al. (1989) による) |
| Genes | 遺伝子 |
| Substitution | 色素体DNA配列からの置換数 |
| Deletion | 色素体DNA配列からの削除数（カッコ内は削除部位の数） |
| Insertion | 色素体DNA配列からの挿入数（カッコ内は挿入部位の数） |
| Homology(%) | イネ色素体配列との相同性 |
2.6 Nuclear-like Seq in mt Genome
| データ名 | Nuclear-like Seq in mt Genome |
| データ内容の説明 | イネミトコンドリアゲノムにおける、レトロトランスポゾンやトランスポゾンに相同性を示す配列の断片を一覧にしたデータです。 |
| データファイル | rmg_nuclear_like_seq.zip (1 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| nuc. position | 遺伝子の位置 |
| length | 長さ |
| sense or antisense | センス鎖またはアンチセンス鎖 +: センス鎖 -: アンチセンス鎖 |
| organism | 生物種 |
| kind of element | 種別 R: レトロトランスポゾン T: トランスポゾン |
| accession | GenBank Accession番号 |
| % | 相同性 |
| definition | 記述 |
2.7 tRNA
| データ名 | tRNA |
| データ内容の説明 | 下記の内容のデータです。 イネミトコンドリアゲノムで同定した、17種のアミノ酸の23個のtRNA配列の一覧 イネと、シロイヌナズナ(Arabidopsis)、サトウダイコン(Sugar beet)の3種類の植物の間で、イネミトコンドリアゲノムに存在している遺伝子が、他の植物のミトコンドリアゲノムに存在するかどうか、その状況の違いを整理した一覧 |
| データファイル | rmg_trna.zip (1 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Amino acids | tRNAが受容するアミノ酸 |
| tRNA | tRNA遺伝子名においてtrnに続くアミノ酸略称 |
| rice | イネ +: ｔRNAあり -: ｔRNAなし y: 偽遺伝子 a: ミトコンドリアtRNA b: 色素体由来tRNA trnPとtrnRが偽遺伝子であることは Miyata et al. (1998) からの引用 |
| Arabidopsis | シロイヌナズナ +: ｔRNAあり -: ｔRNAなし y: 偽遺伝子 a: ミトコンドリアtRNA b: 色素体由来tRNA 色素体由来trnY（trnY2）はtrnFから変換されたもの この項目のデータは文献 Unseld et al. (1997) からの引用 |
| sugarbeet | サトウダイコン +: ｔRNAあり -: ｔRNAなし y: 偽遺伝子 a: ミトコンドリアtRNA b: 色素体由来tRNA c: 新規tRNA この項目のデータは文献 Kubo et al. (2000) からの引用 |
2.8 Genomic Dynamism
| データ名 | Genomic Dynamism |
| データ内容の説明 | イネを形作る3つのゲノム（ミトコンドリア、色素体、核）に共通する配列の一覧です。 色素体配列に対する、ミトコンドリア配列および核配列の相同性と変異をまとめたものです。 この結果から、色素体配列の断片がミトコンドリアと核に移動している可能性があることが分かります。 |
| データファイル | rmg_genomic_dynamism.zip (1 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| plastid sequence No. | 色素体の配列番号 |
| Genes | 遺伝子 |
| Length | 長さ(bp) |
| Mutations of comparison with nuclear sequence | 核配列と比較した変異 sub : 置換 del : 削除 ins : 挿入 カッコ内は断片中で変化のあったヌクレオチドの数 |
| Homology | 核配列との相同性(%) |
| Mutations of comparison with mt sequence | ミトコンドリア配列と比較した変異 sub : 置換 del : 削除 ins : 挿入 カッコ内は断片中で変化のあったヌクレオチドの数 |
| Homology | ミトコンドリア配列との相同性(%) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/08/22
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- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
E-mail: bi[at]ml[dot]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/08/22 | 連絡先を変更 |
| 2013/12/17 | 統括サイトのURLを変更 |
| 2013/08/07 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2002/09/25 | RMG (http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/) で公開開始 |
5. 参考文献
Notsu Y, Masood S, Nishikawa T, Kubo N, Akiduki G, Nakazono M, Hirai A, Kadowaki K.
The complete sequence of the rice (Oryza sativa L.) mitochondrial genome: frequent DNA sequence acquisition and loss during the evolution of flowering plants.
Mol Genet Genomics (2002) 268: 434–445
PMID: 12471441
6. 連絡先
「RMG」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
E-mail: bi[at]ml[dot]affrc[dot]go[dot]jp