RIKEN SSBC

2016/12/09

Web Site: http://metadb.riken.jp/metadb/db/SciNetS_ria266i/http://metadb.riken.jp/db/SciNetS_ria266i/cria266s7i
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/riken-ssbc/

高等動植物等タンパク質の結晶観察画像・Ｘ線回折画像・付随実験情報のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. サマリーテーブル
  3. 回折画像
  4. 結晶観察画像
  5. ドメイン
  6. 試料調製
  7. 結晶化条件
  8. 結晶観察データ
  9. 回折実験
  10. 結晶化キット
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「RIKEN SSBC」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 サマリーテーブル

データ名 サマリーテーブル
データ内容の説明

データベース中の７つのテーブルと２つのデータセットのまとめ。
LIMS風に実験の順序に沿ってまとめてある。
各種リンクから個々のテーブルやデータセットを閲覧できる。
データファイル riken_ssbc_main.zip (11KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名主キー外部キー項目の説明
Domain ID checkbox ドメインID
Protein name タンパク質名（UniProt ACより変換）
UniProt AC UniProt AC（PDB IDより変換）
UniProt ID UniProt AC（PDB IDより変換）
Domain name ドメイン名
AA seq. アミノ酸配列
Sample preparation checkbox プラスミド、発現条件、精製条件へリンクする結晶化ID
Crystallization condition ID checkbox 結晶化条件ID
Crystallization plates checkbox 結晶化プレート
Selected plate ID checkbox 選択された結晶化プレートのID
Selected plate 選択された結晶化プレートの結晶化キット名
Selected well 選択されたウェル
Selected well image 選択されたウェル画像
Crystallization final condition 最終の結晶化条件
Diffraction ID checkbox 回折実験ID
Diffraction 位相決定法とビームライン名
Diffraction images 回折実験画像
PDB ID PDB ID
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2.3 回折画像

データ名 回折画像
データ内容の説明

Ｘ線回折実験データ。「回折実験」とあわせて参照されたい。
個々の回折画像はbzip2圧縮され、実験ごとにフォルダにまとめられている。
回折画像は圧縮されたままAdxv (http://www.scripps.edu/~arvai/adxv.html) などのソフトで表示できる。
フォルダはPDBIDと回折実験IDの組み合わせで命名されている。
データファイル -
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2.4 結晶観察画像

データ名 結晶観察画像
データ内容の説明

結晶化スクリーニング実験データ。
「結晶観察」とあわせて参照されたい。

個々のウェルの経時変化を撮影したJPEG画像が結晶化プレートごとにフォルダにまとめられている。フォルダはプレートIDで命名されているが、フォルダの内部構造やファイルの命名法は観察装置によって以下のように異なる。
・Crystal Farmではウェルごとにサブフォルダにまとめられており、個々の画像ファイルはプレートID、ウェルID、観察日時により命名されている。
・TERA、TERA3では観察日ごとにサブフォルダにまとめられており、個々の画像ファイルはプレートIDとウェル番号で命名されている。
・CrystalEYEでも観察日ごとにサブフォルダにまとめられているが、個々の画像ファイルはプレートID、観察日時、ウェルIDで命名されている。

imageフォルダには、回折実験に選ばれたウェルの画像のコピーを置いてある。
データファイル -
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2.5 ドメイン

データ名 ドメイン
データ内容の説明

立体構造解析の対象としているタンパク質のドメインの情報。配列情報を含む。
データファイル riken_ssbc_domain.zip (13KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名主キー外部キー項目の説明
dmid checkbox ドメインID
start_pos ドメイン切り出し位置(N末側)
stop_pos ドメイン切り出し位置(C末端側)
naseq 塩基配列
aaseq アミノ酸配列
domain_name ドメイン名
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2.6 試料調製

データ名 試料調製
データ内容の説明

ドメインの発現に用いるプラスミドの情報（タグ切断後の配列情報を含む）、発現条件、生成条件と収量。
データファイル riken_ssbc_sample.zip (8KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Plasmid プラスミドID
Domain ID ドメインID
Cleaved aaseq (切断処理後の)アミノ酸配列
MD ID MidiPrep ID
Domain name ドメイン名
Expression system 利用した発現システム
Scale 合成スケール (単位: ml)
Tube num 反応チューブ数（全体の合成スケールはscale*tube_num） (単位: 本数)
Temperature 反応温度 (単位: ℃)
Incubation time 反応時間 (単位: hour)
Plasmid conc プラスミド濃度 (単位: ul/ml)
Cofactor コファクター
Tag 切断処理の有無
Protease 切断処理に用いたプロテアーゼ
Affinity Affinity (AF) 精製用カラム
Ion-exchange イオン交換 (IEX) 精製用カラム
Gel filtration ゲルろ過 (GF) 精製用カラム
Protein conc タンパク質濃度 (単位: mg/ml)
Protein volume タンパク質収量 (単位: ul)
Label セレノメチオニンラベルの有無
Lot 精製ロット
Buffer バッファー組成
Purification date 精製終了年月日
PDB ID PDBID
Condition ID 結晶化条件ID
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2.7 結晶化条件

データ名 結晶化条件
データ内容の説明

結晶化スクリーニングの実験条件。plate_idが空欄の場合、観察装置を用いずに観察している。
データファイル riken_ssbc_crystallization.zip (4KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名主キー外部キー項目の説明
condition_id 結晶化条件ID
dmid checkbox checkbox ドメインID
purification_id checkbox 結晶化に用いた精製サンプル
date 結晶化を仕込んだ日
plate_id checkbox 結晶化プレートID
method1 結晶化方法
method2 結晶化方法
kit 使用した結晶化キット(Expandはある条件を展開した場合)
expand_reference 結晶化条件展開時の参照キット＆条件
temperature 結晶化温度。 (単位: ℃)
protein_conc 使用したタンパク質濃度 (単位: mg/ml)
final_condition 最終の結晶化条件
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2.8 結晶観察データ

データ名 結晶観察データ
データ内容の説明

結晶観察装置にて撮影したウェル画像データを有するプレートのリスト。
結果のウェル画像データは「結晶観察画像」を参照されたい。
データファイル riken_ssbc_crystal.zip (5KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名主キー外部キー項目の説明
dmid 　 checkbox ドメインID
plate_id checkbox 　 結晶化プレートID
method 　 　 スクリーニング方法
obs_system 　 　 プレート自動観察装置
condition_id 　 checkbox 結晶化条件ID
kit 　 　 結晶化実験スクリーニングキット名
kit_id 　 checkbox スクリーニングキットID
pdb_id 　 checkbox PDBID
well 　 　 反射測定に使用したPDBに直結する結晶の析出したウェル。
image_file 　 　 上記wellの画像ファイル
dataset_dir 　 　 画像ファイルの格納されているディレクトリ
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2.9 回折実験

データ名 回折実験
データ内容の説明

Ｘ線回折実験のデータセットのリスト。測定条件と結果の分解能、空間群、格子定数を含む。
「回折画像」とあわせて参照されたい。
データファイル riken_ssbc_diffraction.zip (4KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名主キー外部キー項目の説明
diffraction_id checkbox 回折実験ID
image_file 回折実験画像ファイル
dataset_dir 画像ファイルの格納されているディレクトリ
condition_id checkbox 結晶化条件ID
dmid checkbox ドメインID
pdb_id checkbox PDBID
measurement_date 測定日
beamline ビームライン名
detector 検出機名
data_collection_protocol データ収集プロトコル（多波長or単波長)
phasing_protocol 位相決定法
mr_starting_model 分子置換法（MR）で解いたときの初期構造モデル
camera_length カメラ長 (単位: mm)
omega_step 振動角 (単位: °)
angle_range 測定範囲 (単位: °)
wavelength1 波長 (単位: Å)
wavelength2 波長 (単位: Å)
wavelength3 波長 (単位: Å)
wavelength4 波長 (単位: Å)
exposure_time 露光時間 (単位: sec.)
resolution 分解能 (単位: Å)
space_group 空間群 (単位: )
a セル長 (単位: Å)
b セル長 (単位: Å)
c セル長 (単位: Å)
alpha セル角 (単位: °)
beta セル角 (単位: °)
gamma セル角 (単位: °)
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2.10 結晶化キット

データ名 結晶化キット
データ内容の説明

結晶化スクリーニングキット試薬組成一覧。展開用試薬は除く。
データファイル riken_ssbc_crystallization_kit.zip (23KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名主キー外部キー項目の説明
kit_id     スクリーニングキットID
kit_name     結晶化実験スクリーニングキット名
well     プレートウェル位置
reagent_id checkbox   結晶化試薬ID
well_name     プレートウェル位置
final_ph     最終pH
salt     塩条件
buffer     バッファー条件
precipitant     沈殿剤条件
other     添加剤などの条件
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/08/25

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


クリエイティブ・コモンズ・ライセンス

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-非営利-改変禁止2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”RIKEN SSBC c 横山茂之（理化学研究所） licensed under CC表示-非営利-改変禁止2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-非営利-改変禁止2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースを営利目的の行為に利用することはできません。営利目的の行為に該当する例、該当しない例は、それぞれ以下の通りです。
    営利目的の行為に該当する例：
    • データベースの販売
    • データベースを利用した有償サービスの提供
    • 営利団体におけるデータベースの利用（検索のみの利用を除く）
    営利目的の行為に該当しない例：
    • 営利団体におけるデータベースの検索
  3. 本データベースの全部または一部を利用したデータベースなどの二次的著作物を作成することはできません。ただし、本データベースに含まれるデータを引用しただけの論文・ジャーナル等は二次的著作物とはみなされません。
  4. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。


データベース作成者連絡先：

〒230-0045
神奈川県横浜市鶴見区末広町1丁目7番22号
独立行政法人 理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域
横山 茂之
電話番号:045-503-9111
E-mail: yokoyama[at]biochem[dot]s[dot]u-tokyo[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2016/12/09 データベースの説明ページの「データベースのオリジナルサイト情報」を更新
2011/08/25 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2010/10/17 理研サイネスで公開開始
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5. 参考文献

-
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6. 連絡先

「RIKEN SSBC」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒230-0045
神奈川県横浜市鶴見区末広町1丁目7番22号
電話番号:045-503-9111
E-mail: yokoyama[at]biochem[dot]s[dot]u-tokyo[dot]ac[dot]jp

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