Mutant Panel

2023/06/27

Web Site: https://tos.nias.affrc.go.jp/

イネの内在性レトロトランスポゾンTos17を転移させて作製した挿入変異系統のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. plant
  3. def_phenotype
  4. phenotype
  5. seq
  6. tos17_insertion
  7. flanking
  8. photograph
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Mutant Panel」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 plant

データ名 plant
データ内容の説明

系統の表現型を記載しています。
データファイル tos17_plant.csv.zip (1.4 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
plant 系統名
sub 個体番号
date 観察日
image 画像ファイル名
comment_j 日本語の表現型観察結果
comment_e 英語の表現型観察結果
phenotype 表現型分類
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2.3 def_phenotype

データ名 def_phenotype
データ内容の説明

表現型の定義です。
データファイル tos17_def_phenotype.csv.zip (1.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
id 表現型のID
category_j 日本語の分類
category_e 英語の分類
description_j 日本語の表現型名
description_e 英語の表現型名
comment 備考
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2.4 phenotype

データ名 phenotype
データ内容の説明

表現型を示した系統のリスト
データファイル tos17_phenotype.csv.zip (213 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
id 表現型ID
name 系統名
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2.5 seq

データ名 seq
データ内容の説明

塩基配列名、系統名、アクセッション番号を整理した表です。
データファイル tos17_seq.csv.zip (550 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sequence Name 塩基配列名
Line Name 系統名
Accession アクセッション番号
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2.6 tos17_insertion

データ名 tos17_insertion
データ内容の説明

各変異系統におけるTos17のイネゲノムリファレンス配列(日本晴、IRGSP-1.0)に対する挿入位置
データファイル tos17_tos17_insertion.csv.zip (751 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Chromosome 染色体番号
Position 挿入位置
Direction 挿入方向
E-value BLASTN検索のE値
Line name 系統名
Sequence Name 隣接塩基配列名
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2.7 flanking

データ名 flanking
データ内容の説明

Tos17挿入隣接塩基配列のFasta形式のファイル
データファイル tos17_flanking.zip (11 MB)
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2.8 photograph

データ名 photograph
データ内容の説明

各系統から得られた表現型の写真
データファイル tos17_photograph.zip (17 GB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2023/06/27

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、”Mutant Panel ©宮尾 安藝雄 licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
E-mail: miyaoat_markaffrc.go.jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2023/06/27 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
(アーカイブ V1)
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5. 参考文献

Akio Miyao, Katsuyuki Tanaka, Kazumasa Murata, Hiromichi Sawaki, Shin Takeda, Kiyomi Abe, Yoriko Shinozuka, Katsura Onosato, Hirohiko Hirochika
Target site specificity of the Tos17 retrotransposon shows a preference for insertion within genes and against insertion in retrotransposon-rich regions of the genome
Plant Cell/2003/15(8):1771-1780
PMID: 12897251

Akio Miyao, Yukimoto Iwasaki, Hidemi Kitano, Jun-Ichi Itoh, Masahiko Maekawa, Kazumasa Murata, Osamu Yatou, Yasuo Nagato, Hirohiko Hirochika
A large-scale collection of phenotypic data describing an insertional mutant population to facilitate functional analysis of rice genes
Plant Mol. Biol./2007/63(5):625-635
PMID: 17180734

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6. 連絡先

「Mutant Panel」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

miyaoat_markaffrc.go.jp
029-838-6932
宮尾安藝雄

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