RGP gmap98
2015/02/25Web Site: http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/geneticmap98/geneticmap98.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-gmap98/
イネの高密度連鎖地図作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RGP gmap98」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 データのリンク先一覧
| データ名 | データのリンク先一覧 |
| データ内容の説明 | 各染色体ごとにイネ高密度連鎖地図の関連データへのリンク情報をまとめた一覧 |
| データファイル | rgp_gmap98_main.zip (355 B) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Genotype data | 簡易検索サイト上で、全分離個体（186個体）についての遺伝子型データへのリンク |
| Linkage order | 簡易検索サイト上で、連鎖地図順のマーカー情報へのリンク |
| Map image file | 簡易検索サイト上で、イネ高密度連鎖地図へのリンク |
2.3 高密度連鎖地図情報
| データ名 | 高密度連鎖地図情報 |
| データ内容の説明 | 1174個の別々のポジションをもつ2275個のDNAマーカーを用いて構築した、RFLP(制限酵素断片長多型)によるイネ高密度連鎖地図の情報 |
| データファイル | rgp_gmap98_detail.zip (37.2 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Floating marker | フローティングマーカー 「F」は遺伝子座分離データが異なる位置のデータといかなる組換えも示さなかったことを表す。 「F」が表示されている場合、最小位置はPositionカラム、最大位置はMaxカラムで表示される。 |
| Position | 短腕末端からの遺伝子座の位置 Floating markerカラムが「F」の場合は最小位置 |
| Max | Floating markerカラムが「F」の場合は最大位置 |
| Arm | セントロメアの連鎖地図上の位置を決めるために用いたマーカーで、telo-torisomyの系統で確認された染色体腕 |
| Locus name | 遺伝子座名 |
| Image file name | 親サザン画像ファイル名 |
| Accession | マーカー配列のDDBJアクセッション番号 |
| Accession 2 | マーカーが２個のアクセッション番号を持つ場合の、もう一つのDDBJアクセッション番号 |
| Orignal clone name | オリジナルのクローン名 |
| Protein | PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質の名前 |
| Organism | PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質を持つ生物名 |
| Score | PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質のbitsスコア |
2.4 アイソザイムの遺伝子座リスト
| データ名 | アイソザイムの遺伝子座リスト |
| データ内容の説明 | アイソザイム遺伝子として推定され、本高密度連鎖地図にマッピングされた、cDNAクローンについての情報リスト |
| データファイル | rgp_gmap98_isozyme_loci.zip (611 B) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Isozyme locus | アイソザイム遺伝子座名 |
| Enzyme name | アイソザイムとして推定された遺伝子座がコードする酵素名 |
| cDNA locus 1 | 第１cDNA由来の遺伝子座 |
| Position 1 | 第１cDNA由来の遺伝子座の位置 |
| cDNA locus 2 | 第２cDNA由来の遺伝子座 |
| Position 2 | 第２cDNA由来の遺伝子座の位置 |
| cDNA locus 3 | 第３cDNA由来の遺伝子座 |
| Position 3 | 第３cDNA由来の遺伝子座の位置 |
| cDNA locus 4 | 第４cDNA由来の遺伝子座 |
| Position 4 | 第４cDNA由来の遺伝子座の位置 |
2.5 遺伝子型データ
| データ名 | 遺伝子型データ |
| データ内容の説明 | 各染色体の全ての分離個体（186個体）についての遺伝子型データ |
| データファイル | rgp_gmap98_genotype_data.zip (48.4 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Locus | 遺伝子座名（マーカー名） |
| Genetic code | MAPMAKERによる遺伝コード |
2.6 連鎖順序情報
| データ名 | 連鎖順序情報 |
| データ内容の説明 | 連鎖地図を作製した時のフレームとなる1174個のマーカーについて染色体ごとに、マーカー名、次のマーカーとの距離、遺伝型が決定できた個体数及びマーカーの遺伝形式のリストです。 |
| データファイル | rgp_gmap98_linkage_order.zip (8.7 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Markers | マーカー名 |
| Distance | 順序が１つ後ろのマーカーまでの遺伝的距離（cM） |
| Genotypes | mapping populationにおけるマーカーごとに観測された遺伝子型の数 codom：共優性マーカー +/-：優性マーカー |
2.7 親サザン画像
| データ名 | 親サザン画像 |
| データ内容の説明 | 親世代のサザンハイブリダイゼーション画像ファイル |
| データファイル | rgp_gmap98_southern_image.zip (69.2 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2015/02/12
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”RGP: A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP © 農業生物資源研究所 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/02/12 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2013/04/01 | RGP: A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP (http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/geneticmap98/geneticmap98.html) に移転 |
| 1998/01/17 | RGP: A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP (http://rgp.dna.affrc.go.jp/publicdata/geneticmap98/geneticmap98.html) で公開開始 |
5. 参考文献
Y Harushima, M Yano, A Shomura, M Sato, T Shimano, Y Kuboki, T Yamamoto, S Y Lin, B A Antonio, A Parco, H Kajiya, N Huang, K Yamamoto, Y Nagamura, N Kurata, G S Khush, and T SasakiA High-Density Rice Genetic Linkage Map with 2275 Markers Using a Single F2 Population
Genetics January 1, 1998 vol.148 no.1 479-494
PMID: 9475757
6. 連絡先
「RGP gmap98」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp