RGP gmap
2014/10/31Web Site: http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/naturegenetics/ricegmap.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-gmap/
イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーのデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RGP gmap」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 DNAマーカー統計情報
| データ名 | DNAマーカー統計情報 |
| データ内容の説明 | イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの統計情報 |
| データファイル | rgp_gmap_main.zip (1 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 (簡易検索サイトでは、染色体番号から該当のDNAマーカー詳細情報へリンク。イメージファイル名から該当染色体のマップへリンク。） |
| No. of callus cDNA clones | カルスcDNAクローンの数 |
| No. of root cDNA clones | 根cDNAクローンの数 |
| No. of random genomic clones | ランダムなゲノムクローンの数 |
| No. of NotI-linking clones | NotI-linkingクローンの数 |
| No. of YAC end clones | YACエンドクローンの数 |
| No. of telomere-associated clones | テロメアに関連したクローンの数 |
| No. of RAPD markers | RAPDマーカーの数 |
| No. of STS markers | STSマーカーの数 |
| No. of wheat clones | 小麦クローンの数 |
| No. of other clones | 他のクローンの数 |
| Total marker number | 総マーカー数 |
| Total length in error detection off mode | MAPMAKER/EXPのエラー検出オフモードでのKosambiマップ関数による全長 |
| Total length in error detection on mode | MAPMAKER/EXPのエラー検出オンモードでのKosambiマップ関数による全長 |
| Difference between error detection on and off mode (cM) | エラー検出オンモードとオフモードでの違い (cM) |
| Difference between error detection on and off mode (%) | エラー検出オンモードとオフモードでの違い (%) |
| No. of candidate errors by MAPMAKER/EXP | MAPMAKER/EXP 3.0によるエラー候補の数 |
| Total number of observed genotypes | マップ計算のために観測された遺伝子型の総数 |
| Average number of observed genotypes per marker | マーカーごとに観測された遺伝子型の数の平均 |
2.3 DNAマーカー詳細情報
| データ名 | DNAマーカー詳細情報 |
| データ内容の説明 | イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの詳細情報 |
| データファイル | rgp_gmap_marker.zip (28.3 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Two-point distance (cM) | 前のマーカーとの2点間の距離 |
| Position (cM) | 当該染色体内におけるマーカーの位置 |
| Locus name | ローカス名 |
| DDBJ accession No. | マーカーの配列のDDBJアクセション番号 |
| Restriction enzyme | NipponbareとKasalathの間の多型を検出するための制限酵素名 |
| Nipponbare band size (kb) | Nipponbareのサザンバンドサイズ |
| Kasalath band size (kb) | Kasalathのサザンバンドサイズ |
| Probe size (kb) | プローブのサイズ |
| Vector | クローニングベクター |
| Cloning site | クローニング部位 |
| Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone | NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素 |
| RAPD primer sequence 1 | RAPDマーカーのプライマー配列1 |
| RAPD primer sequence 2 | RAPDマーカーのプライマー配列2 |
| PCR protocol for RAPD and STS markers | RAPDマーカーとSTSマーカーのPCRプロトコル |
| Image file name | サザン画像ファイル名 |
2.4 サザン画像
| データ名 | サザン画像 |
| データ内容の説明 | 親世代のサザンハイブリダイゼーション画像ファイル |
| データファイル | rpg_gmap_southern_image.zip (37.3 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2014/10/31
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”RGP : RICE GENETIC MAP IN NATURE GENETICS © 農業生物資源研究所 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2014/10/31 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2013/04/01 | RGP gmap (http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/naturegenetics/ricegmap.html) に移転 |
| 1994/08/08 | RGP gmap (http://rgp.dna.affrc.go.jp/publicdata/naturegenetics/ricegmap.html) で公開開始 |
5. 参考文献
N. Kurata, Y. Nagamura, K. Yamamoto, Y. Harushima, N. Sue, J. Wu, B.A. Antonio, A. Shomura, T. Shimizu, S-Y. Lin, T. Inoue, A. Fukuda, T. Shimano, Y. Kuboki, T. Toyama, Y. Miyamoto, T. Kirihara, K. Hayasaka, A. Miyao, L. Monna, H.S. Zhong, Y. Tamura, Z-X. Wang, T. Momma, Y. Umehara, M. Yano, T. Sasaki, Y. MinobeA 300 kilobase interval genetic map of rice including 883 expressed sequences.
Nature Genetics, 8: 365-372 (1994)
PMID: 7894488
6. 連絡先
「RGP gmap」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp