RED
2015/12/21Web Site: http://red.dna.affrc.go.jp/RED/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/red/
イネゲノムプロジェクトにおいて8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RED」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 研究グループと研究課題
| データ名 | 研究グループと研究課題 |
| データ内容の説明 | 研究グループと研究課題に関する各年度の情報 |
| データファイル | red_subject_info.zip (5.2 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Research ID | 研究ID（課題番号） |
| Institute | 組織 |
| Section | 部門 |
| User name | ユーザ名 |
| Experimental title | 実験タイトル（研究課題） |
| Year | 年 |
| HP url | サイトのURL |
2.3 実験の概要
| データ名 | 実験の概要 |
| データ内容の説明 | ラウンド毎のサンプル組み合わせを含む実験の概要 |
| データファイル | red_experiment_outline.zip (7.8 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Experimental ID | Research ID, Round, "C", Control noデータのGroup no, Control noデータのIntra no, "T", Target noデータのGroup no, Target noデータのIntra noを '_' でつなげた文字列 |
| Research ID | 研究ID（課題番号） |
| Round | ラウンド（第～期） |
| Combination ID | サンプル組み合わせのID |
| Control no | コントロール・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 |
| Target no | ターゲット・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 |
| Method | メソッド
|
| Release | 課題の公開状況 |
2.4 実験情報
| データ名 | 実験情報 |
| データ内容の説明 | アレイglass毎の実験の詳細情報 |
| データファイル | red_experiment_info.zip (20.3 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Info ID | 実験情報のID |
| Research ID | 研究ID（課題番号） |
| Round | ラウンド（第～期） |
| Control no | コントロール・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 |
| Target no | ターゲット・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 |
| Glass position | アレイglass上の位置情報
|
| Probe type | プローブのタイプ
|
| glass ID | アレイglassのID |
| experiment date | 実験日 |
| glass production date | アレイglassの製作日 |
| spotter No | スポット番号 |
| pen set | Penセット |
| glass batch | アレイglassのバッチ |
| Array name | 配列名 |
2.5 サンプル情報
| データ名 | サンプル情報 |
| データ内容の説明 | コントロール検体またはターゲット検体として使用されたサンプルの情報 |
| データファイル | red_sample.zip (27.5 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Research ID | 研究ID（課題番号） |
| Round | ラウンド（第～期） |
| Sample no | サンプル番号 |
| Sample name | サンプル名 |
| Sample type | サンプルのタイプ
|
| Treatment keyword | トリートメントキーワード |
| Physiology1 | 生理条件 1 |
| Physiology2 | 生理条件 2 |
| Organism | 生物種 |
| Scientific name | 学名 |
| Cultivar | 栽培品種 |
| Tissue stage detail | 組織ステージの詳細 |
| stage Keyword | 発生段階 |
| other stage Keyword | 別の発生段階 |
| tissue Keyword | 採取器官 |
| other tissue Keyword | 別の採取器官 |
| mRNA type | mRNAタイプ
|
| Treatment comment | トリートメントの詳細 |
| Group no | グループ番号 |
| Intra no | イントラ番号（識別ID） |
2.6 発現データ
| データ名 | 発現データ |
| データ内容の説明 | 実験で得られた正規化発現データ |
| データファイル | red_expression.zip (85.5 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Experimental ID | Research ID, Round, "C", Control noデータのGroup no, Control noデータのIntra no, "T", Target noデータのGroup no, Target noデータのIntra noを '_' でつなげた文字列 |
| Research ID | 研究ID（課題番号） |
| Round | ラウンド（第～期） |
| Control no | コントロール・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 |
| Target no | ターゲット・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 |
| Element No(Glass) | エレメント番号（アレイglass上の位置情報） |
| EST name | EST名 red_estの「Clone name」に対応 |
| Expression value | 発現値（正規化された比率平均） |
2.7 ESTデータ
| データ名 | ESTデータ |
| データ内容の説明 | Rice8987 Arrayのクローンの染色体上の位置情報リスト |
| データファイル | red_est.zip (629 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Element No(Glass) | エレメント番号（アレイglass上の位置情報） |
| Clone name | クローン名 |
| Accession_01 | DDBJ アクセッション番号（5'末端） |
| Accession_02 | DDBJ アクセッション番号（3'末端） |
| Locus name | 遺伝子座 |
| Chr type | 染色体番号 |
| EST cluster type | クラスタータイプ
|
| Availability | 利用可能かどうか
|
| 3'UTR M /no check | PCR産物のチェック結果（3'UTR)
|
| Full insert M /no check | PCR産物のチェック結果（Full inserts)
|
| Destination Plate | PCRチェックを行う際に使用したDestination Plateの番号 |
| Dplate Pos | PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上での位置 |
| Mapped 3'UTR Primer seq (Upper) | マップされた3'UTRプライマー配列（Upper） |
| Mapped 3'UTR Primer seq (Lower) | マップされた3'UTRプライマー配列（Lower） |
| Unmapped 3'UTR Primer seq (Upper) | マップされていない3'UTRプライマー配列（Upper） |
| Unmapped 3'UTR Primer seq (Lower) | マップされていない3'UTRプライマー配列（Lower） |
| Putative Identification | クローン配列から推定されたGene Identification |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2015/12/21
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Rice Expression Database © 菊池 尚志(農業生物資源研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット 菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/12/21 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2000/10/1 | Rice Expression Database(http://red.dna.affrc.go.jp/RED/)で公開開始 |
5. 参考文献
Junshi Yazaki, Naoki Kishimoto, Masahiro Ishikawa and Shoshi KikuchiRice Expression Database: the gateway to rice functional genomics
Trends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564
6. 連絡先
「RED」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット
菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp