高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説等を付加したデータベース
データ名 | README |
データ内容 | 「PLACE」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
データ名 | Main |
データ内容の説明 | 塩基配列情報。一つの塩基配列情報 (Main) に対して、一つ以上の文献情報 (Reference) が存在する。 |
データファイル | place_main.zip (48.9 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
Identifier | 識別子 |
Accession number | アクセッション番号 |
Date (operation) author | 日付 (操作) 作成者 |
Description | 説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など) |
Keywords | キーワード |
Species | 生物種 |
Sequence | シスエレメントの配列
シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。 B: C, G or T |
データ名 | Reference |
データ内容の説明 | 文献情報。一つの塩基配列情報 (Main) に対して、一つ以上の文献情報 (Reference) が存在する。 |
データファイル | place_reference.zip (52.5 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
Identifier | 識別子 |
Authors | 作成者 |
Title | タイトル |
Literature data | 文献データ |
Criteria | 分類基準 (DNase I フットプリント法 / 化学修飾 / ゲル遅延アッセイ / 相同性 / その他) |
PubMed | PubMed ID |
GenBank | DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号 |
データ名 | Raw Data (ASCII format) |
データ内容の説明 | 各シスエレメントの簡単な説明が含まれている、EMBL-likeフォーマットの文書。 |
データファイル | place.seq.zip (110 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
ID | 識別子 |
AC | アクセッション番号 |
DT | 日付 (操作) 作成者 |
DE | 説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など) |
KW | キーワード |
OS | 生物種 |
RA | 作成者 |
RT | タイトル |
RL | 文献データ |
RC | 分類基準 (DNase I フットプリント法 / 化学修飾 / ゲル遅延アッセイ / 相同性 / その他) |
RD | 外部データベース (MEDLINE番号、または、DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号) |
SQ | シスエレメントの配列
シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。 B: C, G or T |
XX | データ種別の区切り |
データ名 | Raw Data (Signal scan format) |
データ内容の説明 | 各シスエレメントの簡単な説明が含まれている、Signal scanフォーマットのデータ。 |
データファイル | place.dat.zip (7.4 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
Old data ID | 旧データでの識別子 (r01.1以前 : 識別子、r02.0以降 : "unknown") |
ID | 識別子(r01.1以前 : 名前、r02.0以降 : 識別子) |
Sequence | シスエレメントの配列
シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。 B: C, G or T |
Sequence length | シスエレメントの配列長 |
Accession number | アクセッション番号 |
データ名 | Raw Data (FASTA format) |
データ内容の説明 | 各シスエレメントの簡単な説明が含まれている、FASTAフォーマットのデータ。 |
データファイル | place.fasta.zip (36.3 KB) |
シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。 B: C, G or T |
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データベース作成者連絡先:
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独立行政法人 農業生物資源研究所
E-mail: support[at]dna[dot]affrc[dot]go[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
2014/07/17 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
1997/03/31 | PLACE (http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/)で公開開始 |
データベース作成者連絡先:
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
独立行政法人 農業生物資源研究所
E-mail: support[at]dna[dot]affrc[dot]go[dot]jp