PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法
2014/04/03Web Site: PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/pgdbj-dna-marker-linkage-map/
モデル生物と作物を含む植物種について、基本情報、マーカー、QTL、DBリンク、ゲノム解析手法の情報を整理したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 登録生物種リスト
| データ名 | 登録生物種リスト |
| データ内容の説明 | 各生物種についての基本情報を収集し、整備した一覧です。 基本的な説明や、DNAマーカー、QTL、関連するデータベース集とゲノム解析手法についての情報が、一覧の中にまとめられています。 |
| データファイル | pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_species_list.zip (40 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Scientific name | 学名 |
| Japanese name | 和名 |
| Taxonomy ID | NCBI Taxonomy ID |
| 科名 | 科名 (日) |
| Family | 科名 (英) |
| 属名 | 属名 (日) |
| Genus | 属名 (英) |
| Species | 種名 (英) |
| 一般名 | 一般名 (日) |
| Common name | 一般名 (英) |
| Synonym | 別名 |
| Links (NCBI) | NCBI Taxonomyへのリンク情報 |
| Links (DFCI) | DFCI Gene Indexへのリンク情報 |
| リソース情報 | リソース情報 |
| Reference | 参考文献 |
| 説明 | 植物に関する説明 |
| Commentary | 植物に関する説明 (英) |
| Scientific name authority | Authorityを含めた学名 |
| Variety | 品種 |
| マーカーリスト |
マーカーリストへのリンク情報 (簡易検索サイトではマーカーリストへリンク) |
| QTLリスト | QTLリストへのリンク情報 (簡易検索サイトではQTLリストへリンク) |
| 植物DBリンク | 植物DBリストへのリンク情報 (簡易検索サイトでは植物DBリストへリンク) |
| ゲノム解析手法 | ゲノム解析手法へのリンク情報 (簡易検索サイトではゲノム解析手法へリンク) |
2.3 マーカーリスト
| データ名 | マーカーリスト |
| データ内容の説明 | DNAマーカーに関して、マーカー名、生物名、マーカータイプ、配列情報、関連文献などを収集・整備した一覧です。 |
| データファイル | pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_marker_list.zip (1.6 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Scientific name | 学名 |
| Scientific name authority | Authorityを含めた学名 |
| Name | 一般名 (英) |
| Family | 科 (英) |
| Marker |
マーカー名 |
| Marker type | マーカーの種類 |
| Taxonomy ID | 植物のNCBI Taxonomy ID |
| Journal name | Journalの名称 |
| Published year | 文献の発行年 |
| DOI | 文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク) |
| PMID | 文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク) |
| Sequence information | NCBI のGenbank IDやdbSNPにおけるReference SNP (refSNP) Cluster ID (簡易検索サイトではそれぞれのページへリンク) |
| Typing method | Typing手法 |
| Forward primer | Forward primer 配列 |
| Reverse primer | Reverse primer 配列 |
2.4 QTLリスト
| データ名 | QTLリスト |
| データ内容の説明 | QTLに関して、生物名、文献、形質などについてまとめた一覧です。 |
| データファイル | pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_qtl_list.zip (23 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Scientific name | 学名 |
| Scientific name authority | Authorityを含めた学名 |
| Name | 一般名 (英) |
| Family | 科 (英) |
| Taxonomy ID | NCBI Taxonomy ID |
| QTL name | QTL名 |
| Population name | Population名 |
| Population type | Populationの種類 |
| Population size | Populationのサイズ |
| Trait | 形質 |
| Gene, description | 注釈 |
| Journal name | 文献の掲載されたJournal名 |
| Published year | 文献の発行年 |
| DOI | 文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク) |
| PMID | 文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク) |
2.5 植物DBリンク
| データ名 | 植物DBリンク |
| データ内容の説明 | DNAマーカー、QTL、生物種の情報など、国内外の植物研究データベース情報の一覧です。 |
| データファイル | pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_db_link.zip (55 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| データベースID | データベースの整理番号 |
| データベース名 | データベース名 |
| 記載植物 | データベースに記載された植物の学名 (日) |
| 科名 | データベースに記載された植物の科名 (日) |
| Family name | データベースに記載された植物の科名 (英) |
| 和名 | データベースに記載された植物の和名 |
| Common name | データベースに記載された植物の一般名 (英) |
| 国 | データベースを作成した機関の国 |
| 機関 | データベースを作成した機関 |
| URL | データベースのURL (簡易検索サイトではデータベースへのリンク) |
| 研究/一般 | データベースの区分 (研究/一般) |
| 分類 |
データベースの分類 |
| 説明 | データベースの説明 |
2.6 ゲノム解析手法
| データ名 | ゲノム解析手法 |
| データ内容の説明 | 各生物種におけるゲノム解析の現状 (2014年3月時点) に関する情報をまとめた一覧です。ゲノム解析の行われた生物種について、ゲノム解析手法の詳細や文献情報、ゲノムデータベースの情報がまとめられています。 |
| データファイル | pgdbj_dna_marker_linkage_map_genome_analysis_methods.zip (6 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Scientific name | 学名 |
| Japanese name | 和名 |
| Status | ゲノム解析の状況 |
| Chromosome number | 染色体数 |
| Genome size | ゲノムサイズ (Mb) |
| Year | ゲノム解析の行われた年 |
| Sequencing method | シークエンス手法 |
| Read counts | Read数 |
| Covered genome region | 解析されたゲノム領域 (Mb) |
| Sequencing depth | Sequencing depth |
| Assembly method | Assembly method |
| Number of scaffolds | scaffoldの数 |
| Contig counts | contig数 |
| Gene annotation method | Gene annotation method |
| Number of predicted genes | 予測された遺伝子数 |
| Genome database | ゲノム解析に関するデータベース (簡易検索サイトではデータベースへのリンク) |
| Assembly release | Assembly release |
| Annotation release | Annotation release |
| Reference1 (DOI) | 参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク) |
| Reference1 (PMID) | 参考文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク) |
| Reference2 (DOI) | 参考文献2のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク) |
| Other reference (DOI) | その他の参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2014/04/03
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 © 田畑哲之 (かずさDNA研究所) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人かずさDNA研究所
田畑哲之
お問合わせフォーム
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2014/04/03 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2012/08/08 | PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 (http://pgdbj.jp/dna-marker-linkage-map.html)で公開開始 |
5. 参考文献
Erika Asamizu, Hisako Ichihara, Akihiro Nakaya, Yasukazu Nakamura, Hideki Hirakawa, Takahiro Ishii, Takuro Tamura, Kaoru Fukami-Kobayashi, Yukari Nakajima and Satoshi TabataPlant Genome DataBase Japan (PGDBj): A Portal Website for the Integration of Plant Genome-Related Databases
Plant Cell Physiol (2014) 55 (1): e8
PMID:24363285
6. 連絡先
「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒292-0818
千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人かずさDNA研究所
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