Open TG-GATEs

2011/09/16

Web Site: Open TG-GATEs
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/open-tggates

Open TG-GATEsは、トキシコゲノミクスプロジェクトの研究成果を幅広い研究者に活用して頂くために開発した一般公開用の トキシコゲノミクスデータベースであり、 TG-GATEsに格納されているデータの中から131化合物に係るデータを公開しています。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 化合物リスト
  3. 遺伝子発現データ (CELファイル)
  4. CELファイル属性情報
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Open TG-GATEs」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 化合物リスト

データ名 化合物リスト
データ内容の説明 Open TG-GATEｓで公開されている化合物のリストと各化合物に対する遺伝子発現データファイルとその属性情報へのリンクをまとめたリストです。
データファイル open_tggates_main.zip (6KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
化合物名（日） 化合物名の日本語表記
化合物名（英） 化合物名の英語表記
薬効分類 化合物の薬効分類
Human - in vitro ヒト肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）
Rat - in vitro ラット肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）
Rat - in vivo - Liver - Single ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）
Rat - in vivo - Liver - Repeat ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）
Rat - in vivo - Kidney - Single ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）
Rat - in vivo - Kidney - Repeat ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）
Pathological items (Liver) ラットを用いたin vivo試験における肝臓での病理所見（Open TG-Gatesへのリンク）
Pathological items (Kidney) ラットを用いたin vivo試験における腎臓での病理所見（Open TG-Gatesへのリンク）

2.3 遺伝子発現データ (CELファイル)

データ名 遺伝子発現データ (CELファイル)
データ内容の説明 Open TG-GATEsで公開されているCELファイルを、実験種別にグループ分けし、ZIP形式で圧縮したファイルです。 ZIPファイル中には、その中に含まれるCELファイルの属性情報が、タブ区切りテキストファイル形式(.tsv)で同梱されています。
※CELは，Affymetrix GeneChipRで取得された遺伝子発現データ（生データ）を表現する一つのファイル形式です。
データファイル データファイル名: ヒトサンプルにおける遺伝子発現データ
データのURL: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/open-tggates/LATEST/Human/
ファイルサイズ: 9.4GB (ZIPファイルの合計）
データファイル名: ラットサ ンプルにおける遺伝子発現データ
データのURL: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/open-tggates/LATEST/Rat/
ファイルサイズ: 49GB (ZIPファイルの合計）

2.4 CELファイル属性情報

データ名 CELファイル属性情報
データ内容の説明 各CELファイルについて説明している属性情報のリスト
データファイル open_tggates_attribute.zip (171KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
BARCODE 使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。
ARR_DESIGN GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。
EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。
GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。
INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。
ORGAN 臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。
MATERIAL_ID 遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。
COMPOUND_NAME 化合物の名称です。
COMPOUND_ABBREVIATION 化合物の略称です。
COMPOUND_NO 化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。
SPECIES 生物種を表しています。
EXP_TEST_TYPE 実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。
SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。
SEX_TYPE 性別を表しています。
STRAIN_TYPE in vivo試験におけるラットの系統を表しています。
ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE 化合物の投与経路を表しています。
ANIMAL_AGE(week) in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。
SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。
DOSE 投与量を表しています。
DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。
DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/03/18

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”トキシコゲノミクスプロジェクト, トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

独立行政法人 医薬基盤研究所
創薬基盤研究部
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
〒567-0085 大阪府茨木市彩都あさぎ7-6-8
TEL:072-641-9826
E-mail: opentggates[at]nibio[dot]go[dot]jp

本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2011/09/16 ciprofloxacin, Rat, in vivo, Kidney, High Dose, 29dayに関する個体データ1件を修正しました。
修正範囲：open_tggates_attribute.zip内のCSVファイル, ciprofloxacin.Rat.in_vivo.Kidney.Repeat.zip内のAttribute.tsv
2011/03/18 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2011/02/25 Open TG-GATEs(http://toxico.nibio.go.jp/)で公開開始
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5. 参考文献

6.連絡先

「Open TG-GATEs」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

独立行政法人 医薬基盤研究所
創薬基盤研究部
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
〒567-0085 大阪府茨木市彩都あさぎ7-6-8
TEL:072-641-9826
E-mail: opentggates[at]nibio[dot]go[dot]jp

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