NBDC NikkajiRDF

2023/06/30

Web Site: http://doi.org/10.18908/lsdba.nbdc01530-02-000

日本化学物質辞書（日化辞）のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 日化辞の本体のRDFデータ
  3. 日化辞のInChIのRDFデータ
  4. 日化辞のSMILESのRDFデータ
  5. 日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ
  6. 日化辞の分子式と分子量のRDFデータ
  7. 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（UniChem由来）
  8. 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（PubChem由来）
  9. 日化辞のコアデータのRDFデータ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「NBDC NikkajiRDF」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 日化辞の本体のRDFデータ

データ名 日化辞の本体のRDFデータ
データ内容の説明

330万件以上の化学物質の日化辞番号、分子式、分子量、和名、英名など基本情報のRDFデータです。
データファイル NBDC_NikkajiRDF_main.tar.gz (1.1 GB)
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2.3 日化辞のInChIのRDFデータ

データ名 日化辞のInChIのRDFデータ
データ内容の説明

日化辞番号（日化辞の化学物質のID）とInChIおよびInChIKeyの関係のRDFデータ。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。
データファイル NBDC_NikkajiRDF_InChI.tar.gz (523 MB)
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2.4 日化辞のSMILESのRDFデータ

データ名 日化辞のSMILESのRDFデータ
データ内容の説明

日化辞番号（日化辞の化学物質のID）とCanonical SMILESの関係のRDFデータ。Chemical Information Ontology（CHEMINF）やSemanticscience Integrated Ontology（SIO）などのオントロジーを使用。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。
データファイル NBDC_NikkajiRDF_SMILES.tar.gz (153 MB)
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2.5 日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ

データ名 日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ
データ内容の説明

日化辞の化学物質と、研究者、文献、特許、遺伝子など科学技術情報を関連づけて提供するJ-GLOBAL(http://jglobal.jst.go.jp/)のリンク情報のRDFデータ。
データファイル NBDC_NikkajiRDF_link2JGLOBAL.ttl.gz (1.8 MB)
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2.6 日化辞の分子式と分子量のRDFデータ

データ名 日化辞の分子式と分子量のRDFデータ
データ内容の説明

PubChemやChEMBLなど世界の主要な化合物DBのRDFで採用しているSemanticscience Integrated Ontology（SIO）およびChemical Information Ontology（CHEMINF）などを用いて記述した分子式と分子量とRDFデータ。
データファイル NBDC_NikkajiRDF_MFMW.tar.gz (519 MB)
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2.7 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（UniChem由来）

データ名 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（UniChem由来）
データ内容の説明

InChIKeyの情報に基づき化合物データベース間の化合物IDのマッピング情報を提供しているUniChem(https://www.ebi.ac.uk/unichem/)のデータを活用し、日化辞化合物と他のデータベース*で収録されている化合物との対応関係をskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。

*: ChEMBL, DrugBank, PDB, Guide to Pharmacology, KEGG, ChEBI, ZINC, Gene Expression Atlas, PharmGKB, Human Metabolome Database (HMDB), PubChem, NMRShiftDB, Aggregated Computational Toxicology Resource (ACToR), BindingDB, KNApSAcK.
データファイル NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnUniChem.tar.gz (69 MB)
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2.8 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（PubChem由来）

データ名 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（PubChem由来）
データ内容の説明

日化辞の個々の化合物とPubChemのSubstance、CompoundおよびGlyTouCan (https://glytoucan.org/)の化合物の対応関係をskos:exactMatchやskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。このデータはBioHackathon 2015 (http://2015.biohackathon.org/hackathon)の成果の1つです。
データファイル NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnPubChem.tar.gz (49 MB)
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2.9 日化辞のコアデータのRDFデータ

データ名 日化辞のコアデータのRDFデータ
データ内容の説明

化学物質の日化辞番号（dcterms:identifier）、日英のラベル名（rdfs:label）、タイプ（rdf:type）、化学構造図（foaf:depiction）、同一のオブジェクト（owl:sameAs）など日化辞の本体のRDFデータから抽出したデータです。日化辞のInChIのRDFデータなどと組み合わせて使うことをお薦めします。
データファイル NBDC_NikkajiRDF_core.tar.gz (308 MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2023/06/29

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”NBDC NikkajiRDF © 国立研究開発法人 科学技術振興機構 licensed under CC表示4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
https://form2.jst.go.jp/s/contact_nbdc

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2022/10/04 「データベースの説明」の項目「データベースの特長・有用性・活用方法」を更新。
2022/02/01 アーカイブ V10 をリリース
2021/11/09 アーカイブ V9 をリリース
2019/05/15 「データベースの説明」の項目「オリジナルサイト」を更新。
2018/05/18 アーカイブ V8 をリリース
2017/02/17 アーカイブ V7 をリリース
2017/01/12 アーカイブ V6 をリリース
2016/11/09 アーカイブ V5 をリリース
2016/03/10 アーカイブ V4 をリリース
以下の3つのデータを新規追加。 「日化辞の本体のRDFデータ」 と 「日化辞のInChIのRDFデータ」のデータを追加
2015/10/23 アーカイブ V3 をリリース
2015/08/06 アーカイブ V2 をリリース
2015/05/29 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
(アーカイブ V1)
2005/03/31 日化辞Web (http://nikkajiweb.jst.go.jp/) で公開開始
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5. 参考文献

木村 孝宏, 櫛田 達矢
日化辞RDFデータの公開と化合物情報の統合
情報管理 58(3) 204-212 (2015/06/01)
http://doi.org/10.1241/johokanri.58.204

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6. 連絡先

「NBDC NikkajiRDF」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://form2.jst.go.jp/s/contact_nbdc

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