日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベース
データ名 | README |
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データ内容 | 「NBDC NikkajiRDF」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html (日本語) |
データ名 | 日化辞の本体のRDFデータ |
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データ内容の説明 | 330万件以上の化学物質の日化辞番号、分子式、分子量、和名、英名など基本情報のRDFデータです。 |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_main.tar.gz (995 MB) |
データ名 | 日化辞のInChIのRDFデータ |
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データ内容の説明 | 日化辞番号(日化辞の化学物質のID)とInChIおよびInChIKeyの関係のRDFデータ。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。 |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_InChI.tar.gz (398 MB) |
データ名 | 日化辞のSMILESのRDFデータ |
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データ内容の説明 | 日化辞番号(日化辞の化学物質のID)とCanonical SMILESの関係のRDFデータ。Chemical Information Ontology(CHEMINF)やSemanticscience Integrated Ontology(SIO)などのオントロジーを使用。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。 |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_SMILES.tar.gz (89.0 MB) |
データ名 | 日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ |
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データ内容の説明 | 日化辞の化学物質と、研究者、文献、特許、遺伝子など科学技術情報を関連づけて提供するJ-GLOBAL(http://jglobal.jst.go.jp/)のリンク情報のRDFデータ。 |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_link2JGLOBAL.ttl.gz (1.8 MB) |
データ名 | 日化辞の分子式と分子量のRDFデータ |
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データ内容の説明 | PubChemやChEMBLなど世界の主要な化合物DBのRDFで採用しているSemanticscience Integrated Ontology(SIO)およびChemical Information Ontology(CHEMINF)などを用いて記述した分子式と分子量とRDFデータ。 |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_MFMW.tar.gz (404 MB) |
データ名 | 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(UniChem由来) |
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データ内容の説明 | InChIKeyの情報に基づき化合物データベース間の化合物IDのマッピング情報を提供しているUniChem(https://www.ebi.ac.uk/unichem/)のデータを活用し、日化辞化合物と他のデータベース*で収録されている化合物との対応関係をskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。 *: ChEMBL, DrugBank, PDB, Guide to Pharmacology, KEGG, ChEBI, ZINC, Gene Expression Atlas, PharmGKB, Human Metabolome Database (HMDB), PubChem, NMRShiftDB, Aggregated Computational Toxicology Resource (ACToR), BindingDB, KNApSAcK. |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnUniChem.tar.gz (48.3 MB) |
データ名 | 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(PubChem由来) |
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データ内容の説明 | 日化辞の個々の化合物とPubChemのSubstance、CompoundおよびGlyTouCan (https://glytoucan.org/)の化合物の対応関係をskos:exactMatchやskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。このデータはBioHackathon 2015 (http://2015.biohackathon.org/hackathon)の成果の1つです。 |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnPubChem.tar.gz (46.1 MB) |
データ名 | 日化辞のコアデータのRDFデータ |
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データ内容の説明 | 化学物質の日化辞番号(dcterms:identifier)、日英のラベル名(rdfs:label)、タイプ(rdf:type)、化学構造図(foaf:depiction)、同一のオブジェクト(owl:sameAs)など日化辞の本体のRDFデータから抽出したデータです。日化辞のInChIのRDFデータなどと組み合わせて使うことをお薦めします。 |
データファイル | NBDC_NikkajiRDF_core.tar.gz (277 MB) |
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本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:
データベース作成者連絡先:
E-mail: support[at]biosciencedbc[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
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2017/02/17 | アーカイブ V7 をリリース
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2017/01/12 | アーカイブ V6 をリリース
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2016/11/09 | アーカイブ V5 をリリース
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2016/03/10 | アーカイブ V4 をリリース 以下の3つのデータを新規追加。 「日化辞の本体のRDFデータ」 と 「日化辞のInChIのRDFデータ」のデータを追加 |
2015/10/23 | アーカイブ V3 をリリース
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2015/08/06 | アーカイブ V2 をリリース
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2015/05/29 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 (アーカイブ V1) |
2005/03/31 | 日化辞Web (http://nikkajiweb.jst.go.jp/) で公開開始 |
Email: support[at]biosciencedbc[dot]jp