NBDC NikkajiRDF
2016/03/10Web Site: http://doi.org/10.15079/NIKKAJI
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/nikkaji/
日本化学物質辞書（日化辞）のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
- README
- 日化辞の本体のRDFデータ
- 日化辞のInChIのRDFデータ
- 日化辞のSMILESのRDFデータ
- 日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ
- 日化辞の分子式と分子量のRDFデータ
- 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（UniChem由来）
- 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（PubChem由来）
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「NBDC NikkajiRDF」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 日化辞の本体のRDFデータ
| データ名 | 日化辞の本体のRDFデータ |
| データ内容の説明 | 330万件以上の化学物質の日化辞番号、分子式、分子量、和名、英名など基本情報のRDFデータです。 |
| データファイル | NBDC_NikkajiRDF_main.tar.gz (873 MB) |
2.3 日化辞のInChIのRDFデータ
| データ名 | 日化辞のInChIのRDFデータ |
| データ内容の説明 | 日化辞番号（日化辞の化学物質のID）とInChIおよびInChIKeyの関係のRDFデータ。 |
| データファイル | NBDC_NikkajiRDF_InChI.tar.gz (544 MB) |
2.4 日化辞のSMILESのRDFデータ
| データ名 | 日化辞のSMILESのRDFデータ |
| データ内容の説明 | 日化辞番号（日化辞の化学物質のID）とCanonical SMILESの関係のRDFデータ。Chemical Information Ontology（CHEMINF）やSemanticscience Integrated Ontology（SIO）などのオントロジーを使用。 |
| データファイル | NBDC_NikkajiRDF_canonicalSmiles.ttl.gz (140 MB) |
2.5 日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ
| データ名 | 日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ |
| データ内容の説明 | 日化辞の化学物質と、研究者、文献、特許、遺伝子など科学技術情報を関連づけて提供するJ-GLOBAL(http://jglobal.jst.go.jp/)のリンク情報のRDFデータ。 |
| データファイル | NBDC_NikkajiRDF_link2JGLOBAL.ttl.gz (1.8 MB) |
2.6 日化辞の分子式と分子量のRDFデータ
| データ名 | 日化辞の分子式と分子量のRDFデータ |
| データ内容の説明 | PubChemやChEMBLなど世界の主要な化合物DBのRDFで採用しているSemanticscience Integrated Ontology（SIO）およびChemical Information Ontology（CHEMINF）などを用いて記述した分子式と分子量とRDFデータ。 |
| データファイル | NBDC_NikkajiRDF_MFMW.tar.gz (404 MB) |
2.7 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（UniChem由来）
| データ名 | 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（UniChem由来） |
| データ内容の説明 | InChIKeyの情報に基づき化合物データベース間の化合物IDのマッピング情報を提供しているUniChem(https://www.ebi.ac.uk/unichem/)のデータを活用し、日化辞化合物と他のデータベース*で収録されている化合物との対応関係をskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。 *: ChEMBL, DrugBank, PDB, Guide to Pharmacology, KEGG, ChEBI, ZINC, Gene Expression Atlas, PharmGKB, Human Metabolome Database (HMDB), PubChem, NMRShiftDB, Aggregated Computational Toxicology Resource (ACToR), BindingDB, KNApSAcK. |
| データファイル | NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnUniChem.gz (56 MB) |
2.8 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（PubChem由来）
| データ名 | 日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（PubChem由来） |
| データ内容の説明 | 日化辞の個々の化合物とPubChemのSubstance、CompoundおよびGlyTouCan (https://glytoucan.org/)の化合物の対応関係をskos:exactMatchやskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。このデータはBioHackathon 2015 (http://2015.biohackathon.org/hackathon)の成果の1つです。 |
| データファイル | NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnPubChem.gz (104 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2015/05/29
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”NBDC NikkajiRDF © 国立研究開発法人 科学技術振興機構 licensed under CC表示2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
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本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
E-mail: support[at]biosciencedbc[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/03/10 | 以下の3つのデータを新規追加。
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| 2015/10/23 |
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| 2015/08/06 |
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| 2015/05/29 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2005/03/31 | 日化辞Web (http://nikkajiweb.jst.go.jp/) で公開開始 |
5. 参考文献
日化辞RDFデータの公開と化合物情報の統合木村 孝宏, 櫛田 達矢
情報管理 58(3) 204-212 (2015/06/01)、doi:10.1241
6. 連絡先
「NBDC NikkajiRDF」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。E-mail: support[at]biosciencedbc[dot]jp