MicrobeDB.jp

2014/03/31

Web Site: http://microbedb.jp/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/microbedb/

ゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識を統合したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. BRC
  3. GTPS
  4. MBGD
  5. Ontology
  6. RefSeq
  7. SRS
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「MicrobeDB.jp」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 BRC

データ名 BRC
データ内容の説明 NBRCとJCMから提供していただいた菌株データを、MCCVやMEO等のオントロジーを利用しRDF化したデータです。
データファイル brc.tar.gz (5.2 MB)

2.3 GTPS

データ名 GTPS
データ内容の説明 公開微生物ゲノム情報を定期的に再アノテーションし全タンパク質コード遺伝子の品質評価を加えたデータベースGene Trek in Prokaryote Space (GTPS)のデータをRDF化したデータです。
データファイル gtps.tar.gz (1.6 GB)

2.4 MBGD

データ名 MBGD
データ内容の説明 微生物比較ゲノムデータベースMBGDで構築しているオーソロググループやその他の関連情報をRDF化したデータです。
データファイル mbgd.tar.gz (671 MB)

2.5 Ontology

データ名 Ontology
データ内容の説明 MicrobeDB.jpで構築または利用している各種のオントロジーのOWLファイルと、関連するTurtleファイルです。
データファイル ontology.tar.gz (100 MB)

2.6 RefSeq

データ名 RefSeq
データ内容の説明 NCBI RefSeqの原核生物ゲノムデータをFALDOを述語として用いてDBCLSで開発された変換プログラムを用いてRDF化したデータです。
データファイル refseq.tar.gz (22 GB)

2.7 SRS

データ名 SRS
データ内容の説明 新型シーケンサーのリードデータが蓄積されているINSDC SRAから2012年6月にメタ16S・メタゲノム解析の配列データとメタデータを取得し、各サンプルの系統組成や遺伝子機能組成を解析すると共に、サンプリングした環境等のメタデータをMEOやMSV等のオントロジーと対応付けし、それらのデータをRDF化したデータです。
データファイル srs.tar.gz (71 MB)

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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2014/03/31

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”MicrobeDB.jp © 黒川顕 (東京工業大学) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒152-8550
東京都目黒区大岡山2-12-1 M6-3
東京工業大学
黒川顕
E-mail: ken[at]bio[dot]titech[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2014/03/31 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2011/12/12 MicrobeDB.jp (http://microbedb.jp/) で公開開始
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5. 参考文献

-

6. 連絡先

「MicrobeDB.jp」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒152-8550
東京都目黒区大岡山2-12-1 M6-3
東京工業大学
黒川顕
E-mail: ken[at]bio[dot]titech[dot]ac[dot]jp

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