Medaka Full-length cDNA Database
2011/08/29Web Site: Medaka Full-length cDNA Database
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/medaka-full-length-cdna-db/
メダカ近交系Hd-rRⅡ1の完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列データベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「Medaka Full-length cDNA Database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 クローン一覧
| データ名 | クローン一覧 |
| データ内容の説明 | メダカcDNAクローンの3'及び5'末端配列の情報と各組織/発生段階別ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)及び全ライブラリを対象としたクラスター (Merge cluster)の情報。 |
| データファイル | medaka_full_length_cdna_clone.zip (99MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Clone name | クローン名 |
| Library | ライブラリー名 |
| 5' end seq. ID | 5'末端の配列ID |
| Acc. of 5' end | 5'末端の配列のアクセション番号 |
| Tissue cluster of 5' end | 5'末端の配列の組織別クラスターID |
| Merge cluster of 5' end | 5'末端の配列のマージクラスターID |
| Homology of 5' end | 5'末端のホモロジー検索結果 |
| Score of 5' end | 上記ホモロジー検索のスコア |
| E-value of 5' end | 上記ホモロジー検索のE-value |
| 3' end seq. ID | 3'末端の配列ID |
| Acc. of 3' end | 3'末端の配列のアクセション番号 |
| Tssue cluster of 3' end | 3'末端の配列の組織別クラスターID |
| Merge cluster of 3' end | 3'末端の配列のマージクラスターID |
| Homology of 3' end | 3'末端のホモロジー検索結果 |
| Score of 3' end | 上記ホモロジー検索のスコア |
| E-value of 3' end | 上記ホモロジー検索のE-value |
| Full length seq. ID | 完全長配列のID (へのリンク） |
2.3 クラスター一覧
| データ名 | クラスター一覧 |
| データ内容の説明 | クラスター情報の一覧。全データをマージして作成したクラスター (Merge cluster)と由来組織及び発生段階ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)の2種類のクラスタが存在する。ここではMerge clusterごとにTissue cluster（ライブラリ）別のクローン数の内訳とクローン情報一覧へのリンクを示している。Tissue clusterのクローン数は由来組織ごとの擬似的な発現量として把握することに利用可能である。 さらにMerge clusterごとに代表クローンを１つ選定しBlast検索の結果を示している。代表クローンの一部は完全長配列を決定している (完全長配列を決定した代表クローン一覧を参照)。 |
| データファイル | medaka_full_length_cdna_merge_cluster.zip (813KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Cluster | マージクラスターID |
| olea (embryo ST22) | 胚 (ST22)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| oleb (embryo ST35) | 胚 (ST35)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olec (embryo ST40) | 稚魚 (ST40)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olvl (male liver) | 雄肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olli (female liver) | 雌肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olbr (brain) | 脳由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olgi (gill) | 鰓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olki (kidney) | 腎臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olsp (spleen) | 脾臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olte (testis) | 精巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| olova (ovary) | 卵巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク |
| Homology | クラスター内の代表配列に対するホモロジー検索結果 |
2.4 完全長配列を決定した代表クローン一覧
| データ名 | 完全長配列を決定した代表クローン一覧 |
| データ内容の説明 | 各マージクラスタの代表クローンの重複のない完全長cDNA配列情報とホモロジー検索結果。クラスター一覧も参照のこと。 |
| データファイル | medaka_full_length_cdna_nr.zip (8.7MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Full length seq. ID | 完全長配列のID |
| Library | ライブラリー名 (各ライブラリ名の略称についてはMerge cluster listを参照） |
| Homology | ホモロジー検索結果 |
| Score | 上記ホモロジー検索のスコア |
| E-value | 上記ホモロジー検索のE-value |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2011/08/29
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”Medaka Full-length cDNA Database © 成瀬清 (基礎生物学研究所) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
自然科学研究機構 基礎生物学研究所 バイオリソース研究室
成瀬清
〒444-8585 愛知県岡崎市明大寺町字西郷中38
E-mail : naruse[at]nibb[dot]ac[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2011/08/29 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2008/06/30 | NBRP Medaka ( http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/est/est.jsp )で公開開始 |
5. 参考文献
6.連絡先
「Medaka Full-length cDNA Database」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
自然科学研究機構 基礎生物学研究所 バイオリソース研究室
成瀬清
〒444-8585 愛知県岡崎市明大寺町字西郷中38
E-mail : naruse[at]nibb[dot]ac[dot]jp