#DBID	URL	タイトル(日本語)	タイトル(英語)	LsdbName(日本語)	LsdbName(英語)	説明(日本語)	説明(英語)	分類	カタログ	組織	更新日時
12466	http://www.3dmet.dna.affrc.go.jp/	3DMET : database collecting three-dimensional structures of natural metabolites.	3DMET : database collecting three-dimensional structures of natural metabolites.			代謝物の3次元、2次元構造データベース。化合物に関する各種の定量的な特徴も掲載している		DB型/プログラム;対象/低分子化合物	資源研カタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-07-02 17:05:24.827663
11397	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html	3DinSight	3DinSight			複数のタンパク質データベースを連結し、各DB間でエントリをリンク追跡できるよう整理した。	Several protein databases are linked to enable inter-database tracing of the links between the database entries.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 11:03:47.275914
19	http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp	5'SAGE	5'SAGE	ヒト5' SAGE遺伝子発現	5'end serial analysis of gene expression database	ヒト遺伝子の転写開始位置および発現頻度を5' SAGE法により解析し、その結果をデータベース化した。	A database of 5'SAGE analysis of human gene transcription start sites and the number of expressed tags.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE	ゲノム特定;wing;MetaDB;文科省;NAR catalog	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
20	http://biobases.ibch.poznan.pl/5SData	5S Ribosomal RNA Database	5S Ribosomal RNA Database				5S rRNA sequences	対象/RNA;対象/RNA/rRNA;NAR category/RNA配列データベース	Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	ポーランド/Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of S	2009-02-17 11:43:23
727	http://sevens.cbrc.jp	7回膜貫通タンパク質データベース(SEVENS)	SEVENS database	Gタンパク共役型受容体遺伝子の予測結果	Predictions of G-protein coupled receptor genes	Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収集した。	A database of predicted genes encoding G-protein coupled receptors (proteins with seven transmembrane helices) from known genome sequences.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	CBRCカタログ;MetaDB;経産省;ゲノム特定;旧ゲノム特定;NAR catalog	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-03-05 22:44:16.716593
249	http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/	A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms (EzCatDB)	A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms (EzCatDB)	酵素触媒機構の知識モデル	Knowledge model of enzyme catalytic mechanisms	PDBおよびSWISS-PROTに登録されている酵素を、ドメイン構成、EC番号、触媒機構、リガンド構造から分類されている。　情報源は文献とPDBエントリ中の記述である。	Classification of the enzymes registered in PDB and SWISS-PROT according to the domain structures, EC numbers, catalytic mechanisms, and ligand structures. The information sources are literature and PDB entry descriptions.	DB型/知識モデル;対象/タンパク質/機能	CBRCカタログ;MetaDB;経産省;NAR catalog;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-02-17 11:43:23
	http://www.brc.riken.jp/lab/gsc/mouse/	A large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC				マウスの変異体の構築、及び表現型の変化のデータベース		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス		独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-08-21 16:00:41.406166
1268	http://rose.man.poznan.pl/aars	AARSDB	AMINOACYL-tRNA SYNTHETASES DATABASE	アミノアシルtRNA合成酵素	Database for aminoacyl-tRNA synthetases	既知のアミノアシルtRNA合成酵素（進化的に初期の段階で出現したと信じられている酵素）を収集したデータベース。　生物種および対応するアミノ酸により分類されている。	A database of known aminoacyl-tRNA synthetase (an enzyme that is believed to have appeared in the early stages of evolution). They are classified by the species and corresponding amino acids.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/機能	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;The Bio Netbook	ポーランド/Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of S	2009-03-05 22:42:45.821226
21	http://www.genome.ad.jp/aaindex	AAindex	AAindex	アミノ酸特性値の辞書	Dictionary of physiochemical and biological properties of amino acids	20種のアミノ酸の物理化学的・生物学的特性値（インデックス）、およびアミノ酸間の類似度のマトリクスを収集したデータベース。	A database of physicochemical and biological index of 20 amino acids and the matrices of the similarity between them.	DB型/知識モデル;対象/タンパク質/アミノ酸特性	文科省;NAR catalog	プロジェクト/ゲノムネット	2009-02-17 11:43:23
24	http://ciona.lab.nig.ac.jp/ascidian/top.html	ABA	ABA	ホヤ発生過程の形態	Images of Ciona intestinalis (ascidian chordate)morphology in different developmental stages	カタユウレイボヤの受精卵からオタマジャクシ幼生までの発生過程の各ステージについて、形態の画像を収集したデータベース。　mid-tailbud期の３次元再構成像、細胞系譜の図、あり。　	Ciona intestinalis morphology database that registers images for developmental stages from the fertilized egg to the tadpole larva. It contains 3D reconstruction images in the mid-tailbud stage and cell lineage figures.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ;対象/形態	文科省;NAR catalog;wing	共同利用研究機関/遺伝研	2009-02-17 11:43:23
403	http://aclame.ulb.ac.be/	ACLAME	ACLAME	転移性遺伝子要素の分類	A CLAssification of Mobile genetic Elements			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA		ベルギー/Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux	2010-03-12 11:33:53.244296
12428	http://uvdb3.hgc.jp/ALICE/ALICE_index.html	ALICE	ALICE					DB型/解析サービス	ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
12153	http://riodb.ibase.aist.go.jp/archaic/	ARCHAebacterial Information Collection (ARCHAIC)	ARCHAebacterial Information Collection (ARCHAIC)	古細菌ゲノム／アノテーション	Genome of archaebacteria/annotation	数種の古細菌のゲノム配列、遺伝子構造と配列（核酸、アミノ酸）、偽遺伝子、オペロン、株の情報が収集されている。　PubMed:9679194, PubMed:11121031のsupplementデータ。	A database of genome sequences, gene structures and the sequences (nucleic acids and amino acids), pseudogenes, operons, and lineages for several archaebacteria. Supplement data for PubMed:9679194, PubMed:11121031.	DB型/プロジェクト;生物種/古細菌超生物界;対象/DNA/配列	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/脳神経情報研究部門  DNA情報科学研究グループ	2009-02-17 11:43:23
12442	http://arsa.jfcr.or.jp	ARSA	ARSA					対象/医学/病気,ガン	旧ゲノム特定	公益法人/(財）癌研究会癌研究所/蛋白創製研究部	2009-02-17 11:43:23
59	http://omicspace.riken.jp/ARTADE	ARTADEdb	ARTADEdb	シロイヌナズナエキソンの検証結果	Arabidopsis exon detection, tool and validation result	理研でシロイヌナズナのエキソンをタイリングアレイで検出し、その結果をまとめたデータベース。　データ解析に使用するプログラムを併せて公開している。	A database of Arabidopsis exons detected with tiling arrays conducted in RIKEN. Programs that were used in the data analysis are also made public.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;NAR category/塩基配列/遺伝子構造、イントロン・エクソン、スプライス部位	文科省;NAR catalog	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
	http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/	AS-ALPS	AS-ALPS		Alternative Splicing - ALteration of Protein Structure	ヒトとマウスの選択的スプライシングを解析するのに有用な情報を提供するデータベース	AS-ALPS (Alternative Splicing-induced ALteration of Protein Structure), is aimed at providing useful information to analyze effect of AS on protein interaction and network through alteration of protein structure.	NAR category/構造データベース/タンパク質構造		私立大学/長浜バイオ大学	2010-03-11 18:52:28.009452
	http://bioinfo.mbi.ucla.edu/ASAP2/	ASAP II		Alternative Splicing Annotation Project II				NAR category/塩基配列/遺伝子構造、イントロン・エクソン、スプライス部位			2010-03-16 17:55:06.524762
	http://hazelton.lbl.gov/~teplitski/alt/index.html	ASDB	Alternative Splicing DB	選択的スプライシングのデータベース				NAR category/塩基配列/遺伝子構造、イントロン・エクソン、スプライス部位			2010-03-30 11:42:00.116785
12317	http://genome.gsc.riken.jp/splicing/	ASSETs (Alternative Splicing Sequence Enriched Tags)	ASSETs (Alternative Splicing Sequence Enriched Tags)	alternative splicing をリッチに含むマウスEST	Mouse ESTs that are, rich in alternative splicing	マウス細胞株より構築したalternative splicingをリッチに含むライブラリの、タグシーケンスを行った。　配列はEnsemblゲノムに対してマップすることでパターン分類を行っている模様。	A database of tag sequences from cDNA libraries that were established from mouse cell lines and that are rich in alternative splicing. The sequences seem to have been pattern classified based on mapping on Ensemble genomes.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html	ASTD		選択的スプライシングと転写産物の多様性データベース	Alternative Splicing and Transcript Diversity			NAR category/塩基配列/遺伝子構造、イントロン・エクソン、スプライス部位			2010-03-30 14:11:35.47816
	http://atted.jp	ATTED-II	ATTED-II	シロイヌナズナの共発現データベース	Gene expression database of Arabidopsis coexpression	シロイヌナズナのトランス因子とシス要素予想のデータベース。各遺伝子の遺伝子発現パターングラフを提示している	ATTED-II simply presents graphs of the gene expression pattern for each gene.	生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;NAR category/植物データベース/シロイヌナズナ		国立大学法人/東京大学/医科学研究所/ヒトゲノム解析センター	2010-03-11 17:35:34.531189
	http://www.addgene.org/pgvec1	AddGene	AddGene			iPS細胞作成用プラスミドの配布-NPOのAddgene	A Website of Addgene, an NPO, which distributes plasmids to make iPS cells.	DB型/バイオリソース			2009-02-17 11:43:23
	http://ssrh.gene.staff.or.jp/	Additional data for SSRH	Additional data for SSRH	ブタ放射線雑種細胞パネル		ブタの放射線雑種細胞パネル(SSRH)情報を格納したデータベースです。 SSRHデータのダウンロードや、グラフィカルなビューアによるSSRH地図情報を参照できます。  (AgriTogoより引用)		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ブタ	農水省		2010-06-29 19:48:10.313789
36	http://www.allgenes.org	AllGenes	AllGenes				Human and mouse gene index integrating gene, transcript, andproteinannotation	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
11456	http://alterna.cbrc.jp	Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA)	Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA)			選択的スプライシングによるエキソン選択パターンを、ゲノムとcDNAを比較することにより予測している。　対象生物種は、ヒト、マウス、ショウジョウバエ、線虫、シロイヌナズナ、イネ。	Alternative exon patterns by alternative splicing are predicted by comparison of the genome and cDNA. Target species are human, mouse, Drosophila, worm, Arabidopsis, and rice.	DB型/プログラム;対象/DNA/配列	CBRCカタログ;経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-02-17 11:43:23
11355	http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA	Ancient Genome Encyclopedia : AGE	Ancient Genome Encyclopedia : AGE					DB型/辞典;対象/DNA/配列	文科省	共同利用研究機関/遺伝研/斎藤研究室	2009-02-17 11:43:23
41	http://www.mcgill.ca/androgendb	Androgen Receptor Gene Mutations Database	Androgen Receptor Gene Mutations Database	アンドロゲンレセプター遺伝子変異データベース		アンドロゲンレセプターの変異に関する総合的な情報(文献、部位、相互作用情報等)を画像やPDF形式で提供している。	Mutations in the androgen receptor gene	DB型/データバンク;対象/相互作用;対象/タンパク質/変異	DBcatalog;ExPASy;NAR catalog;The Bio Netbook		2010-07-02 12:56:34.573738
	http://www.aphidbase.com/aphidbase/	AphidBase		アブラムシ遺伝子配列データベース				生物種/動物界/節足動物門			2010-02-25 12:27:37.867417
12369	http://pfg.psc.riken.jp/AtGenExpress/index.html	Arabidopsis Gene Expression profile data base	Arabidopsis Gene Expression profile data base					生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ	理研ポータル		2009-08-07 10:44:53.212664
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/9506	Arabidopsis thaliana (mouse-ear cress)		NCBI Genome Project Result - Arabidopsis thaliana (mouse-ear cress)				生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ			2009-09-11 16:19:10.150811
11475	http://est.kazusa.or.jp/en/plant/arabi/EST/	Arabidopsis thaliana EST Index	Arabidopsis thaliana EST Index	シロイヌナズナEST 解析情報データベース	Arabidopsis EST analysis database	シロイヌナズナESTとそのアノテーション(BLASTXによる）が掲載されている。　10907847のsupplementデータ。	Arabidopsis ESTs and the annotation (based on BLASTX). Supplement data for 10907847.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-26 10:28:28.093305
11464	http://riodb.ibase.aist.go.jp/db067/	Archaeal Gene Network (Arch GeNet)	Archaeal Gene Network (Arch GeNet)	好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)のタンパク質／遺伝	Protein and gene expression of Thermoplasma volcanium GSS1(thermophilic archaebacterium)	好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。　また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。	Protein expression in a thermophilic archaebacterium under aerobic and anaerobic conditions was analyzed with 2-dimensional gel electrophoresis. In addition, gene expression under three types of environments was analyzed using microarrays.	DB型/プロジェクト;生物種/古細菌超生物界;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	経産省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/脳神経情報研究部門  DNA情報科学研究グループ	2009-02-17 11:43:23
57	http://www.thearkdb.org	ArkDB	ArkDB				Genome databases for farm and other animals	対象/アノテーション	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
58	http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress	ArrayExpress	ArrayExpress	欧州マイクロアレイ遺伝子発現データバンク	European data bank of microarray gene expression	EBIで運営されている、マイクロアレイによる遺伝子発現データを受け付けて公開するデータベース。　アレイ（デザイン）、遺伝子発現、プロトコルをそれぞれ別個に登録できる。　現在対応するデータタイプはCHiP-chip, CGH, 遺伝子発現, タンパク質アレイ, RNAi。	A database operated by EBI that accepts and publishes microarray gene expression data. Arrays (design), gene expression, and protocols can be registered separately. Accepting data types are CHiP-chip, CGH, gene expression, protein arrays, and RNAi.	DB型/データバンク;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	DDBJ;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook;EBI/Databases at the EBI	イギリス/EBI	2009-11-10 20:15:51.164283
	http://nribf2.nrib.go.jp/EST2/index.html	Aspergillus oryzae EST DataBase	Aspergillus oryzae EST DataBase	麹菌ESTデータベース		「麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し・公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。」酒類総合研究所　麹菌EST解析ホームページ（http://www.nrib.go.jp/ken/EST2/est.htm）より引用		DB型/プロジェクト;生物種/菌界;生物種/菌界/麹菌		独立行政法人、特殊法人、許可法人/酒類総合研究所	2010-03-08 18:50:11.994667
	http://nribf2.nrib.go.jp/	Aspergillus oryzae RIB 40 genome DB	Aspergillus oryzae RIB 40 genome DB	麹菌ゲノムデータベース		麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベース。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には酒類総合研究所のRIB40株が使われた。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができる。		DB型/プロジェクト;生物種/菌界;生物種/菌界/麹菌;対象/DNA/配列;対象/DNA/ゲノム		独立行政法人、特殊法人、許可法人/酒類総合研究所	2010-03-08 18:37:35.885991
11451	http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/~tools/bin/ISH/index.html	Atlas (ISH Data Base)	Atlas (ISH Data Base)	細胞性粘菌の遺伝子発現	Gene expression of Dictyostelium (social amoeba?)	細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの遺伝子発現情報が掲載されている。　収録データは、ステージごとのcDNAクローン一覧、EST、そのアセンブル結果、in-situ hybridizationによる発現パターン画像である。	Gene expression information of Dictyostelium discoideum, a cellular slime mold, is registered. Registered data are cDNA clones from each stage, EST, their assemblies, gene expression images with in-situ hybridization.	DB型/プロジェクト;生物種/原生動物界/細胞性粘菌;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/筑波大学/生物科学系	2009-02-17 11:43:23
72	http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer	Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematolo	Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematolo	腫瘍細胞遺伝学の総説	Overview of the cytogenetics of cancer cells	腫瘍やガン関連病の細胞遺伝学的情報や臨床情報を収集したデータベース。　遺伝子（核酸、タンパク質、変異、関連する病気）、細胞遺伝学／臨床情報（臨床像、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、複合遺伝子、融合タンパク質）、ガン関連病（遺伝モード、臨床像、腫瘍形成リスク、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、タンパク質、変異）が、それぞれ別個に収集されている。　臨床例のレポートも収集されている。	A database that has collected cytogenetics information and clinical information of tumors and cancer-related diseases. Genes (nucleic acids, proteins, mutations, related diseases), cytogenetics/clinical information (clinical manifestation, cytogenetics data, related genes, complex genes and fused proteins), cancer-related diseases (inheritance modes, clinical manifestation, risk of tumorigenesis, cytogenetics data, related genes, proteins, mutations) have been collected separately. Clinical case reports are collected.	DB型/辞典;対象/医学/病気,ガン	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DBcatalog;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	フランス/CNRS-IGR, University Hospital, Poitiers, France	2009-02-17 11:43:23
12134	http://genome.mc.pref.osaka.jp/BED/index.html	BED (Brain EST Database)	BED (Brain EST Database)	マウス脳由来EST		マウス脳における遺伝子発現をEST解析により計測したデータベース。	Brain EST Database (BED) is based on collection of 3' end ESTs generatedin the Taisho Laboratory of Functional Genomics	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現	Genexpress;文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/奈良先端科学技術大学院大学	2009-02-17 11:43:23
	http://www.godac.jp/bismal/searchSpecies.jsf	BISMaL	BISMaL	Biological Information System for Marine Life	Biological Information System for Marine Life	水調査船等を用いた深海調査で得られた深海生物に関わる情報のデータベース。学名・和名、採取・観察位置等から検索することができる。\n開発元：海洋研究開発機構		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-07-15 11:08:25.204222
88	http://www.bmrb.wisc.edu	BMRB - BioMagResBank	BMRB - BioMagResBank	生体高分子のNMRデータのデータベース	Biological Magnetic Resonance Data Bank	Wisconsin大学MadisonのBioMagResBankによって運営される、生体高分子のNMRデータのデータベース。\nNMRにより決定された生体高分子の立体構造データを研究者より受付け、データベース化して公開している。　データベース構築に際してPDB, NDBと協力しており、BMRB経由で両バンクにデータが登録されている。	The database accepts deposition of 3D structural data of biological macromolecules decided with NMR from researchers. The database makes cooperation with PDB and NDB when it is constructed, and data are deposited in these databanks via BMRB.	DB型/データバンク;対象/タンパク質/立体構造	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/BioMagResBank, Department of Biochemistry, University of Wis	2009-06-03 19:44:15.625477
	http://www.brc.riken.jp/	BRC (RIKEN BioResource Center)		理研バイオリソースセンター		実験動物・実験植物・細胞材料・DNA材料・微生物材料など幅広いバイオリソースを収集、保存し提供する理化学研究所の機関。生物種や材料別に、系統・株のデータベースが運営されている。		DB型/バイオリソース			2009-09-02 10:10:08.805044
12373	http://www2.brc.riken.jp/lab/cell/search.php	BRC CELL BANK	RIKEN Bioresource Center CELL BANK	理研 細胞材料検索サービス		各種細胞株の受注を受け付けるサービスを行っているサイト。細胞種、動物、用途で細胞を検索することができる。		DB型/バイオリソース	理研ポータル;ナショナルバイオリソースプロジェクト	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2010-07-02 15:17:35.04307
12385	http://www.brc.riken.jp/lab/dna/ja/	BRC DNA BANK	RIKEN BRC DNA BANK	理研バイオリソースセンター DNAバンク		DNAクローンの寄付の受付け、提供を行っているサービス。		DB型/バイオリソース	理研ポータル;ナショナルバイオリソースプロジェクト	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2010-07-02 15:34:51.290456
	http://www.brc.riken.jp/lab/animal/	BRC Experimental Animal Division		理研 BRC 実験動物開発室		マウス、ラットの変異体の寄託と提供を行っているサービス		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2010-07-02 15:40:50.387039
	http://www.brc.riken.go.jp/lab/epd/index.shtml	BRC Experimental Plant Devision		理研 BRC 実験植物開発室		植物の種子、DNA、細胞株の寄託、提供を行っているサービス		DB型/バイオリソース			2010-07-02 15:42:21.614271
12371	http://www.jcm.riken.go.jp/JCM/JCM_Home_J.shtml	BRC JCM (Japan Collection of Microorganisms)	BRC JCM	理研　微生物材料開発室		微生物の細胞株を寄託、提供を行っているサービス。学名や菌株、培地で検索することができる		DB型/バイオリソース	理研ポータル;ナショナルバイオリソースプロジェクト	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2010-07-02 15:49:13.0665
97	http://www.brenda-enzymes.info/	BRENDA	BRENDA	酵素の辞書	Dictionary of enzymes	酵素に関する情報を文献より手動で抽出しまとめたデータベース。　EC番号を基準に整理され、構造、配列、機能、反応特性、単離方法、安定性、ソースとなった生物種／組織／局在、病気との関連が記述されている。	A database that manually extracted information on enzymes from literature. The information is organized based on EC numbers, and includes structures sequences, functions, reaction characteristics, isolation methods, stability, source organisms/tissues/localization, and relations to diseases.	DB型/知識モデル;対象/タンパク質/機能	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook;wing	ドイツ/BioInformatics Center, Cologne University	2009-02-17 11:43:23
2158	http://www.genome.jp/brite	BRITE	BRITE	生体システム関連相互関係の知識モデル	Knowledge　model ?of functional hierarchies and binary relationships of biological systems	生体システムに関連する様々な相互関係を階層化して表現したデータベース。　遺伝子オルソログ、タンパク質ファミリー、タンパク質相互作用、化合物と反応、薬剤、病気などが含まれる。	A database of hierarchical expressions of the relationships in biological systems. Gene orthologs, protein families, protein interactions, chemical compounds and the reactions, drugs, and diseases are included.	DB型/知識モデル;対象/相互作用;対象/パスウェイ	MetaDB;ゲノム特定;旧ゲノム特定	プロジェクト/ゲノムネット	2009-06-16 12:20:38.679918
98	http://www.genome.ad.jp/brite	BRITE - Biomolecular Relations in Information Transmission a	BRITE - Biomolecular Relations in Information Transmission a				Molecular interactions and pathways database, part of the KEGG system	DB型/解析サービス	DDBJ;文科省;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
100	http://bacillus.genome.jp	BSORF	BSORF	枯草菌ゲノム／アノテーション	Genome database of Bacillus subtilis　(soil bacterium)/ annotation	枯草菌ゲノム上のORFとそのアノテーション、対応する変異株、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されている。	ORFs and the annotations of the Bacillus subtilis genome, mutations for the corresponding genes, microarray gene expression patterns are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界/枯草菌	MetaDB;文科省;NAR catalog;wing	プロジェクト/ゲノムネット	2009-02-17 11:43:23
1046	http://beangenes.cws.ndsu.nodak.edu	BeanGenes	BeanGenes				Beans genome db	生物種/植物界/被子植物門/マメ科	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12414	http://gib.genes.nig.ac.jp/single/index.php?spid=Bado_ATCC15703	Bifidobacterium adolescentis ATCC15703株の全ゲノム配列	Whole genomes of Bifidobacterium adolescentis ATCC15703					生物種/真正細菌超生物界	ゲノム特定	国立大学法人/岐阜大学/生命科学総合研究支援センター	2011-09-26 13:56:33.455807
87	http://www.bioimage.org/ibrg/index.php/Image_Bioinformatics_Research_Group_home_page	BioImage	BioImage	生物学的画像データバンク	Data bank, of biological images	生物学的に有用な画像（特に顕微鏡写真）を研究者より受け付けてデータベース化し、それを公開している。　画像登録時には付随する書誌情報をメタデータとして登録する。　マルチスライス画像にも対応。	A database of biologically informative images (especially microscopic photos) that have been deposited by researchers. Literature information is required as metadata at the time of image registration. Compatible with multi-slice images.	DB型/データバンク;対象/画像	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Department of Zoology, University of Oxford	2011-03-17 13:39:11.572849
12429	http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/	BioTermNet	BioTermNet			MEDLINEやPRIMEから単語の共起を調べて概念ネットワークを構成したデータベース		DB型/知識モデル;対象/オントロジー	ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2010-07-02 16:20:39.508616
3520	http://mcb.harvard.edu/BioLinks.html	Biology Links	Biology Links	Biology Links	Biology Links		Dept of Molecular & Cellular Biology, Harvard University: Biology Links		bioiformatik;Sanger Institute;Stanford Genomic Resources;Computational Molecular Biology at NIH		2012-09-06 14:33:07.487571
12318	http://omicspace.riken.jp/Biomarker/	Biomarker Candidates	Biomarker Candidates	バイオマーカー検索サービス	Biomarker search service	任意のキーワードより、それに対応するバイオマーカーの候補を検索するサービス（それをサポートするDB）。　ユーザ指定のキーワードを、医学系ドキュメント（由来はMedline, OMIM, PPI）より全文検索し、ヒットしたドキュメントに特異的に現れる化合物をマーカー候補としてリストアップする。　同時に、キーワードに対する遺伝子／タンパク質を同様に検索し、さらにその遺伝子／タンパク質に対応する化合物を検索し、ヒット結果をマーカー候補とする。　ドキュメント中のヒット化合物の名称の位置を参照できる。	A service (and the supporting databases) to search biomarker candidates from given keywords. User-specified keywords are searched in medical documents (originated from Medline, OMIM, and PPI), and chemical compounds that appear specifically in the hit documents are listed as marked candidates. At the same time, genes/proteins to the keywords are searched in the same way, and the chemical compounds corresponding to the genes/proteins are searched, and the hit results are assumed to be the marker candidates. The locations of the hit compounds in the documents can be referred to.	DB型/知識モデル;DB型/解析サービス;対象/マーカー分子	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研	2009-02-17 11:43:23
93	http://blocks.fhcrc.org	Blocks	Blocks	タンパク質保存領域	Highly conserved regions of proteins	既知のタンパク質ファミリーごとに、高度に保存されている領域をギャップなしでアラインメントし、その結果を収集したデータベース。	A database that aligned highly conserved regions without gaps for each known protein family.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	DBcatalog;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing	アメリカ/Fred Hutchinson Cancer Research Center	2009-02-17 11:43:23
11374	http://bloodsage.gi.k.u-tokyo.ac.jp	BloodSAGE	BloodSAGE			血球細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果	A database of SAGE analyses of gene expression in blood cells.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE	文科省;旧ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
94	http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp	BodyMap	BodyMap	遺伝子発現パターン	Human and  mouse gene expression	ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベース。　遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されている。	A database of gene expression in human and mouse tissues and cells. The gene expression is analyzed based on 3'ESTs.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	DBcatalog;Genexpress;MetaDB;文科省;旧ゲノム特定;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
95	http://bodymap.jp	BodyMap-Xs	BodyMap-Xs	遺伝子発現種間比較整理	Gene expression organized and compared across species	臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができる.  最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機（自前）を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類(BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとってある.	The database enables inter-species comparison of gene expression patterns based on orthologous relations in the organs and the genes between species. Breakdown of the cDNA libraries into source organs is conducted using original taggers that automatically analyze material description from the latest dbEST (an EST division of DDBJ), while the genes are classified based on UniGene. The genes between species are linked using InParanoid ortholog relations.	DB型/プログラム;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST;対象/比較ゲノム	DDBJ;MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog;wing	共同利用研究機関/遺伝研	2009-02-17 11:43:23
	http://sgp.dna.affrc.go.jp/BombMap/index.html	BombMap	BombMap	カイコゲノム地図	Bombyx genome map	カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 グラフィカルなビューア(Javaアプレット)により、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。 (AgriTogoより引用)		DB型/プロジェクト	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 17:58:16.221205
11380	http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/bioresource/shimada/images/insects/Bombyx_mori/	Bombyx Mutants Photographs	Bombyx Mutants Photographs				Silkworm Bombyx mori ESTs, mutants, photographs	生物種/動物界/節足動物門/カイコ	文科省	国立大学法人/東京大学/農学部	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/10637	Bombyx mori (domestic silkworm)		Genome Project Result - Bombyx mori (domestic silkworm)				生物種/動物界/節足動物門/カイコ			2009-09-11 16:21:32.196218
	http://sgp.dna.affrc.go.jp/ETDB/	BombyxTrap DB	BombyxTrap DB	カイコTrapデータベース	Bombyx Trap DataBase	カイコのGAL4エンハンサートラップ挿入系統による発現情報とゲノム挿入位置が格納されたデータベースです。 挿入系統の画像データや観測データをキーワード検索や画像選択によって参照できます。 また挿入近傍(InversePCR)配列により挿入系統ごとのゲノム位置が決められており、ゲノム位置からの検索もできます。(AgriTogoより引用)		生物種/動物界/節足動物門/カイコ	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 19:05:54.285579
12152	http://riodb.ibase.aist.go.jp/db029/index_jpn.html	Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW	Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW	脳画像データベース	3D brain image database of humans, Japanese monkeys and Rhesus monkeys	ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳の3D画像を、MRI断層画像より再構成して作成した。　	Three dimensional images of human, the Japanese macaque, and the rhesus macaque are re-constructed from MRI.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類;対象/形態;対象/画像	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/脳神経情報研究部門	2010-03-15 16:03:35.652183
2186	http://genome.mc.pref.osaka.jp/BGED/index.html	Brain Gene Expression Database (BGED)	Brain Gene Expression Database (BGED)	マウス脳遺伝子発現	Database of mouse brain gene expression	マウス脳における遺伝子発現を様々な生理的過程、病理学的過程において測定し、結果をデータベース化した。　遺伝子発現の測定にはATAC-PCRが使用された。	A database of gene expression in the mouse brain analyzed in various physiological and pathological processes. ATAC-PCR was used for gene expression analysis.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/PCR	MetaDB;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/奈良先端科学技術大学院大学	2009-02-17 11:43:23
102	http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans	C. elegans Project	C. elegans Project				Genome sequencing data at the Sanger Institute	生物種/動物界/線形動物門	bioiformatik;DBcatalog;DDBJ;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
12319	http://omicspace.riken.jp/Ce/rnai/jsp/index.jsp	C. elegans RNAi Phenome Database	C. elegans RNAi Phenome Database	線虫RNAi遺伝子破壊株	Database of  RNAi gene disrupted worms	線虫のRNAi遺伝子破壊株の表現型を網羅的に収集し、表現型をあらかじめ定義された語句で記述している。　表現型をもとに遺伝子をクラスタリングした結果が掲載されており、系統樹の形式で表示される。	Phenotypes for worm lineages that have been undergone RNAi gene disruption are comprehensively registered. Clustering of the genes based on the phenotypes is registered, and they are expressed in the form of lineage trees.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/線形動物門;対象/形態	ゲノム特定;旧ゲノム特定;理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/発生・再生科学総合研究センター	2009-02-17 11:43:23
1015	http://elegans.swmed.edu	C.elegans WWW server	C.elegans WWW server				at University of Texas Southwestern	生物種/動物界/線形動物門	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
11353	http://shigen.lab.nig.ac.jp/c.elegans	C.elegans mutant DB	C.elegans mutant DB					生物種/動物界/線形動物門	文科省		2009-02-17 11:43:23
105	http://fantom31p.gsc.riken.jp/cage/mm5	CAGE	CAGE	CAGE遺伝子発現／転写開始位置	CAGE/ transcription start site	CAGEタグのゲノムに対するマッピング結果のデータベース。　ヒトおよびマウスで組織ごと、発生ステージごとのライブラリを構築し、UCSC (golden path) ゲノムに対してマッピングしている。　マッピング結果はFANTOMで参照されている。	A database of CAGE tag mapping to the genome. Human and mouse libraries by the tissues and developmental stages were constructed, and the sequences are mapped to UCSC (golden path) genome. The mapping results are referred to by FANTOM.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE	文科省;NAR catalog	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
	http://gerg01.gsc.riken.jp/expr_tree/mm5/	CAGE Expression Clustering Viewer		マウスCAGEクラスタリング		CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE			2009-08-21 15:14:22.070131
	http://gerg01.gsc.riken.jp/expr_tree/hg17prmtr/	CAGE Expression Clustering Viewer		ヒトCAGEクラスタリング		CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE			2009-08-21 15:16:01.997695
11805	http://cardb.cc.kumamoto-u.ac.jp/transgenic/	CARD R-BASE	CARD R-BASE			保存されているマウス（Inbred, Spontaneous/Chemical induced mutant, Transgenic, Targeted mutant, Gene trap, Insertion mutant）の系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関するデータに加え、寄託、分与/分譲（供給）やマウスおよびラットに関する 命名規約、遺伝子・系統の表記方法および施設の登録略記号についての情報が掲載されている。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	文科省;wing	国立大学法人/熊本大学/動物資源開発研究センター	2011-09-26 10:44:35.952607
	http://prodata.swmed.edu/CASP8/evaluation/CASP8Home.htm	CASP8	CASP8	Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction	Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction	タンパク質構造予測の分野に関する分析結果を載せているデータベース	Results of the recent Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, CASP8, present several valuable sources of information. First, CASP targets comprise a realistic sample of currently solved protein structures and exemplify the corresponding challenges for predictors. Second, the plethora of predictions by all possible methods provides an unusually rich material for evolutionary analysis of target proteins. Third, CASP results show the current state of the field and highlight specific problems in both predicting and assessing. Finally, these data can serve as grounds to develop and analyze methods for assessing prediction quality. Here we present results of our analysis in these areas. Our objective is not to duplicate CASP assessment, but to use our unique experience as former CASP5 assessors and CASP8 predictors to (i) offer more insights into CASP targets and predictions based on expert analysis, including invaluable analysis prior to target structure release; and (ii) develop an assessment methodology tailored towards current challenges in the field. Specifically, we discuss preparing target structures for assessment, parsing protein domains, balancing evaluations based on domains and on whole chains, dividing targets into categories and developing new evaluation scores. We also present evolutionary analysis of the most interesting and challenging targets.	DB型/プロジェクト;対象/タンパク質/立体構造;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	Oxford Journals/Database		2009-10-13 17:27:25.812724
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi	CCDS	CCDS	公共データベース間でのコンセンサスCDSの構築	Consensus CDS project	ヒト・マウスにおいてNCBI、EBI、UCSC、WTSIの間でCDSの配列・位置情報を共通化するプロジェクトのデータベース。\nCDSごとに配列情報と各種データベースへのリンクがまとめられている。\nデータはNCBIのFTPサイトから入手可能	Annotation of genes is provided by multiple public resources, using different methods, and resulting in information that is similar but not always identical. The human and mouse genome sequence is now sufficiently stable to start identifying those gene placements that are identical, and to make those data public and supported as a core set by the three major public genome browsers. The long term goal is to support convergence towards a standard set of gene annotations.	DB型/注釈	NCBI/All Resources		2010-01-27 12:25:00.492183
	http://cellpedia.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi	CELLPEDIA	CELLPEDIA	ヒト細胞データベース	Humam cell Database	CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。\n各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています。\n開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター	CELLPEDIA is a database for human cells, exhaustively collecting various types of information on cells.\nEach data consists of various types of information such as systematic cell classification and morphological information using ontology, with related gene expression and journal information on cell (trans-)differentiation, providing all information that is required for cell study at once.	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/細胞			2011-01-21 16:03:26.286329
1230	http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr	CFTR mutation	CFTR mutation				Human cystic fibrosis mutation db (CFTR)	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
11432	http://www.cghtmd.jp/CGHDatabase/index_j.jsp	CGHデータベース	CGH Database	ヒト腫瘍細胞に見られる染色体異常	Chromosome aberration in human tumor cells	Comparative Genomic Hybridization法を用いて、ヒト腫瘍細胞より染色体レベルの異常を調べた。　検出される異常は、コピー数減少(loss)、過剰(gain)、増幅(amplification)。	A database of chromosomal abnormalities in human tumor cell lines analyzed with Comparative Genomic Hybridization. Loss, gain, and amplification are detected.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト	文科省	国立大学法人/東京医科歯科大学/難治疾患研究所	2009-02-27 16:49:43.518225
2188	http://cibex.nig.ac.jp/index.jsp	CIBEX	CIBEX	日本遺伝子発現データバンク	Gene expression databank of Japan	マイクロアレイによる遺伝子発現データの提供を研究者より受付け、公開している。	Deposition of gene expression data from microarrays by researchers is accepted and published.	DB型/データバンク;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	MetaDB;文科省	共同利用研究機関/遺伝研/DDBJ	2009-02-17 11:43:23
	http://cipro.ibio.jp/new/	CIPRO Ciona intestinalis Protein Database	CIPRO Ciona intestinalis Protein Database	ホヤ　タンパク質データベース				生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ		国立大学法人/筑波大学/下田臨海実験センター	2009-02-17 11:43:23
133	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG	COG - Clusters of Orthologous Groups of proteins	COG - Clusters of Orthologous Groups of proteins	タンパク質オルソログ・グループ	Orthologous groups of proteins	ゲノムが解析された原核／単細胞真核生物のタンパク質を、オルソロググループに分類したデータベース。　グループは機能カテゴリ（GOアノテーション）ごとに分類されている。　真核生物ゲノム上で予測されたオルソログを同様に分類したデータベースはKOGとして別途公開されている。	A database that classified the proteins of prokaryotes/eukaryotes with sequenced genomes into orthologous groups. The groups are categorized by functional categories (GO annotations). A database that classified predicted orthologs on the eukaryote genomes in the same way is separately opened up as KOG.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/配列	bioiformatik;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/NCBI	2009-02-17 11:43:23
1282	http://www.copewithcytokines.de	COPE	COPE				Cytokines On-line Pathfinder Encyclopedia\n全サイトカインに対する辞書的説明。　自動と手作業の混合。\nただで見えるが明示的に著作権の存在を宣言してる。\n長く続けている老舗で　内容はよい評価を得ているようです。\nサイトカインの専門家の意見がききたいところ。	DB型/辞典	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;ExPASy;The Bio Netbook		2009-07-13 12:12:29.584201
337	http://corg.eb.tuebingen.mpg.de/cgi-bin/index.pl	CORG	CORG	脊椎動物間の調節領域予測データベース	COmparative Regulatory Genomics			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 11:36:08.337121
11480	https://webcreate.kazusa.or.jp/create/	CREAT portal	CREAT portal	マウスmKIAA遺伝子発現、タンパク質発現、タンパク質相互作用	Gene/protein expression profiles and protein-protein interaction of mouse mKIAA genes expression, protein expression,	かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。　ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。　また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。　（以上、InGaPデータベース）　mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。　相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。　（以上、InCePデータベース）	Gene expressions that have been analyzed using microarrays based on mKIAA clones that have been obtained in Kazusa mouse cDNA project. Ectopic expressions seem to have been analyzed using hybridization (with images). The database (InGap) contains protein expression analyzed with western blot, immunohistochemical analysis, and immunoprecipitation using antibodies based on mKIAA. The database (InCeP) contains protein-protein interactions between mKIAA expressed proteins analyzed with immunoprecipitation and MS/MS. The interactions can be searched/displayed/downloaded, but the display required a dedicated software.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;対象/相互作用;対象/相互作用/タンパク質-タンパク質	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
12465	http://mitochon.gs.dna.affrc.go.jp:81/csdb/index.html	CROP SCIENCE DATA BASE	CROP SCIENCE DATA BASE	作物学データベース		作物学の論文情報を格納したデータベースです。 キーワード検索や一覧選択から論文(日本作物学会紀事、Plant Production Science)の全文情報を参照できます。(AgriTogoより引用)		生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	農水省;資源研カタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 18:05:15.938481
150	http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA	CSA - Catalytic Site Atlas	CSA - Catalytic Site Atlas			タンパク質の触媒残基を配列上にマッピングしているデータベース。触媒部位の特定には、文献から得られたデータ、及び計算によるマッピングの両方で行われている。	Enzyme active sites and catalytic residues in enzymes of known 3Dstructure	DB型/プログラム;対象/タンパク質/アミノ酸特性	MetaDB;NAR catalog;wing;EBI/Databases at the EBI		2010-04-13 19:43:44.069139
152	http://www.chemie.uni-marburg.de/~csdbase	CSDBase - Cold Shock Domain database	CSDBase - Cold Shock Domain database			寒冷ショックドメイン(CSD)を持ったタンパク質のデータを入手することが出来るデータベース。PDBファイルや配列、分子量などの定量値が手に入る。	Cold shock domain-containing proteins	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2010-07-02 18:02:29.621358
30	http://www.kazusa.or.jp/codon	CUTG - Codon Usage Tabulated from GenBank	CUTG - Codon Usage Tabulated from GenBank	コドン使用頻度	Database of codon usage frequency	GenBankのCDS情報をベースに、様々な生物種におけるコドンの使用頻度を算出したデータベース。	A database of codon usage probability in various species based on GenBank CDS.	DB型/プログラム;対象/DNA/配列;NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;経産省;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	公益法人/かずさDNA研究所	2010-03-30 10:34:01.48088
11360	http://cyano.genome.jp	CYORF (Cyanobacteria Gene Annotation Database)	CYORF (Cyanobacteria Gene Annotation Database)	シアノバクテリア遺伝子アノテーションワークベンチ	Workbench for Cyanobacteria gene annotation	シアノバクテリア研究コミュニティーが遺伝子アノテーションを行うためのワークベンチ。　一般ユーザはデータの検索、参照、一括ダウンロードが可能。	A workbench for the Cyanobacteria research community to annotate the genes. General users can make searches on, refer to, and download the database.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界/シアノバクテリア(藍藻);対象/アノテーション	文科省;wing	国立大学法人/京都大学/化研	2009-02-17 11:43:23
2487	http://lifesciencedb.jp/cged/	Cancer Gene Expression Database (CGED)	Cancer Gene Expression Database (CGED)			ATAC-PCRによるがん関連遺伝子の発現データベース	CGED (Cancer Gene Expression Database) is a database of geneexpression profile and accompanying clinical information. The data of CGED were obtained through collaborative efforts of Nara Institute of Science andTechnology and Osaka University School of Medicine to identify genes ofclinical importance.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/PCR	Genexpress;文科省		2009-08-07 11:57:27.02633
2611	http://albicansmap.ahc.umn.edu	Candida	Candida				Contains genetics, physical map, sequence data and other resources onCandida Albicans	生物種/菌界	DBcatalog;DDBJ;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
108	http://www.candidagenome.org	Candida Genome Database	Candida Genome Database				Candida albicans genome database	生物種/菌界	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://www.idac.tohoku.ac.jp/dep/ccr/mokuji.html	Cell Line Catalog	Cell Line Catalog			癌細胞バンクにおいて供給している癌細胞株のカタログ	A cell line catalogue of cancer cell lines that the cancer cell bank distributes.	DB型/データバンク;対象/細胞;対象/医学/病気,ガン		国立大学法人/東北大学/加齢医学研究所医用細胞資源センター	2009-02-17 21:07:35.401088
12406	http://www.csml.org/	Cell System Markup Language (CSML)	Cell System Markup Language (CSML)			代謝・シグナル・遺伝子調節パスウェイを表現する(可視化やモデリング、シミュレーション等)ために利用可能な共通のXML定義を行うプロジェクト。各パスウェイのXMLファイルのダウンロードもすることができる		DB型/知識モデル	ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2010-07-16 12:14:57.292921
	http://cellmontage.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi?page=1	CellMontage	CellMontage			CellMontageは、遺伝子発現データベースから、発現プロファイルが類似した細胞や器官を検索するシステムです。\n開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター	CellMontage is a system for searching gene expression databases for cells or tissues similar to the query gene expression profile.	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/細胞			2009-07-14 12:09:40.572532
12320	http://www.cdtdb.brain.riken.jp/CDT/Top.jsp	Cerebellar Development Transcriptome Database (CDT-DB)	Cerebellar Development Transcriptome Database (CDT-DB)	マウス小脳遺伝子発現	Gene expression of mouse cerebellum in postnatal development?	マウス小脳における出生後の遺伝子発現を様々な手法で解析した結果が掲載されている。　試用された手法はfluorescence differential display、cDNA microarray、GeneChipで、小脳で発現している遺伝子についてはRT-PCR、in-situ hybridizaionで詳細にパターンを調べている。　in-situの結果は画像で表示され、語句による記述は見当たらない。	Gene expression in mouse cerebellum after birth analyzed with various methods. Methods used are fluorescence differential display, cDNA microarray, and GeneChip. Genes expressed in cerebellum were studied their expression patterns with RT-PCR and in situ hybridization. The results of in situ hybridization are displayed as images, and no verbal description is found.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/脳科学総合研究センター	2009-02-17 11:43:23
120	http://www.ebi.ac.uk/chebi	ChEBI - Chemical Entities of Biological Interest	ChEBI - Chemical Entities of Biological Interest			低分子化合物に関するオントロジーデータベース。IUPACの述語体系に基づいて分類されている。	Small molecules, atoms, ions and radicals of biological interest	DB型/注釈;対象/低分子化合物;対象/オントロジー	MetaDB;NAR catalog;wing;EBI/Databases at the EBI		2010-08-06 15:19:24.161887
11425	http://cricketweb.bio.tokushima-u.ac.jp/evodevo.backup.20021126/chickindex.php	Chick Eye EST DB and Expression DB	Chick Eye EST DB and Expression DB					DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/鳥類/ニワトリ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省	国立大学法人/徳島大学	2009-02-17 11:43:23
	http://genome.ewha.ac.kr/ChimerDB/	ChimerDB		融合遺伝子配列のデータベース	A Knowledgebase for fusion sequences			NAR category/塩基配列/遺伝子構造、イントロン・エクソン、スプライス部位			2010-03-30 14:38:38.860265
	http://rarge.psc.riken.jp/a/chloroplast/	Chloroplast Function Database		葉緑体機能データベース				NAR category/オルガネラ（細胞小器官）			2010-02-25 14:19:58.999111
649	http://oxytricha.princeton.edu/dimorphism/database.htm	Ciliate IES-MDS database	Ciliate IES-MDS database	下毛類繊毛虫の配列データベース	Macronuclear and micronuclear genes in spirotrichous ciliates			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 11:35:16.910985
11416	http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp	Ciona intestinalis EST project database	Ciona intestinalis EST project database					DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省	国立大学法人/京都大学/大学院理学研究科	2009-02-17 11:43:23
128	http://www.cleanex.isb-sib.ch	CleanEx	CleanEx				Expression reference database, linking heterogeneous expression data tofacilitate cross-dataset comparisons	DB型/知識モデル;DB型/注釈;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/clone/	Clone Registry	Clone Registry	ゲノムのクローンとライブラリのデータベース	a database for genomic clones and libralies		a database that integrates information about genomic clones and libraries, including sequence data, genomic position, and distributor information.	DB型/バイオリソース	NCBI/All Resources		2010-01-27 12:01:05.644814
130	http://www.ebi.ac.uk/clustr	CluSTr - Clusters of Swiss-Prot and TrEMBL proteins	CluSTr - Clusters of Swiss-Prot and TrEMBL proteins				Automatic classification of SWISS-PROT+TrEMBL proteins	DB型/プロジェクト;対象/タンパク質/配列	MetaDB;NAR catalog;wing;EBI/Databases at the EBI		2009-02-17 11:43:23
138	http://www.le.ac.uk/genetics/collagen	Collagen Mutation Database	Collagen Mutation Database				Human type I and type III collagen gene mutations	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
	http://comparasite.hgc.jp/	Comparasite	Comparasite	Comparasite	Comparasite	全長シークエンスの比較ゲノム解析のためのデータベース		対象/DNA/配列			2009-06-03 11:38:12.014102
12455	http://mbs.cbrc.jp/ConfC/	ConfC	ConfC			同一タンパク質の立体構造の変化を集めたデータベース。構造変化は(1)進化的構造変化、(2)結合によるコンフォメーション変化、(3)構造の柔軟性の3つに分けている。同一タンパク質かどうかは構造比較、配列ひかくによって判断している		DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造;対象/タンパク質/構造比較	CBRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-10-27 12:09:11.409737
117	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml	Conserved Domains and Protein Classification	Conserved Domains and Protein Classification	Conserved Domains and Protein Classification		タンパク質の保存ドメインを位置特異的プロファイルとして提供している	Curated alignments of protein domains from Pfam, SMART and COG databases	DB型/プログラム;DB型/注釈;対象/タンパク質/アミノ酸特性;対象/タンパク質/機能;対象/タンパク質/立体構造;対象/タンパク質/配列	DDBJ;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2011-09-27 07:51:22.578606
11424	http://cricketweb.bio.tokushima-u.ac.jp/evodevo.backup.20021126/cricketindex.php	Cricket EST DB and Expression DB	Cricket EST DB and Expression DB	コオロギEST配列	ESTs of cricket	コオロギEST配列、クラスタリング結果、相同性検索結果が掲載されている。	Cricket EST sequences, clustering analyses, and homology search results are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/節足動物門;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省	国立大学法人/徳島大学	2009-02-17 11:43:23
147	http://ukcrop.net/	CropNet	CropNet				Genome mapping in crop plants	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/オオムギ、コムギ;対象/比較ゲノム;対象/DNA/配列	bioiformatik;DDBJ;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook		2009-09-02 13:39:19.395259
4757	http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/	CyanoBase	CyanoBase	シアノバクテリアゲノムデータベース	Genome database for Cyanobacteria	シアノバクテリア、光合成細菌(Chlorobium tepidum TLS)、紅色細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。　ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリ、変異株、プロテオーム解析結果（Cyano2Dbase）が登録されている。　8590279, 8905231, 9435137, 11759840, 11858227, 12240834, 14621292 のsupplementデータ。	A database of the genomes for Cyanobacteria, photosynthesis bacteriu (Chlorobium tepidum TLS), purple bacterium (Rhodopseudomonas palustris). Genome Sequences, ORF information, genes and the categories, mutations, proteomic analyses (Cyano2Dbase) are registered. Supplement data for 8590279, 8905231, 9435137, 11759840, 11858227, 12240834, 14621292.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界/シアノバクテリア(藍藻);対象/DNA/配列;対象/DNA/ゲノム	経産省;The Bio Netbook	公益法人/かずさDNA研究所	2011-08-22 09:54:03.587585
	http://cyanoclust.c.u-tokyo.ac.jp/	CyanoClust database	CyanoClust database	Database of homologous proteins in cyanobacteria and plastids	Database of homologous proteins in cyanobacteria and plastids	シアノバクテリア (34種)と色素体ゲノム(48種)にコードされた全タンパク質配列を相同性によって分類し，簡単なアノテーションをつけたものを公開した。遺伝子名やアノテーションによる検索の他，相同性による検索も可能で，各生物におけるオルソログの系統樹までできる。その他，シアノバクテリアに関する基本情報も提供する。		生物種/真正細菌超生物界/シアノバクテリア(藍藻)			2009-08-20 11:55:31.704173
1283	http://cytokine.medic.kumamoto-u.ac.jp	Cytokine Family cDNA Database (dbCFC)	Cytokine Family cDNA Database (dbCFC)	サイトカイン遺伝子／タンパク質	Genes, and proteins of cytokines	サイトカイン遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報を公開データベースより収集し、ファミリーごと、遺伝子ごとに整理したデータベース。　詳細情報は全てオリジナルDBへのリンクで記載されている。（ポータルとして機能）	The database and a portal site has collected information on cytokine genes, cDNA, proteins from public databases, and arranged them by the families and by the genes. All the detailed information is the links to original databases.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/配列;対象/DNA/配列	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;文科省;wing	国立大学法人/熊本大学/大学院医学薬学研究部	2009-02-17 11:43:23
11412	http://csp.medic.kumamoto-u.ac.jp	Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝	Cytokine Signaling Pathway Database	サイトカインのシグナルパスウェイ	Signaling pathway of cytokine	サイトカインのシグナルパスウェイに関連する情報が収集されている。　ケモカインのリガンドと受容体の対応関係、受容体の立体構造およびドメイン構造、受容体の生物種間の系統関係、キナーゼの一覧と外部データベースへのリンクが掲載されている。	Information related to cytokine signaling pathways are collected. Ligand-receptor relations of the chemokines, 3D structures and domain structures of receptors, interspecies lineages of receptors, a list of kinases and links to other databases are registered.	DB型/プログラム;対象/相互作用;対象/パスウェイ	文科省;wing	国立大学法人/熊本大学/大学院医学薬学研究部	2009-03-05 22:44:59.821255
11404	http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp	D-HaploDB	D-HaploDB	ヒト全胞状奇胎SNP	SNPs of human definitive haplotypes determined by complete hydatidiform moles,	日本人の全胞状奇胎(complete hydatidiform mole)をサンプルとして、28万SNPをマイクロアレイを用いてタイピングし、ハプロタイプ解析を行った。	Haplotype analysis of 280,000 SNPs from the samples of Japanese complete hydatidiform mole that have been typed with microarrays.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/九州大学/生体防御医学研究所	2009-02-17 11:43:23
12440	http://pmg.agr.nagoya-u.ac.jp/dart/index.php	DART	DART			遺伝子の解析をWeb上で行うことができるサイト、マイクロアレイデータとの比較やプライマーの設計、BLAST等を行うことが可能		DB型/プログラム;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	旧ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/分子細胞生物学研究所	2010-07-02 17:35:30.313724
12456	http://mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE/	DB-SPIRE	DB-SPIRE			PROSITEとBLOCKSをつかってタンパク質のモチーフをPDBファイルにアノテーション。PDBのSEQRES行とATOM行に対してアノテーションを行っているため、計4種類のデータが存在する		DB型/プログラム;対象/タンパク質/機能;対象/タンパク質/アミノ酸特性;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	CBRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-10-27 12:54:56.014879
3503	http://www.genome.ad.jp/dbget	DBGET	DBGET	KEGGデータベース簡易検索システム	Simple search system of KEGG	KEGGおよび一般的な分子生物学データベースをキーワードで検索する簡易インターフェース。	It is a simple interface to make keyword searches in KEGG and generic molecular biology databases.	DB型/プログラム	bioiformatik;文科省;wing	プロジェクト/ゲノムネット	2009-02-17 11:43:23
	http://database.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/2009/0/bap006	DBH2H	DBH2H	head-to-head (h2h) gene pairs	head-to-head (h2h) gene pairs	ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有	DBH2H collects head-to-head (h2h) gene pairs identified from human, mouse, rat, chicken and fugu genomes, and distinguishes the ortholog mapping relationship among them. The gene pairs in DBH2H are annotated with sequential features including single nucleotide polymorphisms, CpG islands and transcription factor binding sites, as well as functional terms and genetic disorders. In addition, the expression correlation information based on 117 microarray datasets is included. By providing user-friendly access to these data, DBH2H represents a valuable resource for further analyses of this important gene arrangement in terms of transcriptional regulation mechanisms, evolutionary conservation, disease relevance, etc.	DB型/注釈;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ラット;生物種/動物界/脊索動物門/鳥類/ニワトリ;対象/アノテーション;対象/比較ゲノム;対象/DNA/配列	Oxford Journals/Database		2009-10-13 17:28:56.757731
	http://sirius.cdb.riken.jp/	DBSB	DBSB	システムバイオロジー統合データベース	Database for Systems Biology			DB型/カタログ		独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/発生・再生科学総合研究センター	2010-03-15 18:43:05.124497
178	http://dbtbs.hgc.jp	DBTBS	DBTBS	枯草菌プロモータ／転写因子の知識モデル	Bacillus subtilis (soil bacterium) promoter/Knowledge model? of transcription factors,	枯草菌の転写制御に関連するプロモータ、転写因子、制御される遺伝子の情報を収集したデータベース。　論文を情報源として、実験的に検証された対象のみを収集している。	A database of promoters, transcription factors, and controlled genes of Bacillus subtillis. Only the experimentally verified targets from literatures are collected.	DB型/知識モデル;生物種/真正細菌超生物界/枯草菌;対象/DNA/制御領域	MetaDB;文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定;NAR catalog;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
179	http://dbtgr.hgc.jp	DBTGR	DBTGR	ホヤ遺伝子発現制御の知識モデル	Knowledge model ?of Tunicate gene expression regulation	ホヤ遺伝子の発現位置、制御領域、プロモータ配列、転写因子をまとめたデータベース。　プロモータの種間比較 (C.intestinalis .vs. C.savignyi) を掲載。	A database of Ascidian gene expression loci, control regions, promoter sequences, and transcription factors. It registers inter-species comparison of promoters (C.intestinalis vs. C.savignyi).	DB型/知識モデル;DB型/注釈;生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ;対象/遺伝子発現;対象/相互作用	MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
180	http://dbtss.hgc.jp	DBTSS	DBTSS	転写開始位置	Database of transcription start sites	全長cDNAクローンのESTをゲノムにマップすることで転写開始点を決定しデータベース化した。　現在の対象はヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、マラリア原虫、原始紅藻	A database of transcription start sites that have been decided by mapping ESTs of full-length cDNA clones to genomes. Presently, the target species are human, mouse, zebrafish, Plasmodia, and Protoflorideophycidae.	DB型/プロジェクト;対象/DNA/制御領域	MetaDB;文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定;NAR catalog;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
169	http://www.infobiogen.fr/services/dbcat	DBcat	DBcat				Catalog of databases		bioiformatik;Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
182	http://www.ddbj.nig.ac.jp	DDBJ - DNA Data Bank of Japan	DDBJ - DNA Data Bank of Japan	日本核酸配列データバンク	Nucleic acids, sequence data bank of Japan	主として日本の研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、欧州EBI (EMBL)と定期的にデータを交換することで全世界のデータを収集している。	A databank that accept nucleic acids sequence data mainly from Japanese researchers. Data from all over the world can be collected by routinely exchanging data with U.S. NCBI (GenBank) and European EBI (EMBL).	DB型/データバンク;対象/DNA/配列;NAR category/塩基配列/国際塩基配列データベース(INSD)	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;Genexpress;MetaDB;文科省;NAR catalog;wing	共同利用研究機関/遺伝研/DDBJ	2009-05-28 14:46:17.057883
	http://trace.ddbj.nig.ac.jp/Trace/search	DDBJ Trace Archive	DDBJ Trace Archive			Trace Archive は大規模配列決定プロジェクトに由来する DNA sequence chromatogram (trace), 塩基判定 (base call), 品質評価(quality estimate)のアーカイブです。 Trace Archive (NCBI) およびEnsembl Trace Server とともにデータベースを共同構築しています。		DB型/データバンク;対象/DNA/配列			2009-07-15 10:21:14.461136
990	http://mendel.berkeley.edu/dog.html	DGP	DGP				Dog Genome Project		bioiformatik;DDBJ;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://www.dgrc.jp/flystock/index_j.html	DGRC - Drosophila Genetic Resource Center		ショウジョウバエ統合検索システム		ナショナルバイオリソースプロジェクト「ショウジョウバエ」事業担当機関である京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大学で保存されている系統の統合検索と、それぞれの系統の提供依頼ができる。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 10:58:19.895308
192	http://dip.doe-mbi.ucla.edu	DIP - Database of Interacting Proteins	DIP - Database of Interacting Proteins	タンパク質相互作用の注釈書	Annotation of protein-protein interactions	タンパク質間相互作用の実験的証拠を文献より収集、整理したデータベース。　実験手法をベースに各エントリの信頼性を評価し、最も信頼できるサブセットをCOREとして準備している。	A database that has collected and organized experimental evidences of protein-protein interactions from literature. The database evaluates the reliability of each entry based on experiment methods, and prepares the most reliable subset as CORE.	DB型/注釈;対象/相互作用;対象/相互作用/タンパク質-タンパク質	bioiformatik;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	アメリカ/UCLA	2009-02-17 11:43:23
198	http://arep.med.harvard.edu/dpinteract	DPInteract	DPInteract	大腸菌DNAタンパク質結合サイトの注釈書	Annotations of E.coli DNA-binding sites of proteins	大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベース。　既知のサイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されている。　各サイトにはアノテーションが行われている。	A database of protein binding sites on the E.coli genome. A recognition matrix is constructed based on known sites, and predicted sites based on the matrix are also registered. Each site is annotated.	DB型/注釈;対象/相互作用;対象/相互作用/核酸-タンパク	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Harvard Medical School	2009-02-17 11:43:23
12425	http://gsdb.biol.metro-u.ac.jp/%7Edclust/	DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT (DGSP)データベース	DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT (DGSP)データベース					生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ	ゲノム特定	公立大学/首都大学東京/大学院理工学研究科	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/9557	Danio rerio (zebra danio)		NCBI Genome Project Result - Danio rerio (zebra danio)				生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-09-11 15:54:45.62554
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/12755	Daphnia pulex		NCBI Genome Project Result - Daphnia pulex				生物種/動物界/節足動物門/ミジンコ			2009-09-11 16:32:37.291583
	http://daphnia.nibb.ac.jp/	DaphniaBASE	DaphniaBASE	ミジンコデータベース		ミジンコ類のクローン配列、及びそのクローン配列に対するblast検索の結果のデータベース	The database of daphnia clone sequences and blast search results for those sequences.	生物種/動物界/節足動物門/ミジンコ;対象/DNA/配列		共同利用研究機関/基生研	2009-03-06 00:10:34.730488
	http://database.oxfordjournals.org/	Database	Database	The Journal of Databases and Curation	The Journal of Databases and Curation	Database: The Journal of Biological Databases and Curation provides a platform for the presentation of novel ideas in database research surrounding biological information, and aims to help strengthen the bridge between database developers and users.	Database: The Journal of Biological Databases and Curation provides a platform for the presentation of novel ideas in database research surrounding biological information, and aims to help strengthen the bridge between database developers and users.	対象/ポータル	Oxford Journals		2009-10-13 15:30:03.561891
11459	http://riodb.ibase.aist.go.jp/db027/	Database for Genetic Engineering of Microalgae	Database for Genetic Engineering of Microalgae					DB型/辞典;生物種/真正細菌超生物界/シアノバクテリア(藍藻)	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/baint/baint.html	Database of Base-Amino Acid Interactions	Database of Base-Amino Acid Interactions				(From top page)\nDatabase of Base-Amino Acid Interactions enables users to find pairs of bases and\namino acids that are within a threshold distance in a given protein-nucleic acid\ncomplex structure.	対象/相互作用;対象/相互作用/核酸-タンパク		国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 11:07:43.70532
12416	http://projects.tcag.ca/variation/	Database of Genomic Variants	Database of Genomic Variants				The objective of the Database of Genomic Variants is to provide a comprehensive summary of structural variation in the human genome. We define structural variation as genomic alterations that involve segments of DNA that are larger than >1kb. For the purpose of this database, we focus on variants that are not directly correlated with specific phenotypes.  The Database of Genomic Variants provides a useful catalog of control data for studies aiming to correlate genomic variation with phenotypic data. The database is continuously updated with new data from peer reviewed research studies. We always welcome suggestions and comments regarding the database from the research community.	DB型/知識モデル;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;対象/比較ゲノム;対象/DNA/配列	ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/大学院医学研究科　人体病理	2009-02-17 11:43:23
11462	http://riodb.ibase.aist.go.jp/ffdb/	Database of genomes and transcriptional regulations for fila	Database of genomes and transcriptional regulations for fila	麹菌のEST	ESTs of Aspergillus oryzae	いくつかの条件下で麹菌cDNAライブラリを作成し、その5' ESTを決定した。　配列はFASTA相同性検索を通じてのみアクセス可能。　プロモータ解析を行う予定のようで、そのためのゲノムクローンの構築方法が記載されている。　その他、Aspergillus nidulansのコスミドクローン(1クローン)の配列が掲載されている。	Aspergillus oryzae cDNA libraries were constructed under several conditions and the 5'ESTs were sequenced. The sequences are available only via FASTA homology search. Promoter analyses are seems to be planned, because methods for construction of genome clones for the purpose are described. In addition, a cosmid clone of Aspergillus nidulans is registered.	DB型/プロジェクト;生物種/菌界;対象/相互作用;対象/DNA/配列	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所、酒類総合研究所、食品総合研究所、名古屋大	2009-02-17 11:43:23
12136	http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/php/DeinoBase/index.php	DeinoBase	DeinoBase					DB型/注釈;生物種/真正細菌超生物界;対象/アノテーション;対象/比較ゲノム;対象/DNA/配列	文科省;旧ゲノム特定	独立行政法人、特殊法人、許可法人/日本原子力研究所/計算科学技術推進センター 量子生命情報解析グループ	2009-07-24 10:44:26.430978
1191	http://diprodb.fli-leibniz.de	DiProDB	DiProDB	ジヌクレオチド配列の熱力学特性データベース	Thermodynamic properties database of dinucleotides	ジヌクレオチドの熱力学・構造その他の特性の一覧	The Dinucleotide Property Database is designed to collect and analyse thermodynamic, structural and other dinucleotide properties. The table presenting all the dinucleotide properties can be pruned and rearranged by different criteria. The database contains different export and analysis functions.	NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 15:03:06.284275
	http://dictybase.org/	DictyBase				細胞性粘菌のゲノムデータベース		NAR category/脊椎動物以外のゲノム/単細胞真核生物ゲノム			2010-03-16 16:36:24.832178
12150	http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNA/database.html	Dictyostelium cDNA Database (略称Dicty_cDB)	Dictyostelium cDNA Database (Dicty_cDB)			細胞性粘菌のcDNAプロジェクトのサイト。	A Web site of cellular slime molds cDNA projects.		文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/筑波大学/生物科学系	2009-03-06 00:22:07.869184
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/9565	Dictyostelium discoideum		NCBI Genome Project Result - Dictyostelium discoideum				生物種/原生動物界/細胞性粘菌			2009-09-11 15:49:25.897014
	http://www.allgenes.org/	DoTS (Database Of Transcribed Sequences)	DoTS (Database Of Transcribed Sequences)			ヒト、マウスのゲノム・EST・転写産物のデータベース	A database of human and mouse genomes, ESTs, and transcripts.	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス		アメリカ/Computational Biology and Informatics Lab, University	2009-02-17 11:59:47.692042
	http://drzompo.uni-muenster.de/	Dr. Zompo	Dr. Zompo	Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs	Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs	海草のESTにアノテーションを施したデータベース。	As ecosystem engineers, seagrasses are angiosperms of paramount ecological importance in shallow shoreline habitats around the globe. Furthermore, the ancestors of independent seagrass lineages have secondarily returned into the sea in separate, independent evolutionary events. Thus, understanding the molecular adaptation of this clade not only makes significant contributions to the field of ecology, but also to principles of parallel evolution as well. With the use of Dr. Zompo, the first interactive seagrass sequence database presented here, new insights into the molecular adaptation of marine environments can be inferred. The database is based on a total of 14 597 ESTs obtained from two seagrass species, Zostera marina and Posidonia oceanica, which have been processed, assembled and comprehensively annotated. Dr. Zompo provides experimentalists with a broad foundation to build experiments and consider challenges associated with the investigation of this class of non-domesticated monocotyledon systems. Our database, based on the Ruby on Rails framework, is rich in features including the retrieval of experimentally determined heat-responsive transcripts, mining for molecular markers (SSRs and SNPs), and weighted key word searches that allow access to annotation gathered on several levels including Pfam domains, GeneOntology and KEGG pathways. Well established plant genome sites such as The Arabidopsis Information Resource (TAIR) and the Rice Genome Annotation Project are interfaced by Dr. Zompo. With this project, we have initialized a valuable resource for plant biologists in general and the seagrass community in particular. The database is expected to grow together with more data to come in the near future, particularly with the recent initiation of the Zostera genome sequencing project.	DB型/注釈;生物種/植物界/緑藻植物門;対象/アノテーション;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST;対象/DNA/配列	Oxford Journals/Database		2009-10-13 16:34:22.542636
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/9554	Drosophila melanogaster (fruit fly)		NCBI Genome Project Result - Drosophila melanogaster (fruit fly)				生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ			2009-09-11 16:07:52.988903
11383	http://www.TP-Search.jp	Drug transpoter DB	Drug transpoter DB	薬物トランスポーターに関する辞典	Dictionary of drug transporters	薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベース。　トランスポーター、発現組織、その対象となる化合物、薬剤間相互作用、対応するKOマウス／ラット、対応する病態生理、遺伝的多型、関連する遺伝病が収録されている。	A database of information on drug transporters. It contains transporters, tissues expressing the genes, targeted chemical compounds, drug-drug interactions, knockout mice/rats for the genes, pathophysiology for the genes, genetic polymorphisms, and relevant inherited diseases.	DB型/辞典;対象/低分子化合物/薬物;対象/低分子化合物	文科省	国立大学法人/東京大学/大学院薬学系研究科	2009-02-17 11:43:23
208	http://www.ebi.ac.uk/msd	E-MSD - EBI-Macromolecular Structure Database	E-MSD - EBI-Macromolecular Structure Database				EBI&apos;s collection of protein structures		MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;EBI/Databases at the EBI		2009-02-17 11:43:23
11449	http://genome.gen-info.osaka-u.ac.jp/bacteria/o157/index.html	E.coli O157:H7 Sakai genome project	E.coli O157:H7 Sakai genome project	病原性大腸菌 O157ゲノムデータベース	Database of pathogenetic   E.coli O157  genome	大腸菌O157:H7 Sakai株の全ゲノム配列、pO157プラスミド配列、pOSAK1プラスミド配列、およびそれらのアノテーションを掲載したデータベース。　データ全体の一括ダウンロードも可能。	A database of E.coli O157:H7 Sakai genome sequences, pOSAK1 plasmid sequences, and the annotations. Download is possible.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界/大腸菌;対象/DNA/配列	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/奈良先端科学技術大学院大学;国立大学法人/宮崎大学	2009-07-24 10:16:59.442138
1563	http://www.ebi.ac.uk	EBI	EBI				European Bioinformatics Institute		Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;ExPASy;Sanger Institute;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
210	http://www.ebi.ac.uk/genomes	EBI Genomes	EBI Genomes				EBI&apos;s collection of databases for the analysis of complete andunfinished viral, pro- and eukaryotic genomes		bioiformatik;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;EBI/Databases at the EBI		2009-02-17 11:43:23
	https://www.nhocrc.jp/ebmpage.html	EBM研究				国立病院機構による平成18年?21年の間のEBM事例のデータベース			厚労省		2011-08-16 18:59:51.920882
1157	http://ecrbase.dcode.org/	ECRbase	ECRbase			脊椎動物で進化的に保存された領域、プロモーター、転写因子結合部位のデータベース	Database of Evolutionary Conserved Regions, Promoters, and Transcription Factor Binding Sites in Vertebrate Genomes	NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 11:47:10.470591
	http://genome.ewha.ac.kr/ECgene/	ECgene			Gene Modeling with Alternative Splicing			NAR category/塩基配列/遺伝子構造、イントロン・エクソン、スプライス部位			2011-01-10 19:12:53.087261
12135	http://egtc.jp/	EGTC	EGTC	遺伝子トラップ法でトラップされたマウス遺伝子	Mouse genes, trapped with gene trap method	マウスES細胞に対して新規遺伝子トラップ系(exchangable gene trap system)を用いてトラップクローンを作成した。　それをもとに遺伝子導入もしくは破壊を行い、系統化したリソース（卵、精子）は配布されている。　トラップされた遺伝子のタグ配列、相同性検索結果、変異系統の情報が掲載されている。	Trap clones were obtained from Mouse ES cells using a new gene trap system (exchangeable gene trap system). Based on them, gene transfer or disruption was conducted, and lineage resources (oocytes and sperms) are distributed. The database registers tag sequences for the trapped genes, homology search results, and mutated lineages.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/DNA/配列	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/熊本大学	2009-02-17 11:43:23
220	http://fantom2.gsc.riken.jp/EICODB	EICO DB	EICO DB	マウスのインプリンティング遺伝子の発現	, Gene expression of imprinted genes in mouse	マウスのインプリンティング遺伝子候補とその遺伝子発現をマイクロアレイで確認した結果のデータベース。　該当遺伝子上のSNP、ヒトゲノム上の関連領域も記述されている。　新規のインプリンティング遺伝子の探索を目的とする。	A database of imprinted gene candidates of the mouse and the gene expression confirmed with microarrays. SNPs on the genes and relevant human genome regions are also contained. It is aimed for exploration of new imprinted genes.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/アノテーション;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	MetaDB;文科省;NAR catalog;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
224	http://www.ebi.ac.uk/embl	EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005.	EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005.	欧州核酸配列データバンク	Data bank of nucleic acid sequences in Europe	欧州各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。	It is a databank that accepts deposition of nucleic acid sequence data from researchers in European countries. It routinely exchanges data with U.S. NCBI (GenBank) and Japan DDBJ.	DB型/データバンク;対象/DNA/配列;NAR category/塩基配列/国際塩基配列データベース(INSD)	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;wing;EBI/Databases at the EBI	イギリス/EBI	2009-02-17 11:43:23
225	http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html	EMGlib - Enhanced Microbial Genomes Library	EMGlib - Enhanced Microbial Genomes Library				Completely-sequenced prokaryotic genomes		DBcatalog;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://www.ebi.ac.uk/ena/	ENA	ENA	European Nucleotide Archive	European Nucleotide Archive	解析的に処理された配列情報を掲載しているデータベース。サンプルや実験・計算情報などの入力データ、配列のクオリティや計算の設定などの出力結果、アノテーションなどの解釈が加えられたデータが入っている	The European Nucleotide Archive (ENA) captures and presents information relating to experimental workflows that are based around nucleotide sequencing. A typical workflow includes the isolation and preparation of material for sequencing, a run of a sequencing machine in which sequencing data are produced and a subsequent bioinformatic analysis pipeline. ENA records this information in a data model that covers input information, output machine data  and interpreted information	DB型/プロジェクト			2010-05-21 14:55:48.557363
2466	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez	ENTREZ	ENTREZ	NCBI横断検索		NCBIで提供されているデータベースを横断的に検索するサービス。各データベースに指定した検索ワードがどれくらいヒットしたかを一望することができ、各データベースの検索結果ページに直接飛ぶことができる。	ENTREZ is a cross-database web based search engine	DB型/データバンク	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;Genexpress;Stanford Genomic Resources		2010-07-02 13:03:22.33829
12321	http://www.brc.riken.go.jp/lab/mutants/genedriven_name.htm	ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (gene-name lis	ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (gene-name lis	マウス突然変異株の変異遺伝子と位置	Name and chromosomal location of mutant gene in mutant mouse	ENUで誘導されたマウス変異株を、遺伝子上の変異を基準にして選別し、リストアップしている。　「表現型スクリーニングによる変異株ライブラリ」構築時に、致死もしくは不妊が原因でG2株構築に至らなかったG1個体の精子を素材としている。　リソースの配布も行う。　変異遺伝子の名称でソートしたリスト。	Mouse mutant lineages induced by ENU are selected and listed based on the mutations on the genes. The lineages are based on sperms of G1 mice with no G2 lineage due to lethality or infertility at the time of the construction of Mutant library with phenotypic screening. Resources are distributed. A list sorted by the mutated genes.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC(ゲノム機能情報）	2010-04-15 10:54:15.147749
12322	http://www.brc.riken.go.jp/lab/mutants/genedriven_location.htm	ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (location list	ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (location list	マウス突然変異株の変異遺伝子と位置	Name and chromosomal location of mutant gene in mutant mouse	同上。　こちらは染色体上の位置でソートしたリスト。	The same as above. A list sorted by chromosomal location.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC(ゲノム機能情報）	2010-04-15 10:53:09.762674
235	http://www.epd.isb-sib.ch	EPD	EPD	The Eukaryotic Promoter Database	The Eukaryotic Promoter Database		Eukaryotic POL II promoters with experimentally-determined transcriptionstart sites	対象/DNA/制御領域	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog		2010-03-15 18:46:45.548098
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest	EST	EST		Expressed Sequence Tags database	GenBankの内、ESTに関してのデータを掲載しているデータベース	Expressed Sequence Tags database (dbEST)  (Nature Genetics 4:332-3;1993)  is a division of GenBank  that contains sequence data and other information on "single-pass" cDNA sequences, or "Expressed Sequence Tags", from a number of organisms.	DB型/データバンク;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 14:42:35.554849
242	http://bioweb.ensam.inra.fr/ESTHER/general?what=index	ESTHER	ESTHER				Esterases and related alpha/beta hydrolase superfamily enzymes		DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
2159	http://www.genome.jp/kegg/expression	EXPRESSION	EXPRESSION	マイクロアレイ遺伝子発現データ	Microarray gene expression data	マイクロアレイによる遺伝子発現データをKEGG genomeおよびKEGG pathwayへ統合することを目的として構築された。　ラン藻、枯草菌、大腸菌、ヒト、出芽酵母の発現データが登録されている。	This database was constructed in order to integrate microarray gene expression data to KEGG genome and KEGG pathway. Gene expression data for Cyanophyceae, Bacillus subtilis, E.coli, human, and budding yeasts are registered.	DB型/プログラム;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	MetaDB;文科省;wing	国立大学法人/京都大学/化研	2009-02-17 11:43:23
229	http://www.ensembl.org	Ensembl	Ensembl	ゲノム自動アノテーション	Automatically  annotated genomes	ゲノム配列の公開された真核生物（特に脊椎動物）に対して機械的アノテーションを行ったデータベース。　アノテーションプラットフォーム自体も提供されており、別グループが独自のゲノムDB構築に利用している例も多い。	A database of algorithmic annotation on eukaryotes (especially vertebrates) with genome sequences in public domain. Annotation platform is also provided, and many other groups use it as their own genome database construction.	DB型/プログラム;対象/アノテーション	Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook;wing	イギリス/EBI/EBI, Sanger Institute	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ensemblgenomes.org/	Ensembl Genomes	Ensembl Genomes	非脊椎動物に対するゲノムブラウザ	genome browser for invertebrate	Ensembleの機能を非脊椎動物に対しても拡張したゲノムブラウザ。Metazoa, Plants, Protists, Fungi, Bacteriaのものがある。ゲノムスケールのマップを閲覧できる。	one of Genome Browsers for invertebrate genomes. It holds Metazoa, Plants, Protists, Fungi and Bacteria. It enables us to see genome-scale sequence mappings.		EBI/Databases at the EBI		2010-05-21 15:07:56.177761
	http://www.ensembl.org/Danio_rerio/Info/Index	EnsemblD.rerio - Search Ensembl Zebrafish -				Ensembl内の、ゼブラフィッシュゲノムに関する検索が行えるページ。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-08-31 14:45:48.768541
237	http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB	EpoDB - Erythropoiesis Database	EpoDB - Erythropoiesis Database	赤血球新生関連遺伝子	Genes related to red blood cell hematopoiesis	脊椎動物の赤血球新生時に発現する遺伝子とその配列、発現情報を、公開データベースより収集して整理したデータベース。	A database that has collected and organized genes that are expressed in hematopoiesis of vertebrate red blood cells, as well as their sequences and expression information, from public databases	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Computational Biology and Informatics Lab, University	2009-02-17 11:43:23
12448	http://jbirc.jbic.or.jp/evola/search.html	Evola	Evola						JBIRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2009-03-06 00:19:01.891522
12430	http://pdbjets.protein.osaka-u.ac.jp/	Evolutionary Trace Server	Evolutionary Trace Server						ゲノム特定	国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所/蛋白質情報科学研究系	2009-02-17 11:43:23
	http://br.expasy.org/ch2d/	ExPASy-SWISS 2D PAGE database	ExPASy-SWISS 2D PAGE database			収集法：まだ不明\nデータ：材料記載、スポットＩＤ、スポット蛋白名称、ゲル画像\n蛋白名称でそれが同定されてる２Ｄゲルが出てくる\n材料名称でその材料の２ＤＰＡＧＥ画像とスポットリストが出てくる\n２ＤＧＥＬの図のある論文のフィギュアを集めたようなもの\n結構考え事に役に立つ\n遅いので韓国ミラーのほうがやや早い	The method of data collection is unclear. The data contains the materials, spot ID, spot protein names, gel images. By protein names, 2D gels on which they are identified can be retrieved. By material names, 2DPAGE images and spot lists for the materials can be retrieved. This database is like a collection of article figures targeted to 2DGEL figures. It is useful to generate ideas. It is slow, so Korean mirror site may be a bit faster.	DB型/データバンク;対象/タンパク質/プロテオーム		スイス/Swiss Institute of Bioinformatics	2009-02-17 11:43:23
11434	http://www.jamstec.go.jp/gbrowser/cgi-bin/top.cgi	ExtremoBase	ExtremoBase	極限環境生物ゲノムデータベース		海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。　他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。		DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/海洋開発研究機構極限環境生物圏研究センター	2009-03-30 12:25:45.348573
11388	http://facts.gsc.riken.go.jp	FACTS	FACTS	マウスcDNA−文献リンク	Link between mouse cDNA, and literature	理研マウス全長cDNAクローンに対して文献情報をマップしたデータベース。　配列より相同性検索で予測された機能と、文献よりキーワードベースで取得された機能情報を連結することで構築されている。	A database that mapped literature information on RIKEN mouse full-length cDNA clones. It consists of links between predicted functions based on sequence homology searches and information of protein functions obtained from keyword searches in literature.	DB型/プログラム;対象/文献	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC ゲノム情報先端技術研究グループ	2009-02-17 11:43:23
12138	http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/famsbase/index.html	FAMSBASE	FAMSBASE						文科省;旧ゲノム特定	私立大学/長浜バイオ大学	2009-02-17 11:43:23
2187	http://fantom3.gsc.riken.jp	FANTOM	FANTOM	マウス全長cDNAに関する注釈書	Annotation of full-length mouse cDNA	マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベース。　（転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されている。	A database of annotations to mouse full-length cDNA clone sequences. CAGE tags and GSC ditags information are also used to identify transcription start sites.	DB型/注釈;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/アノテーション	MetaDB;文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
12367	http://fantom.gsc.riken.go.jp/	FANTOM3 (Functional Annotation of Mouse 3)	FANTOM3 (Functional Annotation of Mouse 3)					生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12356	http://gerg01.gsc.riken.jp/cage_analysis/hg17prmtr/	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Analysi	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Analysi						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12358	http://gerg01.gsc.riken.jp/cage/hg17prmtr/	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Basic V	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Basic V						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12361	http://gerg01.gsc.riken.jp/expr_tree/mm5/	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Tree Vi	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Tree Vi						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12360	http://gerg01.gsc.riken.jp/expr_tree/hg17prmtr/	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Tree Vi	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - CAGE Tree Vi						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12362	http://gerg02.gsc.riken.jp/gev-promoter/gbrowse/hg17/	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - Human (hg17)	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - Human (hg17)						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12363	http://gerg02.gsc.riken.jp/gev-promoter/gbrowse/mm5/	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - Mouse (mm5)	FANTOM3 - CAGE (Cap-Analysis Gene Expression) - Mouse (mm5)						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12364	http://fantom3.gsc.riken.jp/public/	FANTOM3 - Public sequence viewer	FANTOM3 - Public sequence viewer						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12365	http://fantom3.gsc.riken.jp/db/	FANTOM3 - RIKEN cDNA Annotation Viewer	FANTOM3 - RIKEN cDNA Annotation Viewer						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12366	http://fantom31p.gsc.riken.jp/s_as/	FANTOM3 - Sense and Antisense DataBase (SADB)	FANTOM3 - Sense and Antisense DataBase (SADB)						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
	http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php?lang=jp	FANTOM4	FANTOM4			FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点（TSS）の動態をdeepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。\n（ http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php?lang=jp から引用）\n開発元：理化学研究所　オミックス基盤研究領域	In FANTOM4 the focus has changed to understanding how these components work together in the context of a biological network. Using deepCAGE (deep sequencing with CAGE) we monitored the dynamics of transcription start site (TSS) usage during a time course of monocytic differentiation in the acute myeloid leukemia cell line THP-1. This allowed us to identify active promoters, monitor their relative expression and define relevant regions for carrying out transcription factor binding site predictions. Computational methods were then used to build a network model of gene expression in this leukemia and the transcription factors key to its regulation. This work gives the first picture of the wiring between genes involved in acute myeloid leukemia and provides a strategy for identifying key factors that determine cell fates.\nIn addition to the network, FANTOM4 data was used in two additional analyses. The first identified a novel class of short RNAs associated with transcription start sites and the second focused on the role of repetitive element expression in the transcriptome.\n(cited from http://fantom.gsc.riken.jp/4/ )\nDeveloped by RIKEN Omics Science Center	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE			2009-07-15 16:02:04.034632
	http://flj.hinv.jp/	FLJ Human cDNA Database	FLJ Human cDNA Database	FLJヒト完全長cDNAデータベース	Database for human full-length cDNAs	経済産業省「タンパク質機能解析事業／スプライシング・バリントの取得技術の開発」で取得・配列解析したヒトスプライシング・バリントcDNA配列データベースと、オリゴキャップ法での全FLJヒト完全長cDNA配列データベース（全長解析配列数約5万及び5’末端配列解析数約150万）。	Outcomes of the sequencing and sequence analyses of METI Protein function analysis project/development of splicing variant acquisition technology. It consists of human splicing variant cDNA sequence database and an entire FLJ oligo-cap method based human full-length cDNA sequence database (about 50,000 full-length analyzed sequences and about 1,500,000 5'end analyzed sequences)	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/配列		独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC;独立行政法人、特殊法人、許可法人/バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)	2009-02-17 11:43:23
468	http://facts.gsc.riken.go.jp/FREP/	FREP	FREP	マウスcDNA機能リピート配列	Database of functional repeats in mouse cDNA	マウスcDNA配列のCDS領域に見られ、分子的機能を持つことが予測される繰返し配列を収集したデータベース。　cDNA/ゲノム上の位置、polyAシグナル位置、タンパク（に翻訳された際の）モチーフ、関連するMeSH term が記載されている。	A database of repetitive sequences in CDS regions of mouse cDNA sequences that are predicted to be functional. Locations on cDNA/genome, polyA signal locations, motifs in translated proteins, and related MeSH terms are registered.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/DNA/モチーフ;NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA;NAR category/ヒトとその他の脊椎動物/モデル生物と比較ゲノム	MetaDB;文科省;NAR catalog;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2010-03-12 11:52:00.286488
12399	http://www.photosynthesis.jp/fluorome/	Fluorome - The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Datab	Fluorome - The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Datab			原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベース		生物種/真正細菌超生物界/シアノバクテリア(藍藻)	ゲノム特定	私立大学/早稲田大/教育学部	2009-10-06 18:33:41.905084
256	http://flybase.bio.indiana.edu	FlyBase	FlyBase				Drosophila sequences and genomic information	生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ	Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
260	http://pbio07.uni-muenster.de	FlyView	FlyView				Drosophila development and genetics	生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ	DBcatalog;ExPASy;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://cdna.hgc.jp/	Full Length cDNA	Full Length cDNA	FL-DB	Database for human, full-length cDNAs	完全長ヒトcDNAのデータベース	A database of human full-length cDNA	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト		国立大学法人/東京大学/東京大学医科学研究所;その他/バイオテクノロジー開発技術研究組合	2009-02-17 12:00:29.745142
	http://fullmal.hgc.jp/index_ag_ajax.html	Full-Anopheles	Full-Anopheles	ハマダラカ完全長cDNAデータベース	Anopheles Full-length cDNA database			生物種/動物界/節足動物門;対象/DNA/配列			2009-06-03 11:25:24.154006
	http://fullmal.hgc.jp/index_bb_ajax.html	Full-Babesia	Full-Babesia	バベシア完全長cDNAデータベース	Babesia Full-length cDNA database			生物種/原生動物界;対象/DNA/配列			2009-06-03 11:16:11.667336
	http://fullmal.hgc.jp/index_cp_ajax.html	Full-Cryptosporidium	Full-Cryptosporidium	クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベース	Criptosporidium Full-Length cDNA Database			生物種/原生動物界;対象/DNA/配列			2009-06-03 11:11:52.436504
	http://fullmal.hgc.jp/em/	Full-Echinococcosis	Full-Echinococcosis	エキノコックス完全長cDNAデータベース	Echinococcosis Full-length cDNA database			生物種/動物界/扁形動物門;対象/DNA/配列			2009-06-03 11:21:26.987866
264	http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp	Full-Malaria	Full-Malaria	マラリア原虫全長cDNA	Plasmodium falciparum (malaria), full-length cDNA Database	ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。　各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。　マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。（P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ）	A database of full-length cDNA clones and the analyses of two Plasmodia causing human malaria and two Plasmodia causing mouse malaria. ESTs for each clone are mapped to the genome as well as to ESTs in the public domain. The database also contains confirmed homology between Plasmodia with TBLASTX (Other Plasmodia contigs were mapped to the template P. falciparum genome).	DB型/プロジェクト;生物種/原生動物界;対象/DNA/cDNA;NAR category/脊椎動物以外のゲノム/単細胞真核生物ゲノム	MetaDB;文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定;NAR catalog;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://fullmite.hgc.jp/	Full-Mite	Full-Mite	ダニ完全長cDNAデータベース	Mite Full-length cDNA database			生物種/動物界/節足動物門;対象/DNA/配列			2009-06-03 11:31:37.095383
11829	http://fullmal.hgc.jp/tg/index.html	Full-Toxoplasma	Full-Toxoplasma	トキソプラズマ全長cDNA	Full-length cDNA database of Toxoplasma	トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。　各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされている。	A database of the analyses of full-length cDNA clones of the toxoplasma. ESTs of each clone are mapped on draft genome sequences (contigs).	DB型/プロジェクト;生物種/原生動物界;対象/DNA/配列	文科省;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://fullmal.hgc.jp/index_arth.html	Full-Tsetse	Full-Tsetse	ツェツェバエ完全長cDNAデータベース	Tsetse Full-length cDNA database			生物種/動物界/節足動物門;対象/DNA/配列			2009-06-03 11:29:06.632264
	http://podb.nibb.ac.jp/Organellome/bin/findFunctional.php?status=	Functional Analysis Database	Functional Analysis Database			植物オルガネラ研究のプロトコール集\n開発元：基礎生物学研究所　高次細胞機構研究部門		対象/細胞/オルガネラ			2009-07-14 12:17:15.46209
12452	http://h-invitational.jp/g-compass/	G-compass	G-compass						JBIRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2009-03-06 00:19:23.415873
11426	http://www.glycoanalysis.info	GALAXY	GALAXY	N型糖鎖の構造	Structures of N-gylcans in glycoproteins	アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載する。	Sugar chains structures linked to asparagine residues (N type sugar chains) were analyzed the original 2D/3D sugar chain mapping, and the obtained structures (combinations of sugar residue units) are registered.	DB型/プロジェクト;対象/糖鎖	文科省;旧ゲノム特定	公立大学/名古屋市立大/大学院薬学研究科	2009-02-17 11:43:23
	http://www.gbif.org/	GBIFポータル	GBIF Portal			世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイト\n開発元：GBIF(Global Biodiversity Information Facility)		DB型/カタログ			2010-04-08 18:12:41.708501
11368	http://gena.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/search/servlet/gena	GENA (Gene Name Dictionary)	GENA (Gene Name Dictionary)			遺伝子の類義語リストを遺伝子別にまとめているサイト		DB型/知識モデル;対象/文献	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2010-07-02 16:22:50.592503
11362	http://www.genome.jp/kegg/genes.html	GENES	GENES	既知ゲノム上遺伝子配列	Gene sequences of  known genomes	既知のゲノム上の遺伝子を公開済みデータより収集し、他のKEGGシステムと統合して利用できるようIDを割り当てた。	Genes on the known genomes are collected from public data, and the ID numbers are allocated to use them in an integrated way with other KEGG systems.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/配列	文科省;wing	国立大学法人/京都大学/化研	2009-02-17 11:43:23
12426	http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/topics/Corpus/GTB.html	GENIA Treebank	GENIA Treebank						ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
12407	http://www.genome.jp/tools/genies/	GENIES: Gene Network Inference Engine based on Supervised An	GENIES: Gene Network Inference Engine based on Supervised An						ゲノム特定	国立大学法人/京都大学/化研	2009-07-24 10:46:21.480943
	http://www.genpac-nalapro.com/	GENPAC	GENPAC			PubMedに登録された1,800万件以上の論文を情報源に、ライフサイエンスの専門用語辞書と自然言語処理技術を用いて収集した、遺伝子・タンパク質、化合物、疾患間の相互作用情報データベース\n開発元：ナラプロ・テクノロジーズ株式会社					2009-07-14 17:41:39.39229
305	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo	GEO - Gene Expression Omnibus	GEO - Gene Expression Omnibus	米国遺伝子発現データバンク	United States, Data bank of gene expressions in the United States	NCBIにおいて運営されている、遺伝子発現データを受け付け、公開するデータベース。　マイクロアレイ(DNAチップ）、SAGEに対応している。	A database run by NCBI that accepts and make public depositions of gene expression data. The database is compatible to microarrays (DNAchip) and SAGE.	DB型/データバンク;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE	DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook;wing	アメリカ/NCBI	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds	GEO Dataset	GEO Dataset	GEOのデータを実験別にまとめたデータベース	experimental sets of GEO data	GEOのスタッフによって編集されている。同一のプラットフォーム、実験条件や後処理、であるサンプルを集めてエントリーを構築している。またGEOの種々の解析ツール(発現プロファイルやクラスタ)をエントリー中から使用することができる	This database stores curated gene expression DataSets, as well as original Series and Platform records in the Gene Expression Omnibus (GEO) repository.\nDataSet records contain additional resources including cluster tools and differential expression queries.	DB型/注釈;対象/遺伝子発現	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 12:15:30.792785
11393	http://flymap.lab.nig.ac.jp/~dclust/getdb.html	GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database -	GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database -	ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ挿入系統	Drosophila Gal4 enhancer trap insertion lines	ショウジョウバエのGal4エンハンサートラップ挿入系統について、挿入サイト、遺伝子発現パターン、表現型を解析した。　リソースの配布も行う。	Analyses of insertion positions, gene expression patterns, and the phenotypes of Drosophila strains with inserted Gal4 enhancer traps. Resources can be distributed.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ;対象/遺伝子発現	文科省;ゲノム特定;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/発生・再生科学総合研究センター	2009-02-17 11:43:23
1079	http://www.rna.whu.edu.cn/gissd/	GISSD	GISSD	グループIイントロンの配列と構造データベース	Group I intron sequence and structure Database			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 11:58:16.939946
307	http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/	GLIDA	GLIDA	Gタンパク質共役レセプタ−リガンド相互作用	Database for G-protein coupled receptor (GPCR) and ligand interaction	Gタンパク質共役レセプタとリガンドの相互作用が公開データベースより収集され結合されている。	Interactions between G-protein coupled receptors and the ligands are collected from public databases and linked.	DB型/プログラム;対象/相互作用;対象/相互作用/タンパク-低分子化合物	MetaDB;文科省;NAR catalog	国立大学法人/京都大学/薬学部(辻本先生)	2009-02-17 11:43:23
311	http://www.ebi.ac.uk/GOA	GOA - Gene Ontology Annotation	GOA - Gene Ontology Annotation				Assignment of gene products to the Gene Ontology (GO) resource		MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;EBI/Databases at the EBI		2009-02-17 11:43:23
313	http://www.genomesonline.org	GOLD	GOLD				Information regarding complete and ongoing genome projects		ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
315	http://www.gpcr.org/7tm	GPCRDB	GPCRDB	Gタンパク質結合受容体	Database of G-protein coupled receptor ligands	Gタンパク質結合受容体情報を公開データベースより取得し、それらに解析結果を付与して整理したデータベース。　配列、変異位置、立体構造（PDB由来データと予測モデル）、リガンド結合定数、ファミリーごとのマルチプルアラインメントと系統樹が掲載されている。	A database that obtained information on the G-protein coupled receptors from public databases, added to analyses, and organized them. It contains sequences, mutation positions, 3D structures (PDB-derived data and predictive models), ligand binding constants, multiple alignments for each family and the lineage trees.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/機能	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog	アメリカ/Department of Cellular and Molecular Pharmacology, UCSF	2009-02-17 11:43:23
	http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/	GRIDA				GPCR関連の新薬開発の現場で働く、あるいはGPCRとその既知のリガンドについての情報を必要とする人々のために開発されたデータベース					2011-01-10 18:00:00
12323	http://omicspace.riken.jp/osml/	GSCope3	GSCope3	発現データによるパスウェイのランキング	Ranking of pathways with SOM clustered microarray data	SOMによりクラスタリングされた遺伝子発現データと、KEGGパスウェイデータの相関を解析し、発現データでサポートされると思われるパスウェイをランク付けして抽出するツール。　入力として、KEGGパスウェイ、SOMクラスタ、両IDをつなぐappendixファイルが必要。	A tool to analyze the correlation between gene expression data clustered with SOM and KEGG pathway data to rank and extract pathways that are likely to be supported by gene expression data. As inputs, KEGG pathways, SOM cluster, an appendix file that connect the both IDs are necessary.	DB型/解析サービス;対象/パスウェイ	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
11350	http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome	GTOP	GTOP	タンパク質予測構造	Prediction of protein structures	既知のゲノム上に予測もしくは確定されている全ORFについて、立体構造予測および機能解析を行い、結果をデータベース化した。　立体構造予測（by Reverse PSI-BLAST）、機能解析（by BLAST）、モチーフ解析(by prosite)、ファミリー分類(by Pfam)、膜貫通領域予測(by SOSUI)、coiled-coil領域予測(by Multicoil)、繰返し配列解析(by RepAlign)の各結果が登録されている。	A database of all the predicted or confirmed ORFs on known genomes, as well as prediction of 3D structures and the functions of the encoded proteins. The database contains 3D structure prediction (by Reverse PSI-BLAST), analyses of protein functions (by BLAST), motif analyses (by PROSITE), gene family classification (by Pfam), prediction of transmembrane regions (by SOSUI), prediction of coiled-coil regions (by Multicoil), and analyses of repetitive sequences (by RepAlign).	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造;NAR category/構造データベース/タンパク質構造	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	共同利用研究機関/遺伝研/DDBJ	2009-02-17 11:43:23
	http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/gtop/gtop-j.html	GTOP (Rice Version)		Genomes TO Protein structures and functions　(Rice Version)				DB型/プログラム;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 18:32:34.262309
	https://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gwasdb/gwas_top.cgi	GWAS	GWAS	GWAS	Database for genome wide association studies  (GWAS) of human	GWASデータベースは、GWAS（ゲノムワイド関連解析：非血縁の患者群と健常対照群を対象として、疾患遺伝子と多型マーカーの連鎖不平衡をゲノム全域にわたって検出する手法）によって得られたアレル頻度やジェノタイプ頻度などのデータベースである。	The GWAS database is a database of allele frequency and genotype frequency obtained from GWAS (genome wide association study: targeted to unrelated patients and healthy controls, linkage disequilibrium between candidate disease genes and polymorphic markers are detected in the genome-wide range).	対象/DNA/多型		国立大学法人/東京大学/大学院医学系研究科国際保健学専攻人類遺伝学分野	2009-02-17 11:43:23
271	http://www.fruitfly.org	GadFly	GadFly	ショウジョウバエゲノム／アノテーション	Drosophila genome/annotation	ショウジョウバエゲノムプロジェクトで生成した各種データを集約したサイト。　(1) ゲノム配列およびアノテーション。　(2) in-situ hybridizationによる遺伝子発現パターン。　マイクロアレイで検証されている。　アノテーションはコントロールされた語を用いて人手で行われている。　(3) ESTおよび全長cDNA配列。　(4) トランスポゾン配列。　(5) 単一のP transposable element による遺伝子破壊株。　(6) Drosophila種間の比較ゲノム。　(7) SNPマップ。	A site that summarizes various data produced in Drosophila genome project. (1) Genome sequences and annotation, (2) gene expression patterns analyzed with in-situ hybridization, They are validated with microarrays. Annotation has been manually conducted using controlled vocabulary. (3) EST and full-length cDNA sequences, (4) transposon sequences, (5) gene disruption strains using a single P transposable element. (6) comparative genomic analysis of Drosophila, (7) SNP map.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ;対象/アノテーション	bioiformatik;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	アメリカ/The Berkeley Drosophila Genome Project (Drosophila Genome Ce	2009-02-17 11:43:23
11399	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/image/gallery.html	Gallery of Biomolecules	Gallery of Biomolecules					DB型/辞典;対象/タンパク質/立体構造	文科省;wing	国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 11:00:26.834795
12422	http://gclust.c.u-tokyo.ac.jp/	Gclustデータベース公開サーバー	Gclust Server						ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/大学院総合文化研究科	2009-03-06 00:22:50.561659
276	http://www.ncbi.nlm.nih.gov	GenBank(R)	GenBank(R)	米国核酸配列データバンク	Data bank of nucleic acid sequences in the United States	各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、欧州EBI (EMBL)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。	It is a databank that accepts deposition of nucleic acid sequences from researches in various countries. It routinely exchanges data with EBI (EMBL) and DDBJ.	DB型/データバンク;対象/DNA/配列;NAR category/塩基配列/国際塩基配列データベース(INSD)	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;Genexpress;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook	アメリカ/NCBI	2011-09-26 12:48:51.569339
296	http://genomics.med.upenn.edu/genmapdb	GenMapDB	GenMapDB				Mapped human BAC clones		Genexpress;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
278	http://bite-it.helsinki.fi	Gene Expression in Tooth Database	Gene Expression in Tooth Database				Gene expression in dental tissue		DBcatalog;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
279	http://grl.gi.k.u-tokyo.ac.jp	Gene Resource Locator	Gene Resource Locator				Alignment of ESTs with finished human sequence		DDBJ;Genexpress;MetaDB;文科省;旧ゲノム特定;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
12403	http://www.pnas.org/current.shtml	Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals dist	Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals dist						ゲノム特定	国立大学法人/京都大学	2009-02-17 11:43:23
281	http://genecards.weizmann.ac.il/geneannot	GeneAnnot	GeneAnnot				Revised and improved annotation of Affymetrix human gene probe sets		Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12443	http://db.aist-nara.ac.jp/genearound/	GeneAround	GeneAround						旧ゲノム特定	国立大学法人/奈良先端科学技術大学院大学	2009-02-17 11:43:23
283	http://www.genedb.org	GeneDB	GeneDB				Curated database for protozoan and bacterial genomes sequenced at theSanger Centre		MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
915	http://www.genelynx.org	GeneLynx	GeneLynx				Portal to the human genome		ExPASy;Genexpress;MetaDB;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
294	http://www.gene.ucl.ac.uk/cgi-bin/nomenclature/searchgenes.pl	Genew	Genew				Human gene nomenclature database: Approved symbols for all human genes	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト	DDBJ;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
297	http://ecoli.naist.jp/GB6/search.jsp	GenoBase	GenoBase	Escherichia coli K-12 総合データベース	Integrated database of E.coli K-12 (W3110)	奈良先端大で構築されている、大腸菌に関連する様々な情報を収集したデータベース。　ゲノム配列、ORF、そのアミノ酸配列、2D-PAGEによるプロテオームデータ、マイクロアレイによる遺伝子発現データ、文献情報、バイオインフォマティクス解析結果（ORFのクラスタリング、コドン使用頻度の偏り、遺伝子発現プロファイルのクラスタリング）が含まれる。	The database has been constructed in NAIST. It is a database of various information related to E.coli. It contains genome sequences, ORF, amino acid sequences, 2D-PAGE proteomics data, microarray gene expression data, literature information, bioinformatics analyses (ORF clustering, codon usage skewness, and clustering of gene expression profiles).	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界/大腸菌	DDBJ;MetaDB;文科省;NAR catalog	国立大学法人/奈良先端科学技術大学院大学	2009-02-17 11:43:23
298	http://gib.genes.nig.ac.jp	Genome Information Broker	Genome Information Broker	微生物ゲノム自動アノテーション	, Automatically annotated microbial genomes	微生物ゲノムを中心に、DDBJへ登録された全長ゲノム配列を収集し、各ゲノム上のORFに対して構造、遺伝子名、機能、特性などを付与してデータベース化。	It is a database of full-length genomes mainly of microorganisms. Structures, gene names, functions, and characteristics are allocated to each genome's ORFs and are contained in the database.	DB型/プログラム;対象/DNA/配列	DDBJ;ExPASy;MetaDB;文科省;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	共同利用研究機関/遺伝研/DDBJ	2009-02-17 11:43:23
301	http://www.cbs.dtu.dk/services/GenomeAtlas/	GenomeAtlas	GenomeAtlas				DNA structural properties of sequenced genomes		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-09-02 13:38:07.876943
11375	http://surf.gi.k.u-tokyo.ac.jp	GenomeSURF	GenomeSURF						文科省	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
11428	http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~gon/	Genomic Object Net Pathway Database	Genomic Object Net Pathway Database			パスウェイをマッピングするためのツール		DB型/知識モデル;対象/相互作用	文科省	国立大学法人/山口大学	2010-07-02 16:26:46.446495
12415	http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/CNV/gemca_details.html	Genotyping Microarray based CNV Analysis (GEMCA)	Genotyping Microarray based CNV Analysis (GEMCA)				Genotyping Microarray based CNV Analysis (GEMCA) is designedto detect copy number variants (CNVs) from samples processed on the Affymetrix 500K SNP genotyping arrays. For details of the algorithm, refer to Komura et al.,		ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/大学院医学研究科　人体病理	2009-02-17 11:43:23
	http://www.germonline.org/index.html	GermOnline	GermOnline			有糸分裂細胞周期、減数分裂細胞周期、配偶子形成に関係のあるマイクロアレイデータのデータベース	A database of microarray data related to mitotic cell cycles, meiotic cell cycles, and gametogenesis.			国立試験研究機関/国立健康医学研究所(INSERM)	2009-03-06 01:28:10.05063
12122	http://mtsnp.tmig.or.jp/mtsnp/index_e.shtml	GiiB-JST mtSNP	GiiB-JST mtSNP	ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース	Human mitochondrial genome polymorphism database	7種（各96人）の疾患患者のミトコンドリアゲノムを収集して比較し、その多型分布を解析。　個体間の機能的な差異をその多型の組と関連付ける形でデータベース化。同じ論文をサイトしてるＩＮＳＤエントリー(ミトコンゲノム）が672件あり。	Distribution of polymorphism in mitochondria genomes from patients of seven diseases (96 patients for each disease) has been analyzed. This is a database of the functional differences between individuals related to the paired polymorphisms. 672 INSD entries of mitochondria genomes cite the same article.	DB型/プロジェクト;DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/JST	2009-02-17 11:43:23
1294	http://globin.cse.psu.edu	Globin	Globin				Globin gene server		DBcatalog;ExPASy;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
308	http://www.genome.jp/kegg/glycan/	Glycan	Glycan	糖鎖関連パスウェイ	Glycome related pathways	糖鎖の構造および関連するパスウェイをKEGG, CarbBank, 論文より収集したデータベース。　糖鎖の可能な構造を生成するツールも含まれる。　KEGG LIGANDの一部	A database of sugar chains and the relevant pathways that have been collected from KEGG, CarbBank, and literature. Tools to generate possible structures of sugar chains are included. A part of KEGG LIGAND.	DB型/プログラム;対象/糖鎖;対象/パスウェイ	文科省;NAR catalog	プロジェクト/ゲノムネット	2009-02-17 11:43:23
	http://www.glycostructures.jp/	Glycoconjugate Data Bank:Structure	Glycoconjugate Data Bank:Structure	糖鎖構造データベース				DB型/注釈;対象/糖鎖		国立大学法人/北海道大学	2009-02-17 11:43:23
318	http://wheat.pw.usda.gov	GrainGenes	GrainGenes				Molecular and phenotypic information on wheat, barley, rye, triticale,and oats	生物種/植物界/被子植物門/イネ科/オオムギ、コムギ	Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;MetaDB;NAR catalog		2009-08-03 16:16:06.513831
319	http://www.gramene.org	Gramene	Gramene				A resource for comparative grass genomics		DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
1083	http://gydb.uv.es/index.php/Main_Page	GyDB	GyDB	Gypsy Database	Gypsy Database		A Scientific Wiki Networking devoted to the Molecular Diversity and Evolutionary Relationships of Mobile Genetic Elements, Viruses and related host genes.	NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 12:04:01.910373
268	http://cbi.labri.fr/Genolevures/	Génolevures	Génolevures				A comparison of S. cerevisiae and 14 other yeast species	生物種/菌界/酵母	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12423	http://www.h-invitational.jp/hinv/h-angel/wge_top.cgi	H-ANGEL	H-ANGEL	ヒト解剖学的遺伝子発現ライブラリデータベース				対象/医学/病理学;対象/医学	ゲノム特定	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2009-03-06 01:23:23.155743
12453	http://h-invitational.jp/h-dbas/simple_search.jsp	H-DBAS	H-DBAS	Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing	Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing		H-DBAS is a specialized database of the alternative splicing(AS) based on H-InvDB (http://jbirc.jbic.or.jp/hinv/). By examining all loci* of H-InvDB dataset, representative AS variants (RASVs) of H-Invitational full-length cDNA clones and all human transcripts were identified respectively and were stored into this database. AS location and AS pattern of both RASV sets were decided respectively. The materials and methods are available in this databese. RASVs were also examined the relation of some important protein functional annotations such as motif, GO, subcellular localization and transmembrane domain. The information can be searched by various search conbinations in the Advanced search page and displayed visually on AS Viewer**, which is the main part of this database. In this viewer, the user can see all AS exons of RASVs and their AS patterns on genome at the same time. And the user can also select each RASV pair in the locus to investigate their exon structure and protein function more carefully.		JBIRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2009-03-06 00:19:34.086935
327	http://www.h-invitational.jp	H-InvDB	H-InvDB				Full-length human cDNA clones	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト	ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
12151	http://www.h-invitational.jp/	H-Invitational Database	H-Invitational Database	ヒト遺伝子アノテーション統合データベース	An integrated database of human genes and annotation	INSD中のcDNA配列の遺伝子単位でのクラスタ化とオーバーラップ関係の計算と分類に目視で判定を一部加えたジャンボリーの成果DB\n独自の遺伝子IDを発行してる　機能情報はNCBIのOMIMやEntrezを使っているのでEntrez　gene ベース。　全長ｃDNAのサブスタンシャルな部分は通産NEDOcDNAプロジェクトが公開しているも	A database resulting of a Jamboree that partially manually made judges on the calculations and classifications of the clustering and the overlap relation analysis of the genes with cDNA sequences in INSD. It issues original gene Ids. The function information is based on Entrez gene because NCBI OMIM and Entrez are used. The substantial part of the full-length cDNA is made public by a METI/NEDO cDNA project.	DB型/注釈;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/アノテーション	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2009-02-17 11:58:28.197091
11367	http://www.bioportal.jp/genome/cgi-bin/index.cgi?org=hal	HAL	HAL			独自のアルゴリズムによりヒトゲノム中から発見した遺伝子を掲載。　各種DBに掲載されている予測遺伝子や、各種アルゴリズムによる予測結果を統合することにより遺伝子を定義している模様。　ヒト、チンパンジー、マウス、ラット、イヌ、ニワトリのデータセットあり。	A database of human genes that have been discovered using original algorithms. The genes seem to have been defined from integration of predicted genes in various databases and various prediction algorithms. There are datasets for human, chimpanzee, mouse, rat, dog, and chicken.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/アノテーション	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
338	http://herv.img.cas.cz	HERVd - Human Endogenous Retrovirus database	HERVd - Human Endogenous Retrovirus database				Human endogenous retrovirus database	生物種/ウィルス	DDBJ;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
340	http://www.hgmd.org	HGMD® - Human Gene Mutation Database	HGMD® - Human Gene Mutation Database				Known (published) gene lesions underlying human inherited disease	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/医学/病気,ガン	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
	http://riodb.ibase.aist.go.jp/hgpd/cgi-bin/index.cgi	HGPD	HGPD	ヒト遺伝子・タンパク質データベース	Human Gene and Protein Database	「HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データを格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。」引用（http://www.jbic.or.jp/activity/prtin_pj/hgpd.html）	Human Gene and Protein Database presents SDS-PAGE patterns and other informations of human genes and proteins. (	対象/タンパク質/PAGE;対象/DNA/cDNA;NAR category/ヒトとその他の脊椎動物/ヒトORFs		独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所	2010-03-12 11:43:09.409094
11345	http://www-alis.tokyo.jst.go.jp/HGS/top_ja.pl	HGS (Human Genome Sequencing)	HGS (Human Genome Sequencing)			（GDBの続きだったが中止）		DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/配列	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/JST	2009-02-17 11:43:23
342	http://hgvbase.cgb.ki.se	HGVbase	HGVbase	ヒトゲノム多様性に関する注釈書	Annotations of human genome variation	ヒトゲノム多様性（多くはSNPだが、その他にindel, tandem repeat）を収集したデータベースで、直近の遺伝子との物理的、機能的関係が記述されている。　データは公開データベース、文献から取得されるほか、以前は研究グループからの提供も受付けていたが現在は中止。　dbSNPと定期的にデータ交換。	A database of human genome polymorphisms (mostly SNPs, but indels and tandem repeats are contained) that contains physical and functional relationships between the adjacent genes. The data has been obtained from public databases and literatures. In the past, deposition from research groups have been accepted, but it is stopped now. The database routinely exchange data with dbSNP.	DB型/注釈;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	スウェーデン/Karolinska Institute, EBI	2009-02-17 11:43:23
12433	http://hintdb.hgc.jp/hint/	HINTdb	HINTdb						ゲノム特定	国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所/蛋白質情報科学研究系	2009-07-24 10:54:45.626718
350	http://hiv-web.lanl.gov	HIV Sequence Database	HIV Sequence Database				HIV RNA sequences	生物種/ウィルス	DBcatalog;ExPASy;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
11499	https://aids.nih.go.jp	HIV感染症統合データベース(HIV-DB)	HIV Infectious Disease Integrated Database			ウイルス配列はＩＮＳＤの部分集合に過ぎないが\nウイルスホストの臨床情報が６００人程度分添付されているようである。微妙な数なので用途は不明。\n臨床情報を見るためには登録が必要。	The sequences for virus sequences account for only a small part of INSD sequences, but clinical information for about 600 virus hosts seems to be supplemented. The usage is unknown. Registration is required to view the clinical information.	DB型/プロジェクト;生物種/ウィルス;対象/タンパク質/配列;対象/DNA/配列	文科省;厚労省	国立試験研究機関/国立感染研	2009-03-05 23:53:45.908212
361	http://howdy.biosciencedbc.jp/HOWDY/top_ja.pl	HOWDY	HOWDY	ヒトゲノム自動アノテーション	Automatically annotated whole human genome	世界で公開されているデータベース中のヒトゲノムデータを収集し、染色体上に各エントリを貼り付けることで相互に関連付けたデータベース。　	Human genome data are collected from databases in public domain from all over the world, and each entry is located on chromosomes, to relate the entries with each other.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/配列	DDBJ;MetaDB;文科省;NAR catalog;The Bio Netbook	独立行政法人、特殊法人、許可法人/JST	2011-09-28 11:11:51.646289
366	http://www.hprd.org	HPRD - Human Protein Reference Database	HPRD - Human Protein Reference Database				Domain architecture, post-translational modifications, interactionnetworks and disease		Computational Molecular Biology at NIH;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
371	http://www.kazusa.or.jp/huge	HUGE - Human Unidentified Gene-Encoded large proteins	HUGE - Human Unidentified Gene-Encoded large proteins	ヒト未同定長鎖cDNA配列／アノテーション	Unidentified long human cDNA/, annotation	かずさヒトcDNAプロジェクトで得られたクローン(KIAA/FLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。　本来の目的は、巨大タンパク（50kDa以上）に対応する未同定遺伝子の解析。　cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、Pfam, SOSUIによるモチーフ探索結果が登録されている。	A database of cDNA sequences and the analyses of KIAA/FLJ clones collected in Kazusa human cDNA project. The initial purpose was to analyze unidentified genes corresponding to large (>50kDa) proteins. The database registers cDNA sequences, restriction maps, signal sequences, amino acid sequences, motif searches with Pfam and SOSUI.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/配列	DBcatalog;DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;経産省;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
381	http://www.hri.co.jp/HUNT	HUNT	HUNT				Annotated human full-length cDNA sequences		ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
11409	http://harvest.ucr.edu	HarvEST	HarvEST	作物植物のEST	EST database-viewing software? of crops	オオムギ、Brachypodium(?)、シトラス、コーヒー、ササゲ(cowpea)、大豆、イネ、コムギのESTを収集し、そのアセンブル結果と共に公開している。　DBの構築はUniv. California, Riverside だが、配列データ自体はプロジェクト内協力機関から提供を受けている。（例：岡山大はオオムギESTを提供）　オオムギ、コムギ、イネ、大豆については、Affymetrix提供のゲノム配列（genome chip の素材となったデータ）が掲載されている。	EST sequences and the assemblies for barleys, Brachypodium, citrus, coffee, cowpea, soybeans, rice, and wheat. The database has been constructed by Univ. California, Riverside, but the sequence data are accepted from cooperating institutes in the project (ex. Univ. Okayama provides barley ESTs). Genome sequences provided by Affymetrix, which were material data for the genome chip, for barley, wheat, rice, and soybean.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/オオムギ、コムギ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省;旧ゲノム特定	国立大学法人/岡山大学/資源生物科学研究所	2009-02-17 11:43:23
3040	http://s2as02.genes.nig.ac.jp	Hepatitis Virus Database（肝炎ウイルスデータベース）	Hepatitis Virus Database	肝炎ウィルス遺伝子系統解析結果	Analysis results of hepatitis virus  gene, lineage	肝炎ウィルス(B型、C型、E型）の各遺伝子の進化系統解析結果が掲載されている。INSD(DDBJ)から抜き出した肝炎ウイルス配列の機械的な整理。メジャーアップデートに対応して更新している。	Evolutional lineage analyses of Hepatitis viruses (types B, C, E) genes are registered. An algorithmic analysis of hepatitis virus sequences from DDBJ INSD entries. It is updated after major updates.	DB型/プログラム;生物種/ウィルス;対象/タンパク質/配列;対象/DNA/配列	DDBJ;文科省;wing	公立大学/名古屋市立大	2009-03-05 22:45:55.725436
11423	http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/golab/hetpdbnavi.html	Het-PDB Navi	Het-PDB Navi			PDBエントリ中に出現する低分子の立体構造を収集し、その分子種により分類した。	3D structures of low molecular weight molecules that appear in PDB entries are collected and classified with the molecular types.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	文科省;旧ゲノム特定	私立大学/長浜バイオ大学	2009-02-17 11:43:23
	http://210.233.67.206/~hib/	Hibデータベース				インフルエンザ菌(Haemophilus influenzae)b型感染症の流行状況データベース。有志医師からの自主的な報告で更新されている			厚労省		2011-01-13 18:10:44.462871
345	http://research.nhgri.nih.gov/histones	Histone Database	Histone Database				Histone and histone fold sequences and structures		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12432	http://hintdb.hgc.jp/htp/htp.html	HitPredict	HitPredict						ゲノム特定	国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所/蛋白質情報科学研究系	2009-07-24 10:57:54.487929
357	http://superfly.ucsd.edu/homophila	Homophila	Homophila				Drosophila homologs of human disease genes		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
373	http://www.infobiogen.fr/services/Hugemap	HuGeMap	HuGeMap				Human genome genetic and physical map data		Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-07-24 10:58:33.754503
825	http://www.jncasr.ac.in/humhot/	HumHot	HumHot		Human Meiotic Recombination Hot Spots	ヒト減数分裂時の組み換え好発部位(ホットスポット)のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-30 11:10:36.420693
377	http://www.ibiblio.org/dnam/mainpage.html	Human p53, human hprt, rodent lacI and rodent lacZ databases	Human p53, human hprt, rodent lacI and rodent lacZ databases				Mutations at the human p53 and hprt genes; rodent transgeniclacI andlacZ mutations	対象/医学/病気,ガン	Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	https://ibmd.tmd.ac.jp/	IBMD	IBMD	統合医科学データベース	Integrated Biomedical Database	ヒトを対象とした医科学分野において、がんに関する疾患DB（東京医科歯科大、GeMDBJ）、神経難病に関する疾患DB（大阪大学）を要素データベースとして、データ交換方式、疾患情報モデル、異なる疾患分野の間で概念の関連付けを可能とする情報構造化技術、データベースのクオリティーコントロール技術・セマンティック検索、多言語環境における日本語ベース検索といった技術を開発し、散在する医科学データベースを多階層の統合医科学DBとして実証的に構築することを目的とする。		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/医学			2009-07-07 14:10:49.828372
	http://www.genetrap.org/	IGTC (International Gene Trap Consortium)				遺伝子トラッピング法(Gene trapping) とは、ES細胞のゲノム配列にトラップベクターをランダムに挿入し、一部の遺伝子の機能を喪失した細胞株を得る手法である。\nIGTCではこの方法によって変異が挿入されたマウスES細胞株が約38.5万件、遺伝子数では約14000件が登録されている(2009年9月現在)。遺伝子の機能解析に有用		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス			2009-09-02 15:42:29.233249
390	http://www.imb-jena.de/IMAGE.html	IMB Jena Image Library	IMB Jena Image Library	生体高分子立体構造の注釈書	Annotations of 3D biopolymer structures, ?	PDB, NDBのデータを、分子種、特徴的な部分構造(SITE)、hetero compoundの有無から再整理したデータベース。	It is a database that reorganized PDB and NDB data in terms of molecular types and characteristics partial structures (SITE), and hetero compound.	DB型/注釈;対象/タンパク質/立体構造	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DBcatalog;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook	ドイツ/Institute of Molecular Biotechnology (IMB), Jena / Germany	2009-02-17 11:43:23
	http://www.fugu-sg.org/	IMCB - FUGU Genome Project				BLAST検索やフグゲノムブラウザーに加え、ヒトゲノムとのシンテニー（相同な配列）を見る事ができる。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-08-31 14:40:22.064604
395	http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla	IMGT/HLA	IMGT/HLA				Polymorphic sequences of human MHC and related genes	NAR category/免疫学データベース	MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;EBI/Databases at the EBI		2009-02-17 11:43:23
392	http://imgt.cines.fr	IMGT/LIGM-DB, the IMGT comprehensive database of immunoglobu	IMGT/LIGM-DB, the IMGT comprehensive database of immunoglobu	免疫学関連タンパク質の注釈書	Annotations of proteins related to the immune system	ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン(IG)、T細胞レセプター(TR)、主要組織適合性複合体(MHC)、その他免疫関連タンパク質(RPI)を収集したデータベース。　IMGT/LIGM-DB（IG, TR配列）、IMGT/MHC-DB（MHC配列）、IMGT/PRIMER-DB（IG、TRに対するプライマ）、IMGT/GENE-DB（ヒト、マウスの免疫系関連遺伝子をゲノムを基準に整理）、IMGT/3Dstructure-DB（立体構造既知の免疫系関連遺伝子）の5つのデータセットからなる。	It is a database that collected immunoglobulin (IG), T cell receptors (TR), major histocompatibility complexes (MHC), and other proteins related to immunity (RPI) of human and other vertebrates. The database consists of five datasets of IMGT/LIGM-DB (IG and TR sequences), IMGT/PRIMER-DB (primers to IG and TR), IMGT/GENE-DB (human and mouse immunity-related genes that are organized based on the genomes), and IMGT/3Dstructure-DB (immunity related genes with known 3D structures).	DB型/プログラム;DB型/注釈;対象/タンパク質/抗体	ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing;EBI/Databases at the EBI	フランス/CINES (Centre Informatique National de l'Enseignement Superi	2009-02-17 11:43:23
	http://www.findmice.org/	IMSR (International Mouse Strain Resources)		国際マウス系統データベース		米ジャクソン研究所と英Medical Research Councilによって設立された、世界最大のマウス系統データベース。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス			2009-09-02 09:40:47.949397
11373	http://www.inoh.org	INOH pathway database	INOH pathway database			モデル生物のパスウェイデータを文献から抽出し、コンピュータに読める形式に変換し、提供している。\nSWISS-PROT とGene Ontology (GO)へのリンクもはっている。		DB型/知識モデル;対象/相互作用;対象/パスウェイ	CBRCカタログ;文科省;ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター	2009-10-27 13:11:49.075626
	http://lifesciencedb.jp/ddbj/	INSD総覧と検索	INSD overview and search			塩基配列データベース(DDBJ/EMBL/GenBank) INSDの各エントリ中のリファレンス情報等をもとに、全エントリを研究プロジェクト単位に束ね、さらに研究プロジェクトを研究の型別に分類したデータベース		DB型/カタログ			2009-07-16 10:51:11.484536
832	http://www-is.biotoul.fr/	IS Finder	IS Finder	バクテリアの挿入配列データベース	Bacterial Insertion Sequences Database			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 12:24:55.803775
428	http://www.protein.bio.msu.su/issd	ISSD	ISSD				Integrated sequence and structural information		DBcatalog;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
430	http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb	IUBMB Nomenclature database	IUBMB Nomenclature database				Nomenclature of enzymes, membrane transporters, electron transportproteins and other proteins		DDBJ;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
433	http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/	IXDB	IXDB	The Integrated X Chromosome Database	The Integrated X Chromosome Database		Physical maps of human chromosome X		DBcatalog;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
400	http://www.neb.com/neb/inteins.html	InBase	InBase				All known inteins (protein splicing elements): properties, sequences,bibliography		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:51:29.913285
932	http://cdfd.org.in/INSATDB/home.php	InSatDb	InSatDb	Insect Microsatellite Database	Insect Microsatellite Database			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 12:19:55.662779
12409	http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/info-pubmed/	Info-Pubmed	Info-Pubmed					対象/文献	ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
405	http://www.ebi.ac.uk/intact/main.xhtml	IntAct	IntAct				Protein-protein interaction data		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;EBI/Databases at the EBI		2009-09-02 13:29:26.041154
	http://www.ebi.ac.uk/intenz/index.jsp	IntEnz	IntEnz	Integrated relational Enzyme database	Integrated relational Enzyme database	酵素をec番号に基づいて分類し、酵素ごとに反応や補酵素、文献情報を掲載している。	IntEnz classifies enzymes into same hierarchical categories. For example, EC number and so on. The database provides the reaction, cofactors, comments, references relating to a entry		EBI/Databases at the EBI		2010-04-13 20:20:55.982315
401	http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html	Integrated Rice Genome Explorer (INE)	Integrated Rice Genome Explorer (INE)	イネゲノム／アノテーション	Rice genome/annotation	イネゲノム上に遺伝地図、物理地図、PCRマーカー、EST、BAC/PACコンティグをマップしたデータベース。　	A database of rice genome on which gene maps, physical maps, PCR markers, ESTs, BAC/PAC contigs are mapped.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST;対象/DNA/配列	農水省;MetaDB;NAR catalog;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-03-05 22:48:06.539629
412	http://www.ebi.ac.uk/interpro	InterPro	InterPro	タンパク質特性・機能の注釈書	Annotations of protein characteristics and function	タンパク質のファミリー、ドメイン、機能部位の情報を複数のソースから収集し、専門家の手で統合したデータベース。　タンパク質各々のアミノ酸配列は、InterProtKBとして別途収集されている。	A database that contains information on the protein family domains, and functional parts that were collected from several sources and were integrated by specialists. Amino acid sequences are collected separately as InterProtKB.	DB型/プログラム;DB型/注釈;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	bioiformatik;DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing;EBI/Databases at the EBI	イギリス/EBI	2009-02-17 11:43:23
512	http://kementari.bioinformatics.vt.edu/cgi-bin/islander.cgi	Islander		Database of Genomic Islands		微生物ゲノムから得られたゲノムアイランドのデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 14:57:47.351475
11442	http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/index_j.html	J*FLY	J*FLY	ショウジョウバエの辞典	Dictionary of Drosophila	既知のショウジョウバエ遺伝子の一覧、実験プロトコル集（ムービーあり）、形態の画像、ストックセンター、国内外の研究室・研究者が掲載されている。	The resource contains a list of known Drosophila genes, experiment protocols with movies, morphology photos, stock centers, and laboratories and researchers in Japan and abroad.	DB型/辞典;生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ	文科省;wing	国立大学法人/東京大学/分子細胞生物学研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://jglobal.jst.go.jp/	J-GLOBAL	J-GLOBAL	科学技術総合リンクセンター		遺伝子名や思いつくキーワード、研究者の名前等をもとに、関連する文献、特許などを次々とたどり、連携する外部サイトの詳細等を入手することができるポータルサイト\n開発元：科学技術振興機構		DB型/カタログ			2009-07-16 09:57:56.786611
	http://jcb-dataviewer.rupress.org/	JCB DataViewer	JCB DataViewer			Journal of Cell Biology(JCB) 誌に掲載された論文に含まれる顕微鏡画像などを閲覧できる。		対象/画像			2011-01-31 16:25:20.896981
	http://jcggdb.jp/	JCGGDB	JCGGDB	日本糖鎖科学統合データベース	Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology DataBase	まずは、産総研の糖鎖遺伝子機能解析チーム、糖鎖分子情報解析チーム、レクチン応用開発チームが保有する６種類のデータベース\nI.質量分析装置による糖鎖構造解析のスペクトルDB (GMDB : GlycoMass Database)\nII.レクチンDB( LfDB : Lectin frontier Database)\nIII.レクチンと糖鎖の相互作用プロファイリングDB( LfDB : Lectin frontier Database)\nIV.糖鎖関連遺伝子DB (GGDB:GlycoGene Database)\nV.糖転移酵素の基質特異性に関するDB(KEM-C)\nVI.マウス・線虫等のN型糖タンパク質DB (GlycoProtDB : GlycoProtein Database)\nを公開し統合を開始します。平成20年度から新たに3大学(立命館大学、名古屋市立大学、名古屋大学)1団体(LipidBank構築委員会)がプロジェクトに加わりました。各機関の糖鎖関連DBと産総研のDBを順次統合して行きます。糖鎖に関するリソース（データ・モデル生物等）を所有している研究機関・大学・企業・団体からのご参加をお待ち致しております。\n（ http://jcggdb.jp/seturitu.html から引用）\n開発元：産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センター	First of all, we started sharing and integrating 6 databases developed by Glycogene Function Team, Molecular Medicine Team and Lectin Application and Analysis Team at AIST.\nI.Mass spectral database of Glycans (GMDB : GlycoMass Database)\nII.Lectin database (LfDB : Lectin frontier Database)\nIII.Lectin-glycan interaction profiling database (LfDB : Lectin frontier Database)\nIV.Glycogene database (GGDB:GlycoGene Database)\nV.Database on substrate specificity of glycosyltransferases (KEM-C)\nVI.N-glycosylated protein database (C.elegans, mouse, etc.) (GlycoProtDB : GlycoProtein Database)\nIn 2008, 3 Universities (Ritsumeikan University, Nagoya City University and Nagoya University) and an organization (Executive Committee of Lipid Database) newly joined the project. We will integrate the database which each institute has and the one of AIST. We are calling for the participation of research institutes, universities, companies and organizations which have glycan-related resources (data or model organisms, etc.)\n(cited from http://jcggdb.jp/seturitu_en.html )\nDeveloped by Research Center for Medical Glycoscience, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology	対象/糖鎖			2009-07-16 10:08:06.870548
	http://bioresource.nibio.go.jp/index_j.html	JCRB 生物資源バンクホームページ				JCRB生物資源バンクで分譲を行っている培養細胞・遺伝子クローン・実験動物の検索が行えます					2011-01-10 18:00:00
	http://cellbank.nibio.go.jp/cellbank.html	JCRB細胞バンク	JCRB Cellbank	Japanese Collection of Research Bioresources	Japanese Collection of Research Bioresources (JCRB)	JCRBは遺伝子バンク(http://genebank.nibio.go.jp/)と細胞バンク(http:\n//cellbank.nibio.go.jp/cellbank.html)、実験動物研究資源バンク(http:\n//animal.nibio.go.jp/)からなる。遺伝子バンクでは疾患・創薬研究の基盤となる研究資源の開発・保存・供給、細胞バンクでは培養細胞の寄託受け入れ・保存・配布、実験動物研究資源バンクでは、マウスの分譲、保護預かりサービスとして凍結胚・精子の作成やそれらからの生体作出を行っている。これらの資源は、JCRBをマスターバンクとし、ヒューマンサイエンス研究資源バンク（HSRRB)(http://www.jhsf.or.jp/index_b.html)を通じて国内外に有償配布される。	JCRB consists of gene bank (http://genebank.nibio.go.jp/) and cell bank (http://cellbank.nibio.go.jo/cellbank.html), and experiment animals research resource bank (http://animal.nibio.go.jp/). The gene bank develops, conserves, and distributes research resources that are the basis of disease and drug discovery researches; the cell bank accepts deposition of, conserves and distributes cell lines; experiment animal research resource bank provide services for the distribution and nutrition of mice, including production of frozen embryo and sperms, as well as the fertilization and the development. These resources are distributed with a fee in Japan and abroad from the master bank of JCRB via human science research resource bank (HSRRB) (http://www.jhsf.or.jp/index_b.html)	DB型/バイオリソース;対象/細胞	厚労省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/医薬基盤研究所生物資源研究部遺伝子資源研究室	2009-09-11 10:11:21.0846
	http://www.jmdbase.jp/	JMDBase							厚労省		2011-01-10 18:00:00
12388	http://www.jmdbase.jp/index_jp.asp	JMDBase/Japan Metabolic disease DataBase	JMDBase/Japan Metabolic disease DataBase	ヒト代謝性疾患関連SNP	Database for human metabolic disorder-related SNPs	ヒトの代謝性疾患(特に高血圧、糖尿病）に関連するSNPを独自のアルゴリズムで検出した。　15716494は手法の有効性に関する論文で、5遺伝子・3人種（日本人、米国黒人、白人）で検証している。	SNPs related to human metabolic diseases (especially hypertension and diabetes) are identified using original algorithms. 15716494 is an article about the effectiveness of the method, and verification on five genes of three races (Japanese, American Africans and Caucasians) is provided.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル;ゲノム特定	国立試験研究機関/国立国際医療センター研究所/遺伝子診断治療開発研究部	2009-02-17 11:43:23
11354	http://shigen.lab.nig.ac.jp/mouse/jmsr/top.jsp	JMSR(Japan Mouse Strain Resources Database)	JMSR(Japan Mouse Strain Resources Database)	日本マウス系統データベース		国内機関から入手可能なマウスの各系統を検索することができるサービス。どのように構築した系統であるかやどのような研究に応用可能かなどの情報が掲載されており、検索結果がテーブルとして一覧表示される		DB型/バイオリソース	文科省;wing	共同利用研究機関/遺伝研/生物遺伝資源情報センター	2010-07-16 09:48:20.258414
436	http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/	JSNP	JSNP	日本人の遺伝子多型	Database of Japanese SNPs	日本人集団において、遺伝子もしくはその近傍に一般的に見られる多様性を収集したデータベース。	A database of genetic polymorphisms in Japanese populations which are generally observed on or adjacent to the genes.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	MetaDB;文科省;NAR catalog;The Bio Netbook	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-07-29 11:56:33.180917
	http://www.bioportal.jp/ja/	Jabion		日本語バイオポータルサイト		日本語バイオポータルサイト「Jabion」< http://www.bioportal.jp/ >は平成16年に開設され国立情報学研究所を中心に運営している生物学や生命科学のバイオポータルサイトです。日本語で研究情報をわかりやすく解説することを目指し、コラムやニュースでは生物学や生命科学研究の進展をイラストや解説とともに紹介しています。また独自で生物学用語辞書を作成し公開しています。ゲノムビューワーではゲノムに関する専門的な情報を日本語で利用できます。今回のポスターではJabionの新しいインタフェースを紹介します。\n（ http://togodb.dbcls.jp/symposium2009/show/64 から引用）\n開発元：国立情報学研究所		DB型/カタログ			2009-07-16 09:57:12.209984
1633	http://www.genome.ad.jp	Japanese GenomeNet	Japanese GenomeNet	京都大学バイオインフォマティクスセンターのポータルサイト		京都大学バイオインフォマティクスセンターで提供されているデータベース・解析サービスのポータルサイト。DBGET, KEGGやKAASなどの上位のもの		DB型/データバンク	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DDBJ;ExPASy;Sanger Institute;The Bio Netbook		2010-07-02 13:19:08.792636
	http://www.jncdb.org/	Japanese National Cancer Database	Japanese National Cancer Database			日本版PatternsOfCaseStudy(JPCS)の乳癌、前立腺癌、食道癌、子宮頸癌、灰癌データベースと集積情報を元に各臓器別癌登録グループの実務担当者との議論を経て200項目以下に絞り込んだもの。利用にはユーザ登録が必要。	A database of cancer cases compiled from databases of cancers of breast, prostate,　esophagus, cervix, and lung in the Japanese version of Patterns　Of　Case　Study (JPCS) and stored information. The record items were decreased to less than 200 after discussion with persons in charge of the registration works in respective cancer registration groups. To use the database, user registration is required.			国立大学法人/大阪大学/大学院医学系研究科	2009-03-06 01:34:05.630159
12463	http://kaiko2ddb.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/search_2DDB.cgi	KAIKO 2DDB	KAIKO 2DDB					生物種/動物界/節足動物門/カイコ	農水省;資源研カタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-02-17 11:43:23
12464	http://kaikoblast.dna.affrc.go.jp/	KAIKO BLAST	KAIKO BLAST			カイコゲノムに特化したBLAST検索システム		DB型/プログラム;生物種/動物界/節足動物門/カイコ	農水省;資源研カタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-07-02 17:54:22.548693
11494	http://kaikocdna.dna.affrc.go.jp	KAIKO cDNA	KAIKO cDNA	カイコEST	EST of silkworm	カイコESTがcDNAライブラリ（strain、発生ステージ、組織、性別）ごとに整理されている。　各ESTによるBLASTX検索結果も掲載されている。	Silkworm ESTs are organized by cDNA libraries (strain, developmental stages, tissues, and sexes). BLASTX searches by each EST are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/節足動物門/カイコ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	農水省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-02-27 16:52:11.757003
	http://sgp.dna.affrc.go.jp/KAIKObase/	KAIKObase	KAIKObase	カイコ統合ゲノムデータベース	integrated silkworm genome database	カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 複数のビューアが存在し、マーカ・遺伝子・形質等のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報をグラフィカルに参照できます。 またお手持ちの配列とカイコゲノム配列との類似性検索(BLAST)も行えます。(AgriTogoより引用)	KAIKObase is an integrated silkworm genome database and data mining tool with 4 map browsers, 1 gene viewer, and 2 independent databases. (from website)	生物種/動物界/節足動物門/カイコ	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 18:56:12.812022
11477	http://www.kazusa.or.jp/katana	KATANA	KATANA			シロイヌナズナの遺伝子アノテーションを各種DBより収集し、まとめて検索、参照可能な形式にまとめた。	Collection of Arabidopsis gene annotations from various databases and the summarization to searchable and referable formats.	DB型/プログラム;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/アノテーション	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
2016	http://www.genome.jp/kegg	KEGG	KEGG	KEGGシステムポータルサイト	Portal site of KEGG	KEGGシステム全体のトップページ。　配下にPATHWAY, BRITE, GENES, LIGAND, DRUG, CLYCAN, REACTION, KAASがある。	A top page of the whole KEGG system. Form here, PATHWAY, BRITE, GENES, LIGAND, DRUG, CLYCAN, REACTION, and KAAS are linked.	DB型/カタログ;対象/相互作用	Computational Molecular Biology at NIH;MetaDB;文科省	プロジェクト/ゲノムネット	2009-02-17 11:43:23
439	http://www.genome.ad.jp/kegg	KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes	KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes			パスウェイ、配列、分子情報を統合的にまとめて整理している知識ベース。情報は文献や実験データからキュレーションされている	Metabolic and regulatory pathways	DB型/データバンク	bioiformatik;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook;wing		2010-07-02 15:02:12.499724
11372	http://das.hgc.jp	KEGG DAS	KEGG DAS					DB型/解析サービス	文科省	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
11357	http://www.genome.jp/kegg/pathway.html	KEGG Pathway	KEGG Pathway	生体分子間相互作用の知識モデル	Knowledge model ?of biomolecular  interactions/reactions?	パスウェイ（分子間相互作用）マップを収集したデータベース。　代謝マップ、細胞内外情報伝達マップ、ヒト病気関連マップが収集されている。	A database collecting pathways (molecular interactions). Metabolism maps, inter/intracellular information processing maps, human disease association maps are registered.	DB型/知識モデル;対象/相互作用;対象/パスウェイ	文科省;wing	プロジェクト/ゲノムネット	2011-12-27 09:41:22.135403
12390	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=ai	KMaiDB	KMaiDB			MutationViewのサブDBで、APECED, APT1(自己免疫関連疾患とその関連遺伝子？）に関するデータを掲載する。\n情報源は文献\n論文で報告のあったメンデル病の変異の座標を共通の座標にまとめてマップしなおす手作業でできている	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to APECED and APT1 (an autoimmune disease and the related gene?). The information source is literature. The database is based on remapping works by hand that summarized the coordinates of the mutations of Mendelian diseases to a common coordinate.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12391	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=blood	KMbloodDB	KMbloodDB			MutationViewのサブDBで、慢性骨髄性白血病に関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to chronic myelocytic leukemia.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12392	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=brain	KMbrainDB	KMbrainDB			MutationViewのサブDBで、パーキンソン病、アルツハイマー病に関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to Parkinson disease and Alzheimer disease.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12393	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=cancer	KMcancerDB	KMcancerDB			MutationViewのサブDBで、乳ガン、網膜芽細胞腫、神経線維腫症に関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to breast cancer, retinoblastoma, and neurofibromatosis.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12394	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=ear	KMearDB	KMearDB			MutationViewのサブDBで、聴覚障害に関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to deafness.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12395	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=eye	KMeyeDB	KMeyeDB			MutationViewのサブDBで、網膜色素変性症、緑内障、内障に関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to retinitis pigmentosa, glaucoma, and cataract.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12396	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=heart	KMheartDB	KMheartDB			MutationViewのサブDBで、心筋症に関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to cardiac myopathy.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12397	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=muscle	KMmuscleDB	KMmuscleDB			MutationViewのサブDBで、デュシャンヌ型筋ジストロフィー、福山型先天性筋ジストロフィーに関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to Duchenne muscular dystrophy and Fukuyama muscular dystrophy.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
12398	http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp?db=syndrome	KMsyndromeDB	KMsyndromeDB			MutationViewのサブDBで、Waardenburg症候群、QT延長症候群に関するデータを掲載する。	It is a sub-database of MutationView. It registers data related to Waardenburg syndrome and QT elongation syndrome.	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-02-17 11:43:23
	http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/	KNApSAcK	KNApSAcK	二次代謝産物データベースシステム		植物の二次代謝産物のデータベース。分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等を行うことができる。\n開発元：奈良先端科学技術大学院大学　比較ゲノム学講座		対象/低分子化合物/代謝産物;対象/低分子化合物			2010-03-03 14:17:04.99679
12461	http://www.kazusa.or.jp/kop/	KOP	KOP						かずさカタログ	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
12324	http://www.cdb.riken.jp/dge/KTmAbDB/KTtop.html	KT抗体データベース	The Sugimoto Lab C. elegans Monoclonal Antibody Collection	線虫の胚のタンパク質の局在	Distribution pattern of antigens in embryonic worm	線虫の胚におけるタンパク質のステージ特異性および局在を、抗体染色により調べた画像が掲載されている。　抗体の配布も行われている。	Immunostaining images of stage specificity and localization of proteins in worm embryos are registered. The antibodies are distributed.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/線形動物門;対象/タンパク質/局在	ゲノム特定;理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/発生・再生科学総合研究センター	2009-03-05 22:48:42.278642
12460	http://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/	KaFTom	KaFTom						かずさカタログ	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
12459	http://kpv.kazusa.or.jp/kappa-view/	KaPPA-View2	KaPPA-View2						かずさカタログ	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
11493	http://kaikogaas.dna.affrc.go.jp	Kaiko Genome Automated Annotation System (KAIKO GAAS)	Kaiko Genome Automated Annotation System (KAIKO GAAS)			カイコゲノム (BAC, WGSアセンブリ)上に予測された遺伝子や機能領域を公開する。　アノテーションは機械的に行われ、GeneScan, FGENESH, MZEF, SplicePredictor, BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF, tRNAscan-SE, PSORT, SOSUIが使用された。	A database of predicted genes and functional regions on silkworm genomes (BAC and WGS assemblies). The annotations were conducted algorithmically, and GeneScan, FGENESH, MZEF, SplicePredictor, BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF, tRNAscan-SE, PSORT, SOSUI were used.	DB型/プログラム;生物種/動物界/節足動物門/カイコ;対象/アノテーション	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ebi.ac.uk/Databases/genomes.html	Karyn's Genomes	Karyn's Genomes	ゲノムプロジェクトに使われているモデル生物種情報	information of model organisms for the genome projects	ゲノムプロジェクトに使われているモデル生物の基本情報やプロジェクトの概要や配列関連のはなしを解説している。	This database explains the information of model organisms for the genome projects. There are basic information, abstractions for the projects, sequence relevant information in the entry.		EBI/Databases at the EBI		2010-05-21 15:29:42.586674
	http://a.kazusa.or.jp/	KazusaAnnotation	KazusaAnnotation			インターネットを介して遺伝子注釈を蓄積、編集、表示、共有するシステム\n開発元：かずさDNA研究所		対象/アノテーション			2009-07-14 14:34:08.507
	http://mart.kazusa.or.jp/biomart/martview	KazusaMart	KazusaMart			BioMartを使って、光合成細菌34生物種のゲノムデータベースを中心とした遺伝子情報を格納したデータベース\n開発元：かずさDNA研究所		生物種/真正細菌超生物界/シアノバクテリア(藍藻);対象/アノテーション			2010-02-25 13:33:29.950341
440	http://golgi.ana.ed.ac.uk/kidhome.html	Kidney Development Database	Kidney Development Database				Kidney development and gene expression	対象/医学	DDBJ;Genexpress;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
11369	http://kinasedb.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081	Kinase Pathway Database	Kinase Pathway Database	キナーゼのパスウェイ	Database of kinase, pathways	ゲノム配列決定済みの主な真核生物について、タンパク質キナーゼが収集され、クラスおよび機能、生物間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造の各情報とともに掲載されている。　タンパク間相互作用は、文献の自然言語処理により取得している。	A database of protein kinases of major eukaryotes with completely sequenced genomes. Protein classes and functions, orthologous relations between species, protein interactions, protein domains, and protein structures are registered as well. Protein interactions were collected with natural language processing of literature.	DB型/プログラム;対象/相互作用;対象/パスウェイ	文科省;旧ゲノム特定;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2011-12-27 11:59:52.856205
443	http://www.biocheminfo.org/klotho	Klotho	Klotho				Collection and categorization of biological compounds		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
11485	http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/	Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia (KOME)	Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia (KOME)	イネ全長cDNA配列	Full-length cDNA clones form rice	イネ全長cDNA配列とそのアノテーション（相同遺伝子、クラスタリング結果、TIGR-GIコンティグへのマップ、InterProモチーフ探索結果、GOアサイン結果）が掲載されている。　12869764のsupplementデータ。	Rice full-length cDNA sequences and the annotations (homologous genes, clustering analyses, InterPro motif searches, GO assignments) are registered. Supplement data for 12869764.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/遺伝子発現	農水省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-08-31 13:22:53.341384
	http://line1.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/l1base.php	L1Base	L1Base		Annotation of Full-Length, Intact L1 Elements	LINE-1 (L1)は非LTRトランスポゾンのグループで唯一の自律性トランスポゾンであり、哺乳類ゲノムの約18-20%を構成している。(LINE:長鎖散在反復配列)		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 18:14:23.707382
12450	http://h-invitational.jp/legenda/top.htm	LEGENDA	LEGENDA						JBIRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2009-03-06 00:19:46.003992
452	http://www.genome.ad.jp/ligand	LIGAND	LIGAND	生体関連化学物質	Chemical compounds relevant to life?	生命現象に関連した化学物質とその反応を収集したデータベース。　COMPOUND, DRUGS, GLYCAN, REACTION, RPAIR, ENZYME(Enzyme Nomenclature由来) よりなる。　	A database of chemical compounds and the reactions which are relevant to biological processes. It consists of COMPOUND, DRUGS, GLYCAN, REACTION, RPAIR, ENZYME (from Enzyme Nomenclature).	DB型/プログラム;対象/相互作用;対象/相互作用/タンパク-低分子化合物	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定;NAR catalog;The Bio Netbook	プロジェクト/ゲノムネット	2009-02-17 11:43:23
	http://lifesciencedb.jp/	LSDB	LSDB	ライフサイエンス統合データベース	A portal site for the MEXT “Integrated Database Project”	文部科学省「統合データベースプロジェクト」の成果をまとめたデータベース\n* 統合データベースの開発、運営\n* 文献情報との連携やデータへの注釈付加\n* 分担機関（東大、東京医科歯科大、京大）による化合物・医薬品、臨床・疾患等の医療に関わるデータベースの統合化\n* 補完課題を実施する機関（理化学研究所、産業技術総合研究所、国立遺伝学研究所、九州工業大学）によるデータベース統合化の加速\n* 維持困難となった有用データベースの受入\n* データベース開発のための人材育成	It is a database of the outcomes from MEXT "Integrated Database Project, consisting of the development and the management of the integrated database, connection to literature information and annotation to data, medical sciences database integration in the field of chemical compounds, drugs, clinical data, and diseases in task-sharing institutes (Tokyo, TMD, Kyoto), acceleration of database integration by institutes solving supplement tasks (RIKEN, AIST, NIG, KyuTech), accepting useful databases that are hard to maintain, and human resource development for database development.	DB型/カタログ;対象/アノテーション		プロジェクト/ライフサイエンス統合データベースセンター	2009-11-10 20:03:49.695048
1423	http://www.labvelocity.com	LabVelocity	LabVelocity				Resource for biotechnology and life science		Biology Links, Molecular and Cellular Biology;ExPASy;Sanger Institute;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12141	http://yoshiki.life.shimane-u.ac.jp/Ledodes.EST/est%20homepage/LeEST.html	LeESTデータベース	LeEST	シイタケEST配列	ESTs of Lentinus edodes (shiitake mushroom)	シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定、BLASTN検索結果とともに掲載。	Lentinus edodes cDNA libraries have been constructed, and the 5' ESTs are sequenced. They are registered with BLASTN search results.	DB型/プロジェクト;生物種/菌界;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省	国立大学法人/島根大学/生物資源科学部生命工学科	2009-03-05 22:50:54.484595
	http://presto.protein.osaka-u.ac.jp/LigandBox/web_search.cgi	LigandBox	LigandBox	LigandBox	LigandBox	KEGG DRUGの各リガンド構造の３D画像データベース。画像は、分子シミュレーションシステムmyPrestoを使って得られた。	The database contains 3D images of all ligands in KEGG DRUG. All images are created by molecular simulation system, myPresto.	DB型/プログラム;対象/低分子化合物		独立行政法人、特殊法人、許可法人/バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)	2009-02-17 11:43:23
11439	http://lipidbank.jp/	LipidBank	LipidBank	脂質データベース	Database for lipids	日本脂質生化学会の公式データベース。生理活性脂質について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集している。　構造はChemDraw形式で提供される。こちらは旧サイトで新しいデータベースはwikiで公開されている。(http://lipidbank.jp/wiki/Category:LB)これはmediawikiに独自の検索システムを追加したもので、登録したユーザによってページを直接編集できる。	A database of structures, physical and chemical characteristics, spectrum data, metabolic pathways, fatty acids compositions, and citations, of bioactive lipids. The structures are provided in a ChemDraw format.	DB型/辞典;対象/脂質	文科省;wing	学会/日本脂質生化学会	2011-09-26 11:35:08.378694
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/10747	Lotus japonicus		NCBI Genome Project				生物種/植物界/被子植物門/マメ科			2009-09-11 15:33:51.949967
12155	http://www.kazusa.or.jp/lotus/index.html	Lotus japonicus Genome Sequence Project	Lotus japonicus Genome Sequence Project	ミヤコグサゲノム／アノテーション	Genome of Lotus japonicus (model legume) / annotation	ミヤコグサ(Lotus japonicus)のゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ、葉緑体配列が掲載されている。　12056416, 11853318, 11214967, 11853317のsupplementデータ。	Lotus japonicus genome clones (TAC: transformation-competent artificial chromosomes), the annotations, chromosomal gene maps, and chloroplast gene sequences are registered. Supplement data for 12056416, 11853318, 11214967, 11853317.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/マメ科;対象/DNA/配列;対象/DNA/ゲノム	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-03-05 23:42:45.55186
457	http://research.nhgri.nih.gov/lowe	Lowe Syndrome Mutation Database	Lowe Syndrome Mutation Database				Mutations in the OCRL1 gene encodingphosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://earth.lab.nig.ac.jp/~mbase/medaka_top.html	M base		Medaka Genome Database(M base)		メダカのEST, 染色体地図（連鎖地図）, BACに関するデータベース。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-08-31 14:35:59.867437
11390	http://rarge.gsc.riken.jp/microarray/microarray.pl	MAEDA (Micro Array Expression DAta search)	MAEDA (Micro Array Expression DAta search)	シロイヌナズナ・マイクロアレイ遺伝子発現	Microarray analysis of Arabidopsis gene expression	7000の全長cDNAより作成したマイクロアレイを用い、シロイヌナズナ遺伝子発現を解析した。URL              GEO:GSE4203, GPL3181	Arabidopsis gene expression analyses using microarrays that were manufactured using 7,000 full-length cDNA clones. URL on GEO: GSE4203, GPL3181.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	文科省;ゲノム特定;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ	2009-02-17 11:43:23
462	http://www.genome.ad.jp/magest	MAGEST	MAGEST	マボヤEST	EST of Halocynthia roretzi (ascidian)	マボヤESTおよびそのクラスタリング結果のデータベース。	A database of Halocynthia roretzi EST and the clustering.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	DDBJ;MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	プロジェクト/ゲノムネット	2009-03-05 23:43:24.436802
469	http://mips.gsf.de/proj/thal/db	MAtDB	MAtDB	シロイヌナズナゲノム／アノテーション	Database for Arabidopsis genome/ annotation	Arabidopsis Genome Initiative で決定されアノテーションされた全配列が登録されている。　ミトコンドリアゲノム、葉緑体ゲノムも同様にアノテーションされ登録されている。	The database contains the whole sequences that were sequenced and annotated in Arabidopsis Genome Initiative. Mitochondria genomes and chloroplast genomes are also annotated and are contained in the database.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog	ドイツ/Institute for Bioinformatics (MIPS), GSF National Research C	2009-03-05 23:43:11.086391
470	http://mbgd.genome.ad.jp	MBGD	MBGD	微生物遺伝子間のオルソログ／ホモログ	Ortholog/ homolog of microbial genomes	ゲノム全長配列が得られている微生物について、遺伝子のオルソログおよびホモログの関係を記述することで相互の比較を可能にしたデータベース。	A database of microorganism full-length genomes and the orthologous/homologous relations between the genes.	DB型/プログラム;生物種/真正細菌超生物界;生物種/古細菌超生物界;生物種/菌界/酵母;対象/比較ゲノム	DDBJ;MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog;wing	共同利用研究機関/基生研;プロジェクト/ゲノムネット	2009-02-17 11:43:23
	http://medaka.cb.k.u-tokyo.ac.jp/mctdb/	MCTDB	MCTDB	Medaka Craniofacial Trait DataBase	Medaka Craniofacial Trait DataBase	Medakaの顔貌形質（craniofacial trait）の画像データベース。新屋（遺伝研）らによる各個体の頭部画像（側面・上面・下面）の検索と閲覧が可能。HNIとHd-rRおよびそれらのF1/F2のデータを含む。任意に選択した制御点間の距離を目的形質として、値の分布の表示や正規性の検定、区間マッピングによる関連遺伝子座の推定が可能。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類;対象/形態			2009-06-03 15:50:48.687227
	http://mder.biosciencedbc.jp/	MDeR	MDeR	ライフサイエンス分野のメタデータ要素レポジトリ	The metadata element repository in life science	ライフサイエンスデータベースにおける統一的なデータの概念・表現・定義を提供することで、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用を可能とし、新たなデータセットに対するメタデータ要素の作成を支援するサイト\n開発元：科学技術振興機構		DB型/知識モデル			2011-09-29 10:30:20.546825
	http://medals.jp/	MEDALS	MEDALS	METI Life science integrated database portal site	METI Life science integrated database portal site	1989年以降に経済産業省（METI）関連の機関により実施されたライフサイエンスプロジェクトによる成果物（データベース・ツール）のポータルサイト\n開発元：バイオ産業情報化コンソーシアム		DB型/カタログ			2009-07-15 15:55:50.946999
12410	http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/medie/	MEDIE	MEDIE				MEDIE is an intelligent search engine to retrieve biomedical correlations from MEDLINE, based on indexing by Natural Language Processing and Text Mining techniques.	DB型/解析サービス	ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-08-03 13:56:40.659138
	http://ani.embl.de:8080/mepd/	MEPD: Medaka Expression Pattern Database				in situ hybridizationによる、メダカの遺伝子発現パターンのデータベース。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-08-31 14:33:01.036776
474	http://merops.sanger.ac.uk	MEROPS: the peptidase database.	MEROPS: the peptidase database.	ペプチダーゼ／阻害剤の注釈書	Functional annotations of peptidases and peptidase inhibitors	ペプチダーゼとそれを阻害するタンパク質を収集したデータベース。　ペプチダーゼおよび阻害タンパク質は構造を基準に階層的に分類されており、ファミリー分類がなされているものはそれを基準に、そうでないもの（最近のデータ）は相同性を基準に分類される。　（後者はCLANと呼ばれる）　その他、低分子の阻害剤も収集されている。	It is a database of peptidases and the inhibitor proteins. Peptidases and the inhibitors are hierarchically classified based on the structures. If the proteins are classified into protein families, the classification is based on them; otherwise (recent data) it is based on similarity (the latter is called CLAN). Low molecular weight inhibitors are also contained.	DB型/注釈;対象/タンパク質/機能	Computational Molecular Biology at NIH;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute	イギリス/Sanger Institute	2009-02-17 11:43:23
481	http://mgc.nci.nih.gov	MGC - Mammalian Genome Collection	MGC - Mammalian Genome Collection				Full-length open reading frame clones for human, mouse, and rat genes	生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ラット	Entrez Databases;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
485	http://wehih.wehi.edu.au/mhcpep	MHCPEP	MHCPEP				MHC-binding peptides		DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12408	http://grc.dept.med.gunma-u.ac.jp/~gene/index.html	MIAMI	MIAMI						ゲノム特定	国立大学法人/群馬大学/生体調節研究所　ゲノム科学リソース分野	2009-02-17 11:43:23
	http://sunserver.cdfd.org.in:8080/MIC/index.html	MICAS	MICAS	マイクロサテライト解析サーバー	Microsatellite Analysis Server			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 16:43:45.483774
488	http://mips.gsf.de	MIPS	MIPS				Databases at Munich Information Center for Protein Sequences	対象/タンパク質/配列	bioiformatik;ExPASy;Genexpress;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
509	http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html	MPDB - Molecular Probe Database	MPDB - Molecular Probe Database				Information on synthetic oligonucleotides proven useful as primers orprobes		DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
512	http://tumor.informatics.jax.org/mtbwi/index.do	MTB - Mouse Tumor Biology Database	MTB - Mouse Tumor Biology Database				Mouse tumor names, classification, incidence, pathology, genetic factors		DBcatalog;Genexpress;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
	http://machibase.gi.k.u-tokyo.ac.jp/	MachiBase	MachiBase	ショウジョウバエ転写開始点タグデータベース	a Drosophila melanogaster 5'-end mRNA transcription database	ショウジョウバエの７つの組織（胚、幼虫、老/若x雄/雌, S2）から収集した各々3-400万個の転写開始点タグ情報の公開データベース		対象/DNA/制御領域;NAR category/塩基配列/転写調節部位と転写因子		国立大学法人/東京大学/新領域創成科学;国立大学法人/東京大学/大学院医学系研究科分子予防医学教室;公立大学/首都大学東京;独立行政法人、特殊法人、許可法人/JST	2009-06-03 15:53:32.805114
12417	http://orca10.bio.sci.osaka-u.ac.jp/array02/	MacroArray Analysis Page of Bradyrhizobium japonicum	MacroArray Analysis Page of Bradyrhizobium japonicum						ゲノム特定	国立大学法人/東北大学/大学院生命科学研究科	2009-02-17 11:43:23
	http://gnp.hgc.jp/macrophage/	Macrophage Curated Database	Macrophage Curated Database			マクロファージの分化・増殖にかかわるLPS,PMA刺激に関連する文献を基に、マクロファージ動的パスウェイをCSML形式（細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係を、システムダイナミクスを含め記述するためのXMLフォーマット）で作成したデータベース\n作成元：東京大学医科学研究所　DNA情報解析分野		対象/細胞/マクロファージ;対象/パスウェイ			2010-01-20 12:19:05.546961
464	http://www.maizegdb.org	MaizeGDB	MaizeGDB	トウモロコシゲノム／アノテーション	Database for maize genome/annotation	トウモロコシのゲノムおよびリソースに関する情報を収集したデータベース。　ゲノム配列、保存されている系統と表現型、変異株、遺伝地図が掲載されている。	Maize genomes and resources database. It contains genome sequences, conserved strains and phenotypes, mutant strains, and genetic maps.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/トウモロコシ;対象/アノテーション	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources	アメリカ/Iowa State University	2009-02-17 11:43:23
1026	http://www.wehi.edu.au/MalDB-www/who.html	Malaria - WHO	Malaria - WHO				Malaria db (from WHO)		DDBJ;ExPASy;MetaDB;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12427	http://textlens.hgc.jp/McSyBi/index.html	McSyBi	McSyBi						ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
11376	http://medaka.lab.nig.ac.jp	Medaka EST database	Medaka EST database	メダカ遺伝子発現	Medaka gene expression	メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ（Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している	A database that contains Medaka ESTs, the library information, an explanation of mutation mapping system using ESTs, and the organization of a microarray (Medaka Microarray 8K).	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/魚類;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;対象/遺伝子発現/EST	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/大学院理学系研究科	2009-02-17 11:43:23
	http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/K-medaka/MGI2/MGI.html	Medaka Genome Initiative (MGI home)				小型の淡水魚であるメダカを研究する研究グループの国際的なワーキンググループによるサイト。メダカゲノムプロジェクトに関する最新情報にアクセスする事ができる。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-08-31 14:29:21.589479
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh	Mesh	Mesh	生物学の用語集	detailed information about NLM's controlled vocabulary	PubMedで検索用用語あるいはカテゴリとして各文献に付けられているNLMで統制された生物学用語を構築しているデータベース。用語集は階層構造によって各用語が関連付けられている。	MeSH is the U.S. National Library of Medicine's controlled vocabulary used for indexing articles for MEDLINE/PubMed. MeSH terminology provides a consistent way to retrieve information that may use different terminology for the same concepts	DB型/知識モデル;対象/文献	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 16:56:35.830348
477	http://metallo.scripps.edu	Metalloprotein Site Database	Metalloprotein Site Database				Metal-binding sites in metalloproteins		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
19	http://www.methdb.de/	MethDB	MethDB	DNAメチル化データベース	DNA Methylation Database	DNAメチル化に関する46種、160組織と72の表現型データが6667の実験により登録されている。		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 19:51:49.655355
12161	http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/indexj.html	MiBASE	MiBASE	トマトEST	ESTs of tomato	トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。　他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。　前述cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。　15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。	EST sequences of cDNA libraries from the fruits and the leaves of Micro-Tom tomato are registered. The annotations include homologous genes and clusters in UNIGENE database containing ESTs from other projects and GO terms. Gene expression using microarrays made of the cDNA libraries as described above seems to have been analyzed for tissues, developmental stages, and breeds, but no raw data can be obtained. Supplement data for 15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005)	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/ナス科/トマト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-03-05 23:43:36.062593
11417	http://www.cc.kochi-u.ac.jp/~tatataa/RA/RA-targets.html	Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes	Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes	カタユウレイボヤ・マイクロアレイ遺伝子発現	Microarray analysis of  Ciona intestinalis　(ascidian), gene expression	カタユウレイボヤEST解析に用いたcDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて、embryonic retinoic acidターゲット遺伝子候補(9287)の発現プロファイルを解析した結果が掲載されている。　論文(PubMed:12828686)のsupplementデータ。　その他に、91遺伝子のin-situ hybridization画像が掲載されている。理学部物質科学科	Gene expression profiles of 9,287 candidates of embryonic retinoic acid target genes analyzed with microarrays using cDNA libraries for the Ciona intestinalis EST analyses. Supplement data for an article 12828686. In addition, in situ hybridization images for 91 genes are shown.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/高知大学/理学部	2009-02-17 11:43:23
12125	http://www.bioscinet.org/cgi-bin/mgw.pl	Microbial Genome Workbench	Microbial Genome Workbench			公開済み細菌、古細菌ゲノム配列を収集し、相同性、キーワード、タンパク質分子量、pIで検索できるよう整理した。	Genome sequences in the public domain of bacteria and archaebacteria were collected, and made searchable with homology, keywords, protein molecular weights, and pI.	DB型/プログラム;生物種/真正細菌超生物界;生物種/古細菌超生物界;対象/タンパク質/配列;対象/DNA/配列	文科省;旧ゲノム特定	共同利用研究機関/遺伝研/分子遺伝研究系	2009-02-17 11:43:23
	http://minds.jcqhc.or.jp/	Minds医療情報サービス							厚労省		2011-01-10 19:00:46.532842
491	http://www-lecb.ncifcrf.gov/mitoDat	MitoDat	MitoDat				Mitochondrial proteins (predominantly human)		bioiformatik;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
11384	http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp	MitoFish	MitoFish	魚類ミトコンドリアデータベース	Mitochondrial genome database of fish	魚類のミトコンドリアゲノム配列をGenBankおよびRefSeqより収集し、種分類に関する情報をFishBase, NCBI Taxonomy Browser, TheCatalog of Fishes, Fish Database of Japan より、文献情報をPubMedより、関連配列をDDBJより取得して関連付けたデータベース。	Fish mitochondrial genome sequences were collected from GenBank and RefSeq. Taxonomical information was obtained from FishBase, NCBI Taxonomy Browser, The Catalog of Fishes, and Fish Database of Japan. Literature information was obtained from PubMed. Related biological sequences were obtained from DDBJ.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/魚類;対象/DNA/配列	文科省	国立大学法人/東京大学/海洋学研究所	2009-02-17 11:43:23
504	http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB	MolMovDB - Database of Macromolecular Movements	MolMovDB - Database of Macromolecular Movements				Descriptions of protein and macromolecular motions, including movies		bioiformatik;DBcatalog;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
878	http://molbio.info.nih.gov/cgi-bin/pdb	Molecules To Go	Molecules To Go				Molecules To Go (formerly known as Molecules R Us), browser for PDB		Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
11481	http://www.kazusa.or.jp/DNA_Microarray/mouse/2003-B6vs129/	Mouse DNA Microarray	Mouse DNA Microarray	マウス遺伝子発現の系統間の比較	Differential gene expression profiles of  mouse strains	マウスC57BL/6J株と129X1SvJ株の間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓の遺伝子発現を比較した結果を掲載している。　計測にはAgilentマイクロアレイが使用されている。　15029957のsupplementデータ。	Gene expressions compared between mouse C57BL/6J and 129X1SvJ strains in newborn brains, in adult spleens, and in adult livers. Agilent microarrays are used for the analysis. Supplement data for 15029957.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
3051	http://www.nervenet.org/main/dictionary.html	Mouse Genome Databases	Mouse Genome Databases					生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
11348	http://www.shigen.nig.ac.jp/mouse/mmdbj/top.jsp	Mouse Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ)	Mouse Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ)	マウスマイクロサテライト	Microsatellite markers of mouse strains	マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けている。　マウス系統ごとのSSLPの相違を示す実験結果を、PCR条件とともに掲載している。　特に日本産マウス(MSM, JF1)に注力している。	A database of mouse microsatellite markers, as well as a repository that accepts new data from researches. Analyses showing SSLP differences between mouse strains are registered with PCR conditions. Emphasis is on Japanese mice (MSM and JF1).	DB型/データバンク;DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/DNA/多型	文科省;wing	共同利用研究機関/遺伝研	2009-02-17 11:43:23
12325	http://omicspace.riken.jp/MusBanks/	MusBanks	MusBanks	マウス変異株のポータルサイト	Portal site of mutant mouse strain	任意のキーワードから、対応する遺伝子およびその変異株を検索・推論するサービスを提供する。　推論の仕組みにはPosMedを使用している。　最初に指定キーワードをMEDLINE検索する。　次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けを行う。　さらに、各遺伝子に対応した変異株を出力する。　遺伝子、変異株の一覧はシステム中にDBとして持っていると思われる。	A service to search and infer corresponding genes and the mutations from given keywords. PosMed is used to make inferences. First, specified keywords are MEDLINE-searched. Then, genes and symbols that significantly appear in the hit documents are extracted statistically tested, and rank ordered. In addition, mutants for the genes are output. The system seems to contain lists for the genes and mutants as databases.	DB型/解析サービス;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
11500	http://www.nih.go.jp/Mypet/	Mycoplasma penetrans genome	Mycoplasma penetrans genome	マイコプラズマゲノム／アノテーション	Genome of Mycoplasma penetrans (bacterial pathogen)/annotation	マイコプラズマ (Mycoplasma penetrans) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されている。　12466555のsupplementデータ。	Mycoplasma (Mycoplasma penetrans) genome sequences and the gene predictions are registered. Supplement data for 12466555.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列	ゲノム特定;厚労省;wing	国立試験研究機関/国立感染研	2009-03-05 23:43:48.461891
11467	http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCDispSearchServlet	NBRC Culture Catalogue	NBRC Culture Catalogue			NBRCで保管している微生物株の検索ページ。HITしたものはNBRCから購入することができる。キーワードによる検索とDNA配列の相同性検索に対応		DB型/バイオリソース	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/製品評価技術基盤機構/生物遺伝資源部門（NBRC）	2010-07-16 10:07:00.620109
11468	http://www.nbrc.nite.go.jp/cgi-bin/hflcdna/Clone_Search.cgi	NBRC Distribution of Full-length Human cDNA Clones	Distribution of Full-length Human cDNA Clones			ヒトcDNAクローンの購入をするための検索ページ。新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）『完全長cDNA構造解析プロジェクト』及び『タンパク質機能解析・活用 プロジェクト：スプライシング・バリアントの取得技術の開発』にて取得された約３万の「ヒト完全長cDNAクローン」約２万５千の「ヒトSplicing-Variant cDNAクローン」を買うことができる		DB型/バイオリソース	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/製品評価技術基盤機構/生物遺伝資源部門（NBRC）	2010-07-16 10:43:33.38649
	http://www.nbrp.jp/	NBRP	National BioResource Project (NBRP Information Site)	ナショナルバイオリソースプロジェクト		２８機関のリソースセンターをつなぐメタデータサイト\n国内のほかの資源サイトについても最もよく整理されている\nhttp://shigen.lab.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp\n「ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）」は、ライフサイエンスの研究に広く用いられる実験材料としてのバイオリソース（実験動植物、細胞、 DNAなどの遺伝子材料。ここでは「生物遺伝資源」と同義語として扱う。）のうち、国が特に重要と認めたものについて、体系的な収集、保存、提供体制を整備することを目的とした国家プロジェクトです。	This is a metadata site connecting resource centers in 28 institutes. It has the most organized list of resource sites in the other institutes in Japan. The URL is http://shigen.lab.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp. National BioResource Project (NBRP) is a national project that arranges systematic collection, conservation, and distribution of bioresources (animals and plants for experiments, cells, and genetic materials such as DNA. Here, it is treated as the synonym of biological gene resources) that are in a wide use of life science researches as experiment materials and that the Japanese government especially acknowledges its importance.	DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト	共同利用研究機関/遺伝研	2009-09-02 09:47:32.690608
	http://www.shigen.nig.ac.jp/algae/	NBRP Algae Resource Database		藻類　ナショナルバイオリソースプロジェクト		酸素発生型の光合成生物から陸上植物を除いた生物種の分類である「藻類」について、収集し保存されている株が閲覧・検索できる。現在は国立環境研を中心に運営されている。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 14:17:42.212232
	http://mg.biology.kyushu-u.ac.jp/	NBRP Asagao		アサガオホームページ	The Japanese Morning Glory (=Asagao)	園芸植物として突然変異体が多く、トランスポゾン研究のモデル生物として用いられるアサガオの保存・収集を行っている。研究者だけではなく、一般にも年一回種子の提供を行っている。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 14:35:06.770524
	http://www.shigen.nig.ac.jp/bsub/index.jsp	NBRP Bacillus subtilis		枯草菌 National BioResource Project		枯草菌遺伝子破壊株のデータベースであり、キーワード検索と菌株分譲の依頼が可能である。国立遺伝学研究所 原核生物遺伝研究室によって運営されている。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 14:48:50.506907
11806	http://shigen.lab.nig.ac.jp/c.elegans/index.jsp	NBRP C.elegans	National BioResource Project (NBRP)::C.elegans	実験動物「線虫」変異体データベース		線虫の変異体の受注をするための変異体検索ページ		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/線形動物門	文科省;wing;ナショナルバイオリソースプロジェクト	共同利用研究機関/遺伝研/生物遺伝資源情報センター	2010-07-16 10:57:37.874131
	http://marinebio.nbrp.jp/ciona/	NBRP CITRES		カタユウレイボヤリソース		ヒトと同じ脊索動物門に、世代時間が短い事から遺伝学・発生学のモデル生物として有用なカタユウレイボヤの系統・変異体データベース。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 14:02:58.650068
	http://www.macaque.nips.ac.jp/	NBRP Japanese Monkey		NBRP ニホンザル		ニホンザルの提供依頼の受付やシンポジウム・サル取り扱い講習の告知などを行っているが、Web上からアクセスできる系統・個体情報などはない。自然科学研究機構　生理学研究所によって運営されている。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-11 10:14:39.012545
12437	http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/komugi/	NBRP KOMUGI	KOMUGI	コムギ統合データベース	Wheat Genetic Resources Database	コムギの遺伝学研究の過程で構築された各種実験系統を趣旨で配布しているサービス。検索結果から直接注文することができる		DB型/バイオリソース;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/オオムギ、コムギ	旧ゲノム特定;ナショナルバイオリソースプロジェクト	国立大学法人/京都大学/大学院農学研究科;公立大学/横浜市大/木原生物学研究所;共同利用研究機関/遺伝研	2010-07-16 11:05:35.456499
	http://www.legumebase.brc.miyazaki-u.ac.jp/index.jsp	NBRP Legume Base		ナショナルバイオリソースプロジェクト Legume Base		ミヤコグサ、大豆の変異体を分譲しているサービス。種子や完全長cDNAの注文が可能。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2010-07-16 11:18:26.71366
	http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/	NBRP Medaka				小型魚類のモデル生物であるメダカについて、系統の収集・保存・提供を行うとともに、ゲノム配列・BAC/ESTなどのリソースを整備している。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/脊索動物門/魚類	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-08-31 14:22:10.971674
12124	http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/	NBRP Oryzabase	NBRP Oryzabase	イネ研究ポータルサイト	Rice research portal site	イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイト。　種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されている。	A portal site to data and resources related to rice researches. Information related to species (lineages, wild species, mutants), gene expression (relationships with tissues and developmental stages),	DB型/バイオリソース;DB型/辞典;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	文科省;ナショナルバイオリソースプロジェクト	共同利用研究機関/遺伝研	2009-09-02 10:35:11.560196
11344	http://pathogenic.lab.nig.ac.jp	NBRP Pathogenic microbes	Pathogenic microbes	病原微生物統合データベース		分譲可能な細菌・放線菌、真菌、原虫の検索を行うことができる。検索結果から各配布先の注文ページに飛ぶことができる		DB型/バイオリソース	文科省;wing;ナショナルバイオリソースプロジェクト	独立行政法人、特殊法人、許可法人/JST	2010-07-16 11:26:15.111029
	http://www.shigen.nig.ac.jp/silkwormbase/index.jsp	NBRP Silkworm Base		ナショナルバイオリソースプロジェクト　カイコ		変態や昆虫ホルモン研究の代表的モデル生物であり、野生での生息が確認されていない唯一の「家畜化された昆虫」であるカイコ(Bombyx mori)の系統データベース。九州大学大学院農学研究院 遺伝子資源開発研究センターにより運営されている。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 11:55:36.519226
	http://tomato.nbrp.jp/	NBRP Tomato		ナショナルバイオリソースプロジェクト - トマト		トマトの野生の系統や変異型の系統、及び完全長cDNAの分譲を行っているサービス		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2010-07-16 11:31:11.519309
	http://home.hiroshima-u.ac.jp/~amphibia/NatBio/	NBRP Xenopus		ナショナルバイオリソースプロジェクト　ネッタイツメガエル		発生生物学分野での有用なモデル生物であるネッタイツメガエル系統のデータベース。 広島大学大学院理学研究科附属両生類研究施設によって運営されている。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/脊索動物門/両生類	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 11:33:33.949103
	http://yeast.lab.nig.ac.jp/nig/	NBRP Yeast		ナショナルバイオリソースプロジェクト（酵母）		出芽酵母及び分裂酵母の菌株やプラスミド、cDNAなどの収集・保存・提供を行っている。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-11 11:05:42.277848
	http://www.shigen.nig.ac.jp/zebra/	NBRP Zebrafish		ナショナルバイオリソースプロジェクト　ゼブラフィッシュ		ゼブラフィッシュ系統の検索・提供依頼が行えるほか、ゼブラフィッシュプロジェクトの新着情報やメーリングリストへの登録、ゼブラフィッシュを用いた研究に役立つ情報へのリンクなどが整備されている。		DB型/バイオリソース;生物種/動物界/脊索動物門/魚類	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 12:14:38.28246
	http://www.shigen.nig.ac.jp/chrysanthemum/	NBRP chrysanthemum		広義キク属 ナショナルバイオリソースプロジェクト		被子植物最大の科であるキク科に属する広義キク属の系統をアジア原産種を中心に収集・保存・提供しており、郵送での分譲依頼が可能である。\n広島大学大学院理学研究科附属植物遺伝子保管実験施設によって運営されている。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 14:29:39.298076
11410	http://www.shigen.nig.ac.jp/barley	NBRP-Barley	NBRP-Barley	オオムギESTと種子の画像	EST analysis of barley and seed images	3品種+野生型オオムギより発生ステージ／組織の異なる9 cDNAライブラリを作成し、そのEST解析を行い、その配列を公開している。　ESTデータはHarvESTと重複している。　また、岡山大より配布可能なGermplasm（生殖質？）の一覧表が掲載されており、その一部については、種および発芽の写真も掲載されている。　また、Corecollection と呼ばれる（遺伝的多様性を考慮した）代表的品種の一覧も掲載されている。	The database contains the EST sequences from nine cDNA libraries of three strains and wild type barleys in developmental stages and in tissues. The EST data duplicate with HarvEST. It contains a list of germplasms that can be distributed from Okayama University. A part of them are attached with photos of the seeds and the sprouts. The database also contains a list of representative strains (in consideration of genetic diversity) called Core Collection.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/オオムギ、コムギ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省;旧ゲノム特定;ナショナルバイオリソースプロジェクト	国立大学法人/岡山大学/資源生物科学研究所	2009-09-11 10:53:07.913094
	http://www.shigen.nig.ac.jp/escell/human/	NBRP-Human and Animal Cells		NBRP ヒトES細胞プロジェクト情報公開ページ		ヒトＥＳ細胞の注文を行うための手続き情報を得ることができるサイト		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2010-07-16 11:43:01.929476
	http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/top/top.jsp	NBRP-Prokaryotes(E.coli)		NBRP 大腸菌		管理方法、保有機関の異なる大腸菌株の受注をまとめてサポートしているサービス。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2010-07-16 11:53:29.789446
	http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/nbr/Default_jp.aspx	NBRP-Rat		ナショナルバイオリソースプロジェクト「ラット」		京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設によって収集・保存されているラット系統の検索、提供依頼などが行える。		DB型/バイオリソース	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2009-09-02 10:51:51.642009
	http://nenkin.lab.nig.ac.jp/	NBRP-nenkin		細胞性粘菌 ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)		粘菌の国内に保有されているモノを中心とした株及びDictyostelium discoideum予測遺伝子について全長ORFをカバーするcDNAの分譲を行っているサービス		DB型/バイオリソース;生物種/原生動物界/細胞性粘菌	ナショナルバイオリソースプロジェクト		2010-07-16 11:58:05.327766
522	http://www.ucl.ac.uk/ncl/mutation.shtml	NCL Mutation Database	NCL Mutation Database				Mutations and polymorphisms in neuronal ceroid lipofuscinoses (NCL) genes		DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
524	http://ndbserver.rutgers.edu	NDB	NDB	核酸立体構造データバンク	Data bank for 3D structural information about nucleic acids ?	核酸立体構造情報を研究者より受付け、データベース化して公開している。	Nucleic acids 3D structures information from researches is accepted and is made public as a database.	DB型/データバンク;対象/DNA/立体構造	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;wing	アメリカ/Rutgers, the State University of New Jersey	2009-02-17 11:43:23
12438	http://nematode.lab.nig.ac.jp/	NEXTDB (Nematode Expression Pattern DB)	NEXTDB (Nematode Expression Pattern DB)						旧ゲノム特定	共同利用研究機関/遺伝研/生物遺伝資源情報センター	2009-02-17 11:43:23
	http://molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/index.jsp	NIG Mouse Genome Database	NIG Mouse Genome Database	遺伝研マウスゲノムデータベース		マウスのMSM系統のゲノムデータベース\n開発元：国立遺伝学研究所 哺乳動物遺伝研究室		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/DNA/ゲノム			2010-03-15 17:09:42.677426
	http://molossinus.lab.nig.ac.jp/phenotype/index.html	NIG Mouse Phenotype Database	NIG Mouse Phenotype Database	遺伝研マウス表現型データベース		マウスの異なる系統から得られた表現型の観測データをデータベースにしたもの\n開発元：国立遺伝学研究所 哺乳動物遺伝研究室		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス			2010-03-15 17:14:21.246435
12326	http://prime.psc.riken.jp/?action=nmr_search	NMR標準スペクトル	PRIMe: SpinAssign	NMR標準スペクトルの辞書	Dictionary of standard NMR spectrum	代謝産物(化合物）の標準NMRケミカルシフトを収集した。　SpingAssignというNMRピークアサインシステムを通じてのみ利用できる。　素材となったDBの詳細は不明だが、ExPASy Biochemical Pathways, BMRB (BioMagResBank, www.bmrb.wisc.edu), SDBS (有機化合物スペクトルデータベース, www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/cgi-bin/cre_index.cgi), NMRShiftDB (http://www.nmrshiftdb.org/) は使用されている模様。　植物を対象としたDB利用事例の文献として17035691がある。	Reference NMR chemical shifts of metabolism products (chemical compounds) have been collected. Details in the contributing databases are unknown, but ExPASy Biochemical Pathways, BMRB (BioMagResBank, www.bmrb.wisc.edu), SDBS (organic chemical compounds spectrum database, www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/cgi-bin/cre_index.cgi), NMRShiftDB (http://www.nmrshiftdb.org/) seem to be used. Articles of database usage cases targeted to plants include 17035691.	DB型/知識モデル;対象/低分子化合物/代謝産物;対象/低分子化合物	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/植物科学研究センター	2009-03-05 22:40:59.401785
538	http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html	NRSub	NRSub	枯草菌ゲノム自動アノテーション	Automatic annotation of Bacillus subtilis　(soil bacterium) genome	枯草菌ゲノムに対して、SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENのエントリをマップし、クロスリファレンスを構成したデータベース。	A database of Bacillus subtilis genome on which entries of SWISS-PROT, ENZYME, and HOBACGEN are mapped and cross-referenced.	DB型/プログラム;生物種/真正細菌超生物界/枯草菌;対象/タンパク質/配列;対象/DNA/配列	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
529	http://www.affymetrix.com/index.affx	NetAffx	NetAffx				Public Affymetrix probesets and annotations		ExPASy;Genexpress;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:54:53.280281
	http://www.antibiotics.riken.jp/en/compound	New Natural Compounds purified in Antibiotics Lab, RIKEN		新規化合物一覧		新規に発見された化合物ごとに構造式、単離した生物種、活性、文献情報を掲載している。		対象/低分子化合物			2009-08-21 15:12:22.492748
	http://ninja-ra.jp/	NinJa				日本初全国規模のリウマチ性疾患データベース			厚労省		2011-01-10 19:04:37.294468
11454	http://nocardia.nih.go.jp	Nocardia farcinica genome	Nocardia farcinica genome			Nocardia farcinica IFM 10152 （グラム陽性好気性放線菌、ノカルジア感染症の原因）の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）とそのアノテーションを掲載する。　15466710のsupplementデータ。	A database of Nocardia farcinia IFM 10152 (a gram positive aerobic actinomycete that causes nocardia infections) whole genome sequence containing two plasmids and the annotation. Supplement data for 15466710.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列	文科省;ゲノム特定;厚労省	国立試験研究機関/国立感染研	2009-02-17 11:43:23
541	http://www.receptors.org/NR	NucleaRDB	NucleaRDB				Nuclear receptor superfamily		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
544	http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE	O-GLYCBASE	O-GLYCBASE	O-glycosylatedタンパク質の注釈書	Annotation of O- and C- ?glycosylated proteins	O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベース。　各エントリには配列の他、グリカンの種類、O-リンクするSer, Thrの位置、N-リンクするAsnの位置、C-リンクするTrpの位置、生物種、文献情報が記述されている。	A database that collected and organized information from literature and public databases on glycoproteins with at least one experimentally verified O-linked glycosylation site. Each entry describes sequences, glycan types, O-linked Ser/Thr positions, N-linked Asn positions, C-linked Trp positions, source organisms, and citation information.	DB型/注釈;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	デンマーク/The Technical University of Denmark	2009-02-17 11:43:23
545	http://odb.kuicr.kyoto-u.ac.jp	ODB	ODB	オペロンの知識モデル	Knowledge model of operons	多数の種のオペロンを論文やデータベースから収集し再構成したデータベース。　予測によるオペロン候補探索を行う機能がある。	A database of operons from various species that have been collected and reconstructed from literature and databases. A function to explore operon candidates based on prediction is provided.	DB型/知識モデル;対象/DNA/配列	MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog;wing	国立大学法人/京都大学/化研	2009-02-17 11:43:23
	http://protein.t.soka.ac.jp/oligami/	OLIGAMI - OLIGomer Architecture and Molecular Interface	OLIGAMI - OLIGomer Architecture and Molecular Interface	タンパク質の４次構造分類	Quarternary Structural Classification of Proteins	生体高分子のオリゴマー構造を、インタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることのできるデータベース。PDB中の全ての立体構造について４次構造のキュレーションを行っており、SCOPの階層構造に従ってまとめられている。	OLIGAMI is a database of the verified coordinates (curated entries) and new chain formulas for biological molecules that allows you to browse oligomers through the SCOP hierarchy and to interactively view three-dimensional structures of biological molecules for all PDB entries.	DB型/注釈;対象/タンパク質/立体構造		私立大学/創価大/工学部	2009-11-10 17:26:37.473673
	http://omicspace.riken.jp/gps/	OmicBrowse		種間オミクス情報比較		複数の種間のゲノム、フェノーム、進化的なつながりを格納した、オミクスデータベース		対象/比較ゲノム			2009-08-21 15:30:04.701958
12327	http://omicspace.riken.jp/OmicScan/	OmicScan	OmicScan	生物学関連文献全テキスト検索ツール	Full-text search tool for biological literature	任意のキーワードに間接的に関連する生物学オブジェクト（OmicSpace中に定義されている語句など）を検索するサービス。　ユーザ指定のキーワードを、生物学系ドキュメント（Medline, OMIM, PPIなど、OmicSpace自体も対象？）より全文検索し、ヒットしたドキュメントに特異的に現れる語句より推論し、キーワードに直接／間接的に関連する生物学オブジェクトをドキュメントソース／DBごとにリストアップする。　詳細はOmicBrowseにより参照する。	A service to search for biological objects (e.g. terms defined in OmicSpace) indirectly related to given keywords. User-specified keywords are full-text searched in biological documents (Medline, OMIM, PPI, and probably, OmicSpace itself), and biological objects that have been inferred from specific terms in hit documents and that are directly/indirectly related to the keywords are listed. The details are referred to OmicBrowse.	DB型/解析サービス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
	http://podb.nibb.ac.jp/Organellome/bin/findMovie.php?status=	Organelles Movie Database	Organelles Movie Database			オルガネラの動画データベース\n開発元：基礎生物学研究所　高次細胞機構研究部門		対象/細胞/オルガネラ			2009-07-14 12:14:09.914778
	http://podb.nibb.ac.jp/Organellome/bin/findChannel.php?status=	Organellome Database	Organellome Database			オルガネラの画像データベース\n開発元：基礎生物学研究所　高次細胞機構研究部門		対象/細胞/オルガネラ			2009-07-14 12:14:25.210914
931	http://www.oridb.org/index.php	OriDB	OriDB		DNA Replication Origin Database			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 17:01:50.230903
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/9512	Oryza sativa (rice)		NCBI Genome Project Result - Oryza sativa (rice)				生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ			2009-09-11 16:12:25.261624
	http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/pandit/	PANDIT	PANDIT		Protein and Associated Nucleotide Domains with Inferred Trees	マルチプルシーケンスアライメントと系統樹のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-12 17:25:02.1803
580	http://www.rcsb.org/pdb	PDB	PDB	タンパク質立体構造データバンク	Data bank for protein 3D structures	主としてX線結晶構造解析もしくはNMRで決定されたタンパク質立体構造を収集するデータバンク。　	A databank to collect protein 3D structures that have been identified using mainly X-ray crystal structure analyses or NMR.	DB型/データバンク;対象/タンパク質/立体構造	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook;wing	プロジェクト/Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)	2009-02-17 11:43:23
11361	http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?pdbstr	PDBSTR	PDBSTR			PDBをKEGG用に再構成した。	A reconstruction of PDB for KEGG.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	文科省;wing	国立大学法人/京都大学/化研	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ebi.ac.uk/pdbe/	PDBe	PDBe	タンパク質構造データベース	Protein Data Bank in Europe	ヨーロッパにあるPDBサイトのうちの一つ。PDB以外にも独自にXML形式のファイルやmmCIFのファイルなども提供している	One of the wwPDB organizations. The database provides PDB files which are macromolecular structure data, and has several kinds of formats. (e.g. mmCIF, XML, PDB)		EBI/Databases at the EBI		2010-04-13 20:06:06.413695
2880	http://www.pdbj.org	PDBj (Protein Data Bank Japan)	PDBj (Protein Data Bank Japan)	日本タンパク質構造データバンク	Data bank of protein structures in Japan	タンパク質立体構造のデータバンクの日本ノード。　米国RCSB、欧州MSD-EBIと共同でwwPDBを運営している。	A Japan node of protein three dimensional structures database.  It manages wwPDB in cooperation with U.S. RCSB and European MSD-EBI.	DB型/データバンク;対象/タンパク質/立体構造	DDBJ;文科省	国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所/蛋白質情報科学研究系	2009-02-17 11:43:23
	http://prion.systemsbiology.net/cgi-bin/dispatcher.cgi/Welcome/display	PDDB	PDDB	the Prion Disease Database	the Prion Disease Database	マウスのプリオン病に関するデータベース。このデータベースに掲載されているのは(1)マウス株とプリオン株を組み合わせた時のマウスの病態の経時変化(2)PrPScの脳内デの蓄積量	Prion diseases reflect conformational conversion of benign isoforms of prion protein (PrPC) to malignant PrPSc isoforms. Networks perturbed by PrPSc accumulation and their ties to pathological events are poorly understood. Time-course transcriptomic and phenotypic data in animal models are critical for understanding prion-perturbed networks in systems biology studies. Here, we present the Prion Disease Database (PDDB), the most comprehensive data resource on mouse prion diseases to date. The PDDB contains: (i) time-course mRNA measurements spanning the interval from prion inoculation through appearance of clinical signs in eight mouse strain-prion strain combinations and (ii) histoblots showing temporal PrPSc accumulation patterns in brains from each mouse–prion combination. To facilitate prion research, the PDDB also provides a suite of analytical tools for reconstructing dynamic networks via integration of temporal mRNA and interaction data and for analyzing these networks to generate hypotheses.	DB型/データバンク;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/医学/病理学;対象/タンパク質/変異;対象/タンパク質/構造比較	Oxford Journals/Database		2010-02-25 12:22:02.390128
2332	http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/pec/index.jsp	PEC	PEC	大腸菌遺伝子の辞典	Dictionary of E.coli gene	大腸菌ゲノム上の全遺伝子について、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献より分類）、関連する大腸菌株、欠失株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、他の生物種との比較結果が掲載されている。　Minimal Genome Projectにおいてゲノムを欠損させた株の情報が平行して掲載されている。　特に実験的機能解析に重要な情報を集積することを目的としている。		DB型/辞典;生物種/真正細菌超生物界/大腸菌;対象/アノテーション	MetaDB;文科省;wing	共同利用研究機関/遺伝研	2009-02-17 11:43:23
589	http://pedant.gsf.de	PEDANT	PEDANT				Automated analysis of genomic sequences		Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
590	http://www.pedb.org	PEDB	PEDB	前立腺の遺伝子発現	Database for prostate gene expression	ヒトおよびマウスの前立腺における遺伝子発現をEST、マイクロアレイ、マススペクトロメトリー（タンパク）で解析し、その結果を掲載したデータベース。	A database of gene expression in human and mouse prostate that have been analyzed with EST, microarrays, protein masspectrometry.	DB型/プロジェクト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	DDBJ;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Fred Hutchinson Cancer Research Center	2009-02-17 11:43:23
	http://promoter.cdb.riken.jp/	PEDB	PEDB	哺乳類プロモーター/エンハンサーデータベース	Mammalian Promoter/Enhancer DataBase	TSSからヒトとマウスそれぞれの遺伝子と転写開始点を同定し、ゲノム情報を用いてオーソログ16268遺伝子を決定。そこから４３４のオーソログのシンテニー領域を同定し、そのうちノンコーディング部位にある転写因子の結合サイトをTRANSFACを参照してデータベース化した。		対象/DNA/制御領域			2010-03-15 18:21:07.719381
11492	http://pede.dna.affrc.go.jp	PEDE	Pig EST Data Explorer (PEDE)	Pig Expression Data Explorer	Full-length cDNA of pig	ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。　クローン配布のリソースバンクとしても機能。　アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないＥＳＴやｃＤＮＡ配列があるかどうか不明。ＩＮＳＤにすでに登録されているのでは？	The database contains pig ESTs from full-length cDNA clones, the assembled contigs, the annotations, and the full-length sequences of selected clones. The database functions as a resource bank to distribute the clones. Pig cSNP Database, a database of SNPs identified in the assembly processes, has been made. It is not clear whether it has ESTs or cDNA sequences that are registered only here. Should they have been registered in INSD?	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ブタ;対象/遺伝子発現	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-18 13:29:21.010102
11385	http://pfgweb.gsc.riken.go.jp/pjTrp.html	PFGWEB, トランスポゾン挿入変異体データベース	Plant Functional Genomics Research Group	シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の概要紹介	Overview of Arabidopsis transposon mutant strains	トランスポゾン変異株データベースの概要を記述したページ	A page describing the outline of a transposon mutation database	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現	文科省;ゲノム特定	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-03-06 00:03:23.481541
11421	http://moss.nibb.ac.jp	PHYSCObase	PHYSCObase	ヒメツリガネゴケEST配列	ESTs of Physcomitrella patens (moss)	ヒメツリガネゴケmRNA、EST、コンティグ（ESTのアセンブル結果）、実験プロトコルを収集したデータベース。　配列の一括ダウンロードも可能。	A database of Physcomitrella patens subsp. Patens mRNA, EST, contigs, and experiment protocols. Downloadable.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/コケ植物門/ヒメツリガネゴケ;対象/DNA/配列	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定;wing	共同利用研究機関/基生研	2009-03-05 23:44:00.644085
612	http://pir.georgetown.edu	PIR-PSD	PIR-PSD	タンパク質配列	Resource of protein sequence information	2004年まではアミノ酸配列を収集するバンクとして機能。　現在は、UniProtの一部としてタンパク質アノテーション用リソースおよびツールを提供。　PIRSFは進化的観点からタンパク質全長配列をクラス分類したデータベース。　iProClassはUniProtKBに対して、PDB, COG, Pfam, GenBank, GEO, OMIM, PubMed, GO, DIP, Swiss-2DPAGE, KEGG などの様々な相互参照インデックスを付与したデータベース。	The database functioned as a databank to collect amino acid sequence until 2004. Presently, it provides protein annotation resources and tools as a part of UniProt. PIRSF is a database that categorizes full-length protein sequences into classes from an evolutionally point of view. iProClass is a database that assigned to UniProtKB cross reference indices of PDB, COG, Pfam, GenBank, GEO, OMIM, PubMed, GO, DIP, Swiss-2DPAGE, and KEGG.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/配列	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DDBJ;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	アメリカ/Georgetown University Medical Center	2009-02-17 11:43:23
2032	http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/	PLACE	PLAnt Cis-acting Regulatory DNA Elements Database (PLACE)	植物シスエレメントの知識モデル	PLAnt Cis-acting Regulatory DNA Elements Database	植物のシスエレメントのモチーフを文献より収集したデータベース。　全データのダウンロード可能。	A database of plant cis-element motifs collected from literature. Downloadable.	DB型/知識モデル;対象/相互作用;対象/DNA/配列	農水省;MetaDB;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 18:14:44.849937
12372	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/blast/	PLANT DATABASE SERCH - BLAST Search	PLANT DATABASE SERCH - BLAST Search						理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-02-17 11:43:23
12412	http://www.alzforum.org/res/com/gen/alzgene/meta.asp?geneID=149	POU2F1 is a novel risk gene for Alzheimer disease	POU2F1 is a novel risk gene for Alzheimer disease						ゲノム特定	国立大学法人/大阪大学/医学部	2009-02-17 11:43:23
12449	http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/index.html	PPI view	PPI view						JBIRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2009-03-06 00:19:57.839027
639	http://www.prf.or.jp/ja/os.html	PRF	PRF	タンパク質配列・文献の辞典	A dictionary of protein, sequences and related literature	タンパク質文献データベースであるPRF/LITDB、アミノ酸配列データベースであるPRF/SEQDB、合成物質データベースであるPRF/SYNDBが掲載されている。　データはいずれも文献より取得している。	PRF/LITDB (protein literature database), PRF/SEQDB (amino acid sequence database), PRF/SYNDB (synthetic chemical compounds database) are registered. All the data are obtained from literature.	DB型/辞典;対象/タンパク質/配列	文科省;NAR catalog	その他/PRF（蛋白質研究奨励会)	2009-02-17 11:43:23
12331	http://mrg.psc.riken.go.jp/PRIDE/index.html	PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)	PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)	ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現	Zinnia elegans EST /microarray gene expression	ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。　ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。　マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能（現在はサービス停止？）。	Gene expression analyses with EST and microarrays of Zinnia elegans are registered. ESTs are shown with BLASTX search results with each sequence. Microarray analyses are accessible only via GeNet system (now the service stopped?)	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/キク科;対象/遺伝子発現	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/植物科学研究センター	2009-02-17 11:43:23
11371	http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081	PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databas	PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databas			Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されている。	A revised version of Kinase Pathways Database that additionally contains interaction types and the validity in the evidences.	DB型/プログラム;対象/相互作用;対象/相互作用/タンパク-低分子化合物;対象/相互作用/核酸-タンパク;対象/相互作用/タンパク質-タンパク質	文科省;ゲノム特定;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
642	http://umber.sbs.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS	PRINTS	PRINTS				Hierarchical gene family fingerprints		DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
651	http://prophecy.lundberg.gu.se	PROPHECY	PROPHECY				Profiling of phenotypic characteristics in yeast		ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources		2009-02-17 11:43:23
	http://cagr.pcbi.upenn.edu/PTMswitchboard	PTM-Switchboard	PTM-Switchboard	出芽酵母の転写因子、転写因子ターゲット遺伝子、転写因子の翻訳後修飾を行う酵素についての遺伝子データベース	ene database of budding yeast transcription factors (TF), TF targets, enzymes involve in posttranslational modification of TF.	転写因子のふるまいを制御する翻訳後修飾(PTM)のカタログ	PTM-Switchboard is designed to catalog known cases of TF-PTMs affecting gene transcriptions.	NAR category			2009-11-25 17:21:32.174393
	http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/enju-medline/enju-medline-usage.html	Parsed MEDLINE® data download service	Parsed MEDLINE® data download service	Parsed MEDLINE® data download service	Parsed MEDLINE® data download service	MEDLINE全体（2005年9月現在。1500万アブストラクト、14億語）のテキストをHPSGパーザーEnjuで解析した結果。リクエストベースで公開。（リクエスト先メールアドレス：genia@is.s.i-tokyo.ac.jp）		対象/文献			2009-06-03 11:05:16.59691
	http://www.pathguide.org/	Pathguide	Pathguide			パスウェイに関するデータベース等のリソース集。データベースのタイトルとURLを、蛋白質相互作用、代謝パスウェイ、シグナル伝達などのカテゴリーから調べることが可能。それに加え、生物種、公開度、パスウェイデータの標準化法などで検索することも可能。		DB型/カタログ;対象/パスウェイ;対象/ポータル		アメリカ/Memorial Sloan Kettering Cancer Center;カナダ/トロント大学	2009-09-11 14:28:22.88289
	http://www.patome.org/	Patome		Patent Sequence DB		特許および文献情報から得られた生物学的な配列のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 14:37:40.776155
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pepdome	Peptidome	Peptidome	マススペクトルデータベース	MS/MS proteomic experiments	マススペクトルと同定されたタンパク質情報のデータベース。\n同定されたタンパク質及び同定のために使用されたペプチド情報のリストと証拠であるスペクトルデータ、実験のプロトコルやサンプルの情報が手に入る。	Peptidome is a public repository that archives and freely distributes tandem mass spectrometry peptide and protein identification data generated by the scientific community. Several layers of data are captured to promote understanding of the experiment and analysis of the underlying data	DB型/データバンク;対象/タンパク質/プロテオーム	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 16:43:58.1255
	http://www.nihs.go.jp/tox/TTG_Archive.htm	Percellome Project				プロジェクトの論文に付属したマイクロアレイデータが公開されている。			厚労省		2011-01-13 18:11:02.472498
12405	http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~pnp/	Petri Net Pathways	Petri Net Pathways						ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
598	http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam	Pfam	Pfam	タンパク質モチーフの注釈書	Annotation of protein motifs	タンパク質の共通ドメインやファミリーより構成したマルチプルアラインメント、およびそれをHMMで表現したモデルを収集したデータベース。　Curation済みのPfam-Aと、PRODOMに登録されたファミリーから自動的に構築されたPfam-Bに分けられる。	A database of shared protein domains, multiple alignment constructed from protein families, and HMM models for them. Pfam-A is a curated data set and Pfam-B is automatically constructed from PRODOM families.	DB型/注釈;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook;wing	イギリス/Sanger Institute	2009-02-17 11:43:23
602	http://www.pharmgkb.org	PharmGKB	PharmGKB				Variation in drug response based on human variation	対象/低分子化合物/薬物;対象/低分子化合物;対象/DNA/多型	MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
12329	http://www.brc.riken.jp/lab/gsc/mouse/index.html	PhenoSITE :Phenotype Semantic Information with Terminology of Experiments	PhenoSITE :Phenotype Semantic Information with Terminology of Experiments	マウス変異株の表現型の記述の統一規則	Standardized vocabulary for describing phenotypes of mouse mutants	マウス変異株の表現型を記述する語句をGOに類似の形式で階層的に定義している。　Simple category for GSC mouse, Extend representation build of GSCMPE, Mammalian Phenotype （Jackson Lab.のMGIで使用、マウスに限定されない模様）,  Mouse adult grossanatomy の4カテゴリーから構成される。　表現型スクリーニングの標準手法（プロトコル）、および、その際に使用する語句も定義されている。　対象となるのは理研で構築されたENU誘導マウス変異株で、その表現型と染色体マップ結果の対応テーブルが掲載されている。	Terms for mouse mutant phenotypes are hierarchically defined in a similar form to GO. The database consists of four categories of Simple category for GSC mouse, Extend representation build of GSCMPE, Mammalian Phenotype （used in MGI , a Jackson Lab, not restricted to the mouse）,  Mouse adult gross anatomy. Standardized methods (protocols) of phenotypic screening and the terms used are defined. The database targets ENU-induced mouse mutants established in RIKEN, and a table of the phenotypes and the chromosomal mapping is registered.	DB型/プロジェクト;DB型/知識モデル;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC(ゲノム機能情報）	2010-04-15 10:47:40.958291
12328	http://rarge.gsc.riken.jp/phenome/	Phenome Analysis of Ds transposon-tagging line in Arabidopsi	Phenome Analysis of Ds transposon-tagging line in Arabidopsi	シロイヌナズナトランスポゾン挿入変異株	Phenotypes of transoposon-insertional mutants? in Arabidopsis	シロイヌナズナのDsトランスポゾン挿入変異株の一覧が、変異遺伝子座とその位置（UTRかコード領域か、exonかintronか）とともに掲載されている。　変異株の形態（一次カテゴリー:8、二次カテゴリー:50）による検索も可能であるが、表現型の一覧を取得することはできない。　詳細情報の表示にはMIPSのサイトが使用されている。	A list of Arabidopsis Ds transposon inserted mutants with the mutated gene loci and the genomic locations (also categorized in UTR, coding regions, exon or intron). The shapes of the mutants (eight primary categories and 50 secondary categories), but the list of phenotypes cannot be obtained. Detailed information display uses MIPS sites.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/形態	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
	http://pisite.hgc.jp/	PiSITE	PiSITE	タンパク質相互作用部位データベース	Database of Protein interaction SITEs	PDBを利用した蛋白質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベース	PiSITE is a web-based database of protein interaction sites. The PiSITE provides not only information of interaction sites of a protein from single PDB entry, but also information of interaction sites of a protein from multiple PDB entries including similar proteins	対象/相互作用/タンパク質-タンパク質;NAR category/構造データベース/タンパク質構造		国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2010-03-11 17:06:06.633299
12389	http://plaza.umin.ac.jp/~hchang/picsnp/	PicSNP/A Catalog of Non-Synonymous SNP	PicSNP/A Catalog of Non-Synonymous SNP	ヒト非同義置換SNP	Database for human, non-synonymous SNPs	非同義置換SNPを機械的に収集した。　素材はNCBIヒトゲノムドラフト配列のアノテーションで、そのFeatureに記述された遺伝子配列およびSNPをSwissProtと比較して非同義置換SNPを選別している。　該当遺伝子のGOによる分類結果も掲載されている。	Non-synonymous SNPs are collected automatically. The materials are NCBI human draft genome sequences, and the gene sequences and SNPs in the Feature were compared with SwissProt to select non-synonymous SNPs. GO classification of the identified genes are also shown.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	JST SNPポータル	国立大学法人/東京大学/Health Service Center, Department of Internal Medicine	2009-02-17 11:43:23
	http://pig.genomics.org.cn/	Pig genomics infromation system	Pig genomics infromation system			中国とデンマークの共同ゲノムプロジェクトのポータル的なページ。\nゲノム配列とＥＳＴ配列がプロジェクト由来データでゲノムアノテーション的なことをしてる。\n配列データはすべてINSDにあるようです。	It is a portal page of China-Denmark joint genome project. Genome sequences and EST sequences are generated from the project, and they make annotation on the. They say that all the data is on INSD.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ブタ			2009-02-17 11:43:23
	http://plantrepeats.plantbiology.msu.edu/index.html	Plant Repeat Databases				植物ゲノムの反復配列データベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 16:07:36.676411
617	http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home	Plant snoRNA DB	Plant snoRNA DB				snoRNA genes in plant species	対象/RNA	MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;wing		2009-02-17 11:43:23
	http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/	PolymiRTS		miRSNP Database		推定上のmiRNAターゲット部位における変異のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 14:43:35.959876
12132	http://www002.upp.so-net.ne.jp/kyama-Q/index.html	Polymorphism of Microsatellite Marker Loci in the Japanese P	Polymorphism of Microsatellite Marker Loci in the Japanese P	ヒトマイクロサテライト多型	Human microsatellite polymorphism	日本人におけるマイクロサテライトマーカーのヘテロ接合度を調べた。　対象となるマーカーは、de CODE Genetics 2002 (Kong A etal. Nat. Genet. 2002) より得ている。	Heterozygosity of microsatellite markers in Japanese populations. Targeted markers are from deCODE Genetics 2002 (Kong A et al. Nat. Genet. 2002)	DB型/プロジェクト;対象/DNA/多型	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/九州大学/生体防御医学研究所	2009-02-17 11:43:23
12330	http://omicspace.riken.jp/PosMed/	PosMed (Positional MEDLINE)	PosMed (Positional MEDLINE)	ポジショナルクローニング支援用論文検索ツール	Tool that assists the search of literature on positional cloning	任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力するサービスを提供する。　最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースから全文検索する。　次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けを行う。（このとき染色体上領域が限定されている場合は、それに該当する範囲のヒットのみ対象となる）　さらに、OmicsSpace中の生体内相互作用の情報を参照してキー遺伝子に関連する遺伝子を探索し、それに対応する情報（オリジナル論文を含む）も出力する。　詳細情報の表示にはOmicBrowseを使用する。	It provides a service in which from given keywords, corresponding genes, chromosomal regions, and biological interactions are searched, inferred, and output, with the original articles. First, specified keywords are full-text searched from literature databases such as MEDLINE. Then, genes and symbols that appear in the hit documents with significant specificity are extracted, statistically tested, and rank ordered. In this, in case chromosomal regions are specified, only the hits in corresponding regions are targeted. In addition, Genes related to the key genes are searched for by referring to biological interaction information in OmicSpace, and the corresponding information (including original articles) are output. Detailed information display uses OmicBrowse.	DB型/解析サービス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
12431	http://pre-s.protein.osaka-u.ac.jp/~preds/	PreDs	PreDs						ゲノム特定	国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所/蛋白質情報科学研究系	2009-02-17 11:43:23
869	http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php	ProDom	ProDom	タンパク質ドメイン／ファミリー	Database for protein domain families	既知のアミノ酸配列を機械的に分類し、ドメインを抽出して構築したデータベース。　SWISS-PROT, trEMBLを素材にPSI-BLASTを用いてファミリー分類を行う。　各ファミリーでマルチプルアラインメントを行ってドメインを探索する。　全アミノ酸配列を用いたProDom、決定済みゲノム由来のアミノ酸配列のみを用いたProDom-CGがある。	A database of extracted domains from algorithmically classified known amino acid sequences. Family classification was conducted based on SWISS-PROT and treEMBL and using PSI-BLAST. Domains were explored through multiple alignments in each family. The database contains ProDom based on all the amino acid sequences and ProDom-CG based only on amino acid sequences that derived from completed genomes.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/配列	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;The Bio Netbook;wing	フランス/INRA and CNRS	2009-07-24 10:15:42.947992
12140	http://promode.socs.waseda.ac.jp	ProMode	ProMode			様々なタンパク質の基準振動モードによる揺らぎを計算により求めた。その結果はアニメーションにより参照できる。	Fluctuations under normal vibration mode of various proteins have been calculated. The results are shown in animations.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	文科省;ゲノム特定	私立大学/早稲田大/社会科学部	2009-02-17 11:43:23
650	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/pronit/pronit.html	ProNIT	ProNIT	タンパク質−核酸間の熱力学的相互作用の知識モデル	Knowledge model ?of thermodynamic interactions between  proteins and nucleic acids	タンパク質－核酸間の実験的に決定された熱力学的相互作用を収集したデータベース。　タンパク質側情報、核酸側情報、文献情報、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が収集されている。	A database of thermodynamical interactions between proteins and nucleic acids that have been experimentally decided.	DB型/知識モデル;対象/相互作用;対象/相互作用/核酸-タンパク	MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog	国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 10:59:15.073767
657	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/Protherm/protherm.html	ProTherm	ProTherm	タンパク質の熱力学的パラメータの辞書	Dictionary of  thermodynamic parameters of proteins	野生型および変異型のタンパク質について、熱力学的パラメータを中心に、2次構造、接触可能性、実験条件、手法、活性を収集したデータベース。　収集されるパラメータはGibbs自由エネルギー、エンタルピー変化、熱容量変化、相転移温度。	A database of thermodynamics in wild type and mutated proteins mainly focusing on thermodynamics parameters, as well as secondary structures, contactability, experimental conditions, methods, and protein activity. Parameters included are Gibbs free energy, enthalpy changes, heat capacity changes, and phase transition temperature.	DB型/知識モデル;対象/タンパク質/立体構造	MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog	国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 10:59:39.661318
	http://gibk21.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html	PrognoScan	PrognoScan	遺伝子発現と癌患者予後の関連の横断検索データベース		遺伝子発現と癌患者予後の関連を横断検索するためのデータベース。\n１）臨床情報の付随した癌発現プロファイルデータの網羅的なコレクション、および２）minimum P-value approachを用いた遺伝子発現に基づく生存解析ツール、\nの２つの特徴を持つ。\n開発機関：九州工業大学		DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/医学/病気,ガン			2011-06-20 11:31:11.433532
	http://www.ncrna.org/custom-tracks	Project Specific Custom Tracks	Project Specific Custom Tracks			miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベース\n開発元：産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ラット;生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ;対象/RNA;対象/RNA/miRNA			2009-07-14 15:05:40.575513
647	http://delphi.phys.univ-tours.fr/Prolysis	Prolysis	Prolysis	プロテアーゼの辞典	Dictionary of protease and protease inhibitors	プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤を収集したデータベース。　プロテアーゼの生化学的特性、立体構造、阻害剤の構造と特性を収録。　入力アミノ酸配列より、プロテアーゼ切断部位を検索するツールあり。	It is a database of proteases and protease inhibitors. It contains biochemical properties, and 3D structures of the proteases and the inhibitor structures and characteristics. It provides a tool to search for protease digesting positions from input amino acid sequences,	DB型/辞典;対象/タンパク質/機能	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook	フランス/Universite Francois Rabelais, Tours	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proteinclusters	Protein Clusters	Protein Clusters	タンパク質クラスタのデータベース	a collection of related protein sequences	RefSeqに登録されているデータをBLASTを使った配列相同性に基づいてクラスタリングし、各クラスターごとにまとめたデータベース。エントリー中のそれぞれのタンパク質には系統や機能、ゲノム情報の位置などのアノテーションが付加されている。	This collection of related protein sequences (clusters) consists of Reference Sequence proteins encoded by complete genomes. This database contains both curated and non-curated clusters.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/配列;対象/タンパク質/機能	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 16:18:38.007078
11370	http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/cgi-bin/PIPS.cgi	Protein Interaction Prediction Server (PIPS)	Protein Interaction Prediction Server (PIPS)					DB型/解析サービス	文科省;ゲノム特定;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所	2009-02-17 11:43:23
629	http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/~pmd/pmd-j.html	Protein Mutant Database (PMD)	PMD	タンパク質変異の総説（論文集）	Overview of protein mutant data (complied from the literature)	タンパク質の変異について記載された論文を収集したデータベース。　論文情報として、著者、雑誌およびページ、タイトル、PubMedIDが、該当タンパク質の情報として、概要、生物種、N末配列、変異位置とパターン、Swiss-Prot, PIR, PDBへのリンクが掲載されている。	A literature database of protein mutations. Literature information includes authors, journals and the pages, abstracts, organism species, Nitrate end sequences, mutation locations and the patterns, links to Swiss-prot, PIR, and PDB.	DB型/辞典;対象/タンパク質/変異	DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;文科省;NAR catalog;wing	共同利用研究機関/遺伝研/DDBJ	2009-08-20 11:07:21.202118
661	http://www.pseudomonas.com	PseudoCAP	PseudoCAP			緑膿菌ゲノムデータベース	Pseudomonas aeruginosa genome database and community annotation project	生物種/真正細菌超生物界	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-08-03 13:54:03.306163
	http://www.pseudogene.org/	Pseudogene.org	Pseudogene.org	偽遺伝子データベース		真核生物および原核生物の偽遺伝子データベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 14:51:24.381262
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcassay	PubChem Bio Assay	PubChem Bio Assay	低分子化合物の生物学的なスクリーニングデータのデータベース	Bioactivity screens of chemical substances	bio assayのデータを集めたデータベース。PubChemデータベースに登録されている低分子化合物を使った生理活性のスクリーニングデータ(プロトコルや結果のデータテーブルなど)を見ることができる。	The PubChem BioAssay Database contains bioactivity screens of chemical substances described in PubChem Substance. It provides searchable descriptions of each bioassay, including descriptions of the conditions and readouts specific to that screening procedure.	DB型/データバンク;対象/低分子化合物	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 12:56:45.579419
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound	PubChem Compound	PubChem Compound	ユニークな低分子化合物の構造データベース	Unique small moluecular chemical structures	「化合物」に関するデータベース。\n既知の低分子化合物について化合物別に特性(化学的性質や構造情報、薬理飯能など)をまとめている。ここに載っている情報を元にPubChem Substanceに投稿された化学物質がアノテーションされる	The PubChem Compounds Database contains validated chemical depiction information provided to describe substances in PubChem Substance.\nStructures stored within PubChem Compounds are pre-clustered and cross-referenced by identity and similarity groups. Additionally, calculated properties and descriptors are available for searching and filtering of chemical structures.		NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 15:46:12.783238
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance	PubChem Substance	PubChem Substance	低分子の化学物質に関するデータベース	deposited chemical substance records	「物質」に関するデータベース\n低分子化合物の情報を掲載している。投稿された物質に関する構造や薬、代謝反応、文献などの情報をまとめて見ることができる。	The PubChem Substances Database contains descriptions of chemical samples, from a variety of sources, and links to PubMed citations, protein 3D structures, and biological screening results that are available in PubChem BioAssay.\nIf the contents of a chemical sample are known, the description includes links to PubChem Compound.	DB型/データバンク;対象/低分子化合物/代謝産物;対象/低分子化合物/薬物	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 15:49:34.720169
11389	http://rarge.gsc.riken.jp/cdna/cdna.pl	RAFL cDNAs	RAFL cDNAs	シロイヌナズナ全長cDNA配列	Arabidopsis full-length cDNA	シロイヌナズナ全長cDNA配列とそのBLASTXアノテーションを掲載している。　RARGEの一部。	A database of Arabidopsis full-length cDNA sequences and the BLASTX annotation. A part of RARGE.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ	2009-02-17 11:43:23
671	http://rapdb.dna.affrc.go.jp/	RAP-DB	Rice Annotation Project DataBase (RAP-DB)	イネゲノム／遺伝子の注釈書	Database for rice genome/annotation	イネゲノム上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、転写産物（イネの他、複数種の植物ESTを含む）、BAC、マーカー、変異株情報をマップしたデータベース。	A database of rice genome on which genes (including predictions), transcripts (including several plant ESTs other than the rice), BAC, and mutant information are mapped.	DB型/注釈;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/アノテーション	DDBJ;農水省;MetaDB;NAR catalog;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-29 21:29:48.910126
	http://rapid.rcai.riken.jp/RAPID	RAPID	RAPID	アジア人原発性免疫不全症リソース	Resource of Asian Primary Immunodeficiency Diseases	アジア諸国の主要な免疫不全病における分子改変の抄録	Resource of Asian Primary Immunodeficiency Diseases (RAPID) is a web-based compendium of molecular alterations in primary immunodeficiency diseases.	対象/医学/病気,ガン;対象/DNA/配列;NAR category/ヒト遺伝子と疾患/遺伝子, システム, 疾患特異的データベース		独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/免疫・アレルギー科学総合研究センター	2010-03-12 14:46:08.566551
672	http://rarge.gsc.riken.jp	RARGE	RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia	シロイヌナズナ研究ポータルサイト	Portal site for Arabidopsis research	理研で行われているシロイヌナズナ研究に関連するデータおよびリソースの検索サイト。　全長cDNA、マイクロアレイ実験結果、トランスポゾン変異株、遺伝子のゲノム上の位置とスプライスパターンが登録されている。	A Web site to make searches in data and resources related to Arabidopsis researches in RIKEN. Full-length cDNA, microarray analyses, transposon mutants, genomic locations of the genes, and splicing patterns are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ	DDBJ;MetaDB;文科省;NAR catalog	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-03-05 23:50:39.922247
11386	http://rarge.gsc.riken.go.jp/dsmutant/index.pl	RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース	RARGE [Ac/Ds Transposon Mutants]	シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株	Arabidopsis transposon mutant strains	シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の挿入位置とその近傍遺伝子。　RARGEの一部。	A database of insertion positions and the adjacent genes of Arabidopsis transposon mutants. A part of RARGE.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省;ゲノム特定	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-03-05 23:49:40.066737
	http://rarge.gsc.riken.go.jp/	RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia		シロイヌナズナcDNA,トランスポゾン,マイクロアレイデータベース		シロイヌナズナ統合データベース。BLAST, Full-length cDNAs, Transposon Mutants, Microarray, Genome Map, Alternative Splicing, Transcription Factor (RARTF), Phenotypic information in transposon mutants     (RAPID), Phenotypic information of nuclear-encoded chloroplast proteinsへアクセスできる。		対象/DNA/配列			2009-08-21 15:56:09.89839
11419	http://READ.gsc.riken.go.jp	READ	READ				Riken Expression Array Database		文科省;旧ゲノム特定	私立大学/埼玉医科大/ゲノム医学研究センターゲノム科学部門	2009-02-17 11:43:23
677	http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html	REBASE	REBASE	制限酵素辞書	Dictionary of restriction enzymes	制限酵素、DNAメチルトランスフェラーゼ、および制限サイト修飾関連タンパク質のデータベース。　酵素の配列、立体構造、ソース、認識／切断配列、類似の酵素、メチレーション感受性、商業的な入手先の記述がある。　WWWの他、一括ダウンロードも可能。	A database of restriction enzymes, DNA methyltransferases, and proteins related to modification of restriction sites. It contains Enzyme sequences, 3D structures, sources, recognition/cutting sequences, similar enzymes, methylation susceptibility, and commercial distribution sites. The database is accessible with WWW, and is downloadable.	DB型/知識モデル;対象/タンパク質/機能	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;DDBJ;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook	イギリス/New England Biolabs, Inc.,	2009-02-17 11:43:23
	http://recode.genetics.utah.edu/	RECODE	RECODE		The database of the translational recoding events			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 14:58:49.80024
11488	http://bank.dna.affrc.go.jp/~qxrice/hiho	RGP Rice cDNA Sequence Database	RGP Rice cDNA Sequence Database	イネEST	ESTs of rice	NIASで配列決定したESTとそのクラスタリング結果が掲載されている。	The database contains ESTs sequenced in NIAS and the clustering analyses.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-03-05 23:44:14.793381
685	http://corba.ebi.ac.uk/RHdb	RHdb	RHdb				Radiation hybrid map data		DBcatalog;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://www.riken.jp/SPD/index.html	RIKEN -Chemical Genetics Laboratory						生物種/菌界			2009-08-21 15:18:22.707364
	https://database.riken.jp/sw/view#CRIB00108U000001	RIKEN Harima Heavy-atom Database [Data]		HATODAS Data		Heavy-atom Database System (HATODAS) http://hatodas.harima.riken.go.jp/ の基となった実験データ500件を、理研生命情報基盤研究部門の公開基盤「理研サイネス」内で公開したデータベース。		対象/タンパク質/結晶構造解析			2009-08-20 11:38:03.301996
	https://database.riken.jp/sw/view	RIKEN SciNeS - RIKEN Hub Database		理化学研究所総合データベース		国際標準に準拠したセマンティックウェブ方式でデータベースを構築することができる共通基盤システム\n大規模なデータを共同研究の中で利用するための様々なデータベース間連携機能を持つ\n研究者がデータを発表し、他の研究者とセキュアな情報共有を行うことが可能なバーチャルラボの構築\n理研の様々な成果を閲覧できる		DB型/プロジェクト;対象/アノテーション			2009-08-21 15:03:29.533951
11489	http://cdna01.dna.affrc.go.jp/RMOS	RMOS	Rice Microarray Opening Site (RMOS)	Rice Microarray Opening Site		イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。(AgriTogoより引用)		DB型/プロジェクト;DB型/辞典;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 18:25:47.002629
	http://www.ncrna.org/rna-bibliography	RNA Bibliography	RNA Bibliography			RNAに関する文献データベース\n開発元：産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター		対象/RNA;対象/文献			2009-07-14 15:11:08.629036
692	http://medlib.med.utah.edu/RNAmods	RNA Modification Database	RNA Modification Database				Naturally modified nucleosides in RNA	対象/RNA	Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
694	http://www.rnabase.org	RNABase	RNABase				RNA-containing structures from PDB and NDB	対象/RNA	MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
900	http://medstat.med.utah.edu/RNAmods	RNAmod db	RNAmod db				RNA modification db	対象/RNA	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
12163	http://www.kazusa.or.jp/rouge/index.html	ROUGE	ROUGE	マウス未同定長鎖cDNA配列／アノテーション	cDNA of mouse, unidentified gene-encoded large proteins?/annotation	かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたクローン(mKIAA/mFLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。　HUGEのマウス版。	A database of cDNA clones (mKIAA/mFLJ) and the analyses from Kazusa mouse cDNA project. A mouse version of HUGE database.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/DNA/配列	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-02-17 11:43:23
702	http://ribosome.miyazaki-med.ac.jp	RPG	RPG	リボソームタンパク質遺伝子	Ribosomal protein gene database	リボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベース。　各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、および、オルソロググループごとのマルチプルアラインメントが掲載されている。　ヒトデータはプロジェクトで取得。　その他の種のデータは公開DBより取得。	A database of genes encoding ribosomal proteins. It contains nucleic acid sequences, amino acid sequences, gene structures, orthologs for the genes, as well as multiple alignments for each orthologous group. Human data were obtained in a project. Other species data were obtained from public databases.	DB型/プロジェクト;対象/DNA/配列	MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog	国立大学法人/宮崎大学	2009-02-17 11:43:23
	http://rpop.psc.riken.jp/index.pl	RPOP:RIKEN Populus Data Base		ポプラEST配列のアノテーション		10種のPopulusの完全長cDNAから得られたESTを掲載している。ゲノム上にマップされたものの取得や、blast検索が可能		DB型/プロジェクト			2010-03-08 19:19:36.469195
11491	http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/	RPSD	RPSD	イネ蛋白質構造データベース	Rice Protein Structure Databace	イネタンパク質の構造を収集したデータベースで、PDB由来の立体構造と、GTOP由来の予測構造からなる。	A database that collected rice protein structures. The data consists of 3D-structures derived from PDB and predicted structures from GTOP.	DB型/プログラム;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/タンパク質/立体構造	農水省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-29 21:32:40.848258
11463	http://riodb.ibase.aist.go.jp/db055/	Rat Brain Sections: Super-fine images	Rat Brain Sections: Super-fine images	ラットの脳の断面画像	Cross-sectional images of rat brain	ラットの脳の横断面切片、前後方向断面の画像が掲載されている。　画像表示にはViewpoint Media Playerが必要で、マウス操作によるスクロール、拡大縮小が可能である。	The database contains images of transverse and sagittal sections of rat brains. To display the images, Viewpoint Media Player is required.  Scrolling and expansion/reduction is possible using the mouse.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ラット;対象/形態	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFU	2009-02-17 11:43:23
673	http://rgd.mcw.edu	Rat Genome Database (RGD)	Rat Genome Database (RGD)	ラットゲノム／アノテーション	Database for rat genome/annotation	ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。　マップ（遺伝子、RH）、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統（株）、配列が登録されている。　疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。	A rat genome and gene information database. Maps (gene and RH), genes, QTL, SSLP, EST/cDNA, strains, and sequences are registered. A separate user interface makes comparisons between rat, mouse and human from a diseases point of view.	DB型/プロジェクト;DB型/データバンク;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ラット;対象/アノテーション	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Medical College of Wisconsin	2009-08-20 18:01:56.908129
676	http://www.reactome.org/	Reactome	Reactome				A database of metabolic and signaling pathways		bioiformatik;Computational Molecular Biology at NIH;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing;EBI/Databases at the EBI		2009-08-22 16:57:32.459875
12332	http://refdic.rcai.riken.jp/welcome.cgi	RefDIC (Reference Database of Immune Cells)	RefDIC (Reference Database of Immune Cells)						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
681	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq	RefSeq	RefSeq				Reference sequence standards for genomes, genes, transcripts, andproteins		Genexpress;MetaDB;NAR catalog;wing		2009-02-17 11:43:23
	http://regtransbase.lbl.gov/cgi-bin/regtransbase?page=main	RegTransBase		原核生物の制御性相互作用データベース		原核生物における制御性の相互作用と、転写因子結合領域のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 15:20:05.952258
	http://www.retroryza.org/	RetrOryza				イネのLTR型レトロトランスポゾンのデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 15:31:53.325085
684	http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam	Rfam	Rfam				Non-coding RNA families		Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
1169	http://genome.kazusa.or.jp/rhizobase/	RhizoBase	RhizoBase	根粒菌ゲノム／アノテーション	Genome database for Rhizobia with annotation	根粒菌、光合成細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。　ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリが登録されている。	Rhizobia and photosynthesis bacterium (Rhodopseudomonas palstris) genomes database. Genome sequences, ORF information, genes and the gene categories are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列;対象/DNA/ゲノム	bioiformatik;ExPASy;経産省;wing	公益法人/かずさDNA研究所	2010-02-24 12:05:48.537458
12402	http://www.rhodococcus.ca/index.jsp	Rhodococcus Genome Project	Rhodococcus Genome Project					生物種/真正細菌超生物界	ゲノム特定	国立大学法人/東北大学/大学院生命科学研究科	2009-02-17 11:43:23
687	http://rdp.cme.msu.edu	Ribosomal Database Project (RDP-II)	Ribosomal Database Project (RDP-II)	rRNA配列	Database for rRNA sequences	既知のrRNA配列をGenBankより収集したデータベース。　同時に提供されているアラインメントは配列と２次構造の両方を考慮する独自のアルゴリズムで構築されている。　生物種分類の階層をベースにエントリを整理したブラウザあり。	A database of known rRNA sequences from GenBank. Alignments that are also provided have been constructed with original algorithms the take into account sequences and secondary structures at the same time.  The database has a browser that organized the entries based taxonomical hierarchies.	DB型/プログラム;対象/RNA	Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog	アメリカ/Michigan State University	2009-03-05 22:43:41.922499
11483	http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad	Rice Annotation Database (RAD)	Rice Annotation Database (RAD)	イネゲノム／遺伝子の注釈書	Database of rice, genome/annotation	イネPAC/PACコンティグ上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、イネ転写産物をマップしたデータベース。　スプライスサイトパターン、アミノ酸頻度、コドン使用頻度、遺伝子長、GOアノテーション、MIPS機能分類の集計が掲載されている。	A database of rice genes (including predicted genes) and transcripts that are mapped on rice PAC/PAC contigs. The database contains summarized tables of spliced site patterns, amino acid compositions, codon usage compositions, gene length, GO annotations, and MIPS functional classification.	DB型/注釈;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/アノテーション	農水省;MetaDB;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-02-17 11:43:23
11487	http://cdna02.dna.affrc.go.jp/RED/	Rice Expression Database (RED)	Rice Expression Database (RED)	イネマイクロアレイ遺伝子発現	Microarray gene expression of rice	イネcDNAマイクロアレイを用いて計測した遺伝子発現データが掲載されている。　NIAS, STAFF由来のデータの他、同マイクロアレイを用いて別プロジェクトで行った結果も含まれている。　DBの論文はTrends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564	Gene expression data analyzed with rice cDNA mircoarrays are registered. The database contains NIAS and STAFF-derived data, as well as analyses in other projects using the same microarrays. The article for the database is Trends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	農水省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-30 15:15:46.275433
11482	http://ricegaas.dna.affrc.go.jp	Rice Genome Automated Annotation System (Rice GAAS)	Rice Genome Automated Annotation System (Rice GAAS)	イネゲノム自動アノテーション	Automatically annotated rice genome	イネゲノムに対して機械的アノテーションを行い、結果を収集したデータベース。　遺伝子予測(GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF)、スプライスサイト予測(SplicePredictor)、相同性検索(BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF)、tRNA遺伝子予測(tRNAscan-SE)、リピート配列探索(RepeatMasker, Printrepeats)、シグナル配列探索(SignalScan)、タンパク局在化シグナル予測(PSORT)、膜タンパク2次構造予測(SOSUI)の結果が掲載されている。	A database of algorithmic annotations on rice genomes. They contain Gene prediction (GENESCAN, RiceHMM, FGENESH, and MZEF), splicing site prediction (SplicePredictor), homology searches (BLAST, HMMer, ProfileScan, and MOTIF), repetitive sequence searches (RepeatMasker, Printrepeats), signal sequence search (SignalScan), protein localization signal prediction (PSORT), and transmembrane protein secondary structure prediction (SOSUI).	DB型/プログラム;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/アノテーション	農水省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-02-17 11:43:23
11490	http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp	Rice Mitochondrial Genome Information (RMG)	Rice Mitochondrial Genome Information (RMG)			2002年に全配列が解読されたイネのミトコンドリアゲノムに関するデータベース。		DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/DNA/配列	農水省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-08-31 13:43:29.018771
688	http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE/index_ja.html	Rice PIPELINE	Rice PIPELINE	イネゲノム機能解析統合ツール		複数のイネ関連データベース(KOME、RED等)を統合し、各データベースの情報を検索できるようにしたシステムです。 お手持ちの配列による各データベースの配列検索(BLAST)やIDによる検索ができ、グラフィカルな検索結果からリンクによる各データベースの参照を可能としています。(AgriTogoより引用)		DB型/プログラム;DB型/解析サービス	農水省;MetaDB;NAR catalog	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 18:17:47.385163
11484	http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/	Rice Proteome Database	Rice Proteome Database	イネプロテオーム	Database of rice proteome	イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース。　プロテオーム解析のプロトコルが掲載されている。	A database that collected spots of 2D gel electrophoresis targeted to rice tissues and organelles. Protocols of proteomic analyses are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/タンパク質/プロテオーム	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2009-03-05 23:44:28.779966
11495	http://ineweb.narcc.affrc.go.jp	Rice Research	Rice Research					DB型/知識モデル;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業・食品産業技術総合研究機構	2009-02-17 11:43:23
	http://agri-trait.dna.affrc.go.jp/	Rice TOGO Browser		イネ統合ブラウザ		農林水産生物ゲノム情報統合データベースの情報をグラフィカルに表示するシステムです。 イネゲノムのアノテーション情報、配列情報、物理・連鎖地図情報をグラフィカルなビューアにより参照できます。 (AgriTogoから引用)		生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	農水省		2010-06-29 19:52:43.86337
11486	http://tos.nias.affrc.go.jp	Rice Tos17 Insertion Mutant Database	Rice Tos17 Insertion Mutant Database	イネトランスポゾン遺伝子破壊株一覧	rice, transposon gene disruption mutant strain, strain list	イネの遺伝子破壊系統を内在性トランスポゾン(Tos17)を転移させて作成し、それをリソースとして配布している。　変異株検索のために、トランスポゾンに隣接する塩基配列を持つ。	Rice strains with disrupted genes are produced by transferring endogenous transposons (Tos17) and are distributed as resources. The database contains flanking DNA sequences to the transposons.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	農水省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2011-09-28 12:00:43.032975
	http://science-net.kahaku.go.jp/	S-net		サイエンスミュージアムネット		全国の科学系博物館の情報や、自然史系の標本に関する情報を検索できるポータルサイト\n開発元：国立科学博物館		DB型/カタログ			2009-07-15 11:19:27.589309
1079	http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_pombe	S.pombe genome project	S.pombe genome project	酵母ゲノム／アノテーション	Database for yeast genome/annotation	Sanger Instituteで行われた分裂酵母ゲノムプロジェクトで生成したデータを掲載したデータベース。　ゲノム配列とそのアノテーション、GOアノテーション、クローンライブラリ、マッピング用リソース（tiling path、遺伝地図、物理地図）が掲載されている。	A database containing data from a fission yeast genome project at Sanger Institute. Genome sequences and the annotation, GO annotation, clone libraries, mapping resources (tiling path, gene map, physical map) are contained.	DB型/プロジェクト;生物種/菌界/酵母;対象/アノテーション	bioiformatik;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;wing	イギリス/Sanger Institute	2009-02-17 11:43:23
	http://smartdb.bioinf.med.uni-goettingen.de/	S/MARt DB		The S/MAR transaction Database		足場/マトリックス付着領域および核マトリックスタンパクのデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 15:45:30.273267
12381	http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre/SABRE0101.cgi	SABRE(セイバー)	Systematic consolidation of Arabidopsis and other Botanical REsource	植物遺伝子実験材料の串刺しデータベース		BLASTアルゴリズムを用い、シロイヌナズナ、ポプラ、ヒメツリガネゴケ、タバコ培養細胞、キャッサバの遺伝子データベースを用い、類似遺伝子の関連付けやシロイヌナズナデータベースのTAIRを含めた検索を行う事ができる。			理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2010-11-22 10:40:58.250617
711	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE	SAGEmap	SAGEmap				NCBI&apos;s resource for SAGE data from various organisms		Entrez Databases;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
	http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/	SALAD Database	SALAD Database			ゲノム内・ゲノム間で進化上保存された様々なアミノ酸配列(モチーフ)を期待値最大化法(MEME)で抽出し、その抽出モチーフの類似性・組み合わせでアノテーションを分類した比較ゲノムデータベース\n開発元：農業生物資源研究所		対象/タンパク質/配列	農水省		2009-07-15 15:59:05.704269
12130	http://www.lsbm.org/database/index.html#	SBMデータベース（Systems Biology and Medicine Database）	SBM Database（Systems Biology and Medicine Database）	ヒト組織・細胞の遺伝子発現	Database of  gene expression profiles in human tissues and organs	「RefExA」は、ヒト正常組織、正常細胞、ガン細胞の様々な株について遺伝子発現を解析した結果が収録されている。　「LSBM GeNet」は、各種疾病状態の細胞、薬剤投与細胞の遺伝子発現解析結果が収録されている。　「HUVEC DB」は、HUVEC（ヒト血管内皮細胞）にTNF-alphaなどの刺激を与えた際の遺伝子発現変化を解析した結果が収録されている。　いずれも遺伝子発現はGeneChipを用いて解析されている。	RefExA registers gene expression of human normal tissues, normal cells, and various cancer cell lines. LSBM GeNet registers gene expression analyses of cells in various pathological states and in drug administration. HUVEC DB registers gene expression changes of HUVEC after stimuli such as TNF-alpha. All the gene expression has been analyzed with GeneChip.	DB型/プロジェクト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	文科省	国立大学法人/東京大学/RCASTシステム生物医学ラボラトリー	2009-03-05 23:44:56.364555
715	http://yeast.gi.k.u-tokyo.ac.jp	SCMD - Saccharomyces cerevisiae Morphological Database	SCMD - Saccharomyces cerevisiae Morphological Database	出芽酵母変異株の形態	Micrographs of the morphology of budding yeast mutants	出芽酵母の変異株の形態（出芽の状態）を分類したデータベース。　形態写真からの特徴抽出およびその分類は計算機的に行われている。	A database that classified the morphology of mutants (budding states) of budding yeasts. Feature extraction from the morphology photographs and the classification were conducted computationally.	DB型/プロジェクト;生物種/菌界/酵母;対象/形態;対象/遺伝子発現	ExPASy;MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;wing	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
716	http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/	SCOP - Structural Classification Of Proteins	SCOP - Structural Classification Of Proteins	タンパク質立体構造の分類注釈書	Annotation and classification of protein 3D structure	立体構造既知のタンパク質を、そこに含まれるドメインの進化的および構造上の関連性から階層的に分類したデータベース。分類は専門家が手動で行っている。	A database that hierarchically classified proteins with known 3D structures from the viewpoint of evolutional and structural relationships between the domains. Specialists make the classification manually.	DB型/注釈;対象/タンパク質/立体構造	bioiformatik;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing	イギリス/The Medical Research Council (MRC)	2009-09-02 15:43:03.544664
	http://www.ffpri.affrc.go.jp/labs/cjgenome/indexj.html	SGD	SGD	スギゲノムデータベース	Sugi Genome Database	スギ（Cryptomeria japonica ）とヒノキ（Chamaecyparis obtusa ）の遺伝子の部分塩基配列（EST）、DNAマーカー、遺伝連鎖地図、遺伝的多様性などに関する情報を提供 (ウェブサイトより引用）		DB型/プロジェクト	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/森林総合研究所	2010-06-17 17:46:03.414748
729	http://www.yeastgenome.org	SGD - Saccharomyces Genome Database	SGD - Saccharomyces Genome Database	酵母ゲノム／アノテーション	Database for baker’s or budding yeast genome/annotation	出芽酵母の分子生物学的、遺伝学的データを収集し、「遺伝子」を基準に整理したデータベース。　アノテーションの多くは、文献からの手動の情報抽出に依存している。　遺伝子のゲノム上の位置、GOアノテーション、核酸／アミノ酸配列、表現型、発現データなどが登録されている。	A gene-based database of the molecular biological and genetic data of budding yeasts. Most of the annotations rely on manual information extraction from literature. Genomic locations of the genes, GO annotations, sequences for nucleic acids and amino acids, phenotypes, and expression data are registered.	DB型/プロジェクト;DB型/データバンク;生物種/菌界/酵母;対象/アノテーション	Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;wing	アメリカ/Stanford Univ.	2009-02-17 11:43:23
	http://sideeffects.embl.de/	SIDER Side Effect Resource	SIDER Side Effect Resource	薬剤の副作用情報データベース		薬剤の副作用情報を文献空のテキストマイニングによってデータベース構築している。薬剤別、副作用別に検索することができる		DB型/知識モデル;対象/低分子化合物/薬物			2010-07-02 16:09:59.987041
740	http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~sloop	SLoop	SLoop				Classification of protein loops		bioiformatik;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
742	http://smart.embl-heidelberg.de	SMART	SMART	タンパク質ドメインモデルの注釈書	Annotation of protein domain models	タンパク質のドメインを表すモデルを手動で構築し、それを収集したデータベース。　シグナル伝達、細胞外、クロマチン関連タンパク質ドメインファミリーが登録されている。　各ドメインの系統的分布範囲、機能クラス、立体構造、機能的に重要な残基の情報が併せて登録されている。　Normal SMARTは、SWISS-PROT, trEMBL, Ensembl proteome （安定版）を素材にしたデータベース。　GenomicSMARTは、全長が決定されたゲノムに由来するタンパクのみを素材にしたデータベース。	A database of manually constructed protein domain models. Domain families for signal transduction, extracellular, and chromatin-related families are registered. The database contains phylogenetical distribution, functional classes, 3D structures, and functionally important residues of the domains. Normal SMART is built upon SWISS-PROT, trEMBL, and Ensembl proteome (stable version). GenomicSMART is built upon proteins derived from completely sequenced genomes.	DB型/注釈;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	ドイツ/EMBL	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/	SNP		Entrez SNP		１〜数塩基の置換、挿入/欠失や反復等の多型情報データベース。収録されているデータはdbSNPと共通だが、Entrez との連携により様々な検索が可能となっている。		DB型/データバンク;対象/DNA/多型	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 16:56:52.860016
	http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~ino/cgi-bin/SNPSTRdatabase.html	SNPSTR		SNPとマイクロサテライトの組からなるデータベース		ヒト、マウス、ラット、イヌ、ニワトリにおけるSNPとマイクロサテライトの組(SNPSTR)からなるデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 15:52:46.037822
	http://www.snpedia.com/	SNPedia	SNPedia	SNPedia	SNPedia		SNPedia shares information about the effects of variations in DNA, citing peer-reviewed scientific publications.	対象/DNA/多型			2009-07-29 13:35:49.507708
	http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/index.html	SNPデータベース(日本人の標準的SNP頻度情報)		日本人の一塩基多型データベース		東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターと科学技術振興機構との共同プロジェクトとして実施されたSNP探索プロジェクトで発見されたSNPをゲノム上にマップし、公開したwebページ		対象/DNA/多型			2009-08-21 22:52:40.542843
12445	http://www.ontology.jp/SPARK/	SPARK,シグナル伝達ネットワークデータベース							旧ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
753	http://rnp.uthct.edu/rnp/SRPDB/SRPDB.html	SRPDB	SRPDB				Signal recognition particle RNA, SRP protein, and SRP receptor sequencesand alignments		DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-07-24 11:09:37.249955
2041	http://www.genome.jp/kegg/ssdb	SSDB (Sequence Similarity Database)	SSDB (Sequence Similarity Database)	アミノ酸配列相互の比較結果	Amino acid sequence comparisons	既知のゲノム上のタンパク質コーディング遺伝子について、そのアミノ酸配列を相互に比較した結果を整理したデータベース。	A database of comparative analyses of amino acid sequences of protein coding genes on known genomes.	DB型/プログラム;対象/比較ゲノム	MetaDB;文科省;wing	国立大学法人/京都大学/化研	2009-02-17 11:43:23
755	http://ww2.sanbi.ac.za/Dbases.html	STACK	STACK	ヒトEST自動クラスタリング結果	Automatically clustered human ESTs	ヒトESTおよびmRNAを、発現組織、発生ステージ、関連する病気ごとにカテゴリ分類し、各カテゴリを独自の手法でクラスタリングした結果を納めたデータベース。　Splicing variantの記述あり。　DB構築用システムも公開されている。	A database that categorized human EST and mRNA by the expressed tissues, developmental stages, and related diseases, and made clustering of the sequences in each category in an original method. Description of splicing variants is included. The system to build this database is made available.	DB型/プログラム;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	南アフリカ/The South African National Bioinformatics Institute	2009-02-17 11:43:23
	http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/	STRBase	STRBase		Short Tandem Repeat DNA Internet DataBase	ヒトゲノム中のショートタンデムリピートのデータベース。		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-30 11:07:56.893506
	http://string-db.org/	STRING			functional protein association networks						2010-04-02 18:27:34.5087
11418	http://sayamatcher.sourceforge.jp	SayaMatcher	SayaMatcher					DB型/解析サービス	文科省;旧ゲノム特定	私立大学/埼玉医科大/ゲノム医学研究センター	2009-02-17 11:43:23
12333	http://cgl.riken.go.jp/	Schizosaccharomyces pombe postgenome database	Schizosaccharomyces pombe postgenome database						理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
11908	http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/index.cgi	SilkBase	SilkBase	カイコEST遺伝子発現	EST analysis of silkworm gene expression	カイコESTとそのライブラリ情報、BLASTXによるアノテーションが掲載されている。	Silkworm ESTs and the cDNA library information. Annotation with BLASTX is registered.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/節足動物門/カイコ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	ゲノム特定;wing	国立大学法人/東京大学/大学院農業生命科学研究科	2010-06-30 15:16:45.289801
2942	http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/index-j.html	Silver Project (Ape Genome Sequencing)	Silver Project (Ape Genome Sequencing)	類人猿ゲノム配列／種間比較結果	Genome database for anthropoids/ phylogenetic comparison	チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。	Genome sequences for the chimpanzee and gorilla. Comparison of DNA sequences between human and these anthropoids, and the comparisons based on the DNA sequences that have been sequenced in the Apes Genome Project (Silver) are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類;対象/DNA/配列	DDBJ;文科省	共同利用研究機関/遺伝研/集団遺伝研究部門	2009-08-20 18:09:47.835797
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/9509	Solanum lycopersicum (tomato)		NCBI Genome Project Result - Solanum lycopersicum (tomato)				生物種/植物界/被子植物門/ナス科/トマト			2009-09-11 15:42:46.938079
	http://www.spbase.org/SpBase/	SpBase	SpBase	ウニゲノムデータベース	Sea Urchin Genome Database	ウニや関連する棘皮動物のゲノム情報データベース	SpBase is a system of databases focused on the genomic information from sea urchins and related echinoderms.	生物種/動物界/棘皮動物門;対象/DNA/ゲノム		アメリカ/California Institute of Technology	2010-03-11 16:19:45.085468
1406	http://www.sp2000.org	Species 2000	Species 2000				Project to provide in an electronic form the names and taxonomy of allknown species		ExPASy;MetaDB;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
1178	http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp/	Streptomyces avermitilisゲノムデータベース	Streptomyces avermitilisゲノムデータベース	Streptomyces avermitilisゲノム／アノテーション	Genome of Streptomyces avermitilis (industrial microorganism)/annotation	Streptomyces avermitilis（駆虫薬エバーメクチンを産生する微生物）のゲノム配列およびアノテーションが掲載されている。　物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、２次代謝産物、保存遺伝子、16S rRNAによる系統樹、コスミドクローンのリクエスト方法が記述されている。　論文(PubMed:11572948, 12692562)のsupplementデータ。	A database of Streptomyces avermitilis (a microorganism producing avermectin, an anthelmintic) genome sequences and annotations. It contains physical maps, KEGG pathway analyses, protein families, secondary metabolic products, conserved genes, lineage trees based on 16S rRNA, request methods of cosmid clones. Supplement data for articles (PubMed:11572948, 12692562).	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界;対象/アノテーション;対象/DNA/配列	ExPASy;文科省;ゲノム特定	私立大学/北里大/北里生命科学研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/hakko/genome/	Streptomyces griseusゲノムデータベース	Streptomyces griseus Genome Database	Streptomyces griseusゲノムデータベース	Streptomyces griseus Genome Database	抗結核薬ストレプトマイシンを生産するStreptomyces griseusのゲノム配列データベース		生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列			2009-06-03 14:35:43.596849
763	http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/	SubtiList	SubtiList	枯草菌ゲノム自動アノテーション	Automatic annotation of Bacillus subtilis　(soil bacterium) genome	枯草菌ゲノムに対するアノテーション（遺伝子位置と機能アサインメント、参考文献へのリンク）を登録したデータベース。仏パスツール研究所によって運営されている。	A database of annotation to Bacillus subtilis genome (gene location, functional assignment, and links to references).	DB型/プログラム;生物種/真正細菌超生物界/枯草菌;対象/アノテーション	Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	フランス/Institut Pasteur	2009-08-31 13:37:06.457962
	http://subtiwiki.uni-goettingen.de/	SubtiWiki	SubtiWiki	the Bacillus subtilis centred wiki SubtiWiki	the Bacillus subtilis centred wiki SubtiWiki	グラム陽性菌のモデル生物である枯草菌のゲノムアノテーションを行っているデータベース。wikiを利用していて、ユーザーがアノテーションを行えるようになっている。	Bacillus subtilis is the model organism for Gram-positive bacteria, with a large amount of publications on all aspects of its biology. To facilitate genome annotation and the collection of comprehensive information on B. subtilis, we created SubtiWiki as a community-oriented annotation tool for information retrieval and continuous maintenance. The wiki is focused on the needs and requirements of scientists doing experimental work. This has implications for the design of the interface and for the layout of the individual pages. The pages can be accessed primarily by the gene designations. All pages have a similar flexible structure and provide links to related gene pages in SubtiWiki or to information in the World Wide Web. Each page gives comprehensive information on the gene, the encoded protein or RNA as well as information related to the current investigation of the gene/protein. The wiki has been seeded with information from key publications and from the most relevant general and B. subtilis-specific databases. We think that SubtiWiki might serve as an example for other scientific wikis that are devoted to the genes and proteins of one organism.	DB型/注釈;生物種/真正細菌超生物界/枯草菌;対象/アノテーション;対象/DNA/配列	Oxford Journals/Database		2009-10-13 15:45:29.066765
	http://agp.gene.staff.or.jp/agp/db/linkage/linkage.html	Swine Linkage Map Viewer	Swine Linkage Map Viewer	ブタ連鎖地図		ブタの連鎖解析により得られたマーカ情報を格納したデータベースです。 グラフィカルな連鎖地図ビューアによりマーカの連鎖位置や解析情報を参照できます。(AgriTogoより引用)		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ブタ	農水省		2010-06-29 19:39:19.093929
	http://agp.gene.staff.or.jp/agp/db/marker/marker.html	Swine Marker Viewer	Swine Marker Viewer	ブタマーカービューア		ブタのマーカ情報を格納したデータベースです。 キーワード等の絞り込み検索により、マーカの解析情報を参照できます。 (AgriTogoより引用)		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ブタ	農水省		2010-06-29 19:41:55.657162
12447	http://hp.brs.nihon-u.ac.jp/~projects/genome/STH/	Symbiobacterium thermophilum Genome Project Home	Symbiobacterium thermophilum Genome Project Home			好熱性共生細菌であるSymbiobacterium thermophilumのゲノムデータベース。			旧ゲノム特定	私立大学/日本大/生物資源科学部	2009-08-07 10:05:08.401673
	http://www.ensembl.org/Takifugu_rubripes/Info/Index	T.rubripes - Search Ensembl Fugu				Ensembl内の、フグゲノムに関する検索が行えるページ。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-08-31 14:44:17.546194
	http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/tabr/index-j.html	TABR		熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース				生物種/動物界/節足動物門			2011-01-24 22:11:18.86929
11406	http://www.gene.nagoya-u.ac.jp/~obokata-g/TATA-less-page/TATA-less/TATA-less.html	TATA-less Promoters in Plants	TATA-less Promoters in Plants						文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/名古屋大学/遺伝子実験施設	2009-07-24 11:12:15.668504
2590	http://tbase.jax.org	TBASE, The Transgenic/Targeted Mutation Database	TBASE, The Transgenic/Targeted Mutation Database				Data (published or unpublished) on transgenic animals and targetedmutations (knockouts); current emphasis on murine knockouts		bioiformatik;DBcatalog;Sanger Institute;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://www.riken.jp/THzdatabase/index.html	THz database		THz分光測定データベース		低分子化合物のスペクトルデータを画像ファイルで提供。生データはtxt,pdfでダウンロード可能。ユーザからの投稿も受け付けている。		対象/DNA/配列			2009-08-21 15:37:23.135938
1624	http://www.tigr.org	TIGR	TIGR				The Institute for Genome Research		bioiformatik;DDBJ;ExPASy;Sanger Institute;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://plantta.jcvi.org/	TIGR Plant Transcript Assemblies						NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 16:10:14.654398
802	http://www.tigr.org/TIGRFAMs	TIGRFAMs	TIGRFAMs				Functional identification of proteins		ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
12458	http://tmbeta-genome.cbrc.jp/annotation/	TMBETA-GENOME	TMBETA-GENOME			完全ゲノムのアミノ酸配列にTMBsの離散アルゴリズムを使ったアノテーションを行ったデータベース。			CBRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-10-27 13:23:57.579467
	http://tmbeta-genome.cbrc.jp/TMFunction/	TMFunction	TMFunction	膜タンパク質の機能データベース	Functional Database of Membrane Proteins	TMFunction は膜タンパク質のαへリックスとβバレルの機能とそれに対応する残基のデータベースです。Uniprot、PDB、Pubmedへのリンクを持ちます。		NAR category/タンパク質配列データベース/タンパク質配列モチーフと活性部位		独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2010-03-12 14:33:05.214329
	http://www.proteome.jp/2D/	TMIG-2DPAGE	TMIG-2DPAGE			老化の指標となる蛋白質のデータベース	A database of proteins that are index of aging			その他/東京都老人総合研究所	2009-03-06 01:31:05.594058
2346	http://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB	TMPDB	TMPDB	膜貫通タンパク質知識モデル	Knowledge model ?of transmembrane proteins	実験的に検証されている膜貫通タンパク質が文献を通じて収集され、トポロジーに応じて分類されている。	Experimentally verified transmembrane proteins have been collected from literature and are topologically classified.	DB型/知識モデル;対象/タンパク質/立体構造	MetaDB;文科省;旧ゲノム特定;wing	国立大学法人/弘前大学	2009-02-17 11:43:23
	http://tandem.bu.edu/cgi-bin/trdb/trdb.exe?taskid=7	TRDB		タンデムリピートのデータベース				NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 16:51:01.051735
11398	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/trsig/trsig.html	TRSIG（翻訳シグナルデータベース）	Database on Translational Signals					DB型/知識モデル;対象/DNA/制御領域	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 11:01:36.423802
	http://helios.informatik.uni-freiburg.de/TassDB/	TassDB		タンデムスプライス部位のデータベース	TAndem Splice Site DataBase			NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 16:04:33.654697
788	http://www.arabidopsis.org	The Arabidopsis Information Resource (TAIR)	The Arabidopsis Information Resource (TAIR)	シロイヌナズナゲノム／アノテーション	Database for Arabidopsis genome/annotation	シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、分子生物学的データを収集したデータベース。　注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を含む。	A database of Arabidopsis genome, genes, and molecular biological data. It contains annotated genome, gene products, metabolism, gene expression, markers, strain resource information, and literature information.	DB型/プロジェクト;DB型/データバンク;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/アノテーション	bioiformatik;Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Carnegie Institution of Washington Department of Plant Biolo	2009-03-05 22:25:09.249359
310	http://www.geneontology.org	The Gene Ontology (GO) project in 2006.	The Gene Ontology (GO) project in 2006.	遺伝子オントロジーの知識モデル	Knowledge model ?of gene ontology	遺伝子、遺伝子の産物、配列を記述するのに使用する、構造化されコントロールされた語彙を提供するデータベース。	A database that provide structured and controlled vocabularies to describe the genes, gene products, and the sequences.	DB型/知識モデル;対象/文献	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook;wing	プロジェクト/Gene Ontology Consortium (GO-EBI)	2009-02-17 11:43:23
	http://research.nhgri.nih.gov/homeodomain/	The Homeodomain Resource	The Homeodomain Resource	a comprehensive collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain protein family	a comprehensive collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain protein family	ホメオドメインの配列、構造、相互作用、ゲノム・機能情報が掲載されたデータベース。	The Homeodomain Resource is a curated collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain family. The current version builds upon previous versions by the addition of new, complete sets of homeodomain sequences from fully sequenced genomes, the expansion of existing curated homeodomain information and the improvement of data accessibility through better search tools and more complete data integration. This release contains 1534 full-length homeodomain-containing sequences, 93 experimentally derived homeodomain structures, 101 homeodomain protein–protein interactions, 107 homeodomain DNA-binding sites and 206 homeodomain proteins implicated in human genetic disorders.	DB型/注釈;生物種/菌界/酵母;対象/アノテーション;対象/相互作用;対象/表現型	Oxford Journals/Database		2009-10-13 17:15:31.823259
482	http://www.informatics.jax.org/	The Mouse Genome Informtics (MGI)	The Mouse Genome Informatics (MGI)	マウスゲノム／アノテーション	Database for mouse genome/annotation	Jackson Lab. におけるマウスゲノム研究成果の統合的データベース。　MGD（配列、遺伝子の定義、マッピング、表現型、mutant、strain、他の哺乳類との比較）、GXD（遺伝子発現 : 文献から収集もしくは研究者のsubmission）、MTB（腫瘍を生じるモデルマウスの情報）をまとめたデータベース。	An integrated database of mouse genome researches in Jackson Laboratory. MGD (sequences, gene definition, mapping, phenotypes, mutants, strains, comparative studies with other mammals), GXD (gene expression: collection from literature or submission by researchers), and MTB (information of a model mouse that generates tumors) are integrated.	DB型/プロジェクト;DB型/データバンク;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/アノテーション	bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/The Jackson Laboratory	2009-08-20 17:59:25.961457
11405	http://bsw3.aist-nara.ac.jp/kawaichi/naistrap.html	The NAISTrap database or NAISTrap データベース	The NAISTrap database or NAISTrap データベース	遺伝子トラップ法で破壊されたマウス遺伝子	Database of disrupted mouse genes by  gene trap methods	マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成した。　トラップされた遺伝子の(部分)配列が、その相同性検索結果とともに掲載されている。	Mutant mouse ES cell lines were produced using random gene disruption by a new gene trap method (UPATrap). Partial trapped gene sequences as well as the homology search results are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	文科省;旧ゲノム特定	国立大学法人/奈良先端科学技術大学院大学/バイオサイエンス研究科動物遺伝子機能学講座	2009-02-17 11:43:23
	http://www.pazar.info	The PAZAR database	The PAZAR database	調節塩基配列アノテーションツールキットと連携したデータベースモール構築のためのプログラムライブラリ	Programs library to develop database malls coupled to a regulatory sequences annotation toolkit	調節塩基配列アノテーションの構築・保守のためのソフトウェア・フレームワーク。個々のデータベースを店舗に見立てた情報モール	PAZAR is a software framework for the construction and maintenance of regulatory sequence data annotations; a framework which allows multiple boutique databases to function independently within a larger system (or information mall). Our goal is to be the public repository for regulatory data.	NAR category			2009-11-25 17:06:07.771306
	http://t.caspur.it/RadioGenes/	The Radiation Genes Database	The Radiation Genes Database	The Radiation Genes Database	The Radiation Genes Database	DNAマイクロアレイデータを集めたデータベース。様々なところに存在する放射線を受けた細胞のトランスクリプトームデータの統合と比較を行っている。	The analysis of the great extent of data generated by using DNA microarrays technologies has shown that the transcriptional response to radiation can be considerably different depending on the quality, the dose range and dose rate of radiation, as well as the timing selected for the analysis. At present, it is very difficult to integrate data obtained under several experimental conditions in different biological systems to reach overall conclusions or build regulatory models which may be tested and validated. In fact, most available data is buried in different websites, public or private, in general or local repositories or in files included in published papers; it is often in various formats, which makes a wide comparison even more difficult. The Radiation Genes Database (http://www.caspur.it/RadiationGenes) collects microarrays data from various local and public repositories or from published papers and supplementary materials. The database classifies it in terms of significant variables, such as radiation quality, dose, dose rate and sampling timing, as to provide user-friendly tools to facilitate data integration and comparison.		Oxford Journals/Database		2009-10-13 17:02:13.557723
1335	http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/spad	The Signaling PAthway Database (SPAD)	The Signaling PAthway Database (SPAD)	シグナル伝達パスウェイの知識モデル	Knowledge model of signal transduction pathways	シグナル伝達パスウェイを収集し可視化したデータベース。　パスウェイは細胞外シグナル分子に応じて、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスに分類されている。	A database that is a collection and visualization of signal transduction pathways. The pathways are classified as growth factors, cytokines, hormones, and stresses, in correspondence to extracellular signal molecules.	DB型/知識モデル;対象/相互作用;対象/パスウェイ	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;MetaDB;文科省;Sanger Institute;wing	国立大学法人/九州大学/大学院生物資源環境科学研究科  遺伝子制御学研究室	2009-02-17 11:43:23
830	http://genome.ucsc.edu	The UCSC Genome Browser Database: update 2006.	The UCSC Genome Browser Database: update 2006.	ゲノム自動アノテーション	Automatic annotation of genomes	ゲノム配列の公開された脊椎動物および主要なモデル生物について、機械的アノテーションを行ったデータベース。　アノテーションはその種類ごと（マーカー、BACエンドマップ位置、RefSeqエントリ、Genescan結果、ESTマップ位置など多種）にトラックとして独立に管理されている。　プロテオーム（Proteome Browser）、in-situ画像（VisiGene）は別枠になっている。	A database of automated annotation to vertebrates and major model organisms that have public genome sequences. Annotations are managed for each the type (there are various types including markers, BAC endmap positions, RefSeq entries, GeneScan results, mapped EST locations) as separate tracks. Proteomes (Proteome Browser) and in situ images (VisiGene) are managed separately.	DB型/プログラム;対象/アノテーション	CBRCカタログ;Computational Molecular Biology at NIH;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	アメリカ/UCSC	2009-02-17 11:43:23
1582	http://www.sanger.ac.uk	The Wellcome Trust Sanger Institute	The Wellcome Trust Sanger Institute	ゲノムリサーチセンター		Sanger CenterのTOPページ。センターの紹介やデータベース、ソフトウェア、研究活動など、そこで行われていることの全情報にここからアクセスすることができる。	Sanger Centre (Hinxton / U.K.)	DB型/カタログ	Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;ExPASy;Genexpress;The Bio Netbook		2010-07-02 13:33:46.242061
3036	http://bacillus.genome.ad.jp	The international project of sequencing the Bacillus subtili	The international project of sequencing the Bacillus subtili					生物種/真正細菌超生物界	DDBJ;文科省;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
805	http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html	The tmRDB and SRPDB resources.	The tmRDB and SRPDB resources.	tmRNA	Database for tmRNA sequences	tmRNA（tRNAとmRNA両方の機能を持つ安定な低分子RNAで、バクテリアに広く存在する）、SRP RNA (signal recognition particle RNA) 、proteolysisタグペプチド、関連タンパク質を収集したデータベース。　各配列のほか、マルチプルアラインメント、トポロジー構造（tmRNA, SRP RNAのみ）、立体構造が収録されている。	A database of tmRNA (stable low molecular weight RNA having functions of both tRNA and mRNA .They are widely observed in bacteria), SRP RNA (signal recognition particle RNA), proteolysis tag peptides, and related proteins. Other than the sequences, multiple alignments, topological structures (only tmRNA and SRP RNA), and 3D structures are contained.	DB型/プログラム;対象/RNA	ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/University of Texas Health Science Center at Tyler	2009-02-17 11:43:23
795	http://www.indiana.edu/~tmrna	The tmRNA website	The tmRNA website	tmRNAの注釈書	Annotation of tmRNA sequences	tmRNAの情報を収集したデータベース。　配列、2次構造（配列中の各塩基を構造上の要素に応じて色分け）、対応するproteolysisタグペプチドの他、tmRNA配列全セットおよびタグペプチド全セットのマルチプルアラインメントが掲載されている。　配列はdirect sequencingにより決定したものと、公開データベースより取得したものが存在する。　	A database of tmRNA information. It contains sequences, secondary structures (the bases in the sequences are colored by the structural elements), corresponding proteolysis tag peptides, as well as multiple alignments of all the tmRNA sequence sets and all the tag peptide sets. The sequences consist of those identified by direct sequencing and those obtained from public databases.	DB型/プログラム;DB型/注釈;生物種/真正細菌超生物界;対象/RNA	bioiformatik;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Department of Biology, Indiana University	2009-02-17 11:43:23
12446	http://cged.genes.nig.ac.jp/TissueDB/	Tissue DB, ヒトの組織データベース							旧ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
12146	http://mrg.psc.riken.go.jp/strc/index.htm	Transcription Analysis of BY-2	Transcription Analysis of BY-2	タバコ培養細胞BY-2株のEST	ESTs of Nicotiana tabaccum cell line (BY-2),	タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。　各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果（EST相互のBLASTN検索結果）が掲載されている。	Nicotiana tabaccum -derived cell line BY-2 cDNA libraries were constructed and the ESTs were sequenced. BLASTX annotations for each EST and the clustering (with BLASTN searches between ESTs) are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/ナス科/タバコ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/植物科学研究センター	2009-02-17 11:43:23
11461	http://riodb.ibase.aist.go.jp/trap/	Transcription Product Database (TraP)	Transcription Product Database (TraP)					DB型/知識モデル;生物種/古細菌超生物界;対象/相互作用	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/脳神経情報研究部門  DNA情報科学研究グループ	2009-02-17 11:43:23
	http://ecoli.aist-nara.ac.jp/xp_analysis/2_components/	Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli	Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli	Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli	Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli	大腸菌２成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データ。２成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の検索、解析が可能。		対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;生物種/真正細菌超生物界/大腸菌;対象/遺伝子発現			2009-06-03 11:01:16.217684
	http://transpogene.tau.ac.il/	TranspoGene				７生物種における可動性遺伝因子による影響のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 16:47:33.828047
	http://mRNA.otago.ac.nz/Transterm.html	Transterm	Transterm	転写物配列に含まれる翻訳調節因子配列についての配列データベース	Transcriptome annotation database of translation regulatory sequences contained in transcripts	mRNA配列とそれに関連のある翻訳制御因子のデータベース	A database providing access to mRNA sequences and associated regulatory elements	NAR category			2009-11-25 17:25:17.243385
	http://trifldb.psc.riken.jp/index.pl	TriFLDB:Triticeae Full-Length CDS Database		大麦、小麦完全長CDS配列/アノテーション		大麦、小麦の完全長CDS配列に対するアノテーションデータを提供している\n完全長CDS配列の予測、ホモロジー検索、予想されたアミノ酸配列に基づいた発現タンパク質のクラスター化、ドメイン予測、gene ontologyの割り当て、イネ・トウモロコシゲノムとのホモロジーマッピングを行い、各エントリーに掲載している。		生物種/植物界/被子植物門/イネ科/オオムギ、コムギ;対象/アノテーション			2009-08-21 15:07:27.050271
	http://trimedb.psc.riken.jp/index.pl	Triticeae Mapped EST DataBase (TriMEDB)		大麦小麦cDNAデータベース		大麦と小麦の間で関係のあるcDNAマーカーをゲノム上にマッピング、アノテーションしたデータベース		生物種/植物界/被子植物門/イネ科/オオムギ、コムギ;対象/DNA/配列			2009-08-21 16:06:08.307136
	http://www.jstage.jst.go.jp/browse/tmh	Tropical Medicine and Health DATABASE	Tropical Medicine and Health DATABASE			日本熱帯医学会誌のコンテンツデータベース	A contents database of "Tropical Medicine and Health"	対象/医学		国立大学法人/大阪大学/医学部	2009-03-06 01:34:32.375961
	http://www.ncrna.org/glocal/cgi-bin/hgGateway	UCSC GenomeBrowser for Functional RNA	UCSC GenomeBrowser for Functional RNA	機能性RNAのUCSC GenomeBrowser表示DB	Database of functional RNAs that utilizes the UCSC Genome Browser	経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果の中で、UCSC GenomeBrowser上に機能性RNAを表示するデータベース	It is a database that displays functional RNAs on UCSC Genome Browser. One of the outcomes of METI functional RNA project.	DB型/注釈;対象/RNA		独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-02-17 11:43:23
	http://microrna.osu.edu/.UCbase4	UCbase & miRfunc	UCbase & miRfunc	超保存配列に関係するマイクロRNAの機能データベース	Functional genomics database of miRNA related to ultraconserved sequences	ヒト・マウス・ラットのマイクロRNAと、超保存エレメント(ultraconserved elements)のデータベース	UCbase & miRfunc is a database of (i) human, mouse and rat microRNAs and (ii) Ultraconserved elements providing information about function, expression and correlation between these classes of non-coding RNAs and the disorders related to their aberrant expression	NAR category			2009-11-25 17:01:40.071991
2718	http://umbbd.msi.umn.edu/	UM-BBD, The University of Minnesota Biocatalysis/ Biodegrada	UM-BBD, The University of Minnesota Biocatalysis/ Biodegrada				Contains information on microbial biocatalytic reactions andbiodegradation pathways for primarily xenobiotic, chemical compounds		bioiformatik;Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DBcatalog;The Bio Netbook		2009-07-24 11:16:16.623879
	http://bphest.dna.affrc.go.jp/	UNKA (BPH) EST	UNKA (BPH) EST	ウンカESTデータベース	The brown planthopper　EST database	トビイロウンカのcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。 キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。(AgriTogoより引用)		生物種/動物界/節足動物門	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-17 19:01:05.778154
11365	http://medaka.utgenome.org	UT Genome Browser (Medaka)	UT Genome Browser (Medaka)			クローン情報やアセンブリ状況を確認するためのプロジェクト支援環境	A project support environment to confirm clone information and assembly status.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/魚類	文科省;ゲノム特定;wing	国立大学法人/東京大学	2009-02-17 11:43:23
12418	http://yeast.utgenome.org/	UT Genome Browser (Yeast)	UT Genome Browser (Yeast)					生物種/菌界/酵母	ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
	http://utrdb.ba.itb.cnr.it/	UTRdb				真核生物の5'、3'非翻訳領域のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 17:23:34.731276
	http://128.122.61.5/cgi-bin/UTRome/utrome.cgi	UTRome				線虫（C.elegans.）における3' UTRのデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 17:25:23.69776
	http://veenuash.info/web1/index.htm	UgMicroSatdb				Unigeneから取得したマイクロサテライトのデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 17:14:38.137518
	http://www.uniprot.org/	UniProt	UniProt	タンパク質の配列及び機能情報データベース	resource of protein sequence and functional information	アミノ酸配列とその機能情報を掲載しているデータベース。UniProtKBとUniRefとUniPercで構成されている。\nUniProtKBは手作業でアノテーションされたSwissProtと機械的にアノテーションされたTrEMBLからなる。\nUniRefはあらかじめ行われた配列相同性検索の結果を提供している。\nUniPercは配列IDごとに他のデータベースのID等の情報をまとめている。	UniProt is a database providing a comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein sequence and functional information.\nUniProt is divided into three contents.\nOne is UniProteKB, which provides manually and automatically annotated information(the former is Swiss-Prot, the latter is TrEMBL).\nAnother is UniRef, witch provides sequence clusters.\nthe other is UniParc, witch provides mapping data of sequence ids and ids of other databases		EBI/Databases at the EBI		2010-04-02 17:46:44.590806
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/UniVec.html#Overview	UniVec Database						NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 17:16:55.325303
12148	http://genome.naist.jp/bacteria/vpara/	VPARA（Vibrio parahaemolyticus）	VPARA（Vibrio parahaemolyticus）	腸炎ビブリオゲノム配列データベース	Database of Vibrio parahaemolyticus　（gram-negative marine bacterium）, genome	腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベース。データ全体の一括ダウンロードも可能。	A database of the whole-genome sequences of Vibrio parahaemolyticus and the annotations. Downloadable.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界/大腸菌;対象/DNA/配列	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/大阪大学/微生物病研究所 細菌感染分野	2009-02-17 11:43:23
12454	http://www.h-invitational.jp/varygene/home.htm	VarySysDB	VarySysDB			ヒトの多様性に関する調査結果やH-InvDBで公開されている転写物のアノテーションデータを検索・表示・ダウンロードできるシステム	VaryGene provides public information about genic polymorphisms annotated using H-InvDB resources. The annotated polymorphism (SNPs and indels) information in VaryGene includes positions in the transcript as well as in the genome reference sequence, effects on gene products such as changes of amino acids, functional motif (InterPro) information, alignment views of transcript sequences, and links to public databases. VaryGene facilitates searching within this information.		JBIRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/BIRC	2010-03-11 16:33:49.121256
	http://genome-www.stanford.edu/vectordb//	VectorDB		分子生物学のベクター配列データベース		分子生物学で通常用いられる多くのベクターについての、アノテーションや配列情報のデータベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 17:30:17.420368
	http://enhancer.lbl.gov/	Vista Enhancer Browser				トランスジェニックマウスを用いた in vivo におけるエンハンサー活性の定量実験データベース		NAR category/塩基配列/コーディング・ノンコーディングDNA			2010-03-16 17:49:22.246232
1097	http://wdcm.nig.ac.jp	WDCM	WDCM				World Data Center for Microorganisms		bioiformatik;DDBJ;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
1627	http://www.broad.mit.edu	WICGR	WICGR				Whitehead Institute Center for Genome Research		Biology Links, Molecular and Cellular Biology;DDBJ;ExPASy;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
	http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php	WINGpro	WINGpro			ライフサイエンス分野のデータベースに関する情報を収集、整理、分類したデータベース\n開発元：科学技術振興機構		DB型/カタログ			2011-09-28 11:17:44.107528
	http://cancerqa.scchr.jp/	Web版がんよろず相談Q&A				がん体験者の悩みや負担に関するデータベース。 2003年度に実施された全国調査の結果を元に構築され、約一万件のレコードを持つ			厚労省		2011-01-10 17:15:06.115785
	http://rgp.dna.affrc.go.jp/whoga/index.html.ja	WhoGA	WhoGA	イネ全ゲノムアノテーション	Whole Genome Annotation (Rice)	イネゲノム研究チーム(RGP)によるイネゲノムの注釈(アノテーション)情報を収録したデータベースです。 アノテーションビューア(GBrowse)により、アノテーション情報をグラフィカルに参照ができます。 またRGPのアノテーション方法等の説明も掲載されています。(AgriTogoより引用)		生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	農水省		2010-06-29 20:53:03.859914
856	http://www.stanford.edu/~rnusse/wntwindow.html	Wnt Database	Wnt Database	Wntタンパク質の辞典	Dictionary of Wnt proteins	Wntタンパク質（胚発生期の細胞間相互作用を制御するタンパク質で、高度に保存されている）に関する情報を収集したポータルサイト。　生物種ごと、トピックごとに異なる形式で表現されている。　シグナルパスウェイ情報（画像）あり。	A portal site to information on Wnt proteins (highly-conserved proteins that control intercellular interactions in the embryogenesis). The database formats differs by the organisms and the topics. Signal pathway information (images) is included.	DB型/辞典;対象/パスウェイ;対象/タンパク質/機能;対象/ポータル	DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook	アメリカ/Howard Hughes Medical Institute, Beckman Center, Stanford Un	2009-02-17 11:43:23
	http://worts.biken.osaka-u.ac.jp/worts/index.html	WorTS	WorTS	Worm TS mutant Database	Worm TS mutant Database	表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース(WorTS, Worm TS mutant Database)		生物種/動物界/線形動物門;対象/形態			2009-06-03 14:41:26.847797
857	http://worfdb.dfci.harvard.edu	WorfDB - Worm ORF Database	WorfDB - Worm ORF Database				Predicted proteins from C. elegans	生物種/動物界/線形動物門	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
858	http://www.wormbase.org	WormBase	WormBase	線虫ゲノム／アノテーション	Database for worm, genome/annotation	C.elegansおよび他の線虫の生物学的情報を収集したデータベース。　ゲノム（構造、機能、多型、比較ゲノム）、遺伝子（構造、発現、表現型、RNAi）、系統（系統株、遺伝学、マーカー）、文献情報が収集されている。	A database of biological information of C.elegans and other worms. It contains genomes (structures, functions, genetic polymorphisms, comparative genomic studies), genes (structures, expressions, phenotypes, and RNAi), lineages (strains, genetics, and markers), and literature information.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/線形動物門;対象/アノテーション	Computational Molecular Biology at NIH;DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog	アメリカ/CSHL	2009-03-05 22:48:55.918173
11420	http://xenopus.nibb.ac.jp	XDB	XDB	アフリカツメガエル遺伝子発現	Xenopus laevis (frog) gene expression	アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。　アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。　WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。	The database contains Xenopus laevis EST, their assemblies, and WISH images. The assembly sequences are annotated with BLAST searches targeted to NCBI-NR, TIGR-XGI, Xenopus protein database of NIH, and InterProScan. WISH images have been taken from each direction at developmental stages.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/両生類;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省;旧ゲノム特定;wing	共同利用研究機関/基生研	2009-02-17 11:43:23
12467	http://microbe.dna.affrc.go.jp/Xanthomonas/	Xanthobase	Xanthobase : Xanthomonas oryzae pv. oryzae genome database	Xanthomonas oryzae pv. oryzae genome database		イネ白葉枯病菌のゲノム情報を格納したデータベースです。 グラフィカルなビューアによる遺伝子のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報が参照できます。 またお手持ちの配列と白葉枯病菌のゲノム・遺伝子配列との類似性検索も行えます。(AgriTogoより引用)		生物種/真正細菌超生物界	農水省;資源研カタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業生物資源研究所	2010-06-18 13:24:41.737898
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/10706	Xenopus tropicalis (western clawed frog)	Xenopus tropicalis (western clawed frog)	NCBI Genome Project Result - Xenopus tropicalis (western clawed frog)	NCBI Genome Project Result - Xenopus tropicalis (western clawed frog)			生物種/動物界/脊索動物門/両生類			2009-09-11 17:51:58.951825
12439	http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/Y2H/	Yeast Interacting Proteins Database	Yeast Interacting Proteins Database					生物種/菌界/酵母	旧ゲノム特定	国立大学法人/金沢大学/がん研究所	2009-07-24 11:18:13.021814
861	http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/yeast_introns.html	Yeast Intron Database	Yeast Intron Database	酵母イントロンの注釈書	Annotation of yeast, introns	出芽酵母のイントロンを収集したデータベース。　既知のイントロンをマイクロアレイにより確認し、実在のものを実験データとともにデータベース化して公開している。	A database of budding yeast introns. Known introns were confirmed with microarrays, and those actually exist are put together with experimental data into a public database.	DB型/プロジェクト;DB型/注釈;生物種/菌界/酵母;対象/DNA/配列	DBcatalog;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook	アメリカ/UCSC	2009-02-17 11:43:23
863	http://www.bio.umass.edu/biochem/rna-sequence/Yeast_snoRNA_Database/snoRNA_DataBase.html	Yeast snoRNA Database	Yeast snoRNA Database	出芽酵母snoRNA	Database of small nucleolar RNAs from budding yeast	出芽酵母snoRNAの構造、他のRNAとの相互作用を記述したデータベース。	A database of budding yeast snoRNA structures and their interactions with other RNAs.	DB型/プロジェクト;生物種/菌界/酵母;対象/RNA	bioiformatik;DBcatalog;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook	アメリカ/University of Massachusetts Amherst	2009-02-17 11:43:23
	http://zfin.org/	ZFIN				小型魚類のモデル生物であるゼブラフィッシュに関するポータルサイト。		生物種/動物界/脊索動物門/魚類			2009-08-31 14:08:01.806543
11466	http://www.bio.nite.go.jp/dogan/Top	a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGA	a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGA	微生物ゲノム／アノテーション	Bacteria genomes/ annotation	NITEでゲノム解析された微生物について、そのアノテーション、プロテオーム解析結果（行われている場合）、他種とのORF比較（行われている場合）、その種の一般的説明が登録されている。　9679194, 10382966, 11572479, 11418146, 12044378, 16237012, 12840036, 12692562, 16372010 のsupplementデータ。	Annotations to the genomic sequences and the proteomic analyses (if any), ORF comparison between other species (if any), and the general description of the microorganisms that NITE has sequenced their genomes. Supplement data for 9679194, 10382966, 11572479, 11418146, 12044378, 16237012, 12840036, 12692562, 16372010.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列;対象/DNA/ゲノム	経産省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/製品評価技術基盤機構/産業技術総合研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ps.noda.tus.ac.jp/biometadb/db-j/jsp/index.jsp	biometadatabase	biometadatabase	世界分子ＤＢカタログ	world, molecule database, catalogue	DB相互運用のときにプログラムがルックアップしてDBを自動で探す未来のためのDBのカタログ　それぞれが検索や解析で提供しているプログラムを明記してある。できるだけ人間にもわかる説明をつけてくれている	In the future of database interoperability, programs need to lookup databases to connect automatically. It is a machine-readable database catalogue. An entry for a database describes interface programs for searches and analyses. It is also readable to human.	DB型/カタログ		私立大学/東京理科大	2009-02-17 11:43:23
888	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST	dbEST	dbEST	米国ESTデータバンク	Data bank of ESTs in the United States	GenBank EST division として収集されているデータセット。	A dataset collected as GenBank EST division.	DB型/データバンク;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	Biology Links, Molecular and Cellular Biology;Computational Molecular Biology at NIH;DBcatalog;ExPASy;Genexpress;MetaDB;The Bio Netbook	アメリカ/NCBI	2009-02-17 11:43:23
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbgap/	dbGaP	dbGaP	dbGaP	dbGaP	遺伝子型と表現型(Genotypes And Phenotypes)の関連について、GWAS(ゲノムワイド関連解析)研究などの結果を蓄積したデータベース。NCBIにより管理されており、PubMedやOMIMを引用するなど連携が図られている。		対象/医学/病気,ガン			2009-07-29 15:58:25.712967
11433	http://dbprop.nirs.go.jp/Prop/index.html	dbProP (a Protein Polymorphism database)	dbProP (a Protein Polymorphism database)	タンパク質多型を導く遺伝子変化	Changes in the nucleic acid sequences that cause protein polymorphism	タンパク質アミノ酸配列に変化を及ぼす遺伝子配列変化、すなわち、コード領域のSNP、alternative splicingを収集したデータベース。　対象はヒト。　	A database containing gene sequence alterations that affect amino acid sequences of the proteins, namely, SNPs in coding regions and alternative splicings. The target is human.	DB型/プログラム;対象/DNA/多型	文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/放射線医学総合研究所	2009-02-17 11:43:23
174	http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp	dbQSNP	dbQSNP	ヒト遺伝子プロモータ領域の多型	SNPs in the transcriptional promoter regions in human	ヒト遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0k上流および0.2k下流まで）に存在するSNPについて、配列とアレル頻度情報（実験データ）を収集したデータベース。　SNPのタイピングと定量化はSSCP解析による。	A database of SNP sequences and allele frequency information (experimental data) in the human genome promoter regions (mainly 1.0kb upstream region and 0.2kb downstream region of TSS). SNP typing and quantification were by SSCP analysis.	DB型/プロジェクト;対象/DNA/多型	MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog;wing	国立大学法人/九州大学/生体防御医学研究所	2009-02-17 11:43:23
176	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP	dbSNP	dbSNP	米国多型データバンク	Data bank of single nucleotide polymorphism in the United States.	SNPおよび短い挿入／欠失多型を収集したデータベース。	A database that collects SNPs and short insertion/deletion polymorphisms.	DB型/データバンク;対象/DNA/多型	DBcatalog;DDBJ;ExPASy;Genexpress;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing	アメリカ/NCBI, NHGRI	2009-02-17 11:43:23
889	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS	dbSTS	dbSTS				dbSTS (Sequence Tagged Sites) db (NCBI)		DBcatalog;MetaDB;The Bio Netbook		2009-02-17 11:43:23
217	http://ef-site.protein.osaka-u.ac.jp/eF-site	eF-site	eF-site	タンパク質機能部位の表面特性	Database for molecular surfaces of ?protein’s functional sites	タンパク質の機能部位の表面の特性を算出したデータベース。　PDB構造を素材に、静電ポテンシャル表面、疎水的特性、Connolly表面を計算し、その結果をデータベース化している。	A database of calculated surface characteristics of protein functional domains. PDB structures were used as the material, and surface electrostatic potentials, hydrophobic characteristics, and Connolly surfaces were calculated and are contained in the database.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	MetaDB;文科省;ゲノム特定;NAR catalog	国立大学法人/大阪大学	2009-08-31 14:03:50.280334
11394	http://eprots.protein.osaka-u.ac.jp/eProtS/Top.jsp	eProtS (タンパク質構造百科辞典)	eProtS: Encyclopedia of Protein Structures	タンパク質立体構造の辞典	Dictionary of protein, 3D structures	生物学的に重要なタンパク質について、立体構造およびタンパク質の解説が収録されている。　収録タンパク質はグループに分類されている。	3Dstructures and the proteins are explained for biologically important proteins. The registered proteins are classified into groups.	DB型/辞典;対象/タンパク質/立体構造	文科省;wing	国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所/蛋白質情報科学研究系	2009-03-05 22:33:15.016844
	http://tp-esol.genes.nig.ac.jp/	eSOL	eSOL	大腸菌全蛋白質の可溶性データベース	Solubility database of all E.coli proteins	eSOL (Solubility database of all E.coli proteins)は、再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベースです。	eSOL is a database on the solubility of entire ensemble E.coli proteins individually synthesized by PURE system that is chaperon free.	対象/タンパク質/プロテオーム			2010-06-24 15:43:15.407144
12457	http://www.ncrna.org/	fRNA Database	fRNA Database			機能性RNAプロジェクトのデータベース群のホストサイト。RNAの二次構造予測、ncRNAのデータベース、RNAの二次構造データを追加したUCSC Genome Browser、RNAsの関連文献を集めたデータベース、RNA懐石の各種ツールがを提供している		対象/アノテーション;対象/RNA	CBRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-10-27 13:33:07.072247
	http://www.ncrna.org/frnadb/	fRNAdb	fRNAdb	機能性RNAの配列・文献情報データベース	Database of functional RNA sequences and literature information	経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果のデータベースの一つ。既知、及び新規機能性RNAの配列情報や文献情報のデータベース	It is one of the outcome databases of METI functional RNA project. It is a database of known and novel functional RNA sequences and the literature.	DB型/プロジェクト;対象/RNA	CBRCカタログ	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-02-17 11:43:23
	http://omics.tmd.ac.jp/	iCOD	iCOD	Integrated Clinical Omics Database	Integrated Clinical Omics Database	統合的医療データベース（integrated Clinical Omics Database: iCOD）は、網羅的かつ詳細な臨床、病理、分子情報の症例データベース。\n症例一覧機能から、症例毎の詳細な情報の閲覧や、キーワード等による症例の検索が可能。\n臨床オミックス解析機能では、疾患を細胞レベルから臨床レベルにいたる生命機能システムの異常として捉えるための２次元３層マップ、正則化正準相関分析を搭載。		生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/医学			2009-07-07 14:12:13.455872
421	http://pir.georgetown.edu/iproclass	iProClass	iProClass				Annotated protein database with family, function, and structureinformation		MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook;wing		2009-02-17 11:43:23
487	http://mirbase.org/	miRBase	miRBase				Database of microRNAs (small noncoding RNAs)	対象/RNA	Genexpress;MetaDB;NAR catalog;Sanger Institute;wing		2009-08-20 11:44:30.584325
	http://ferrolab.dmi.unict.it/miro/	miRò	miRò	The mi-R ontology database	The mi-R ontology database	ヒトのmiRNAと表現型を関連付けたデータベース。複数のデータベースを統合して、データマイニングで解析を行う。	miRò is a web-based knowledge base that provides users with miRNA–phenotype associations in humans. It integrates data from various online sources, such as databases of miRNAs, ontologies, diseases and targets, into a unified database equipped with an intuitive and flexible query interface and data mining facilities. The main goal of miRò is the establishment of a knowledge base which allows non-trivial analysis through sophisticated mining techniques and the introduction of a new layer of associations between genes and phenotypes inferred based on miRNAs annotations. Furthermore, a specificity function applied to validated data highlights the most significant associations.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/RNA/miRNA;対象/表現型	Oxford Journals/Database		2009-10-13 16:18:25.559329
	http://www.matrixome.com/bm/Home/home/home.asp	mouse basement membrane bodymap	mouse basement membrane bodymap	Immunostaining images of whole mouse sections by all matrix proteins	Immunostaining images of whole mouse sections by all matrix proteins	４４種のマトリックス蛋白に対すポリorモノクロ抗体を用意し\nE16.5マウス胎児の全身矢状面と頭のセクションを免疫組織染色\nカラー画像と注釈のＤＢ\n臓器名と蛋白名で画像検索\nlist of target proteins\nhttp://www.matrixome.com/bm/EnterBodymap/Protein/protein.asp	Immunostaining images of whole mouse sections by all matrix proteins\nGood data for matrix researchers and tissue engineers\nPoly/monoclonal antibodies against each of 44 matrix-proteins\nImmnunohistochemical images of E16.5 whole body embryo section\nlist of target proteins\nhttp://www.matrixome.com/bm/EnterBodymap/Protein/protein.asp	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/タンパク質/機能		国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所;国立大学法人/大阪大学/蛋白質研究所/蛋白質情報科学研究系	2009-02-17 11:43:23
11438	http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mv/top	mutview	MutationView			遺伝病情報をビジュアル(染色体や臓器の画像を使って)で検索することができる。配列データベースやOMIMなどへのリンク情報ももつ		DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	文科省	私立大学/慶応義塾大学/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2010-07-02 17:22:15.490212
523	http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA	ncRNAs database	ncRNAs database				Noncoding RNAs with regulatory functions	対象/RNA	DBcatalog;Genexpress;MetaDB;NAR catalog		2009-02-17 11:43:23
	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp	ppdb	ppdb	PlantPromoterDB	PlantPromoterDB	植物のプロモーターデータベースで、次のような特徴がある。\n（１）ナズナのプロモーターDBとしてはRARGE, AGRIS, AthaMapに続く４番目のDB\n（２）イネでは初めてのプロモーターDB\n（３）コアプロモーター構造を認識出来る（他のDBは出来ない）\n（４）独自に抽出した300程度のシス配列候補を活用し、認識配列セットは植物種ごとに用意している（今後もこの特徴は維持していく予定）\n（５）ナズナに関してはCapTrapper-MPSS法による高密度転写開始点情報を掲載（未発表データ）		対象/DNA/制御領域			2012-12-18 15:42:47.11495
11364	http://design.rnai.jp	siDirect	siDirect					DB型/解析サービス	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/東京大学	2009-02-17 11:43:23
11408	http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp	snoOPY	snoOPY			10種の生物のsnoRNA(核小体低分子RNA)を収集した。	The database contains snoRNA (small nucleolus RNA) for 10 organisms.	DB型/プログラム;対象/RNA	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/宮崎大学/フロンティア科学実験総合センター	2009-02-17 11:43:23
	http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/cgi-bin/trnadb/index.cgi	tRNADB-CE	tRNADB-CE	エキスパートがキュレートしたtRNAのDB	tRNA gene database curated manually by experts	難培養性微生物由来の断片ゲノム配列を含む原核生物の大半のDNA配列を対象に、学生が中心となって3種類のプログラム(tRNAscan-SE, ARAGORN, tRNAfinder)でtRNA遺伝子の候補配列を推定し,プログラム間で差異の生じている場合（全候補配列の約3％）については、3名のtRNA実験分野のエキスパート （井口八郎・元京都大学教授、武藤昱・弘前大学名誉教授、山田優子・元自治医科大学講師）が精査を行った後にtRNAとしてデータベースに収録した。断片ゲノム配列をも解析対象に加えているので、14万件以上のtRNA遺伝子を収録しており、従来のデータベースの4倍量の遺伝子を収録している。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの成果。	Students had initiatives in the prediction of tRNA candidate sequences in a large part of the prokaryotes' DNA sequences, including fragment genome sequences of uncultured microorganisms, using three programs (tRNAscan-SE, ARAGORN, tRNAfinder). In case of different prediction among the programs (about three percent of the predicted sequences), three tRNA experiment experts (Hachiro Iguchi, former professor of Kyoto University, Akira Muto, professor emeritus of Hirosaki University, and Yuko Yamada, former lecturer of Jichi Medical College) made close inspection and registered in the database as tRNA. Because fragment genome sequences were added to analyses target, more than 140,000 tRNA genes were registered, which is four times larger than databases in the past. It is an outcome of integrated database project.	DB型/注釈;生物種/真正細菌超生物界;対象/RNA;対象/RNA/tRNA	統合DBプロジェクト	私立大学/長浜バイオ大学/バイオサイエンス学部	2010-03-03 14:15:02.921187
	http://genestamp.sinica.edu.tw/virus/index.htm	viral probe databse	viral probe databse			INSDのVirusdivisionをすべて整理して　それぞれに同定目的に使えるＰＣＲプライマーをしつらえてくれてる。\n同様の目的のＤＢかなりあり。これはひとつの分野つくってます。	All the entries of INSD Virus division are organized, and PCR primers have been designed for the identification. There are many databases for the same purpose, and making up a category.	DB型/プログラム;生物種/ウィルス;対象/DNA/配列			2009-02-17 11:43:23
866	http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv	yMGV - Yeast microarray global viewer	yMGV - Yeast microarray global viewer	酵母の遺伝子発現	Database of yeast gene expression	出芽酵母、分裂酵母の遺伝子発現を解析したマイクロアレイ実験結果を収集したデータベース。	A database of microarray analyses of gene expression in budding and fission yeasts.	DB型/プログラム;生物種/菌界/酵母;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	DDBJ;MetaDB;NAR catalog;Stanford Genomic Resources;The Bio Netbook	フランス/Laboratoire de Genetique Moleculaire, CNRS, Ecole Normale Su	2009-02-17 11:43:23
12413	http://kawakami.lab.nig.ac.jp/	zTrap: zebrafish gene trap and enhancer trap database	zTrap: zebrafish gene trap and enhancer trap database						ゲノム特定	共同利用研究機関/遺伝研/個体遺伝研究系　初期発生研究部門	2009-02-17 11:43:23
	http://hfnet.nih.go.jp/	「健康食品」の安全性・有効性情報				食品・食品成分に関する正しい情報の提供、健全な食生活の推進、「健康食品」が関連した健康危害の防止を目的としている。			厚労省		2011-01-13 18:11:13.761656
	http://idennet.kuhp.kyoto-u.ac.jp/w/	いでんネット ? 臨床遺伝医学情報網 ?				一般利用者は全国の遺伝相談施設(カウンセラー)情報の所在地検索とリストの閲覧ができる。医療関係者であれば、ユーザー登録を行った上で遺伝相談施設情報の登録・変更に加え、ヒトGermline遺伝子・染色体検査オンラインデータベースの閲覧が可能。			厚労省		2011-01-13 18:11:26.378125
	http://ganjoho.ncc.go.jp/public/index.html	がん情報サービス				一般向け情報サイトは、がんについての一般的な情報、標準的な予防方法、検診方法、標準治療などを掲載している。医療関係者向け情報サイトでは、科学的根拠に基づく医療(Evidence-Based Medicine, EBM)の手法を用いて作成されたガイドライン、あるいはそれに準じた手法で作成されたガイドラインや資料をエビデンスデータベースとして紹介している			厚労省		2011-01-13 18:11:41.547657
	http://jsco-cpg.jp/search/	がん診療ガイドライン構造化抄録検索				財団法人日本医療技能評価機構“Minds”と共通のフォーマットを用いた構造化抄録の検索が可能である。			厚労省		2011-01-21 15:40:32.896318
	http://cir.ncc.go.jp/jp/index.html	がん診療画像レファレンスデータベース		国立がんセンター がん診療画像レファレンスデータベース		がんの臨床画像を症例ごとに登録したデータベース。症例一覧からの検索に加え、診断名や臓器・画像の種別からの検索が可能である。		対象/医学/病理学	厚労省		2009-08-03 16:48:30.094245
12350	http://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php?BOOK_ID=BOOK_3	アクアDNAブック	アクアDNAブック					DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/魚類	理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12374	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/actic.shtml	アクティベーションタグラインカタログ	RIKEN BRC EXPERIMENTAL PLANT DIVISION						理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-06 00:44:35.044635
	http://www.kyudai-derm.org/atopy_ebm/index.html	アトピー性皮膚炎―よりよい治療のためのEvidence-based medicine (EBM)とデータ集				厚生労働省研究班「アトピー性皮膚炎の既存治療法のEBMによる評価と有用な治療法の普及」（主任研究者：古江増隆）（2002～2004年度）による研究結果を基に作成されたデータベース。医療関係者向けのデータ集と一般向けのQ&amp;Aから構成される。	A database from the outcomes of MHLW study group EBM evaluation of existing treatments to atopic dermatitis and dissemination of effective treatments (chief researcher: Masutaka Furue) (2002-2004). It consists of data collection for healthcare professionals and Q&A for the general population.	対象/医学		国立大学法人/九州大学/大学院医学研究院	2009-03-06 01:25:41.743832
11401	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/baint/baint.html	アミノ酸・塩基相互作用データベース	Base-Amino Acid Interation Database			PDBより核酸を含むエントリを抽出し、核酸－アミノ酸相互作用の有無で検索できるよう整理した。	The database has extracted entries containing nucleic acids from PDB, and organized them to enable searches by the presence of nucleic acid-amino acid interactions.	DB型/プログラム;対象/相互作用;対象/相互作用/核酸-タンパク	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 11:09:30.579352
12351	http://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php?BOOK_ID=BOOK_5	イネDNAブック	イネDNAブック					生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ	理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
	http://api-net.jfap.or.jp/	エイズ予防情報ネット				エイズの予防・啓発などに関する様々な情報を幅広く提供することでHIV/エイズの感染防止を図るため、(財)エイズ予防財団により運営されている			厚労省		2011-01-13 18:12:05.470319
12334	http://omicspace.riken.jp/gps/	オミックブラウズ (OmicBrowse)	OmicBrowse	多次元ゲノムアノテーションビューア	Multidimensional genome annotation viewer	OmicsSpaceとして構築されたゲノムアノテーションDBのブラウザ。　（以下OmicsSpaceの解説）　OSML (OmicSpace Markup Language)という専用のXMLで記述されたゲノムアノテーションDB。　相互作用を記述するために、縦横軸をゲノムとした２次元上にデータを配置する。　更にその平面をgenomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic, phenomic planes と順に重ね、面間のトレースを可能としている。　これに加え、データセット軸、オントロジー軸が定義される。　データは文献より収集される他、相互作用データがKEGG, MetaCycより収集されている。	A genome annotation database browser that have been constructed in the form of OmicSpace. OmicSpace is a genome annotation database described with a dedicated XML called OSML (OmicSpace Markup Language). To describe interactions, the data are located on a two-dimensional plane the coordinates of which are genomes. The planes are piled up in the order of genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic, phenomic planes, and this enables traces between planes. In addition, dataset coordinate and ontology coordinate are defined. Data are collected from literature, and interaction data are collected from KEGG and MetaCyc.	DB型/知識モデル;DB型/解析サービス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-03-05 22:41:52.175388
11381	http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/kanzencdna	カイコ完全長cDNAデータベース	Insect Genome Databases, IGB lab., Univ. of Tokyo	カイコ完全長cDNA配列	Full-length cDNA of silkworm	カイコ完全長cDNAクローンのEST配列が登録されている。	EST sequences of the silkworm full-length cDNA clones.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/節足動物門/カイコ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/大学院農業生命科学研究科	2009-03-05 23:51:13.367392
12137	http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/indexr1.html	カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ		カタユウレイボヤ遺伝子発現	Gene expression　database of Ciona intestinalis (sea squirt)	カタユウレイボヤの遺伝子発現を、ESTおよびin-situ hybridizationにより解析した結果が掲載されている。　cDNAライブラリは組織および発生ステージごとに16種類作成されている。　ESTクラスタリング結果、ゲノム（JGIより取得）へのマップ結果が掲載されている。　In-situ hybridizationは画像のほか、発現位置／ステージの記述があり、検索可能である。	Ciona intestinalis gene expression analyses with EST and in situ hybridization are registered. 16 types of cDNA libraries for tissues and developmental stages have been constructed. EST clustering results and genome (obtained from JGI) mapping results are registered. In-situ hybridization images can be searchable with expression location/stages.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/ホヤ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/京都大学/大学院理学研究科	2010-08-04 15:33:58.906926
12164	http://genebank.nibio.go.jp/qfbase/index_j.html	カニクイザルcDNAデータベース (Qfbase)	QFbase - Macaca fascicularis cDNA database	カニクイザル全長cDNA配列	Database for Macaca fascicularis (cynomolgus monkey) full-length cDNA	カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄，脾臓，膵臓，腎臓，心臓，胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供している。\nまた、以下のコンテンツも公開されている。\n１．霊長類の進化解析のリソースとして4004遺伝子のヒト-カニクイザルアラインメント\n２．カニクイザルのcDNAクローン，BACクローン，マイクロサテライトマーカーをアカゲザルゲノム上にマッピングしたゲノムブラウザ	EST and full-length sequences and their homology to human sequences of Macaca fascicularis cDNA clones are registered. The full-length cDNAs are referred to in 17194215.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	厚労省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/医薬基盤研究所生物資源研究部遺伝子資源研究室	2011-09-26 11:05:43.170171
	http://teine.cc.sapmed.ac.jp/~calicinew/	カリシウェブ				カリシウイルス情報を検索できる。ログインすることで会員専用のコンテンツが検索できるようになる			厚労省		2011-01-13 18:12:16.445778
12368	http://prime.psc.riken.jp/?action=agetree_index	クラスタ切り出しソフトウェア	PRIMe: Cluster Cutting	遺伝子発現クラスタ切り出しツール	Cluster cutting  tool for gene expression data	GeneChip遺伝子発現データのクラスタリング結果より、指定遺伝子を含むクラスタを指定範囲で切り出すツール。　その結果はJavaにより図示され、そこから更にツリーを参照して一部を切り出すことができる。　現在のところサーバ上に準備されているのは、理研およびMaxPlanckで行われた、シロイヌナズナのAffymetrix GeneChip遺伝子発現データである。	A tool to extract gene clusters containing specified genes from clustered GeneChip gene expression data. The results are graphically displayed with Java, and further extraction of a part of the tree by referencing the tree is possible. Presently, Affymetrix GeneChip gene expression data of Arabidopsis conducted in RIKEN and MaxPlanck are prepared on the server.	DB型/解析サービス;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/植物科学研究センター	2009-03-05 22:22:25.291918
12157	http://www.kazusa.or.jp/en/plant/chlamy/EST/index.html	クラミドモナスEST Index	Chlamydomonas reinhardtii EST index	クラミドモナスEST	ESTs of chlamydomonas (single celled green alga)	クラミドモナスEST、そのコンティグ配列、コンティグに対するアノテーション(BLASTXによる)が登録されている。　11089912, Phycologia,43,722-726(2004) のsupplementデータ。	chlamydomonas EST, the contig sequences, and BLASTX annotations to the contigs are registered,  Supplement data for 11089912, Phycologia,43,722-726(2004)	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/緑藻植物門;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/EST	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-12-08 16:45:10.940318
12424	http://chlamy.pmb.lif.kyoto-u.ac.jp/chlamybase	クラミドモナス統合データベースChlamyBase	Chlamy Base					生物種/植物界/緑藻植物門	ゲノム特定	国立大学法人/京都大学	2009-03-06 00:25:02.082193
11358	http://www.genome.jp	ゲノムネット	GenomeNet					DB型/解析サービス	文科省;wing	国立大学法人/京都大学/化研	2009-03-05 15:52:33.942256
	http://genomenetwork.nig.ac.jp/	ゲノムネットワークプラットフォーム	Genome Network Platform			文部科学省「ゲノムネットワークプロジェクト」のゲノム機能情報の解析で得られた成果の中で、ヒト･マウスcDNAのCAGEタグシーケンシングデータ、及び酵母ツーハイブリッド法による転写因子間の相互作用データのデータベース	It is a database of human and mouse cDNA CAGE tag sequencing data and molecular interaction data between transcription factors based on yeast two hybrid method, which are outcomes of genome function information analyses in MEXT Genome Network Project.	DB型/プロジェクト;対象/相互作用;対象/DNA/配列		共同利用研究機関/遺伝研	2009-03-05 23:58:51.048293
	http://www.genome.jp/kusuri/	ゲノムネット医薬品データベース				JAPIC 医薬品添付文書情報を KEGG DRUG にある様々な情報と統合したデータベースです。\n開発元：京都大学化学研究所　バイオインフォマティクスセンター		対象/低分子化合物;対象/低分子化合物/薬物			2009-07-14 15:35:52.808684
	http://www.lsbm.org/database/index.html	システム生物医学データベース				ヒト正常組織、正常細胞、癌細胞株の網羅的な遺伝子発現データベースであるRefExA, 血管内皮細胞のHUVEC (*1) にTNFαなどの刺激を加えた際の発現データであるHUVEC DB, ラット組織の核内受容体の抗体・免疫染色データベースであるIHC DBの3種類の遺伝子発現データベースを含んでいる。			厚労省		2011-01-13 18:12:28.961091
	http://219.121.17.221/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php?BOOK_ID=BOOK_4	シロイヌナズナDNAブック RIKEN Arabidopsis cDNA Encyclopedia DNABook TM		シロイズナズナcDNA百科事典		シロイズナズナcDNAの解説、PCR、Transcriptionのプロトコルを公開。さらにRIKEN DNA resourceと連携してクローンの提供も行っている。		生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/DNA/配列			2009-08-31 12:27:11.239965
11444	http://amber.gsc.riken.jp/act/top.php	シロイヌナズナアクチベーションタギングラインデータベース	Activation Tagging Line Database	シロイヌナズナのアクティベーションタグライン	Activation T-DNA tags of mutant Arabidopsis lines	シロイヌナズナのアクティベーションタグラインで、T1世代で表現型に変化の現れたものについて、その表現型の記述が写真と共に掲載されている。　本来は変異株を配布する目的で構築されている。	The database contains phenotypes and the photos of Arabidopsis activation tag lines that showed phenotypical changes in the T1 generation. The initial intent of the database was to distribute mutant strains.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ	文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ	2009-03-05 22:50:07.644821
11391	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/cdnaclone.html	シロイヌナズナ完全長cDNAクローンカタログ	Arabidopsis Full-Length Clone Database Search	シロイヌナズナ全長cDNAクローンカタログ	Catalogue of Arabidopsis, full-length cDNA	理研で配布しているシロイヌナズナ全長cDNAクローンの一覧。　各クローンの全長配列を掲載している。	A list of Arabidopsis full-length cDNA clones distributed by RIKEN. Full length sequences for the clones are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-05 23:56:38.013238
	http://omicspace.riken.jp/gps/group/psca2	シロイヌナズナ蛋白質修飾部位データベース				タンパク質のマススペクトルデータより同定されたタンパク修飾部位情報の提供		生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/タンパク質/配列			2009-08-31 12:31:03.373293
12335	http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/	シロイヌナズナ転写因子データベース (RARTF)	RIKEN Arabidopsis Transcription Factor database (RARTF)					生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ	ゲノム特定;理研ポータル		2009-03-06 00:43:11.04587
12160	http://www.kazusa.or.jp/en/plant/porphyra/EST/index.html	スサビノリEST Index	Porphyra yezoensis EST Index	スサビノリEST	ESTs of Porphyra yezoensis (red alga)	スサビノリ(Journal of Phycology)のESTとそのアノテーション(BLASTXによる)が掲載されている。　10907854, Journal of Phycology 39,923-930(2003) のsupplementデータ。	Porphyra yezoensis ESTs and BASLT annotations are registered. Supplement data for 10907854, Journal of Phycology 39,923-930(2003) .	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/紅色植物門;対象/遺伝子発現	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-03-05 23:45:39.45533
12375	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/n_tabacum.html	タバコBY-2培養細胞ESTクローン キーワード検索	Tobacco EST clones from BY-2 cells Database Search					生物種/植物界/被子植物門/ナス科/タバコ	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-06 00:45:07.513735
	http://p3krs.protein.osaka-u.ac.jp/p3kdb/v_menu.php	タンパク3000成果データベース	タンパク3000成果データベース			文部科学省「タンパク3000プロジェクト」の現状と成果をまとめたデータベース	A database of the present status and the outcomes of MEXT Protein 3000 Project"	DB型/プロジェクト;対象/タンパク質/立体構造		独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-02-17 11:43:23
11457	http://genius.cbrc.jp	タンパク質立体構造データベース(GENIUS Ⅱ)	GENIUS Ⅱ		GENIUS Ⅱ	ゲノム配列中上に予測されたコード領域に、タンパク質立体構造を対応付けてデータベース化した。　基本はPSI-BLASTによる相同タンパク質の検索。	A database of predicted coding regions in the genome sequences and the protein 3D structures. Basically, it is the searches of homologous proteins using PSI-BLAST.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	CBRCカタログ;経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-04-02 18:07:12.440271
12336	http://genome.gsc.riken.go.jp/ppi/	タンパク質間相互作用 (PPI)	List of 145 protein-protein interactions					対象/相互作用;対象/相互作用/タンパク質-タンパク質	理研ポータル		2009-03-06 00:40:08.872229
11498	http://www.prigen.org	チンパンジーcDNAデータベース (PRIGEN)	Database of Chimpanzee cDNAs (PRIGEN)	チンパンジー全長cDNA配列	Full-length cDNAs of chimpanzee (Pan troglodytes verus)	チンパンジーの脳、肝臓、精巣、上皮組織より作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定し、その一部の全長配列を決定した。　12727913, 15677748 のsupplementデータ。	Full-length cDNA libraries were constructed from chimpanzee brain, liver, testis, and epithelial tissues. Then, 5'EST were sequenced, and some of the clones were sequenced in the full-length. Supplementary data for 12727913 and 15677748.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類;対象/遺伝子発現	厚労省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/医薬基盤研究所生物資源研究部遺伝子資源研究室	2009-03-05 23:47:01.181693
11387	http://omicspace.riken.jp	データ統合検索システム（GPS:Genome-Phenome Superhighway）	RIKEN Hub Database Project					DB型/解析サービス;対象/アノテーション	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC	2009-03-05 22:23:35.830089
	http://wwwtgp.nibio.go.jp/index.html	トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト							厚労省		2011-01-13 18:12:40.559225
12376	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/transposon.html	トランスポゾンタグラインカタログ検索	plant tag line Database Search						理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-06 00:45:28.022617
12434	http://www25.casi.osaka-u.ac.jp/japanese/database/index.html	トランスポゾンデータベース	Transposon Database						ゲノム特定	国立大学法人/大阪大学/大学院医学系研究科/環境・生体機能学	2009-03-06 00:26:01.61261
12337	http://protein.gsc.riken.jp/jp/Research/index_na.html	ノイラミニダーゼ(抗インフルエンザ薬標的タンパク質)立体構造予	RIKEN Systems and Structural Biology Center					対象/タンパク質/立体構造	理研ポータル		2009-03-06 00:39:34.949009
	http://133.1.134.69/IDB_P/	パーキンソン病臨床情報データベース				「パーキンソン病関連疾患臨床個人調査票」の各項目に加え、服用薬剤の種類と投与量などの一部を匿名化を施した上で公開している			厚労省		2011-01-10 18:55:58.515504
12353	http://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php?BOOK_ID=BOOK_2	ヒトDNAブック	DNABook		DNABook			DB型/辞典	理研ポータル		2010-04-14 10:34:41.374875
11443	http://digit.gsc.riken.jp/download	ヒト新規遺伝子候補データベース	DIGITized Genes			ヒトゲノムにプログラムDIGITを適用して探索した遺伝子候補のリスト。	A list of candidate genes explored through application of DIGIT program to human genome.	DB型/プログラム;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/配列	文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/GSC ゲノム構造情報研究グループ	2009-03-05 22:46:30.085949
12144	http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/MutationView/jsp/index.jsp	ヒト疾患関連遺伝子・多型総合データベース	KMDB/MutationView	ヒト疾患関連変異	Database for human disease-associated gene mutations	ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM, GDB, (おそらく)文献より収集し、その位置を染色体上に、発祥部位をヒト身体/臓器にマッピングした。　変異による遺伝子構造の変化(アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されている。　疾患ごとに7種のサブDBが構築されている。（KMaiDB, KMboodDB, KMbrainDB, KMcancerDB, OMearDB, KMeyeDB, KMheartDB, KMmuscleDB, KMsyndromeDB）	Gene mutations related to human diseases have been collected from OMIM, GDB, and literature, and the loci were mapped to the chromosomes, and the diseased sites were mapped to human body/organs. Structural changes (in the amino acids and in splicing, etc) in the genes due to mutations are registered. Seven sub-databases for disease categories have been constructed（KMaiDB, KMboodDB, KMbrainDB, KMcancerDB, OMearDB, KMeyeDB, KMheartDB, KMmuscleDB, KMsyndromeDB）	DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	私立大学/慶応大/ヒト遺伝子疾患変異研究会	2009-03-05 22:34:49.589755
11392	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/p_patens.html	ヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンカタログ	Physcomitrella patens Full-Length cDNA Clone Database Search	ヒメツリガネゴケEST遺伝子発現	EST analysis of Physcomitrella patens (moss) gene expression	理研で配布しているヒメツリガネゴケ全長cDNAクローンの一覧。　各クローンのEST配列を掲載している。	A list of Physcomitrella patens subsp. patens. Full-length cDNA clones distributed by RIKEN. Full length sequences for the clones are registered.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/コケ植物門/ヒメツリガネゴケ;対象/遺伝子発現	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-09-02 13:43:55.905488
12411	http://www.metabolome.jp/software/	フラボノイドビューワ							ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/新領域創成科学	2009-02-17 11:43:23
	http://www.brain-bank.org/	ブレインバンク				神経難病の原因究明と治療法の開発を目指す研究に提供することを前提として、人の死後脳組織を系統的に保存するための機関			厚労省		2011-01-13 18:12:53.159841
12377	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/poplarclone.html	ポプラ完全長cDNAクローン キーワード検索	Poplar Full-Length Clone Database Search						理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-06 00:45:53.147764
12354	http://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php?BOOK_ID=BOOK_1	マウスDNAブック	マウスDNAブック					生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12378	http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/search.cgi	マウス系統検索	ANIMAL SEARCH SYSTEM					生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-06 00:46:32.319128
12338	http://read.gsc.riken.go.jp/	マウス遺伝子発現データベース (READ)	READ: Riken Expression Array Database					生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス	理研ポータル		2009-03-06 00:38:57.710426
12400	http://www.kurodalab.org/info/myosin.g	ミオシンリン酸化反応の生化学反応モデルの公開ホームページ							ゲノム特定	国立大学法人/東京大学/大学院理学系研究科　生物化学	2009-02-17 11:43:23
12339	http://grs.psc.riken.jp/index.html	ミヤコグサEMS変異体データベース						生物種/植物界/被子植物門/マメ科	理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12158	http://www.kazusa.or.jp/en/plant/lotus/EST/index.html	ミヤコグサEST Index	Lotus japonicus EST Index	ミヤコグサEST	ESTs of Lotus japonicus (model legume)	ミヤコグサ(Lotus japonicus)のEST、3' ESTのコンセンサス配列とそのアノテーションが掲載されている。　10819328のsupplementデータ。	Lotus japonicus EST sequences, 3'EST consensus sequences, and the annotations are registered. Supplement data for 10819328.	DB型/プロジェクト;生物種/植物界/被子植物門/マメ科;対象/遺伝子発現	経産省	公益法人/かずさDNA研究所	2009-03-05 23:47:48.903185
12129	http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/index.html	ライフサイエンス辞書	LIFE SCIENCE DICTIONARY PROJECT	ライフサイエンス分野の用語の辞書	A dictionary of  technical terms in the life sciences	ライフサイエンス分野で使用される専門用語の辞書。　英和検索、和英検索、共起検索が可能で、用語の論文アブストラクト中における用例を確認できる。	Dictionaries of technical terms that are used in life sciences. English-Japanese, Japanese-English, and co-occurrence searches are available, and the usages of the terms in article abstracts can be confirmed.	DB型/知識モデル;対象/文献	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/京都大学/大学院薬学系	2009-03-05 22:40:34.339919
12379	http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/rat_search.cgi	ラット系統検索						生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/ラット	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-02-17 11:43:23
	http://rehadb.umin.jp/	リハビリテーション患者データバンク（DB）				施設間でデータが結合できるように項目を統一し、患者データ入力用のソフトウェアを配布している。脳卒中データバンクと連携。日本リハビリテーション医学会の専門医を中心とする有志で組織			厚労省		2011-01-13 18:13:04.334253
11359	http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_linkdb	リンク情報データベースLinkDB	LinkDB Search	公共DB間クロスリファレンス	Cross reference of public databases	分子生物学分野の多数のデータベースの間で構築したクロスリファレンス。　あるデータベースのあるエントリについて、他のデータベース中の対応するデータを網羅的に検索できる。	Cross references between multiple molecular biology databases. It can search with an entry in a database for relevant data in other databases.	DB型/プログラム	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/京都大学/化研	2009-03-05 22:44:40.238449
	http://iyashi.midb.jp/	九州がんセンター 癒し憩い画像データベース				自然界の写真・音・映像は人を癒す力があるとして、収集されたそれらをわかりやすく分類したデータベース。九州がんセンターの医療情報研究の一環として、画像情報部の管理の元に作成・運営されている。			厚労省		2011-01-21 18:07:40.687306
	http://breast-tumor.midb.jp/lib/chlang.php?lang=ja	乳腺腫瘍画像データベース	Breast Tumor Image Database			匿名化された乳腺腫瘍の症例について、超音波によるエコー像・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている。		対象/画像;対象/医学/病気,ガン;対象/医学/病理学			2009-08-03 16:07:04.507293
	http://www.rehab.go.jp/ri/kankaku/Cochlear/index.html	人工内耳装用児童全国調査結果				平成12年に全国の医療機関とろう学校と難聴幼児通園施設等を対象にして行われた、人工内耳装用児童に関するの調査結果を公開している。			厚労省		2011-01-21 18:12:26.945423
12383	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/SASSC/	仙台シロイヌナズナ種子保存センター (SASSC)	SASSC Quick search					生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-06 00:50:26.132631
11458	http://mbs.cbrc.jp/pdbreprdb-cgi/reprdb_menuJ.pl	代表的タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)	PDB-REPRDB Representative protein chains from PDB	タンパク質代表チェイン	Representative protein chains	PDBに登録されているタンパク質を配列と構造の類似性からグループ化したデータベース。　各グループの代表タンパク質を指定のルールに従って選択するインターフェースがある。	A database that grouped PDB proteins based on the similarity in sequences and in the structures. An interface is provided with which representative proteins for the groups can be selected by applying to specified rules.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	CBRCカタログ;経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所,生命情報工学研究センター;独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/CBRC	2009-03-05 22:47:03.137979
12343	http://prime.psc.riken.jp/?action=standard_index	代謝物標準スペクトル	Standard Spectrum Search	代謝産物標準スペクトル	Standard  spectrum of metabolites	代謝産物(化合物）のNMRおよびMSの標準スペクトルを測定した。　検索インターフェースを通じてのみ利用できる。　「NMR標準スペクトル」との関係は明記されていない。	NMR and MS reference spectrum for metabolic products (chemical compounds) have been analyzed. It is available only via search interface. The relation to NMR reference spectrum is not described.	DB型/プロジェクト;対象/低分子化合物/代謝産物;対象/低分子化合物	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/植物科学研究センター	2009-03-06 00:01:45.427893
	http://jaame.majestic.jp/mimtdb/	低侵襲医療機器開発の情報検索サイト				低侵襲医療機器のシーズ、ニーズ、リスクデータベース			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://rhino2.med.yamanashi.ac.jp/torikumi-doc/	健やか親子21 取り組みのデータベース				健やか親子21（母子保健の2010年までの国民運動計画）に関連して、都道府県、保健所、区市町村、医療機関および関係団体が実施する母子保健サービスなどの取り組みのデータベース			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://www.nutritio.net/shokuiku/toroku/	健康づくりに向けた「食育」取組データベース				全国の自治体で行った食育に関する取り組みを登録できる。			厚労省		2011-01-21 18:07:59.026659
	http://www.dipex-j.org/	健康と病いの語り ディペックス・ジャパン				「病気の診断を受けた人やその家族が、同じような経験をした人たちの「語り」に触れて、 病気と向き合う勇気と知恵を身につけるために作られたウェブサイト」			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://exdb.health-net.or.jp/index.html	健康・体力づくりと運動に関するデータベース				疫学、運動生理学を中心とした研究者（エキスパート）、約80名により、特に運動と生活習慣病予防、健康増進をテーマに、最新（2000年以降、た だしゴールデンスタンダードとされるものは2000年以前も加える）かつ可能な限り科学的根拠 (エビデンス) レベルの高い文献を1,200本余収集して作成しました。平成19年4月より一般公開を開始し、現在まで随時文献を追加し更新しています。1文献ごとにその文献の紹介者（エキスパート）を明記し、エキスパート本人が文献の概要を日本語で紹介し、コメントを添付しています。論文名・著者・年代はもちろん、研究の対象・種類・方法、アウトカムなどによる検索とフリーキーワード検索をあわせてできるシステムを構築し、目的別にすばやく文献を絞り込むことができます。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://h-crisis.niph.go.jp/hcrisis/index.jsp	健康危機管理支援ライブラリーシステム				感染症等の健康危機に対し、その発生を未然に防止するための各種情報提供、訓練ならびに発生時の迅速な解決に向けた対応の支援を実施するためのシステム			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://www.nihs.go.jp/hse/c-hazard/bc-info/cagent/index.html	健康危機管理関連情報				平成１１年度厚生科学研究費補助金（厚生科学特別研究事業）No.14 「化学物質による緊急健康危害対応のための情報に関する研究」報告書の「第１章　化学剤に関する情報の調査研究」をベースに再編・更新したデータベース。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
11440	http://gdi.med.hokudai.ac.jp	免疫組織化学総合データベース						DB型/辞典	文科省	国立大学法人/北海道大学/北海道大学病院病理部/ワーキンググループ	2009-02-17 11:43:23
12386	http://fantom2.gsc.riken.jp/EICODB/imprinting/	刷り込み遺伝子データベース(EICO DB) - Candidate Imprinted Tr	CITE: Candidate Imprinted Transcript from gene Expression						理研ポータル		2009-03-06 00:51:46.661494
12387	http://fantom2.gsc.riken.jp/EICODB/snp/	刷り込み遺伝子データベース(EICO DB) - MoUse SNP CATalog (MuS	EICO DB: Mouse SNP CATalog						理研ポータル		2009-03-06 00:52:16.720901
	http://www.niph.go.jp/entrance/saikyouiku.htm	医師・歯科医師に対する継続的医学教育のための資料集							厚労省		2011-01-13 18:13:14.64744
	http://www.jpec.or.jp/contents/c19/hukuyakusidokosei.html	医薬品服薬指導情報集				各品目ごとに、その先発企業の添付文書を元に、国内外の代表的な文献・資料等に基づいて解説したデータベース。399成分収載の本編（上・中・下巻）と55成分の追補版がある。			厚労省		2011-01-21 18:06:07.859237
	http://www.jpec.gr.jp/database/main.html	医薬品添加物安全性データ				平成１５年～１７年に検討した医薬品添加物の安全性に関するデータベース。			厚労省		2011-01-21 15:41:01.871615
	http://protist.i.hosei.ac.jp/index-J.html	原生生物情報サーバー	Protist Information Server			「原生生物とその他の微生物の画像（静止画 61094枚，内訳：総計714属，3067種，11855サンプル，および，動画 1294 クリップ，淡水産が主）と関連情報を提供しています。」\nSoken\nこのデータベースは，総合研究大学院大学 共同研究「生物形態資料画像データベースの構築」（研究計画３年，1997-1999），および，平成９年度科学技術振興調整費による 知的基盤整備推進制度採択課題 「生物系研究資材のデータベース化及びネットワークシステム構築のための基盤的研究開発」 （研究計画５年，1997-2001）に参加しています。また，このデータベースは科研費（試験研究Ｂ　課題番号 07558052）の補助を受けました。	This server is providing 61,094 images of protists and other microorganisms (714 genera, 3067 species and 11855 samples) and 1294 movie clips as research and educational resources. This database is supported by the Soken-Taxa project Construction of Biological Image Databases (1997-1999) at The Graduate University for Advanced Studies, and by the Bio-Resource project Fundamental research and development for making databases and networking culture collection information (1997-2001) at JST (Japan Science and Technology Corporation). The database has received grant-in-aid (07558052).	DB型/辞典;生物種/原生動物界			2010-01-25 11:10:43.921952
	http://plaza.umin.ac.jp/nrndata/	周産期母子医療センターネットワークデータベース解析報告				2003年以降に全国の総合周産期母子医療センターおよび主要新生児医療施設に入院して治療を受けた出生体重1500g以下の新生児を対象としたデータベース。集計結果はPDFで公開されている		対象/医学	厚労省	私立大学/東京女子医科大学	2011-01-10 16:02:41.243961
12444	http://dtbcog.gen-info.osaka-u.ac.jp/	哺乳動物の精巣及び脳・神経系において共通に発現を示す遺伝子群							旧ゲノム特定	国立大学法人/九州大学/大学院医学研究院	2009-02-17 11:43:23
	http://macro.dokkyomed.ac.jp/mammal/jp/mammal.html	哺乳類頭蓋の画像データベース	Mammalian Crania Photographic Archive					DB型/辞典;対象/画像			2009-07-29 14:11:14.55367
	http://www.nih.go.jp/eiken/yousan/eiyochosa/index.html	国民栄養調査データを活用した都道府県別栄養関連指標の検討				年齢・身長・体重・BMI・歩数および各種食品摂取量について都道府県別に集計・グラフ化した資料を公開している			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://cir.ncc.go.jp/jp/index.html	国立がん研究センター がん診療画像レファレンスデータベース				がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースで、G7のサブプロジェクト、MEDIREC (Medical Image Reference Center)の活動の一環としてスタートした。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立がん研究センター情報委員会が作成している。					2011-01-10 18:00:00
794	http://snp.cshl.org	国際 HapMap 計画	The SNP Consortium database	The SNP Consortium database			SNP Consortium data	対象/DNA/多型	DDBJ;ExPASy;MetaDB;NAR catalog;The Bio Netbook		2009-08-20 13:45:18.976035
	http://ncrp.ncc.go.jp/	地域がん登録の技術支援のページ				地域がん登録を技術的側面から支援することと、地域がん登録の標準化に関する情報を地域がん登録関係者に提供することを目的として運営されている			厚労省		2011-01-10 19:02:25.686671
	http://men-net.org/	多発性内分泌腫瘍症情報サイト				多発性内分泌腫瘍症（Multiple Endocrine Neoplasia: MEN)に関する情報提供を行う			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://www.ncchd.go.jp/kusuri/index.html	妊娠と薬情報センター				妊娠・授乳中の服薬に関する情報機関。専門の医師・薬剤師による相談も受け付けている			厚労省		2011-01-21 18:08:49.376512
	http://www.aiiku.or.jp/member/m_rsearch.php?uid=&sid=&k=1	子ども家庭総合研究報告書				子ども家庭総合研究報告書（心身障害研究報告書）について、報告書タイトル、発行年度、作成者、キーワードなどから検索ができる。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
11471	http://fldb.hgc.jp/cgi-bin/cDNA3/public/publication/index.cgi	完全長cDNAデータベース (FLJ-DB)			Full-length human cDNA Database	経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られた、オリゴキャップ法の完全長ヒトcDNAクローンの配列決定による3万個の完全長cDNA配列のデータベース	A METI full-length cDNA sequencing and analysis project” database of 30,000 human full-length cDNA sequences that have been collected using Oligo-cap method.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/配列	経産省;wing	国立大学法人/東京大学/医科学研究所;公益法人/Helix 研究所	2009-02-17 11:43:23
	http://www.nch.go.jp/policy/shoumann.htm	小児慢性特定疾患治療研究事業				各年度における小児慢性特定疾患治療研究事業の全国登録状況		対象/医学	厚労省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/国立成育医療センター研究所	2011-01-10 16:07:05.171143
	http://www.iidahan.jp/	強度行動障害ホームページ				強度行動障害をもつ人への支援の手がかり事例集			厚労省		2011-01-10 18:00:00
11465	http://www.aist.go.jp/RIODB/MRCD/servlet/MainServlet	微生物データベースシステム (MRCD)						DB型/辞典;生物種/真正細菌超生物界	経産省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/産業技術総合研究所/生物遺伝子資源研究部門	2009-02-17 11:43:23
	http://www.j-poison-ic.or.jp/poisoncase.nsf/	急性中毒症例収集　ホームページ				独自に作成した統一フォーマットを用い、財団法人日本中毒情報センターにより登録・収集された急性中毒症例のデータベース			厚労省		2011-01-21 18:07:25.745605
	http://www.info.pmda.go.jp/guide_ippan/guide.html	患者用語集 (ver2.2)				http://www.info.pmda.go.jp/guide_ippan/file/yougo_2_2.xls として患者用語集を公開している。			厚労省		2011-01-21 18:07:01.515317
	http://dbcls.nagahama-i-bio.ac.jp/xoops/modules/pukiwiki/	持続可能型社会への貢献遺伝子データベース	Database for Genes Contributing to Sustainable World			自然環境の浄化や保全に役立つ、広い意味では「持続可能型社会の実現に貢献できる可能性を持つ遺伝子」を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング（メタゲノム解析）で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない500万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試み、注釈の結果を記載したデータベース。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの一環として行われている。	It is a database of annotation targeted to more than 5,000,000 gene candidates that have no assignment of functions in public databases and that were originated from a large number of nucleic acid sequences collected in large-scale sequencings of environmental biological samples (metagenome analyses), which are advanced in all over the world to discover genes that might be useful to the cleanup and conservation of natural environment, leading to a sustainable society. It is a part of human resource development program of database integration project.	DB型/注釈;生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列	統合DBプロジェクト	私立大学/長浜バイオ大学/バイオサイエンス学部	2009-03-05 22:24:19.927256
	http://www.ncnp.go.jp/nimh/keikaku/report/admi.html	措置入院制度に関する研究				国立精神・神経医療研究センター精神保健研究所精神保健計画研究部により作成された研究報告書の要旨が閲覧できる。			厚労省		2011-01-21 18:12:57.48102
	http://dmd.nihs.go.jp/implant/seikei/index.html	整形外科インプラント不具合報告				厚生労働科学研究費補助金　医薬安全総合研究事業　「医療用具の有効性・安全性評価手法の開発に関する研究 (主任研究者 国立医薬品食品衛生研究所 療品部 土屋利江部長)」の分担研究として行われた内容を掲載している。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://dra4.nihs.go.jp/mhlw_data/jsp/SearchPage.jsp	既存化学物質毒性データベース				CAS番号で対応付けられた既存の化学物質について物質名称・CAS番号の2通りで検索し、毒性試験の結果を閲覧できる。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://protist.i.hosei.ac.jp/gbif/DB_list/index.html	日本における生物多様性関連Webサイト一覧	Biodiversity Websites in Japan	多様性サイトカタログ	Index to biological diversity web sites	「ネット上に存在する生物多様性関連のWebサイトを調べてみました。まだ，調査途中で，すべてのサイトを網羅できているわけではありませんが，おおよその概要はつかめるのではないかと思います。」と謙遜してるが非常に充実している。\n　掲載サイト数：448	The site lists 448 Web sites of biological diversity, still claiming that the list is under construction.	DB型/カタログ			2009-08-31 13:57:15.160425
11855	http://www.dgrc.kit.ac.jp/~jdd/	日本ショウジョウバエデータベース（JDD：Japan Drosophila Data	Japan Drosophila Database					DB型/辞典;生物種/動物界/節足動物門/ショウジョウバエ	文科省;wing	国立大学法人/京都工業繊維大学/ショウジョウバエ遺伝資源センター	2011-06-28 18:04:04.407096
	http://ent.md.shinshu-u.ac.jp/deafgene.html	日本人難聴遺伝子データベース				現在までに日本人に報告されている難聴遺伝子、および臨床に役立つような情報をまとめている			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://wwwsoc.nii.ac.jp/ujssb/	日本分類学連合	the Union of Jaoanese Societies for Systematic Biology	日本分類学会連合公式ホームページ	The Union of Japan Societies for Systematic Biology, academic community homepage	日本分類学会連合は、日本国内の生物の分類に関わる学会の連合組織として、分類学全般に関わる研究および教育を推進し、分類学分野の普及と発展に寄与することを目的に設立されました。趣旨に賛同する学協会の参加により組織運営されています。 (HP設立趣旨より引用）	The Union of Japan Societies for Systematic Biology was established as federation of academic societies in Japan that are committed to classification of organisms, for the purpose of promoting research and education of systematics in general, and contributing to the dissemination and expansion of systematics fields. This federation is organized and managed by academic societies and communities that agree with the spirit of the federation."	DB型/カタログ			2009-04-02 18:11:05.41297
	http://moldb.nihs.go.jp/jan/	日本医薬品一般名称データベース				日本で一般的名称が付けられたすべての医薬品について、医薬行政・研究のための基盤となる情報を提供することを目的として、医薬品一般名称（英名および日本名）、日本薬局方収載状況、構造式、化学名、分子式、分子量、CAS登録番号、薬効分類コード、薬効分類名、 INN等についてデータベース化を行っている。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://www.jacvsd.umin.jp/top.html	日本成人心臓血管外科手術データベース				心臓血管外科手術を受ける患者さんの手術前の医学的身体状況と行われた手術およびその結果を調査し、これをデータベースとして情報収集し全国的に集計している			厚労省		2011-01-21 18:09:07.400579
	http://www.jacvsd.umin.jp	日本成人心臓血管外科手術データベース		Japan Adult Cardiovascular Srgery Databese	Japan Adult Cardiovascular Surgery Database	心臓血管外科手術を受ける患者の術前後の医学的身体状況と手術内容・結果	Pre/post-operative medically-checked physical status and the operation processes and the outcome of patients who underwent cardiovascular surgery.	対象/医学		学会/日本胸部外科学会	2009-02-17 21:09:49.252034
	http://ant.edb.miyakyo-u.ac.jp/J/index.html	日本産アリ類画像データベース	Japanese Ant Image Database					DB型/辞典;生物種/動物界/節足動物門;対象/画像			2011-01-24 22:06:51.004489
	http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/dji/index-j.html	日本産昆虫学名和名辞書(DJI)	Dictionary of Japanese Insect Names					生物種/動物界/節足動物門		国立大学法人/九州大学	2010-01-16 20:06:26.324924
	http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/mokuroku/index-j.html	日本産昆虫目録データベース(MOKUROKU)	Check List of Japanese Insects MOKUROKU					生物種/動物界/節足動物門			2010-01-16 20:07:49.514837
	http://www.niaes.affrc.go.jp/inventory/microorg/mokuroku/zukan.html	日本産糸状菌類図鑑				農業環境に生息する糸状菌の情報を格納したデータベースです。 一覧表より各糸状菌の分類、形態(画像付)等の解説情報を参照できます。(AgriTogoより引用)		DB型/辞典;生物種/菌界;対象/画像	農水省		2010-06-18 13:26:03.851187
	http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/index-j.html	昆虫学データベース(KONCHU)						生物種/動物界/節足動物門			2010-01-16 19:39:16.69288
	http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/konchur/index-j.html	昆虫学文献データベース(KONCHUR)						生物種/動物界/節足動物門			2010-01-16 19:42:51.239673
	http://www.nutritio.net/linkdediet/news/	最新健康･栄養ニュース：むく鳥通信(健康栄養篇)				英語文献を中心に健康増進、栄養に関する最新の研究を紹介			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://www.med.nagoya-u.ac.jp/~dicos/about-jp.html	有機溶剤中毒症例データベース				（データベーストップページより引用）\nこのデータベースは、日本産業衛生学会有機溶剤中毒研究会が1984年から2000年にかけて刊行した「有機溶剤中毒症例集」をベースに電子化したものです。症例を発表した文献の有無、業務上認定申請及び決定状況などは、すべて症例収集当時のもので\nす。また、各症例の診断はすべて症例報告者によってなされたもので、有機溶剤中毒であることが確定的な例から中毒の可能性がある例まで、幅広い診断確度の例が含まれています。	(cited from the database top page) This database is an electronic version of cases of organic solvent poisoning that originally were published from 1984 through 2000. The literature information, occupational disease application and decision status are at the time of case collection. All the diagnoses of the cases were made by case reporters, and they contain a wide range of diagnosis confidence, from cases of definite organic solvent poisoning to possible cases of poisoning.	対象/医学		国立大学法人/名古屋大学/医学部大学院医学系研究科	2009-02-17 21:12:47.93979
	http://www.homehospice.jp/db/db.php	末期がんの方の在宅ケアデータベース				自宅での療養を希望するがん患者とその家族のために、近くの医療機関のリストを検索できるデータベース。			厚労省		2011-01-21 18:16:19.056945
	http://www.jukudai.com/	松本市熟年体育大学				松本市熟年体育大学（総合体育館コース）は、平成9年4月に開設した松本市と信州大学の共同プロジェクトとして、市内在住の40歳以上を対象にした事業です			厚労省		2011-01-10 18:00:00
12382	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/plant/c101_search.php	植物培養細胞カタログ-細胞株検索サービス							理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-02-17 11:43:23
	http://www.niaes.affrc.go.jp/biosafe/Bact/Ent.html	植物細菌病の診断と病原細菌の同定						DB型/辞典;生物種/植物界/被子植物門/イネ科/イネ;対象/画像		独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業環境技術研究所	2009-02-17 11:43:23
12380	http://www.brc.riken.jp/lab/epd/plant/g101_search.php	植物遺伝子材料カタログ‐遺伝子検索システム							理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-02-17 11:43:23
11434	http://www.jamstec.go.jp/jamstec-j/XBR/db/exbase/exbase.html	極限環境微生物DB（Extremo Base）	Extremobiospheres Research Center	極限環境微生物ゲノム／アノテーション	Genomes of Extremophiles/ annotation	海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。　他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。	Extremophils genome sequences and the annotations analyzed in JAMSTEC. The database contains a list of links to extremophils genome information analyzed in other institutes.	DB型/プロジェクト;生物種/真正細菌超生物界;対象/DNA/配列	文科省;wing	独立行政法人、特殊法人、許可法人/海洋開発研究機構極限環境生物圏研究センター	2009-03-06 00:01:12.229603
11470	http://www.bio.nite.go.jp/ngac/snps.html	標準SNPs解析事業						対象/DNA/多型	経産省	国立大学法人/東京大学/東京大学医科学研究所、バイオ産業情報化コンソーシアム、製品評	2009-02-17 11:43:23
	http://rhino.med.yamanashi.ac.jp/	母子保健・医療情報データベース				母子保健・医療に関する各種情報（以下参照）をデータソースとし、これらについて過去15年（統計情報に関しては過去10年）を遡って情報収集している。					2011-01-10 18:53:21.695861
	http://www.midb.jp/db/jp/	消化管医用画像データベース	Gastrointestinal Medical Image Database			匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている		対象/医学/病理学			2009-08-03 16:04:34.958526
	http://www.info.pmda.go.jp/psearch/html/menu_tenpu_base.html	添付文書情報メニュー				医療用医薬品（体外診断薬を除く）の添付文書の内容を各製薬企業において電子化したデータベース。			厚労省		2011-01-21 18:11:54.032992
	http://ameba.i.hosei.ac.jp/BIDP/MakinoCD/makino/html_j/index.html	牧野標本館タイプ標本データベース	Makino Herbarium Type Specimen Image Database					対象/画像			2009-07-24 10:28:14.563789
	http://fosdu.nih.go.jp/	特別用途食品・栄養療法エビデンス情報				1）特別用途食品や栄養療法に関する基礎的な情報をわかりやすく提供する。2）消費者庁により表示を許可された特別用途食品をリスト化して紹介し、許可された製品とそれ以外のものを明確にする。3）主に専門職をサポートするための栄養療法に関連したエビデンス（科学的根拠）をデータベース化することなどを目的としている。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://kenshin-db.niph.go.jp/kenshin/	特定健康診査機関・特定保健指導機関データベース				医療保険者が40－74歳の被保険者・被扶養者を対象とした「特定健康診査・特定保健指導」の実施を委託する機関の候補に関する参考情報として資することを目的としたデータベース。「特定健康診査・特定保健指導」を実施する機能を有する健診機関および保健指導機関の情報を集積している			厚労省		2011-01-10 18:00:00
12345	http://www.rsgi.riken.go.jp/	理化学研究所 構造プロテオミクス研究推進本部 (RSGI)	RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)						理研ポータル		2009-03-06 00:33:35.37627
12346	http://www.npd.riken.jp/npd/index.php	理化学研究所 長田抗生物質研究室 天然化合物バンク 化合物デー	RIKEN Natural Products Depository						理研ポータル		2009-07-24 11:21:58.206247
12347	http://prime.psc.riken.jp/	理研 メタボロームプラットフォーム (PRIMe)	PRIMe: Platform for RIKEN Metabolomics	理研植物科学研究センター・メタボローム基盤研究グループポータ	Portal site for Metabolome Research Group, Plant Science Center, RIKEN	理研植物科学研究センター「NMR標準スペクトル」「代謝産物標準スペクトル」「遺伝子相関検索」「クラスタ切り出しソフトウェア」が掲載されたポータルで、そのほかに「二次代謝物構造DB（奈良先端大のKNAｐSAｃK, kanaya.naist.jp/KNApSAcK/）」「BL-SOMクラスタリング」が掲載されている。	A portal site to RIKEN Plant Science Research Center NMR reference spectrum, Metabolic products reference spectrum, Gene correlation search, Gene cluster extraction software. It also registers Secondary metabolic products database (NAIST KNAｐSAｃK, kanaya.naist.jp/KNApSAcK/） and BL-SOM clustering.	DB型/カタログ	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/植物科学研究センター	2009-03-05 21:53:37.204415
12349	http://omicspace.riken.jp/db/index.html.ja?keyword=%E7%90%86%E7%A0%94	理研 統合データベース	RIKEN Hub Database						理研ポータル		2009-09-02 13:34:45.475292
12348	http://genome.gsc.riken.jp/TFdb/	理研 転写因子データベース (TFdb)							理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
12436	http://pfgweb.gsc.riken.go.jp/projects/microarray_j.html	理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ 広報用サイトマイクロ							ゲノム特定	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/中央研究所　植物分子生物学研究室	2009-02-17 11:43:23
11453	http://odds.tokyo-med.ac.jp	琉球大学遺伝性疾患データベース第9版						対象/医学	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/琉球大学/大学院医学研究科医学部 医科遺伝学分野	2009-02-17 11:43:23
11502	http://www.peptidome.jp/j-index.html	生体内ペプチドのファクトデータベース (PEPTIDOME)	PEPTIDOME	生体内ペプチドの特性	Characteristics of endogenous? peptides	生体内のペプチドを網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理した。　	Peptides in living organisms were comprehensively separated and identified, and have been arranged with their electric charges, hydrophobicity, and molecular weights.	DB型/プロジェクト;対象/タンパク質/プロテオーム	厚労省;wing	国立試験研究機関/国立循環器病センター/生体内ペプチドファクトDB作成委員会	2009-03-05 23:48:29.255889
11400	http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/prolint/prolint.html	生体分子・リガンド相互作用データベース、ProLINT	Database for Protein-Ligand Interactions	タンパク質−リガンド相互作用の辞書	Dictionary of protein-ligand interactions	タンパク質－リガンド相互作用の情報を文献より収集したデータベース。　リガンド（名称、分子構造、分子量など）、タンパク質（名称、生物種、PIR/SWISS-PROT/PDBにおけるIDなど）、実験情報（結合活性／阻害活性の値など）、文献情報が記述されている。	A database of protein-ligand interactions from literature. The database contains information on ligands (name, molecular structures, molecular weights, etc), proteins (name, organisms, ID numbers in PIR/SWISS-PROT/PDB, etc) and experiments (binding/inhibitory activity, etc), and the citations.	DB型/知識モデル;対象/相互作用;対象/相互作用/タンパク-低分子化合物	文科省;ゲノム特定;wing	国立大学法人/九州工業大学	2009-03-05 22:39:59.206561
	http://dbarchive.biosciencedbc.jp/	生命科学系データベースアーカイブ	Life Science Database Archive Service			各研究機関が保有する生命科学系のデータベースに対して、利用者が簡単にアクセスして検索やダウンロードを行うことができるサービス。ほとんどのデータベースに詳しいメタデータと明確な利用許諾が付与されている。\n開発元：ライフサイエンス統合データベースセンター		DB型/データバンク			2011-09-29 10:24:14.873829
	http://www.jichi.ac.jp/ethics/	疫学研究の倫理に関するページ				疫学研究の適切な推進に関する研究ホームページ。研究班の活動などについて資料を閲覧できる。			厚労省		2011-01-21 18:06:21.553686
11496	https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/index.do	疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)	Genome Medicine Database of Japan (GeMDBJ)	疾患に関連する多型、遺伝子発現、タンパク質発現	Polymorphism, gene/ protein expression of diseases	アルツハイマー、胃ガン、糖尿病、高血圧、喘息に関連する多型(SNP)、遺伝子発現(GeneChipによる)、タンパク質発現(2D-DIGE, LC-MS/MS) が掲載されている。　限定的な患者情報（性別、年齢区分、居住県、病歴、喫煙歴）も掲載されている。　一部の情報の参照にはユーザー登録が必要。	Analyses of genetic polymorphisms (SNP), gene expression (with GeneChip) and protein expression (2D-DIGE, LC-MS/MS) related to Alzheimer disease, gastric cancer, diabetes, hypertension, and asthma. Limited patient information (sexes, stratified ages, living prefectures, past history, smoking history) is included. User registration is required to view some of the information.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;対象/医学/病気,ガン;対象/DNA/多型	厚労省	国立試験研究機関/国立がんセンター研究所/ミレニアムゲノムプロジェクト	2009-03-05 23:49:04.305684
11501	http://www.pfdb.net/myphp/database_jpn.php	病原真菌データベース	Pathogenic Fungi Database (PFDB)					DB型/辞典;生物種/菌界	厚労省	プロジェクト/病原真菌データベース運営委員会/帝京大学真菌研究センター	2009-07-24 10:22:43.263428
	http://jsp.umin.ac.jp/corepictures2007/index.html	病理各論コア画像		Pathology Core Pictures	Pathology Core Pictures	「医学教育モデル・コア・カリキュラム」の主旨に則り、６年間の医学教育を理解するために必要最低限の病理画像のデータベース	A database of the minimum requirement of pathological images to understand 6 years medical education on the basis of medical education model core curriculum"	対象/医学/病理学		学会/日本病理学会	2009-02-17 21:10:52.382427
	http://www-btls.jst.go.jp/ComparativeGenomics/index_j.html	真核生物比較ゲノムブラウザ	Eukaryotic Comparative Genome Browser			ヒトやチンパンジー、マウス、ラットなどの真核生物の比較ゲノミクス解析の結果を提供	It provides comparative genomics analyses between eukaryotes such as human, chimpanzee, mouse, and rat.			独立行政法人、特殊法人、許可法人/JST	2009-03-06 01:36:38.805337
	http://www.pf.chiba-u.ac.jp/gallery/gallery-index.html	真菌・放線菌ギャラリー	Fungus and Actinomycete Gallery	病原真菌（カビ，酵母，キノコ）・放線菌の画像一覧		ナショナルバイオリソースプロジェクトで研究された病原真菌・放線菌の画像を公開しているサイト。種によってコロニー、光顕、電顕と写真の種類が\n異なる		DB型/カタログ;生物種/菌界;対象/画像			2010-07-02 11:38:11.665474
12342	http://nijc.brain.riken.jp/	神経情報基盤センター (NIJC)	RIKEN BSI - Neuroinformatics Japan Center						理研ポータル		2009-03-06 00:34:52.68689
	http://research.kahaku.go.jp/botany/koke/koke01.htm	科学博物館　コケ植物インデックス	Moss plants index					生物種/植物界/コケ植物門			2009-03-05 21:54:38.494662
	http://www.ncnp.go.jp/nimh/keikaku/vision/index.html	精神保健医療福祉の改革ビジョン研究ページ				「精神保健医療福祉の改革ビジョン」に ついての基本的な情報、関連する研究の成果、諸外国の改革に関する情報などを提供することにより、公平な視点から改革に寄与することを目的に、厚生労働科 学研究費補助金（こころの健康科学研究事業）「精神保健医療福祉体系の改革に関する研究」をもとに運営しているものです			厚労省		2011-01-21 18:12:41.738038
11441	http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope	糖鎖抗原データベース (GlycoEpitope)	Sugar chain database (GlycoEpitope)	糖鎖抗原と抗体の辞書	Dictionary of carbohydrate antigens and antibodies	糖鎖抗原とそれを認識する抗体を収集した辞書。　抗原側情報としては、糖鎖、それを認識する抗体、それを持つ糖タンパク質、それを部分構造とする糖脂質、その生合成および分解に関する酵素が収集されている。　抗体側情報としては、抗体、それが認識する糖鎖の配列、それを用いたimmunoprecipitation, immunobloting, histochemistry実験例、入手先が収集されている。	A dictionary of carbohydrate antigens and antibodies that recognize them. Information on the antigen include sugar chains, antibodies that recognize them, glycoproteins having the antigens, glycolipids having them as a building block, and the enzymes participating in the biosynthesis and degradation. Information on the antibodies include antibodies, sugar chain sequences that they recognize, cases of immunoprecipitation, immunobloting, and histochemistry experiments using them, and places to obtain them.	DB型/知識モデル;対象/糖鎖;対象/タンパク質/抗体	文科省	私立大学/立命館大/ＧｌｙｃｏＥｐｉｔｏｐｅＤａｔａｂａｓｅ作成委員会	2009-02-27 17:03:09.652082
12384	http://www.brc.riken.jp/lab/dna/rvd/	組換えウイルスデータベース	Recombinant Virus Database					生物種/ウィルス	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/バイオリソースセンター	2009-03-06 00:50:53.468225
12451	http://genomecenter.jfcr.or.jp/genomedb/	統合がんゲノムデータベース						対象/医学/病気,ガン	JBIRCカタログ	公益法人/(財）癌研究会癌研究所	2009-02-17 11:43:23
11429	http://brain.bri.niigata-u.ac.jp/~molecular/db_A.html	統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル						対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;対象/医学	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/新潟大学/脳研究所	2009-02-17 11:43:23
12401	http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/mgrl/IINO_lab/microarray/	線虫の感覚神経に発現する遺伝子のデータベース						生物種/動物界/線形動物門	ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/東京大学	2009-02-17 11:43:23
11378	http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/mgrl/germline	線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果	IINO lab. Germline index	線虫RNAi遺伝子機能阻害の表現型	Phenotypes of worm,  gene function assessed by RNAi	線虫C.elegansの生殖細胞系で特異的に発現している遺伝子について、RNAi遺伝子機能阻害を行い、その表現型を分類した。	Phenotypes from RNAi gene function inhibition targeted to genes that are specifically expressed in C.elegans germ lines.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/線形動物門;対象/遺伝子発現	文科省;ゲノム特定;旧ゲノム特定	国立大学法人/東京大学	2009-03-05 23:51:41.768117
11435	http://www.tmghig.jp/jg-snp/japanese/top.html	老人病SNPデータベース	A Database of Japanese Single Nucleotide Polymorphism for Geriatric Research (JG-SNP)	老年病に関連する多型	Database of Japanese SNP for geriatric disease	東京都老人医療センターで収集された、老年病患者の性別、年齢区分、病態、多型を掲載する。　これらの情報は、GEAD (geriatric autopsy database) という別データベースとして収集されており、ここには前述データのほか、喫煙歴、アルコール摂取歴、病理所見、アテローム性動脈硬化の程度が記載されている。	The database contains sexes, ages, disease status, and polymorphisms of geriatric disease patients in Tokyo Metropolitan Geriatric Hospital. These information are registered in a separate database called GEAD (geriatric autopsy database) that contains the above mentioned data as well as smoking history, drinking history, pathological findings, and the extent of atherosclerosis.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	文科省;wing	その他/東京都老人医療センター（JST）	2010-06-30 15:36:29.831186
12143	http://samrc.md.shinshu-u.ac.jp:591/index_database.html	老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ						DB型/辞典;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/文献	文科省	国立大学法人/信州大学/大学院医学研究科加齢適応医科学系加齢生物学分野	2009-07-24 10:24:09.670363
	http://www.ncgm.go.jp/center/	肝炎情報センター				肝炎診療に関する情報提供を行う			厚労省		2011-01-21 18:07:11.759408
	http://www.pdp-irp.org/	肥厚性皮膚骨膜症　症例文献検索システム				肥厚性皮膚骨膜症（pachydermoperiostosis)に関する症例文献の検索が可能。利用には登録が必要					2011-01-10 18:41:36.030871
	http://cvddb.med.shimane-u.ac.jp/cvddb/	脳卒中データバンク				EBMの基礎となる全国レベルの脳卒中急性期患者データベース			厚労省		2011-01-10 18:00:00
11445	http://www.brain.riken.jp/labs/lmn/GeneChipCblDev.html	脳形成遺伝子発現DB		マウス脳形成過程遺伝子発現プロファイル	Gene expression profile of mouse brain during postnatal development	マウスの出生後の小脳形成過程(2001)、もしくは胚の脳形成過程(2005)における遺伝子発現プロファイルをAffymetrix GeneChipで測定した。　(2001)はPubMed:15018818の、(2005)はPubMed:15893606のsupplementデータ。	The gene expression profiles were analyzed using Affymetrix GeneChip in the mouse cerebellum developmental stages after birth (2001) and in the mouse embryo brains developmental processes (2005). (2001) and (2005) are supplement data for 15018818 and 15893506, respectively.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/マウス;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ;対象/遺伝子発現/EST	文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/脳科学総合研究センター	2009-02-17 11:43:23
	http://160.198.15.41/suicide/index.html	自殺予防関連調査研究公開用ページ				産業保健スタッフや衛生管理者に役立つ自殺予防のための、教育ツールや疫学データ、文献情報などを提供している。			厚労省		2011-01-10 18:00:00
11396	http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/pronuc/pronuc.html	蛋白質・核酸複合体構造データベース	Protein-Nucleic Acid complex database			PDBよりタンパク質－核酸複合体のエントリを収集した。	Protein-nucleic acid complex entries have been collected from PDB.	DB型/プログラム;対象/タンパク質/立体構造	文科省;ゲノム特定	国立大学法人/九州工業大学	2011-09-28 11:10:01.845616
	http://www.midb.jp/blood_db/db.php?lang=jp	血液腫瘍画像データベース	Database for hematological malignancy			匿名化された造血器腫瘍の症例について、骨髄像・末梢血顕微鏡像および病理所見・検査所見等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている。		対象/医学/病理学			2009-08-03 16:26:52.262288
	http://edclom.med.tohoku.ac.jp/to/top.do	診断・治療情報コンテンツライブラリー		The Contents Library of Medical Information	The Contents Library of Medical Information	主に第一線で診療に当たる医師のためのオンライン学習コンテンツ	Online learning contents mainly for practicing physicians	対象/医学		国立大学法人/大阪大学/医学部	2009-03-06 01:34:46.782646
	http://nfri.naro.affrc.go.jp/yakudachi/gaichu/zukan/	貯穀害虫・天敵図鑑				貯蔵食品中で生育する昆虫とその天敵情報を格納したデータベースです。 選択検索により、形態・加害食品・防除方法等の情報を参照できます。 (AgriTogoより引用)		DB型/辞典	農水省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/農業・食品産業技術総合研究機構/食品総合研究所	2010-06-18 13:12:34.331414
12355	http://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php?BOOK_ID=BOOK_6	超好熱古細菌DNAブック						生物種/古細菌超生物界	理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
	http://www.nihs.go.jp/hse/food-info/pest_res/index.html	農薬等ＡＤＩ関連情報データベース				農薬等ADI（Accepted Daily Intake, 一日許容摂取量）関連情報データベース			厚労省		2011-01-21 18:08:36.054601
	http://www.oshdb.jp/	過重労働対策ナビ				過重労働対策に関する情報を検索することができる。			厚労省		2011-01-21 18:06:34.324751
11469	http://jbirc.jbic.or.jp/gdbs/top.jsp	遺伝子多様性データベース公開システム (GDBS)	Gene Diversity DataBase System (GDBS)			タイピング実験の結果（遺伝子多型情報）や解析情報、および感受性候補領域の詳細情報についてのデータベースに加え、解析に用いたソフトウェアを公開している。	Gene Diversity DataBase System (GDBS)	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/DNA/多型	経産省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)	2009-07-29 19:00:29.620352
	http://lifesciencedb.jp/geo/	遺伝子発現バンク (GEO) 目次	Gene Expression Omnibus (GEO) Overview			GEOに登録されている全データを、測定方法別、測定対象生物種のカテゴリ別、測定対象臓器別などに分類し表示するデータベース		DB型/カタログ			2009-07-16 10:54:07.114937
11377	http://www.prevent.m.u-tokyo.ac.jp	遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ		ヒト免疫系細胞のSAGE遺伝子発現	SAGE of human immune system cells SAGE	ヒト免疫系細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果	SAGE analyses of gene expression in cells of human immune systems.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/SAGE, CAGE	文科省	国立大学法人/東京大学/大学院医学系研究科分子予防医学教室	2009-02-17 11:43:23
12340	http://prime.psc.riken.jp/?action=coexpression_index	遺伝子相関検索	PRIMe: Correlated Gene Search	シロイヌナズナの相関する遺伝子の検索ツール	Tool that searches for correlated Arabidopsis genes	シロイヌナズナGeneChip遺伝子発現データをあらかじめ相関解析しておき、それを対象に検索を行うサービスを提供する。　検索キーに指定された遺伝子と相関のある遺伝子が、その相関係数、アノテーションとともに出力される。　ベースとなる相関解析結果は ATTED-II (www.atted.bio.titech.ac.jp) として別途公開されている。	It provides a service that makes searches in pre-computed correlations in Arabidopsis GeneChip gene expression data. Genes that have correlation with genes as the search key are output with the correlation coefficient and the annotation. The base correlation analysis is public as ATTED-II (www.atted.bio.titech.ac.jp).	DB型/解析サービス;生物種/植物界/被子植物門/アブラナ科/シロイヌナズナ;対象/遺伝子発現;対象/遺伝子発現/マイクロアレイ	理研ポータル	独立行政法人、特殊法人、許可法人/理研/植物科学研究センター	2009-03-05 22:23:08.171847
	http://www.nrib.go.jp/ken/asp/strain.html	酒類総合研究所　保有麹菌株リスト		保有麹菌株リスト		酒類総合研究所で維持管理されている麹菌株のリスト。シャーレで培養された状態の写真や、顕微鏡写真、菌の形質などの情報があり、学術目的の場合、遺伝子資源分与願を提出すれば分譲を受けることができる。この他に酵母、火落菌・腐造乳酸菌 のリストもある。		DB型/バイオリソース;生物種/菌界/麹菌		独立行政法人、特殊法人、許可法人/酒類総合研究所	2010-03-08 19:03:32.632301
12341	http://genome.gsc.riken.jp/IG2val_bioinfo1.htm	酵母PPIデータ						生物種/菌界/酵母	理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
	http://hatodas.harima.riken.jp/	重原子データベース HATODAS		Heavy-atom Database System (HATODAS)		既知の重元素標識タンパクがデータベース化されており、結晶構造解析を行いたいタンパク質のアミノ酸配列をに入力すると、標識物質として使える可能性の高い重元素標識試薬が出力される。		対象/タンパク質/結晶構造解析			2009-08-20 11:17:15.243585
	http://alic.vegenet.jp/panfu/zukanmokuji.html	野菜図鑑		野菜図鑑		書籍「グラフィック100万人の野菜図鑑」の電子版。独立行政法人農畜産業振興機構が提供している。		DB型/辞典			2009-07-29 14:04:53.710846
	http://www.ncgg.go.jp/department/ep/nilslsa.html	長期縦断疫学研究				国立長寿医療研究センターで実施している老化の長期縦断疫学研究について、第一期?第六期のデータが閲覧できる			厚労省		2011-01-21 18:10:10.29645
12344	http://www.antibiotics.riken.go.jp/compounds/compounds_index.html	長田抗生物質研究室 新規化合物一覧							理研ポータル		2009-02-17 11:43:23
	http://www.nihonfukushi-u.jp/spec/index.html	障害者自立支援給付分析 全国収集データ公開				障害者自立支援給付分析の全国収集データが公開されている．			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://raredis.nibio.go.jp/	難病研究資源バンク				難治性疾患克服研究事業で収集されたヒト培養細胞や遺伝子・DNAクローン等の試料を集約し、品質管理、保存、分譲を進める			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://allergen.nihs.go.jp/ADFS/	食物アレルギーに関する安全性研究のためのアレルゲンデータベース				食物アレルギーに関する安全性研究のためのアレルゲンデータベース（ADFS: Allergen Database for Food Safety）			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://www.nutritio.net/shokuiku/data/	食育文献データベース				生活習慣病予防、特に肥満予防を目的とした効果的な「食育」プログラムにターゲットを絞って構築された「食育」エビデンスのデータベース			厚労省		2011-01-10 18:00:00
	http://cellbank.nibio.go.jp/cellbank/deposit/kurbsummary.html	高発がん性遺伝病患者由来細胞コレクション				京都大学放射線生物研究センターにおいて1970年代から収集されてきた、日本人における高発がん遺伝病患者とその家系に由来する細胞			厚労省		2011-01-10 19:02:07.055031
	http://research.kahaku.go.jp/zoology/photoDB/	魚類写真資料データベース	Database for Aquatic-vertebrate Science			このデータベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています\n2006年7月 収録写真件数を40,000件から54,583件 に増やしました。	This database consists of living and sample photographs of the fish. Registered photographs increased from 40,000 to 54,583 (Jul. 2006).	DB型/データバンク;生物種/動物界/脊索動物門/魚類;対象/画像			2009-03-05 22:26:59.453393
11415	http://hhdb.jaea.go.jp/hx2/ja/index.htm	ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ		水素・水和水を含むタンパク質の構造	Protein Structure of proteins that contain hydrogen and hydration water	水素および水和水を含むタンパク質の立体構造を中性子回折法による決定し、公開している。　同データベース内に、PDB由来のX線構造解析データ、中性子回折データが含まれる。	Analysis of Protein 3D structures containing hydrogen and hydration water with neutron diffraction method. The database contains PDB-derived X-ray structural analysis data and neutron diffraction data.	DB型/プロジェクト;対象/タンパク質/立体構造	文科省	独立行政法人、特殊法人、許可法人/日本原子力研究所	2010-06-17 15:41:12.68649
12142	http://hitech-d.iwate-med.ac.jp/biochem/biochem/kamo/index.html	ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ	Two-Dimensional Electrophoresis Database of HSG cells proteins	HSGに見つかるタンパク質	Proteins found in human salivary intercalated duct cell line	HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載している。　各スポットは、MALDI-TOFもしくはシーケンサーで解析し、ペプチドを同定している。	2-dimensional gel electrophoresis of the proteins in HSG (Human salivary intercalated duct cell line, a cell line established with radiation on human salivary glands) is registered. Peptides have been identified from each spot using MALDI-TOF or peptide sequencers.	DB型/プロジェクト;生物種/動物界/脊索動物門/哺乳類/霊長類/ヒト;対象/タンパク質/プロテオーム	文科省	私立大学/岩手医科大/歯学部	2009-03-06 00:02:49.063749
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cancerchromosomes		Cancer Chromosomes	細胞遺伝学研究によるガン染色体異常データベース		医学研究用細胞遺伝学データベースのthe NCI/NCBI SKY/M-FISH & CGH Database\n染色体異常に関するデータベースであるthe NCI Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer、the NCI Recurrent Aberrations in Cancer\nの3つのデータベースを統合し、Entrezからまとめて検索可能にしているデータベース。	The Cancer Chromosomes database integrates the SKY/M-FISH & CGH Database with the Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer and the Recurrent Chromosome Aberrations in Cancer database.		NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-19 12:27:00.046847
	http://amber.gsc.riken.jp/cassava/		Cassava Full-Length cDNA Database		キャッサバ完全長cDNAアノテーション		RIKENで集められたキャッサバのcDNAに関する外部データベースを横断的に検索可能にしている。検索にはキーワード検索、BLAST検索が対応している。	生物種/植物界/被子植物門/キャッサバ;対象/アノテーション			2009-08-31 13:47:17.585927
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss		GSS		The Genome Survey Sequences Database	GenBankレコードの内、GSSにあたるレコードについての載せているデータベース	The Genome Survey Sequences Database (GSS)  division of GenBank is similar to the EST division, with the exception that most of the sequences are genomic in origin, rather than cDNA (mRNA). It should be noted that two classes (exon trapped products and gene trapped products) may be derived via a cDNA intermediate. Care should be taken when analyzing sequences from either of these classes, as a splicing event could have occurred and the sequence represented in the record may be interrupted when compared to genomic sequence. The GSS division contains (but is not limited to) the following types of data:	DB型/データバンク;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 14:47:29.324868
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim		OMIM	ヒト遺伝子疾患データベース	Online Mendelian Inheritance in Man	ヒトの遺伝子疾患情報が載っていて、表現型と遺伝子型の関連について調べることができるデータベース	OMIM is a comprehensive, authoritative, and timely compendium of human genes and genetic phenotypes. The full-text, referenced overviews in OMIM contain information on all known mendelian disorders and over 12,000 genes. OMIM focuses on the relationship between phenotype and genotype. It is updated daily, and the entries contain copious links to other genetics resources.	DB型/辞典;対象/文献	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:03:27.892426
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia		OMIA	動物遺伝子疾患データベース	Online Mendelian Inheritance in Animals	ヒト、マウスを除く動物の遺伝子疾患情報をテキストとして載せているデータベース。\nOMIMやPubMed、NCBI Phenotypeデータベースへのリンクも貼っている	Online Mendelian Inheritance in Animals (OMIA) is a database of genes, inherited disorders and traits in animal species (other than human and mouse) authored by Professor Frank Nicholas of the University of Sydney, Australia, with help from many people over the years. The database contains textual information and references, as well as links to relevant records from OMIM, PubMed, Gene, and soon to NCBI's Phenotype database.	DB型/辞典;対象/文献	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 16:59:07.946981
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein		Protein		Protein sequence database	SwissProt、PIR、PDB、PRFの持つアミノ酸配列、およびGenBank・RefSeqに登録されているデータベースの配列を翻訳したアミノ酸配列を掲載したデータベース	The protein entries in the Entrez search and retrieval system have been compiled from a variety of sources, including SwissProt, PIR, PRF, PDB, and translations from annotated coding regions in GenBank and RefSeq.	DB型/注釈;対象/タンパク質/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 16:55:07.928947
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gensat		GENSAT	マウス神経細胞の遺伝子発現データベース	gene expression atlus of mouse central nurvous system	トランスジェニックマウスとハイブリダイゼーションを使ったマウス神経細胞の遺伝子発現データベース	The GENSAT project aims to map the expression of genes in the central nervous system of the mouse, using both in situ hybridization and transgenic mouse techniques.	DB型/データバンク;対象/遺伝子発現	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:02:28.933102
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe		Probe	配列の特異的反応領域データベース	sequence-specific regions	実験に利用する塩基配列の領域情報(配列のどこがどの遺伝子とハイブリダイズするかなど)を格納したデータベース	The NCBI Probe Database is a public registry of nucleic acid reagents designed for use in a wide variety of biomedical research applications, together with information on reagent distributors, probe effectiveness, and computed sequence similarities.	DB型/データバンク;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 18:27:46.238068
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene		Gene		gene-centered information	遺伝子単位でエントリーを作っているデータベース。NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載している	Entrez Gene is a searchable database of genes, from RefSeq genomes, and defined by sequence and/or located in the NCBI Map Viewer	DB型/注釈;対象/DNA/配列;対象/DNA/多型;対象/DNA/制御領域	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 15:32:16.18435
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=geo		GEO profiles	遺伝子の発現量や分子数のプロファイル情報データベース	expression and molecular abundant profiles	遺伝子発現のプロファイル情報を検索できる。検索結果ページではサンプルごとの発源量を棒グラフで確認できる。	This database stores individual gene expression profiles from curated DataSets in the Gene Expression Omnibus (GEO) repository. Search for specific profiles of interest based on gene annotation or pre-computed profile characteristics. GEO Profiles facilitates powerful searching and linking to additional information sources.	DB型/注釈;対象/遺伝子発現;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:44:41.222606
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra		SRA		Sequence Read Archive	次世代シーケンサのリード配列を集めているデータベース\nTrace Archivesと呼ばれる配列データレポジトリクラスターの一部。	The Sequence Read Archive (SRA) stores sequencing data from the next generation of sequencing platforms including Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Applied Biosystems SOLiD® System, Helicos Heliscope®, and others.	DB型/データバンク;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 16:58:56.968186
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=structure		Structure		three-dimensional macromolecular structures	Macromolecular structures、Conserved domains and protein classification、Small molecules and their biological activity、Biological Systemsの4つのデータベースグループで構成されたタンパク質の構造情報総合データベース	The resources developed by the Structure Group of the NCBI Computational Biology Branch (CBB) are freely available to the public and focus on four areas:	DB型/注釈;対象/タンパク質/立体構造;対象/タンパク質/機能	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 15:08:19.748185
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy		Taxonomy		The NCBI Entrez Taxonomy	配列データベースに塩基配列もしくはアミノ酸配列が保存されている生物の系統情報を体系的にまとめているデータベース。エントリーは生物種別に用意されている	The NCBI taxonomy database contains the names of all organisms that are represented in the genetic databases with at least one nucleotide or protein sequence. Click on the tree if you want to browse the taxonomic structure or retrieve sequence data for a particular group of organisms.	DB型/知識モデル	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 15:13:08.448542
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene		UniGene		Gene-oriented clusters of transcript sequences	GenBankに掲載されている配列データを遺伝子別にクラスター化してエントリーとしてまとめたデータベース。染色体上へのマッピング情報や発現解析情報(組織や発現時期)、機能情報が載っている。	UniGene is an experimental system for automatically partitioning GenBank sequences into a non-redundant set of gene-oriented clusters. Each UniGene cluster contains sequences that represent a unique gene, as well as related information such as the tissue types in which the gene has been expressed and map location.	DB型/プログラム;対象/遺伝子発現/EST;対象/遺伝子発現;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 16:53:21.949836
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genome		Genome		whole genome sequences	生物種のゲノムプロジェクトごとに塩基配列・アミノ酸配列をまとめたデータベース。配列の大きさやゲノム中の位置の情報を載せている。	The Genome database provides views for a variety of genomes, complete chromosomes, sequence maps with contigs, and integrated genetic and physical maps. The database is organized in six major organism groups: Archaea, Bacteria,  Eukaryotae, Viruses, Viroids, and Plasmids and includes complete chromosomes, organelles and plasmids as well as draft genome assemblies.	DB型/データバンク;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 16:58:04.720031
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd		CDD	タンパク質間で保存されたドメインデータベース	conserved protein domain database	配列比較により得られたタンパク質のドメイン情報(構造・機能・配列情報)を掲載したデータベース。データの情報元はPfam, SMART, COG, PRK, TGRFAMなどの外部ソース及びNCBI curated-domains	Conserved domains are functional units within a protein that have been used as building blocks in molecular evolution and recombined in various arrangements to make proteins with different functions.	DB型/注釈;対象/タンパク質/立体構造;対象/タンパク質/機能;対象/タンパク質/モチーフ、ドメイン	NCBI/Entrez cross-database search		2011-09-26 13:42:58.188188
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset		popset		population study data set	生物の進化関係や個体群の差異研究のために利用された配列データセットを閲覧できるデータベース。マルチプルアラインメントの結果をパラメータをいじりながらブラウザ上で確認できる。	The PopSet database contains aligned sequences submitted as a set resulting from a population, phylogenetic, or mutation study. These alignments describe such events as evolution and population variation. The PopSet database contains both nucleotide and protein sequence data.	DB型/注釈;対象/比較ゲノム	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:35:08.373107
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene		HomoloGene	真核生物のホモロググループのデータベース	eukaryotic homology groups	ホモロジーと思われる配列をグループ化したものを1つのエントリーとしている。それらの配列に共通の性質を他のデータベースを利用して載せている。それぞれの配列の比較結果も見ることができる	HomoloGene is a system for automated detection of homologs among the annotated genes of several completely sequenced eukaryotic genomes.	DB型/プログラム;対象/比較ゲノム;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 16:00:22.809711
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj		Genome Project	ゲノムプロジェクト情報データベース	genome project information	ゲノムワイドでのシーケンス、アセンブリ、アノテーションプロジェクトの一覧、解説情報、文献データを掲載しているデータベース	The NCBI Entrez Genome Project database is intended to be a searchable collection of complete and incomplete (in-progress) large-scale sequencing, assembly, annotation, and mapping projects for cellular organisms. The database is organized into organism-specific overviews that function as portals from which all projects in the database pertaining to that organism can be browsed and retrieved	DB型/注釈;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 16:26:59.057498
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gap		dbGaP		Genotype and Phenotype	GenotypeとPhenotypeの関係に関する分子生物学的な研究テーマの情報を集めたデータベース。研究データだけでなく、プロジェクトや研究者、関連論文、研究史などの情報が手に入る。	The database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP) was developed to archive and distribute the results of studies that have investigated the interaction of genotype and phenotype. Such studies include genome-wide association studies, medical sequencing, molecular diagnostic assays, as well as association between genotype and non-clinical traits. The advent of high-throughput, cost-effective methods for genotyping and sequencing has provided powerful tools that allow for the generation of the massive amount of genotypic data required to make these analyses possible.	DB型/辞典;対象/アノテーション;対象/文献;対象/表現型	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 16:38:38.779122
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed		PubMed	生物学文献のアブストラクトや引用文献情報データベース	biomedical literature citations and abstructs	医学・生理学の文献を検索することが可能なデータベース。MEDLINEを使用し文献のアブストラクト情報を掲載している。\nさらにMEDLINEには載っていない引用文献リストや関連文献リストも掲載している	PubMed lets you search millions of journal citations and abstracts in the fields of medicine, nursing, dentistry, veterinary medicine, the health care system, and preclinical sciences. It includes access to MEDLINE® and to citations for selected articles in life science journals not included in MEDLINE. PubMed also provides access to additional relevant Web sites and links to the other NCBI molecular biology resources.	DB型/辞典;対象/文献	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:45:27.587083
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore		Nucleotide	Entrez塩基配列データベース	The Entrez Nucleotide database	GenBankでEST・GSSに含まれない配列、RefSeq、Whole Geneme Shotgan(WGS)、Third Party Annotation(TPA)の配列を掲載している塩基配列に関する中心的なデータベース	The Entrez Nucleotide database is a collection of sequences from several sources, including GenBank, RefSeq, and PDB. The number of bases in these databases continues to grow at an exponential rate.	DB型/データバンク;対象/DNA/配列	NCBI/Entrez cross-database search		2010-01-27 14:37:19.393851
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/domains		3D Domains Database	タンパク質ドメインの立体構造データベース		MMDBから取ってきたドメインの3次元構造データベース	3D Domains are compact structural domains identified automatically in MMDB, Entrez's macromolecular three-dimensional structure database. 3D Domains are the units of comparison for structure neighbor calculations using the VAST algorithm. Links to VAST or 3D Domain neighbors display 3D Domains (and complete polypeptide chains) with similar 3D structures.  (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/domains)		NCBI/All Resources		2010-01-20 15:32:48.655897
	http://rsoy.psc.riken.jp/			ダイズ完全長cDNAデータベース	Soybean Full-Length cDNA Database			生物種/植物界/被子植物門/マメ科			2010-02-25 13:20:41.733226
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unists		UniSTS	配列タグ部位のデータベース	markars and mapping data	PCR用プライマーペアのデータベース。STSの配列情報、ゲノム上の位置、そのSTSを使ってPCRした際に得られる遺伝子の情報がまとめられている。	UniSTS is a comprehensive database of sequence tagged sites (STSs) derived from STS-based maps and other experiments. STSs are defined by PCR primer pairs and are associated with additional information such as genomic position, genes, and sequences.	DB型/プログラム;対象/DNA/制御領域	NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:29:47.158684
	http://world-2dpage.expasy.org/repository/		World-2DPAGE Repository				2DPAGEのデータを論文からキュレートしてデータベース化したもの。ここのスポット強度情報まで詳細にアクセスすることができ、embl様のフォーマットでテキストを取得可能	DB型/データバンク;対象/タンパク質/PAGE		スイス/Swiss Institute of Bioinformatics	2010-07-02 13:53:20.102794
	http://www.brc.riken.go.jp/lab/epd/catalog/cassavaclone.html		Cassava Clone Database Search		キャッサバ完全長クローン配列			生物種/植物界/被子植物門/キャッサバ			2009-08-31 12:34:35.389727
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/		BioSystems	分子間相互作用による生物システムデータベース			A biosystem, or biological system, is a group of molecules that interact in a biological system. One type of biosystem is a biological pathway, which can consist of interacting genes, proteins, and small molecules. Another type of biosystem is a disease, which can involve components such as genes, biomarkers, and drugs.\n...\nThe NCBI BioSystems Database was developed as a complementary project to (1) serve as a centralized repository of data; (2) connect the biosystem records with associated literature, molecular, and chemical data throughout the Entrez system; and (3) facilitate computation on biosystems data.		NCBI/All Resources;NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:00:36.786779
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books		Bookshelf	生物学関連書籍閲覧データベース		生物学の参考書をWeb上で閲覧できるサービスを提供しているデータベース	The Bookshelf is a growing collection of biomedical books that can be searched directly by typing a concept into the textbox above and selecting "Go".  (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books)		NCBI/All Resources;NCBI/Entrez cross-database search		2010-02-03 17:06:31.149089
