LigandBox

2020/06/11

Web Site: http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/index.cgi?LANG=ja
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/ligandbox/

計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. ナミキ商事化合物データ(Single Conformer)
  3. ナミキ商事化合物データ
  4. PDB化合物データ(Single Conformer)
  5. PDB化合物データ
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「LigandBox」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
トップに戻る

2.2 ナミキ商事化合物データ(Single Conformer)

データ名 ナミキ商事化合物データ(Single Conformer)
データ内容の説明

ナミキ商事株式会社から提供された化合物データのうち、各化合物から1つの立体配座のみをsingle conformerとして抽出したデータです(2017年10月時点)。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_namiki.zip（CSVフォーマット） (595MB)
Namiki_Single.mol2.gz（Mol2フォーマット） (6GB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"true"そうでなければ"false"
SOURCE データ提供元
SOURCE_ID データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
INCHI InChI
INCHI_KEY InChIKey
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
トップに戻る

2.3 ナミキ商事化合物データ

データ名 ナミキ商事化合物データ
データ内容の説明

ナミキ商事株式会社から提供された化合物データです(2017年10月時点)。化合物が複数の配座異性体を持つ場合、それらを全て含んでいます。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_namiki.zip（CSVフォーマット） (495MB)
Namiki_Multiple.mol2.gz（Mol2フォーマット） (8.8GB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"TRUE"そうでなければ"FALSE"
SOURCE データ提供元
SOURCE_ID データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
INCHI InChI
INCHI_KEY InChIKey
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
トップに戻る

2.4 PDB化合物データ(Single Conformer)

データ名 PDB化合物データ(Single Conformer)
データ内容の説明

PDBの化合物データのうち、各化合物から1つの立体配座のみをsingle conformerとして抽出したデータですです。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_pdb.zip（CSVフォーマット） (3.9 MB)
PDB_Single.mol2.gz（Mol2フォーマット） (31MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"true"そうでなければ"false"
SOURCE データ提供元
IDNUMBER データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
INCHI InChI
INCHI_KEY InChIKey
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
トップに戻る

2.5 PDB化合物データ

データ名 PDB化合物データ
データ内容の説明

PDBの化合物データです。化合物が複数の配座異性体を持つ場合、それらを全て含んでいます。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_pdb.zip（CSVフォーマット） (3.9MB)
PDB_Multiple.mol2.gz（Mol2フォーマット） (102MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"TRUE"そうでなければ"FALSE"
SOURCE データ提供元
IDNUMBER データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
INCHI InChI
INCHI_KEY InChIKey
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2020/03/16

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”LigandBox © 次世代天然物化学技術研究組合 licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

https://www.mypresto5.jp/contact/

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日更新内容
2020/06/11 アーカイブ V2 をリリース
以下の2つのデータを更新。
2020/03/26 Single ConformerとMultiple Conformerの簡易検索を統合。mol2ファイルのURLを変更。
2020/03/16 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始(V1)
トップに戻る

5. 参考文献

Kawabata,T., Sugihara, Y., Fukunishi, Y., Nakamura, H.
LigandBox : a database for 3D structures of chemical compounds.
BIOPHYSICS,9,113-121.
PMID: 27493549

トップに戻る

6. 連絡先

「LigandBox」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://www.mypresto5.jp/contact/

トップに戻る