LigandBox

2020/03/26

Web Site: http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/index.cgi?LANG=ja
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/ligandbox/

計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. ナミキ商事化合物データ(Single Conformer)
  3. ナミキ商事化合物データ
  4. PDB化合物データ(Single Conformer)
  5. PDB化合物データ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「LigandBox」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 ナミキ商事化合物データ(Single Conformer)

データ名 ナミキ商事化合物データ(Single Conformer)
データ内容の説明

ナミキ商事株式会社から提供された化合物データのうち、各化合物から1つの立体配座のみをsingle conformerとして抽出したデータです(2017年10月時点)。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_namiki_single.zip（CSVフォーマット） (174MB)
Namiki_Single.mol2.gz（Mol2フォーマット） (6GB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"true"そうでなければ"false"
SOURCE データ提供元
SOURCE_ID データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
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2.3 ナミキ商事化合物データ

データ名 ナミキ商事化合物データ
データ内容の説明

ナミキ商事株式会社から提供された化合物データです(2017年10月時点)。化合物が複数の配座異性体を持つ場合、それらを全て含んでいます。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_namiki_multiple.zip（CSVフォーマット） (199MB)
Namiki_Multiple.mol2.gz（Mol2フォーマット） (8.8GB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"TRUE"そうでなければ"FALSE"
SOURCE データ提供元
SOURCE_ID データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
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2.4 PDB化合物データ(Single Conformer)

データ名 PDB化合物データ(Single Conformer)
データ内容の説明

PDBの化合物データのうち、各化合物から1つの立体配座のみをsingle conformerとして抽出したデータですです。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_pdb_single.zip（CSVフォーマット） (888KB)
PDB_Single.mol2.gz（Mol2フォーマット） (31MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"true"そうでなければ"false"
SOURCE データ提供元
SOURCE_ID データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
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2.5 PDB化合物データ

データ名 PDB化合物データ
データ内容の説明

PDBの化合物データです。化合物が複数の配座異性体を持つ場合、それらを全て含んでいます。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。
データファイル ligandbox_pdb_multiple.zip（CSVフォーマット） (1.5MB)
PDB_Multiple.mol2.gz（Mol2フォーマット） (102MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
LIGANDBOX_ID LigandBox内のID
SINGLE single conformerとして抽出された場合は"TRUE"そうでなければ"FALSE"
SOURCE データ提供元
SOURCE_ID データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA 分子式
MOLECULAR_WEIGHT 分子量
MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷
NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数
TPSA トポロジカル極性表面積
HOMO 最高被占軌道エネルギー値
LUMO 最低空軌道エネルギー値
LOGP 分配係数
LOGS 水に対する溶解度
MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2020/03/16

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”LigandBox © 次世代天然物化学技術研究組合 licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

https://www.mypresto5.jp/contact/

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2020/03/26 Single ConformerとMultiple Conformerの簡易検索を統合。mol2ファイルのURLを変更。
2020/03/16 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
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5. 参考文献

Kawabata,T., Sugihara, Y., Fukunishi, Y., Nakamura, H.
LigandBox : a database for 3D structures of chemical compounds.
BIOPHYSICS,9,113-121.
PMID: 27493549

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6. 連絡先

「LigandBox」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://www.mypresto5.jp/contact/

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