KEGG MEDICUS

2014/05/08

Web Site: KEGG MEDICUS
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/kegg-medicus/

疾患・医薬品・環境物質などのデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Drug
  3. Environ
  4. Disease
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「KEGG MEDICUS」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 Drug

データ名 Drug
データ内容の説明 KEGG DRUG は、日本、米国、欧州の医薬品情報を有効成分の化学構造で一元的に集約し、標的分子や薬物代謝酵素をはじめとした分子間相互作用ネットワークの情報を付加したデータベースです。
データファイル kegg_medicus_drug.zip (2.3 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
D番号

KEGG DRUGエントリのアクセッション番号。各エントリは化学構造または化学成分を反映しています。
分類

分類 (Mixture, Crude, Formula を区別)
一般名 医薬品の一般名
組成式 化学薬品の組成式
質量 化学薬品の質量
分子量 化学薬品の分子量
構造式 化学薬品の構造式
成分 成分
ソース

原料となる生物種名 [NCBI Taxonomy ID]
配列 ペプチドやポリケチドのアミノ酸配列
配列のタイプ 配列のタイプ (NRP, PK, Peptide)
効能 薬効その他の生理活性情報 [KEGG DISEASEのH番号]
注釈１

我が国の薬効分類番号、WHO の ATC コード、また同一化合物が KEGG COMPOUNDまたはKEGG ENVIRON データベースにある場合はそのC番号またはE番号 (簡易検索サイトでは各番号へリンク）
注釈２ コメント (適応症など)
ターゲット 医薬品のターゲット（標的）情報 [対応するヒトの遺伝子 と KEGG Orthology 番号] (簡易検索サイトではリンク)　
パスウェイ

医薬品のターゲット（標的）が関与するKEGG PATHWAYのIDと名称 (簡易検索サイトではKEGG PATHWAYへリンク)
代謝 薬物代謝酵素、薬物トランスポーターの情報 [遺伝子情報] (簡易検索サイトではリンク)
相互作用 CYP 誘導・阻害、ゲノムバイオマーカー、その他相互作用分子の情報
構造マップ 医薬品開発の歴史などを表現した KEGG DRUG 構造マップ情報
他のマップ その他の KEGG PATHWAY マップ情報
階層分類 BRITE データベースにある様々な医薬品分類情報
リンク

外部データベースへのリンク
InChI 化合物の標準名InChI
Entry created エントリが作成された年月日
Structure updated 構造がアップデートされた年月日
Entry updated エントリがアップデートされた年月日

2.3 Environ

データ名 Environ
データ内容の説明 KEGG ENVIRON は生薬、食品、その他、健康促進と健康悪化に関与する物質の情報を蓄積したデータベースです。薬局方などで法的に定められた医薬品に限定している KEGG DRUG を補完する役割もあります
データファイル kegg_medicus_environ.zip (103 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
E番号 KEGG ENVIRONエントリのアクセッション番号
名称 天然物の名称
カテゴリ カテゴリ (生薬、精油、メディカルハーブのいずれか)
成分 成分の名称 [ 成分がKEGG COMPOUNDデータベースにある場合はそのC番号] (簡易検索サイトではリンク）
ソース 原料となる生物種名 [生物のNCBI Taxonomy ID]
注釈１ 同一化合物がKEGG DRUGデータベースにある場合はそのD番号 (簡易検索サイトではリンク）
注釈２ コメント (原料に使用する生物の部位、主要成分、効能など)
階層分類 BRITE データベースにある様々な医薬品分類情報
リンク CAS登録番号

2.4 Disease

データ名 Disease
データ内容の説明 KEGG DISEASE は疾患と遺伝子・分子レベルの情報をつなぐために、既知の病因遺伝子、病原体、発癌物質その他の環境因子などで各疾患を表現したデータベースです。
データファイル kegg_medicus_disease.zip (683 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
H番号 KEGG DISEASEエントリのアクセッション番号
名称 疾患名、別名を含む (日英)
概要 疾患の簡単な説明文
カテゴリ 疾患カテゴリ
パスウエイ 関連する KEGG の疾患パスウェイマップ、または正常パスウェイマップのIDと名称。病因遺伝子は赤色で表示されます (簡易検索サイトではパスウエイマップへリンク)
病因遺伝子 既知の病因遺伝子 [KEGG GENESエントリ番号] [KEGG ORTHOLOGYエントリID] (簡易検索サイトでは各々へリンク)
発癌物質 既知の発癌物質 (発癌物質がKEGG COMPOUNDまたはKEGG DRUGデータベースにある場合はそのC番号またはD番号) (簡易検索サイトでは各番号へリンク）
環境要因 既知の環境要因 (KEGG COMPOUNDまたはKEGG DRUGデータベースにある場合はそのC番号またはD番号) (簡易検索サイトでは各番号へリンク）
病原体 既知の病原体 (GENOMEまたはVGENOMEにある場合はその名称またはエントリID) (簡易検索サイトではそれぞれへリンク）
診断マーカー 代表的な診断マーカー [KEGG GENESやCOMPOUND データベースのID] (簡易検索サイトではそれぞれへリンク）
治療薬 代表的な治療薬 [KEGG DRUGに存在する場合はD番号] (簡易検索サイトではD番号へリンク)
注釈 コメント (英)
リンク 外部データベースへのリンク情報
文献 文献情報
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2014/04/03

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


クリエイティブ・コモンズ・ライセンス

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-非営利-改変禁止2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”KEGG MEDICUS © 金久實（京都大学化学研究所） licensed under CC表示-非営利-改変禁止2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-非営利-改変禁止2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースを営利目的の行為に利用することはできません。営利目的の行為に該当する例、該当しない例は、それぞれ以下の通りです。
    営利目的の行為に該当する例：
    • データベースの販売
    • データベースを利用した有償サービスの提供
    • 営利団体におけるデータベースの利用（検索のみの利用を除く）
    営利目的の行為に該当しない例：
    • 営利団体におけるデータベースの検索
  3. 本データベースの全部または一部を利用したデータベースなどの二次的著作物を作成することはできません。ただし、本データベースに含まれるデータを引用しただけの論文・ジャーナル等は二次的著作物とはみなされません。
  4. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。


データベース作成者連絡先：

〒611-0011 京都府宇治市五ヶ庄
京都大学化学研究所
電話番号: 0774-38-4521
http://www.genome.jp/feedback/

 

注意事項

KEGG MEDICUS は薬や病気に対する科学的理解を深めることを目的としたサービスです。実際の薬の使用は医師・薬剤師の指示で行ってください。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2014/05/08 利用許諾を修正
2014/04/03 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2010/10/01 KEGG MEDICUS (http://www.kegg.jp/kegg/medicus/) で公開開始
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5. 参考文献

Kanehisa, M., Goto, S., Furumichi, M., Tanabe, M., Hirakawa, M.
KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs.
Nucleic Acids Res./ 2010/ 38, D355-D360
PMID:19880382

6. 連絡先

「KEGG MEDICUS」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

京都大学化学研究所
〒611-0011 京都府宇治市五ヶ庄
TEL 0774-38-4521
http://www.genome.jp/feedback/

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