jPOSTデータベース
2021/08/12
Web Site:
https://globe.jpostdb.org/
README 目次
- ダウンロードデータの構成
- ダウンロードデータの説明
- 本データベースの利用許諾
- 更新履歴
- 参考文献
- 連絡先
1. ダウンロードデータの構成
- README
- 同定タンパク質データ
- PSMペプチドデータ
- PSMペプチド変異データ
- jPOSTデータベースRDF
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
README |
「jPOSTデータベース」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
README.html (日本語) |
2.2 同定タンパク質データ
同定タンパク質データ |
jPOSTリポジトリ上のプロテオームデータを再解析し、UniProt上のタンパク質データと同定した結果のサマリデータ。 |
jpostdb_protein.zip (11.8MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 | 項目の説明 |
protein_id |
jPOST内部のタンパク質ID |
accession |
UniProt ID |
symbol |
UniProt タンパク質シンボル |
name |
タンパク質名 |
protein_type |
タンパク質の種類(Leading protein, Spectrum same-set protein Spectrum sub-set protein, Spectrum subsumable protein) |
pep_count |
同定されたペプチドの総数 |
psm_count |
peptide specrum match(マススペクトルでマッチしたペプチド)の総数 |
uniq_pep_count |
ユニークなペプチドの総数 |
2.3 PSMペプチドデータ
PSMペプチドデータ |
protein spectrum matchで得られたペプチドのデータ。 |
jpostdb_psm.zip (64.6MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 | 項目の説明 |
psm_id |
jPOST内部のPSM ID |
sequence |
ペプチド配列 |
accession |
UniProt ID |
exp_mz |
実験により得られたm/z(質量mと電荷zの比)値 |
calc_mz |
計算により求められたm/z(質量mと電荷zの比)値 |
charge |
電荷 |
jpost_score |
jPOSTスコア |
2.4 PSMペプチド変異データ
PSMペプチド変異データ |
PSMペプチドの変異データ |
jpostdb_psm_modification.zip (16.0MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 | 項目の説明 |
psm_id |
jPOST内部のPSM ID |
modification |
変異の種類 |
site |
変異の場所 |
position |
変異のペプチド配列中の位置 |
2.5 jPOSTデータベースRDF
jPOSTデータベースRDF |
jPOSTデータベースをRDF形式にしたデータ。RDFスキーマは、https://integbio.jp/rdf/dataset/jpost を参照。 |
- |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2021/08/12
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースは、CC0 パブリックドメインで提供されます。
データベース作成者連絡先:
E-mail:
4. 更新履歴
5. 参考文献
Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Yoshinori Yamanouchi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama
The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database
Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue D1, 08 January 2019, Pages D1218–D1224. doi: 10.1093/nar/gky899
6. 連絡先
「jPOSTデータベース」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
https://jpostdb.org/contact/