jPOSTデータベースは、jPOSTリポジトリに登録されたプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです
データ名 | README |
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データ内容 | 「jPOSTデータベース」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html (日本語) |
データ名 | 同定タンパク質データ |
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データ内容の説明 | jPOSTリポジトリ上のプロテオームデータを再解析し、UniProt上のタンパク質データと同定した結果のサマリデータ。 |
データファイル | jpostdb_protein.zip (11.8MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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protein_id | jPOST内部のタンパク質ID |
accession | UniProt ID |
symbol | UniProt タンパク質シンボル |
name | タンパク質名 |
protein_type | タンパク質の種類(Leading protein, Spectrum same-set protein Spectrum sub-set protein, Spectrum subsumable protein) |
pep_count | 同定されたペプチドの総数 |
psm_count | peptide specrum match(マススペクトルでマッチしたペプチド)の総数 |
uniq_pep_count | ユニークなペプチドの総数 |
データ名 | PSMペプチドデータ |
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データ内容の説明 | protein spectrum matchで得られたペプチドのデータ。 |
データファイル | jpostdb_psm.zip (64.6MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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psm_id | jPOST内部のPSM ID |
sequence | ペプチド配列 |
accession | UniProt ID |
exp_mz | 実験により得られたm/z(質量mと電荷zの比)値 |
calc_mz | 計算により求められたm/z(質量mと電荷zの比)値 |
charge | 電荷 |
jpost_score | jPOSTスコア |
データ名 | PSMペプチド変異データ |
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データ内容の説明 | PSMペプチドの変異データ |
データファイル | jpostdb_psm_modification.zip (16.0MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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psm_id | jPOST内部のPSM ID |
modification | 変異の種類 |
site | 変異の場所 |
position | 変異のペプチド配列中の位置 |
データ名 | jPOSTデータベースRDF |
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データ内容の説明 | jPOSTデータベースをRDF形式にしたデータ。RDFスキーマは、https://integbio.jp/rdf/dataset/jpost を参照。 |
データファイル | - |
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データベース作成者連絡先:
E-mail:
更新日 | 更新内容 |
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2024/06/12 | DOIを付与 |
2021/08/12 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2018/03/26 | jPost(https://jpostdb.org/)で公開開始 |
https://jpostdb.org/contact/