jPOSTリポジトリメタデータ

2018/02/28

Web Site: https://repository.jpostdb.org/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/jpost

質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリ

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. メタデータ
  3. ファイルリスト
  4. プロファイルリスト
  5. サンプルリスト
  6. フラクショネーションリスト
  7. 酵素/修飾酵素反応リスト
  8. 質量分析モードリスト
  9. オリジナルメタデータ
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「jPOSTリポジトリメタデータ」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
トップに戻る

2.2 メタデータ

データ名 メタデータ
データ内容の説明

jPOSTリポジトリメタデータの本体です
データファイル jpost_metadata.zip (25.3 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
jPOST ID プロジェクトのID
PXID ProtemoeXchange (PX)のID
Project title プロジェクト名
Keywords キーワード
Description 説明
Mode データ分析モード("Complete"または"Partial")
PubMed ID(s) 論文を発表した場合は、そのPubMed ID
PubMed Info 論文を発表した場合は、その書誌情報
Principal investigator プロジェクトの代表研究者
Created date データの登録日
Announcement date データの公開日
Contact 連絡先
Files 登録したファイルの一覧（簡易検索のみ）
トップに戻る

2.3 ファイルリスト

データ名 ファイルリスト
データ内容の説明

jPOSTリポジトリに登録されたファイルのリストです
データファイル jpost_file_list.zip (85.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
jPOST ID プロジェクトのID
File ID ファイルのID
File Name ファイル名
Download page ダウンロードページ（プロジェクトのエントリページ）へのリンク（簡易検索のみ）
Profiles ファイルに含まれるプロファイルの一覧（簡易検索のみ）
トップに戻る

2.4 プロファイルリスト

データ名 プロファイルリスト
データ内容の説明

サンプルや酵素などの実験プロファイルのリストです
「メタデータ」から参照されます
データファイル jpost_profile_list.zip (74.7 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
jPOST ID プロジェクトのID
File ID ファイルのID
Profile plex プロファイル名
Sample - ID サンプルのID
Sample - Title サンプルの名前
Fractionation - ID 分画のID
Fractionation - Title 分画の名前
Enzyme/Mod. - ID 酵素/修飾酵素反応のID
Enzyme/Mod. - Title 酵素/修飾酵素反応の名前
MS mode - ID 質量分析モードのID
MS mode - Title 質量分析モードの名前
トップに戻る

2.5 サンプルリスト

データ名 サンプルリスト
データ内容の説明

実験サンプルのリストです
「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_sample_list.zip (7.37 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID サンプルのID
Title サンプルの名前
Species 生物種
Tissue 組織
Cell type 細胞のタイプ
Disease 疾患
Note コメント
トップに戻る

2.6 フラクショネーションリスト

データ名 フラクショネーションリスト
データ内容の説明

タンパク質分画のリストです
「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_fractionation_list.zip (5.39 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 分画のID
Title 分画の名前
Subcellular 細胞下の部位
Protein 分画したタンパク質名
Peptide 分画したペプチド名
Note コメント
トップに戻る

2.7 酵素/修飾酵素反応リスト

データ名 酵素/修飾酵素反応リスト
データ内容の説明

酵素/修飾酵素反応のリストです
「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_enzyme_mod_list.zip (2.83 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 酵素/修飾酵素反応のID
Title 酵素/修飾酵素反応の名前
Enzyme 酵素名
Fixed modification 調製されたタンパク質修飾
Variable modification Fixed modification以外のタンパク質修飾
Taxonomy 生物種
Note コメント
トップに戻る

2.8 質量分析モードリスト

データ名 質量分析モードリスト
データ内容の説明

質量分析モードのリストです
「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_ms_mode_list.zip (2.58 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 質量分析モードのID
Title 質量分析モードの名前
Instrument 質量分析器の名前
Instrument mode 分析モード
Purpose 分析の目的
Quantification platform 定量化の手法
Plex プレックス数
Label 質量分析モードのラベル
Note コメント
トップに戻る

2.9 オリジナルメタデータ

データ名 オリジナルメタデータ
データ内容の説明

jPOSTのオリジナルメタデータ(XML形式)です
データファイル jpost_original_metadata.zip (584 KB)
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2018/02/28

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”jPOSTリポジトリメタデータ © 石濱 泰(京都大学) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
E-mail: jpostdb[at]gmail[dot]com

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日 更新内容
2018/02/28 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2016/05/02 jPOST(https://repository.jpostdb.org/)で公開開始
トップに戻る

5. 参考文献

Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Yasushi Ishihama
jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes
Nucleic Acids Research, Volume 45, Issue D1, 4 January 2017, Pages D1107–D1111
PMID: 27899654

トップに戻る

6. 連絡先

「jPOSTリポジトリメタデータ」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail: jpostdb[at]gmail[dot]com

トップに戻る