HHDB

2018/05/08

Web Site: （休止中）http://hhdb.taka.qst.go.jp/hx3/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/hhdb

水素及び水和水を含むタンパク質や核酸の立体構造データ（中性子回折法や高分解能Ｘ線回折法による）に含まれる水素結合のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 分子情報
  3. 水素結合情報
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「HHDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
トップに戻る

2.2 分子情報

データ名 分子情報
データ内容の説明

2012年までに登録されたPDBエントリから、水素を含む構造（中性子回折による構造と、分解能1.0A以下のX線回折による構造）を自動選択し、情報を自動抽出。
データファイル hhdb_biomolecule.zip (9KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Molecule No. 分子番号（オリジナルDBとアーカイブでは異なるものがあるので注意）
Molecule Name 分子名称
Molecule Classification PROTEIN, DNA等の分類
Wild/Mutant 野生型・変異型の別
PDB ID データ処理対象分子のPDB ID
Resolution 分解能（A）
Lattice Constant A 格子定数(a)
Lattice Constant B 格子定数(b)
Lattice Constant C 格子定数(c)
Lattice Constant alpha 格子定数(alpha)
Lattice Constant beta 格子定数(beta)
Lattice Constant gamma 格子定数(gamma)
Space Group 空間群
Z value Z値
Experimental Method 実験手法 (NEUTRON: 中性子回折、X-RAY: Ｘ線回折)
Authors 著者(コンマ区切り)
Deposited PDBに登録された日
Released PDBで公開された日
Access Code アクセスコード
Registration HHDBに登録された日時
No Hydrogen 水素原子なしの場合はTRUE(t)
Hbonds 水素結合の数
HBondsSym 対称分子に対する水素結合の数
Atoms 原子数
H Atoms 水素原子の数
Waters 水分子の数
トップに戻る

2.3 水素結合情報

データ名 水素結合情報
データ内容の説明

分子情報で選んだPDBエントリに含まれる水素結合の情報。水素結合は
A: Bに共有結合した原子
B: 水素原子（HまたはD）
C: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)
について、距離BCが2.7A、2.6A、3.1A以内（それぞれCがN,　O,　Sの場合）で、かつ２つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出している。
Aをドナー原子、Cをアクセプター原子と呼んでいる。
ドナー原子が炭素となる特殊な水素結合（C-H…X型）も含めていることに注意。
データファイル hhdb_hbondinfo.zip (2.3MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Molecule No. 分子番号
Access Code アクセスコード
Hydrogen ID 水素原子のAtom ID
Acceptor ID アクセプター原子のAtom ID
Donor ID ドナー原子のAtom ID
Donor Chain ID ドナーChain ID
Donor Residue No. ドナー残基番号
Donor Insertion Code ドナーInsertion code
Donor Residue ID ドナー残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号）
Donor Residue Name ドナー残基名（アミノ酸残基種）
Donor Residue Type ドナー残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基）
Donor Str. Type ドナー二次構造タイプ
Acceptor Chain ID アクセプターChain ID
Acceptor Residue No. アクセプター残基番号
Acceptor Insertion Code アクセプターInsertion code
Acceptor Residue ID アクセプター残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号）
Acceptor Residue Name アクセプター残基名（アミノ酸残基種）
Acceptor Residue Type アクセプター残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基）
Acceptor Str. Type アクセプター二次構造タイプ
Hydrogen / Deuterium 軽水素、重水素の別（H, D）
Hydrogen Name 水素原子名
Alternative Locator Alternative locator
Hydrogen Temp. Factor 水素原子温度因子（A^2）
Donor Element ドナー元素名
Donor Name ドナー原子名
Donor Temp. Factor ドナー原子温度因子（A^2）
Donor Group ID ドナー官能基ID
Donor Group Name ドナー官能基名
Donor Alternative Locator ドナーAlternative locator
Acceptor Element アクセプター元素名
Acceptor Name アクセプター原子名
Acceptor Temp. Factor アクセプター原子温度因子（A^2）
Acceptor Group ID アクセプター官能基ID
Acceptor Group Name アクセプター官能基名
Acceptor Alternative Locator アクセプターAlternative locator
Hydrogen Bond Distance 水素結合距離（A、水素原子・アクセプター原子の間の距離）
Hydrogen Bond Angle 水素結合角度（度、ドナー原子・水素原子・アクセプター原子の間の角度）
Symmetry 対称（対称分子に対する水素結合の場合）
XY Distance ドナー原子からアクセプター原子までの距離
XH Distance ドナー原子から水素原子までの距離
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2018/05/08

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”HHDB c 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 (QST) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。


データベース作成者連絡先：

〒319-1106
茨城県那珂郡東海村大字白方2-4
国立研究開発法人　量子科学技術研究開発機構 (量研機構, QST)
量子ビーム科学研究部門　高崎量子応用研究所
東海量子ビーム応用研究センター
プロジェクト「生体分子構造ダイナミクス研究」
プロジェクトリーダー：玉田　太郎
E-Mail: E-Mail: tamada.taro[at]qst[dot]go[dot]jp

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日更新内容
2018/05/08

アーカイブV2をリリース
以下のデータを更新
2016/07/27 データベースの説明のページにおいて、オリジナルサイト情報の「オリジナルサイト」および「統括サイト」を更新。
2012/11/16 データベースの説明のページにおいて、オリジナルサイト情報の「オリジナルサイト」および「最終更新年月日」を更新。
2011/01/20

生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始

(アーカイブV1)
2004/10/1 HHDB(http://hhdb.jaea.go.jp/hx2/)で公開開始
トップに戻る

5. 参考文献

-
トップに戻る

6. 連絡先

「HHDB」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒319-1106
茨城県那珂郡東海村大字白方2-4
国立研究開発法人　量子科学技術研究開発機構 (量研機構, QST)
量子ビーム科学研究部門　高崎量子応用研究所
東海量子ビーム応用研究センター
プロジェクト「生体分子構造ダイナミクス研究」
プロジェクトリーダー：玉田　太郎
Tel: 070-3943-3435
E-Mail: E-Mail: tamada.taro[at]qst[dot]go[dot]jp

トップに戻る